柏拉图用数学理论来阐述灵魂的结构创造，这让迄今为止的许多哲学家和神学家不解，这也正是其可怕和可笑的原因。在他的理论中，神在创造世界时，从世界的本原先取出一部分（1X），再取出前一部分的2倍（2X），最后取出第一部分的3倍（3X），接着神又取出第二部分的2倍（4X）、第三部分的3倍（9X）、第一部分的8倍（8X）和第一部分的27倍（27X）作为第四、五、六、七部分。于是便形成了这样一个序列：1∶2∶3∶4∶9∶8∶27。神用全体中割下的其他部分来填补他们之间的空隙，使得每一个比例之间均产生出一个介于两者的中项，例如在“1∶2”之间存在“2的平方根”，它小于2大于1，依次类推就产生了新的比例关系，因为比例中项之间也必须满足这一关系——直到第五部分和第六部分之间，这都是容易解决的，因为“9∶8”的比例关系不能破坏，还要在另外的比例中项之间寻求新中项又不能打破原有的比例关系，这实在是一道数学难题。柏拉图接着说，神把做成的灵魂体系按照长度分割成两个部分，并使它们交叉成为X型，使其两端弯曲成为圆形，处于同一匀称的运动中，灵魂外部的运动以自身同一体运动，灵魂内部又表现出与外部相反方向运动，这种顺时针和逆时针运动都呈现圆周规律，在不同的部位圆周的速度并不相同。一切有形体的东西都在灵魂的内部，整个系统由灵魂作为核心，包裹在一个永不停止的合理外壳之内。柏拉图描述灵魂类似于星系的研究。最重要的物质放在星系中间，轨道不同，星辰之间的距离也不相同，星辰不同速度源于星带和星轨的不同，同时，星系外部和内部的转动方位差异也很大。
“三位一体”理论即是柏拉图的“善、神、灵魂”，三者之间存在差异，依次类推。后来，罗马时代的新柏拉图主义哲学家普罗迪诺用“太一、精神、灵魂”重新解说它。太一，即可以等同于善，也可以是被认作先于善存在的东西，它既可以不出现在任何地方，但必定存在于任何地方；精神，普罗迪诺认为它等同于心灵（由此可以看出，从柏拉图到普罗迪诺及后来的基督教神学，夸大精神作用是一脉相承的）或“逻各斯”（理性，绝对意志），这是我们与神最接近的一部分；灵魂，他是生命的创造者，由精神作用他创造了可见的世界，普罗迪诺弥补了柏拉图对话中关于可见世界存在必要性的缺失部分，即：灵魂有两个方面。一方面，对内的灵魂受精神引导，存在于各种生命体内；另一方面，对外和对下的灵魂，它创造流变、虚幻的物质世界，并可以使人堕落。它可以下降到任意的生物体内。
三位一体的普遍性源于它话题的古老，许多学派都或多或少的存在“三位一体”的理论。通常看来，“三位一体”的含义包含三层关系，分别为原始神、主导神、即身神的关系，例如基督教的三位一体是圣父（宇宙间最高原则体现者）、圣子（实践圣父意志的人，即通常所谓的基督）、圣灵（受信仰感化，直接进入心灵传道的力量），佛教的三位一体是佛、法、僧。基督教“三位一体”的溯源和解释便是柏拉图和普罗迪诺的三位一体思想，难以想象，如果基督教和其他另一些宗教成分中剔除了这些部分会变成什么样子。柏拉图之所以为异教徒和神学家所推崇，因为他的对话可以让他们心灵颤抖。他们的思想均源于柏拉图，这也是柏拉图对基督教的重大影响所在。
最初，宇宙是无序状态的，流动、无形，只是混沌的膨胀体。而这种无序因为神在善的指导下进行创造而改变，于是有了秩序和目的。世界（整个宇宙）的形状是一个球体（古希腊人认为，球体是最完美的几何形状，在以后的千余年时间里，欧洲沿袭这种说法，把宇宙说成一个球体的状物——现在看来，我们不得不遗憾地说，这大部分是从美学角度出发，而没有经过多少实践上的验证）。太阳、月亮、星星、苍穹都是有生命的高等的动物，都是球体，同时里面也包含着一切非生命的元素，虽然它们没有头和脚，但球体的形状使它得以惟一的运动形式——旋转，围绕着善的目的存在下去。世界最初的创造是稳定、和谐的。所以它不会解体、衰老和灭亡。
时间与天体是同时出现的。在太阳的带领下，有了日夜交替，动物才会学习。而神是太阳的创造者，所以也是动物计算的真正本原。在这之前，日夜、月年、时间空间都是不曾存在的，但它们的创造却给了世界以永恒和流变、相对的概念，从而有了哲学，引发了人类深层次的思考。由不可知寻求可知，由流变寻求永恒，这正是理念以外的感觉世界给我们的最大恩惠（柏拉图的时间空间理论，代表了古代意识创造世界思想的大成，后来成为基督教神学创始教义的发轫。文艺复兴以后，柏拉图的理论在牛顿与莱布尼茨那里产生了分歧，牛顿认为空间与时间，是靠了上帝的意志，在它们自身之内独立存在着的，与领会它们的心灵无关，也和充斥其间的物体无关；另一方面，莱布尼茨却以为空间与时间是从我们对实在物体的关系的混乱感官知觉中抽象出来的经验性的概念。大哲学家康德介于牛顿与莱布尼茨之间。他既没有不可改变地把空间与时间同肉体感官材料归入一类中，也没有把它们和悟性的概念归入一类中。在现实社会生活中，就具体的变化，我们对时空的意识是存在的。而在物理上，我们并不能肯定时空是否具有纯哲学上的实在性）。
古希腊人有极高的数学和天文学造诣，这使他们比同时代其他民族的数理气质更优异。在那个时代，他们已经能够较为准确地推算出日食和月食的大致时间（泰勒斯，米利都学派哲学家，西方哲学公认自泰勒斯为****，他的最著名的论断是“世界是由水组成的”），并推算出2的平方根和立方根（这极有可能就是阿卡德米学园的贡献），发现了一系列无理数，限定了奇偶数，并演示出“穷举法”（此两项均为数学家攸多克索的贡献；在几何实践学上能够根据影长和距离测量实物长度，泰勒斯曾根据此法测量大金字塔的高度）。希腊人很早就鉴定星体是球形（毕达哥拉斯是第一个认定地球是球形的人），毕达哥拉斯同时还指出行星运动的周期性，概括了圆周运动的特点；无神论者阿纳克萨哥拉认为太阳和月亮不过是“燃烧冒火的石头”和“会反光的石头”；柏拉图学园的赫拉克里特关于黄道的发现是划时代的一件大事，后来的基督教星象学家依此把我们这个宇宙划分成多个范畴；至于希腊时代天文学最后的一位重要代表，是生活在埃及亚历山大里亚学派的托勒密，他写作了支持西方神学天主教地心说的《天文学大成》。希腊的数学家、天文学家也是科学家、玄学者，他们的学说中有极为荒谬的东西，但在两千五百年前，已经存在这些粗糙的理论也是极为让人惊异的。
