承启四年二月初，顺王于封地衢州发兵靖难，广发檄文宣称朝中有奸臣，后宫有妖妃，他欲效仿成祖皇帝清君侧，正社稷，以保江山安稳，遗泽万年。
顺王起兵之后，消息传到燕鲁等地，继宗的另外几个儿子并仁宗的几位兄弟皆依附而起，出兵伐京。其后攻克了江南诸省，且后挥师北上，天下形势急转而下。
就在顺王于衢州发兵之时，朝中吴阁老一党忽地频频上奏陛下，只说陛下少年登基，心性浅白，如今且被奸臣妖妃迷惑，遮蔽圣听，方才有此一劫。只盼陛下有过即改，下罪己诏安稳藩王，诛奸臣、杀妖妃，复立皇后，如此方能安稳民心，保佑社稷，方不复祖宗恩典。
承启帝冷眼瞧着吴阁老一脉颠倒黑白，打着忠义之名行逼宫之事。心下一阵冷笑，面上却一言不发。即命大将军谢师毅、陈黻方率领十万兵马出京平叛。为了使诸位将军无后顾之忧，承启帝更在大朝会上直接下旨，亲口说出“沙场搏命，刀剑无眼。既是敌对，再无君臣之说。尔等此番平叛，只需尽力而为。能将诸位王叔王兄押送回京最好，如若不能，相机行事。”
说罢，仍旧冷笑着向满朝文武说道：“朕少年登基，见惯了人情冷暖。只认无愧于心，并不囿于史书清名。是非功过，自有后人传说。如今诸位藩王既敢起兵攻打朝廷，朕便不再当他们是王叔兄弟，只以乱臣贼子相待！诸位将军平叛时亦可名说，朕可怜他们受人蛊惑，才行此糊涂大事。只要能束手就擒负荆请罪，朕不追究他们的大逆不道之罪。倘若是执意与朝廷作对，那也不要怪朕出手无情。”
一席话铿镪顿挫，掷地有声，诸位将军欣然领命。承启帝又将矛头转向吴阁老，眸中杀机凛然，直接吩咐玉沉将西厂搜集到的吴阁老与藩王私下结交，串通谋反之往来书信呈到殿中，摔在吴阁老的面前。
铁证如山之下，也不容吴阁老反驳，就将吴阁老并其一党朝臣尽皆押入天牢候审。而在乾清宫外，京畿大营统领卫钧并御林军统领卫霖父子亦将诸位叛党朝臣之家眷全部扣下。便是之前以种种名义偷偷出京的那些个家眷，也都在锦衣军和东西两厂番子的紧迫盯梢下，一一漏了痕迹被抓回京中。
承启帝龙颜大怒，也不理论众位臣子的剖白辩解，只以通敌之名示意刑部与大理寺按律判罪，或是抄家或是流放。只因怜恤大皇子年纪尚幼，两宫太后年高有德，不虞损了阴鸷，因此并不许刑部与大理寺将犯罪朝臣的女眷判入教坊，其余为奴为婢，倒是不与理论。
至于罪魁祸首的吴阁老一家，原本通、敌、叛、国的罪名是该抄家灭族的。然承启帝心念吴阁老乃是三朝老臣，亦有许多功劳苦老，最后并没有下达抄家灭族的旨意，只不过是将吴家三族流放三千里，并且明下旨意，祖孙三代不能为官科举。
首恶都是如此惩治，下剩附议之人，自然也无砍头灭族的。大都是抄家流放，嫡系子嗣或打入奴籍或是充军，皆以其罪大小而定。
此旨一下，少不得亦有朝臣称赞承启帝的仁善之心。也有人因此想到了当年继宗时被污蔑通、敌、叛、国的帝师孙文并许多清流名士，如今再看吴阁老一党的下场，少不得唏嘘感叹。
而在承启帝惩治朝中吴党一脉的时候，谢师毅、陈黻方等几位将军带领朝廷平叛大军一路攻城略地，以最快的速度收复失地。
谢、陈两位将军皆是用兵老道，经验丰富的老将，而诸位藩王所能依仗的将领却大多数都是坐守没什么实战经验，或者已经很多年没能亲自上战场征伐的将领。
