·官制·
·福建绿营
光绪十三年，以澎湖协副将与海坛镇总兵对调驻扎，其海坛协副将仍为外海水师。改海坛镇标中军兼中营游击为澎湖中军兼左营游击、澎湖左营都司为海坛左营都司兼管中军、海坛右营守备为澎湖左营守备、海坛协左营都司为福建外海水师。海坛协副将，归福建水师提督节制；海坛、闽安两协副将，均归福宁镇总兵管辖。
·台湾绿营
总兵官一人、副将三人、参将四人、游击四人、都司九人、守备十人、千总十七人、把总四十一人、外委五十六人。
康熙二十三年，设台湾镇总兵官，镇标中、左、右二营各设游击以下等官。设台湾协副将，中、左、右三营各设游击以下等官。移漳州城守协副将驻澎湖，左、右二营仍各设游击以下等官。裁中营游击、守备，改设城守守备。设北路营参将以下等官、南路营参将以下等官、淡水营都司以下等官。
五十一年，裁台湾镇左营把总一人。
五十七年，设淡水营，归北路营参将管辖。移兴化城守右营守备驻淡水；改台湾镇标中营千总一人、台湾协左营把总一人为淡水营千总、把总，每半年轮派分防鸡笼。
六十年，移台湾镇总兵官驻澎湖，移澎湖协副将驻台湾。
六十一年，以移扎澎湖之台湾镇总兵官仍驻台湾；其澎湖仍设水师副将。又，设台湾镇右营守备一人，裁分巡厦门道标守备、千总各一人、把总二人。
雍正元年，设台湾水师协右营守备一人。以台湾镇标右营守备一人、把总一人驻岗山，左营守备一人驻下加冬，台湾协水师中营千总一人驻盐水港，左营千总一人驻笨港，水师副将及守备一人驻安平镇城内。
九年，改台湾北路淡水营守备为都司。
十一年，增设台湾镇标左营千总、把总各一人，右营把总一人。又，设台湾城守营参将一人、守备二人、千总二人、把总四人为左、右二营。裁北路营参将，改设北路协副将；并设都司一人、守备一人、千总四人、把总八人。分中、左、右三营，中营设都司以下等官，左右二营各设守备以下等官。又，设南路营都司一人、千总一人、把总二人，淡水营把总一人，台湾水师协左营千总、把总各一人，右营把总一人。
十三年，移台湾镇标守备一人驻春牛埔，移水师千总一人驻小南门。
乾隆二十五年，移盐水港汛把总一人驻林圯埔。
五十三年，移台湾北路左营守备自嘉义县城驻斗六门，嘉义县城改设都司一人。
嘉庆十三年，改台湾协右营游击为艋舺营游击，改延平协左营守备为艋舺营中军守备；同驻艋舺，管辖陆路弁兵。改兴化协左营守备为艋舺营水师守备，驻沪尾炮台。拨淡水营千总、把总十人隶水师守备管辖。改淡水营都司为台湾协右营都司，驻安平。
十六年，于噶玛兰地方之五围设守备一人、存城把总一人、协防外委一人、额外外委二人，头围设千总一人、外委一人，嶐嶐岭设额外外委一人，溪州设把总一人：归艋舺营兼辖。
道光七年，移台湾镇标右营游击一人驻彰化县竹堑，为北路右营游击。移原驻竹堑守备一人并右营千、把、外委各一人同驻大甲，又右营把总一人驻铜锣湾，又外委一人驻斗换坪。
十三年，复设台湾镇标右营游击。改原设台湾北路左营为嘉义营，设参将一人，驻嘉义城；归台湾镇总兵统辖。移原设北路左营都司驻斗六门，为斗六门营都司；归嘉义营参将兼辖。移原设斗六门汛守备驻嘉义，为嘉义营参将中军守备。
十四年，移加溜湾汛外委一人驻台湾城守营，属萧壠汛；移旧社汛外委一人驻茅港尾汛、移猫雾捒汛千总一人驻葫芦墩、移原设葫芦墩外委一人驻大墩汛、移大安口汛外委一人驻吞霄汛、移下淡水营随防把总一人驻阿缑汛、移南路营把总一人驻阿里港汛，归下淡水营管辖。移下淡水营额外外委一人驻九槐厝，归阿里港汛管辖。移枋寮汛外委一人驻湖州庄。
同治八年，拨台湾镇标右营游击、守备各一人归道标，并设都司、千总各一人；隶台湾道管辖。裁台湾镇标右营、台湾协中营、澎湖协左、右二营各游击一人，改设都司一人。裁噶玛兰守备一人，改设把总一人。裁台湾协中、右二营、澎湖协左、右二营各守备一人，裁台湾镇中、左二营、台湾城守右军、北路协中营、台湾协中、左、右三营、澎湖协左、右二营、噶玛兰营、沪尾营各千总一人，裁南路营、嘉义营、北路协右营各千总二人，裁台湾镇标中营、南路下淡水营、北路协中营、台湾协右营、沪尾营各把总一人，裁澎湖协右营把总二人、台湾协中、左二营各把总三人、北路协右营把总四人。裁台湾镇标中、左二营同新改道标之台湾镇标右营、台湾城守左、右二军、南路营、北路协中、右二营、嘉义营、台湾协中、左、右三营、澎湖左、右二营、艋舺营、沪尾营噶玛兰各外委四十六人。又移台湾道标千总一人驻枋寮。
