偏偏在290年继位者为惠帝司马衷。他在历史上最有名的事迹，乃是臣下报告他，有很多百姓饿死了，他就反问：“何以不食肉糜？”也就是说，为什么不吃掺着肉的稀饭。黄仁宇先生说，对于此类传闻，不能认真，只是司马衷在晋室皇位极端艰难之际，庸懦无能，必然属实。
司马衷的皇后姓贾，以丑陋著名，据说又矮又黑，且缺乏母教，不守妇道，行动淫荡，因为干预朝政与皇太后杨氏冲突。太后之父杨骏为“太傅、大都督，假黄钺(钺是古代兵器，由青铜或铁制成，形状像板斧而较大。如果颜色为黄色，则象征天子，可以生杀予夺)，录朝政，百官总己以听”。于是贾后也组织了一个自己的“组织”。因为她的父亲贾充也是权臣，所以她不仅把族兄、从舅拉过来，还笼络了司马氏家族的一部分亲王，如汝南王司马亮(此人曾被司马炎封为“宗师”，有率领宗室子弟的威望)，又因为他们联络了朝中的部分名士，形成了所谓“二十四友”的官僚集团。
黄仁宇先生说，晋朝始终不是一个正规的朝代，武帝和惠帝之交，方才以军政府的姿态企图创立一种民政制度，组织未遂，即变生肘腋。譬如刘毅把武帝司马炎比喻为汉代的桓帝、灵帝，他说：“桓灵卖官，钱入官库；陛下卖官，钱入私门。”司马炎也没有办法反驳。而且太后与皇后的冲突，也并非仅出自宫闱。我们一般的观念，晋朝已树立一种“封建制度”，现在看来，其中一半是纸上空文。
这里还有一件事，不得不说。晋武帝灭吴以后，为了稳定形势，曾颁布了占田制。这个制度的具体内容，我们在第一个专题中已经有了介绍。概而言之，所谓“占田”，就是士庶人等所领有耕地和佃户，都按品级进行限制，即使是王公在京师附近的地产亦然。但是，这些条例并无全部奉行的迹象。
公元291年的冲突，贾后胜利。杨骏以造反被讨，死于马厩，太后被废。但是不久，贾后又与汝南王冲突，于是指使楚王司马玮杀之，这才除去八王之一。结果楚王又以矫诏罪被诛，太后也被弑。近10年后，公元300年，贾后杀太子，赵王伦起兵诛贾后，并且废司马衷而称帝。至此则有淮南王司马允讨赵王司马伦，失败而死。继之又引起齐王司马冏、成都王司马颖和河间王司马颙的联合军事行动。他们复辟成功，赵王被赐死。302年，齐王又有擅权模样，由河间王指使长沙王司马冏杀之，以后战事由洛阳波及长安，成都王自缢死，河间王为南阳王司马模所杀，长沙王为东海司马越所杀，东海王则在讨羯人石勒时战死。这就是著名的“八王之乱”。
自贾后参政起，至惠帝306年中毒身故，前后16年，战事波及现在的山东、河北、河南、陕西等地。各王动员时，有称20万的，也有说7万的。每次战役死伤都以万计。而五胡十六国也开始于此时，304年，匈奴族的刘渊跟随成都王司马颖起兵，不久就自称汉王。到311年，他的族子刘曜攻陷洛阳，杀王公以下3万余人。黄仁宇先生说，这些史迹已经不能以短时间片面的解释，也不能用历史舞台人物的贤愚不肖去概括全部经过。
问题出在什么地方？黄仁宇先生认为，我们从长时期大眼光看来，秦汉的大帝国(从大历史的观点看来也可称为“第一帝国”)在公元220年后已无可改组修正，只能重起炉灶的再造。问题不在朝廷的高层机构，而在民间的低层机构。
以小自耕农作基础而组成的农村经济，适合于官僚机构的统治，因为彼此都是简单而雷同。结果到了这个时候，州县官员无从着手，也不知道要尊重财产权，以保持社会秩序，或是以道德名义法外抑制豪强，整个社会开始陷入无序之中。
至于“五胡”，东汉初年，已经大量涌入内地，史书上说他们人数多达“百余万”。人数如此众多，而中原内乱的机会又如此难得，他们也就理所当然地在动乱中乘机进入了。
长期分裂的确立：淝水之战
如果现存的资料全部可信，则此人受过中国传统教育，也有几分书呆子的习性。
这样下层机构没有改变，中国无统一的可能。
——黄仁宇：《淝水之战》
公元383年，中国历史上又发生了一次企图完成统一而未果，且也是以少胜多的著名战役：淝水之战。
淝水之战的背景是这样的：西晋灭亡后，晋朝的王公大臣南迁，建立了东晋。由于内部纷争，出现了比较混乱的局面。权臣桓温三次北伐，也无所获。373年，桓温病死，出身望族的谢安开始执政。他“镇以和靖，御以长算”，深谋远虑，深得朝野的拥护。当时，执掌军政大权的桓温之弟桓冲，也比较能顾全大局，谢安后来让桓冲率重兵镇守荆州，东晋出现了比较安定团结的局面。
谢安的侄子谢玄常领精税为前锋，战无不胜，威震敌胆。太元四年，谢安任命他为兖州刺史，让他召募在京口的北方流民和江淮民兵，训练一支精锐的新军，号为“北府兵”(东晋称京口为“北府”)，成为抗击前秦军队的主力。
淝水战前，东晋和北方的前秦对襄阳、彭城两大军事重镇进行了长期而激烈的争夺。最后前秦攻占襄阳，东晋守将朱序被俘。几乎同时，彭城也被前秦军队攻占。但是，前秦虽然控制了襄阳、彭城两大军事重镇，但打得非常艰苦，襄阳经一年方才攻下，前秦军队“兵疲将倦，有惮敌之意”。
但早已下决心灭晋的苻坚依然坚持南下。太元七年(382年)十月，苻坚召集群臣议伐晋事，准备一举统一中国。当时，绝大多数人认为东晋“君臣和睦，上下同心”，不可轻举妄动。但苻坚却坚持己见，自谓“吾强兵百万，资仗如山”，“投鞭于江，足断其流”，东晋是“垂亡之国”，战则必克。
当时，只有前燕贵族慕容垂、羌族首领姚苌怂恿苻坚伐晋，认为战胜了，他们不失为前秦统一天下的有功之臣；战败了，则可以趁机恢复自己家族以前的统治。苻融看出了他们的阴谋，对苻坚说：“晋不可伐是很显然的，我所担心的不只是无功而返，更主要的是内部的问题，一旦大军南下，京师空虚，倘若有变，国家的前途就难说了。”但苻坚始终不听。