光绪元年奏定：福建巡抚驻台湾，其台地自千总以下，由巡抚考拔；守备以上，仍会同总督拣选题补。台湾总兵撤去「桂印」字样，归巡抚节制。又裁安平协副将。
四年，奏拨台湾左营游击以下等官归抚标左营，驻郡城；台湾中营游击以下等官，随台湾镇移扎安平。改台湾协中、右两营都司为台湾镇标陆路，又拨左、右两营所属千、把、外委归镇标左右营。改台湾水师协左营游击为北路协陆路左营。改原驻省城之抚标左营参将为中营参将，所属备弁改为中营名目；原设台湾水师协左营守备、中、右两营水师千总、把总、外委、额外外委为陆路。
五年奏定：督标轮流赴台，抚标及台湾改设水陆各缺，仍应复旧。移台湾镇标左营游击一人驻恒春县，为恒春营游击。其守备以下，一律改隶台湾镇节制，作为游击中军，分驻车城；以千总同驻恒春为专营。以把总、外委派拨县属枫港大树房。
九年，移分防车城汛守备一人驻鹅銮埔石厝口，仍留把总一人驻车城汛。
十一年，改福建巡抚为台湾巡抚。
十三年，拨新改之澎湖镇标左营游击、守备归台湾外海水师左营；台湾镇总兵官及澎湖镇总兵官均归闽浙总督、福建台湾巡抚、福建水师提督节制。
——以上见「钦定大清会典事例」卷五百五十一。
·职制·
·武职开列
雍正八年议准：福建台湾水师营副将俸满之日，该督、提查核题报；遇有水师总兵官员缺，于开列本内将俸满之处声明。
·武职陛见
嘉庆十五年谕：『台湾远隔重徉，在海疆中尤为最要之区。该处文武大员惟镇、道二人管辖兵民，职守綦重；虽洋面肃清、漳泉客民斗案亦俱完结，但地处重镇，时资弹压，该镇岂容暂离！即如新疆办事大臣，从无奏请陛见之事。边疆、外海，宜同一例；嗣后台湾镇总兵，除有升调准其奏请陛见外，余俱不得奏请陛见。着为令』。
——以上见「钦定大清会典事例」卷五百六十。
·铨选
康熙十一年（？）题准：双月守备员缺，以开复、降调、捐还三项相间轮用一人（为还班一）；武进士用二人（为科班二），年满保送千总注册候推者用二人（为委班二），澎、台俸满千总与难荫守备以营用者相间轮用一人（为扎班一），无职任之功加应用守备考验一等者用一人（为功班一），效劳期满以营用者用一人（为劳班一），候补候选守备捐即用者用一人（为捐班一），武进士充补提塘年满者用一人（为效力班一），分发各省题补之千总用一人（为分发千总班一），巡捕营当差千总用一人（为当差千总班一），荫生改武以营用者用一人（为荫生改武班一）。
乾隆十五年奏准：随营候推之年满千总壅滞甚多，虽经疏通，约计每年选用不过十余人；而未经选用者日渐加增，铨选竟无限期。按双月选用守备扎班，系澎、台俸满千总与难荫守备以营用者相间轮补。令难荫无人，澎、台俸满千总注册候推者人亦甚少；每值此班因无人轮用，将缺归于下班用别项之人。嗣后双月轮用扎班之时，如遇本班有应用之人，先尽本班选用；如无应用之人，即将随营候推千总选用。
十八年议定：各省副将之中军多系都司，惟台湾、澎湖、兴化、闽安、延平、张家口之副将中军现系游击，陕甘督标、河东河标、两广督标、广州将军标及江南太湖营之副将中军现系守备，体制皆未画一。除澎、台系海外重地，应仍留游击以资弹压，毋庸议改；其余游击、守备，均改都司。合之各省，通改都司八十员，以为守备升用之地。其现任游、守，仍照原官升转，离任后陆续更换。
五十六年谕：『台湾虽在海外，非若烟瘴地面例须更换者可比。嗣后俸满更调之例，并着停止。钦此』。遵旨议定：澎、台武职人员俸满保送升用之例停止，推升时各按本任历俸五年之后，照常俸升用。
——以上见「钦定大清会典事例」卷五百六十一。
嘉庆六年奏准：澎、台俸满保送千总与难荫守备，以单月扎班相间轮补一员。澎、台千总俸满既经停止，将单月扎班改为难荫班、当差班改为差班、双月三委班改为三候推班、当差班改为差班、荫生改武班改为荫生班。
——见「钦定大清会典事例」卷五百六十二。
·铨选论俸
顺治初年（？）定：福建省台湾协、澎湖协、北路协各副将游击都司守备，台湾城守营、南路营各参将守备，台湾镇标中、左、右三营游击守备，北路淡水营、南路下淡水营各都司，均于内地各营内拣选品级相当、熟悉风土之员，题请调补。副将三年俸满、参将游击都司守备二年俸满，该督、提会核题报；于即升官员内先行升用之中又先行升用。内有水师各官，照衔缺升用后调回内地，以水师各营员缺调补。千总咨部调补，不算前俸；三年满日，考验保送。把总咨部拔补；三年满日，以内地千总拔补。
十一年（？）议准：铨选次序，如注册千总、澎台千总、均按引见日期先后用。如同日引见，将俸满日期在前者用。
乾隆十年议准：嗣后调赴台湾武职各官，无论大小，均以到台之日起算俸，分别报满。
十八年议定：台、澎俸满水师人员题报俸满后，行文该督将该员调回内地；遇有水师应升题补之缺，即行题补。
又奏准：福建省澎、台水师人员于题报俸满后，该督将该员调回内地；遇有题补之缺系其应升者，即行题补。
二十六年覆准：福建省澎、台参将游击都司守备等官改为三年俸满，保题调回内地，照例先行升用。
四十八年奏准：福建省澎、台调回内地注销边俸人员，毋庸送部。
又奏准：苗疆、澎湖、台湾俸满人员，其升用之期较常俸倍速，与保送、保题人员无异。自应一体调取引见，恭候钦定。至循分供职，调回内地之员将俸满先行升用之处注销，毋庸送部。此内如有年力就衰、材技平庸者，该督、抚随时参劾。
咸丰六年奏准：福建省台湾水师陆路副将、参将、游击、都司、守备缺出，如台地无人可升、内地无人可调，准于内地拣选熟悉风土、谙练营务之员升补；历俸五年期满，果能整饬营伍、抚绥地方，悉照各省边俸之例，由该督、抚出具切实考语，保题送部引见升用。
——以上见「钦定大清会典事例」卷五百六十三。
·千总俸满
乾隆二十四年议定：其台湾三年俸满千总，引见后发回题补候升者，均调回内地候升。
二十八年题准：澎、台俸满把总以千总候补者，令该督于甄别年满千总时，一体甄别；如有衰弱怠惰者，即行休退。
五十六年议准：澎、台千总照内地之例，六年俸满分别保送，毋庸计算边俸。
嘉庆九年奉旨：『兵部议覆「爱新泰所请将现在由台募兵及义民首内拔补各员弁准其留台升拔并嗣后予以限制」一摺，台湾千、把、外委等官，旧例于三年俸满、班满时，均应调回内地差委；惟近年以来多有由义民首及台募兵内打仗缉匪着有微劳，以次拔补者。该弁等本系土着，于该处地方情形素为熟悉，缉捕自较得力；若调至内地，转属生手。且伊等父母、妻子向皆就近团聚，一旦因换班内渡，无力搬移，不能兼顾，以致纷纷告退；情亦可悯！着照该部所议，查明该处现由本地募兵及义民首内除先经拔补各员外，嗣后定以限制：千总准其拔补三名、把总准其拔补五名、外委准其拔补十名、额外外委照缺计算，俱准其留台差操。如有缉捕出力者，以次升拔。仍造册咨部，以备查核』。
道光四年奉旨：『前据赵慎畛奏「台湾营弁请照海疆久任之例计俸升补」，当交兵部议奏。兹据奏称：驻台守备以上久停更调，而千、把总以下仍系纷纷更换，于海疆情形未能周知，不足以资约束。嗣后台湾千总、把总、外委、额外外委等弁三年期满，俱着毋庸调回内地；其留台分别保题升补之处，均着照所议行。至该督奏请千总俸满先加升衔，未免过优；且留台将备等向无此例，亦觉两歧。所请，着不准行。该处营员，现虽更定章程，而班兵仍照旧三年更换。惟兵丁内亦有由台招募土着入伍者；一经着有劳绩，不得不加以甄拔。若年久拔补渐多，则营弁半属台地之人，易滋流弊；殊非杜渐防微之道。着该督等遇有千、把、外委等缺，仍按嘉庆九年兵部奏定章程：凡由台募兵丁甄拔并招募台地土着兵丁，均不得过十分之一，以符定额』。
——以上见「钦定大清会典事例」卷五百六十四。
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