１１６９年，一位库尔德冒险家萨拉丁重新整合了伊斯兰教的军队，并使自己成为埃及的领袖。他号召了一场反对基督教的圣战，并于１１８７年重新攻战耶路撒冷，这挑起了第三次十字军东征。这次十字军东征并没能夺回耶路撒冷。在第四次十字军东征中（１２０２－１２０４年），拉丁教会坦率面对希腊帝国，甚至不以任何借口即对土耳其人作战。十字军从威尼斯出发，于１２０４年攻占了君士坦丁堡。由于新兴的大型商业城市威尼斯是这次冒险活动的领导者，拜占庭的大部分海岸和岛屿都被并进了威尼斯的版图。一位“拉丁”皇帝（弗朗德勒的鲍尔文）在君士坦丁堡登基，并宣布拉丁教会与希腊教会重新统一。从１２０４年起，拉丁系诸皇帝一直统治君士坦丁堡，直到１２６１年希腊人从罗马统治者手中夺回自由为止。
正如１１世纪是塞尔柱土耳其人处于统治地位、１０世纪是北欧人处于统治地位一样，１２世纪至１３世纪初期，是教皇统治的时期。在教皇的统治下，一个统一的基督教世界比此前和此后都更接近成为一个现实。
在那几个世纪中，朴素的基督教信仰真正广泛地传播到了欧洲的大部分地区。罗马自身经历了一些黑暗而不光彩的阶段。几乎找不到一个作家会为十世纪的教皇约翰十一世和约翰十二世的生活辩解；他们是令人厌恶的畜生；但拉丁基督教徒的心灵和肉体还是热切而朴素的；一般的教士和修女都过着典范的、虔诚的生活。正是由于信徒的捐赠，教会的势力巩固起来。历史上的伟大教皇，有格列高里大教皇，即格列高里一世（５９０－６４０年在位），有利奥三世（７９５－８１６年在位），即邀请查理曼做罗马帝国皇帝并出其不意地为他加冕的那位教皇。
到了１１世纪末，则出现了伟大的从事圣职的政治家，有希尔德布兰德，他去世时被称为教皇格列高里七世（１０７３－１９８５年在位）。其后还有教皇乌尔班二世（１０８７－１０９９年在位），即从事第一次十字军东征的教皇。这两个人开创了教皇支配皇帝的教皇权力至上的时代。从保加利亚到爱尔兰，从挪威到西西里及耶路撒冷，教皇都是至高无上的。格列高里七世强令皇帝亨利四世到卡诺沙向他忏悔，并让他身穿麻衣，光着脚站在雪地中，在城堡庭院待了三天三夜等待原谅。１１７６年，在威尼斯，皇帝弗里德里希（弗里德里希·巴布罗萨）向教皇亚历山大三世下跪，并宣誓忠诚于教皇。
１１世纪初，教会强大的势力在于人们的意愿和良心。但它没能保持其力量的基础--道德威信。到了１４世纪初，我们可以看到教皇的势力已经衰退。究竟是什么原因破坏了基督教国家的普通民众对教会的朴素信任，使得他们不再寻求它的帮助，也不再为其目的服务？
第一个原因当然是教会的敛财。教会永远不会死，那些没有子嗣的人死后把自己的土地捐给教会是常有的事。悔过的罪人也被劝说这样做。因此，在欧洲的许多国家，有四分之一的土地都变成教会的财产。喂得越多，他们对财产的胃口就越大。早在１３世纪，人们普遍认为牧师不是好人，常常在猎取金钱和遗产。
国王和诸侯们对这种财产的转让也非常不满。在那些封建领主的军队所支持的地方，他们发现自己的土地却养活着修道院中的神父和修女。而且，这些土地实际上是由外国人支配的。早在教皇格列高利七世以前，诸侯和教皇之间就为“圣职任命权”，即谁来任命主教的问题而发生了斗争。如果这个权力掌握在教皇手中而不是国王的手中，那么后者不但会失去对他的国民良心的控制，更失去了相当大的统治区域。另外，神职人员还主张免除他们的税收，因为他们向罗马纳税。不仅如此，教会还主张普通信徒除了缴纳给国家的税款外，还要收取他们的“十一税”。
１１世纪，几乎每一个拉丁基督教国家的历史都呈现着同样的情形，即国王与教皇为了圣职任命权而彼此斗争，并且往往是教皇获胜。教皇宣称他有权解除王侯的教籍，有权解除其臣民对他们的忠诚，有权承认继任者。他声称有权对一个国家行使禁行圣事令，这样，除了洗礼、按手礼和忏悔礼外，几乎所有的宗教职能都将停止；牧师们不能执行日常的各种礼拜，不能主持婚礼和葬礼。有了这两种武器，教皇才能在１２世纪镇压大部分不服从的王侯，恐吓大部分动乱的民众。这些是非同寻常的权力，只能用于特别的场合。但教皇们滥用了它们，使其失去了作用。在１２世纪的后３０年中，苏格兰、法兰西及英格兰都先后被行使了禁行圣事令。而教皇们也难以克服向冒犯自己的王侯派遣十字军的诱惑--直到十字军精神从此消失。
如果罗马教会仅仅与王侯做斗争，而注意保持对大众思想的控制，它可能会得到对整个基督教世界的永久统治。但是教皇的高贵权力，反映在牧师们的行动中，就是傲慢。１１世纪前，罗马的神父可以结婚，他们与周围的民众有着密切的联系。实际上，他们就是人民的一部分。格列高里七世要求他们独身；他原是想要割裂神父与普通教民之间的过于亲密的联系以使他们更接近罗马，但事实上，他造成了教会与民众之间的隔阂。教会有自己的法庭，不单是涉及到神父的案件，连涉及到修道士、学生、十字军人、寡妇、孤儿和无助者的案件，都要由宗教法庭审理。同样，所有有关意志、婚姻、誓约等事件，以及巫术、邪说、渎神案件，也由它来审理。当世俗人员发现他和神职人员发生了冲突时，他只能交由宗教法庭。战争时期与和平时期的义务都落在老百姓的身上，而神职人员却自由自在。毫无疑问，在基督教世界中，嫉妒和憎恨会与日俱增。
罗马教会似乎从未意识到它的力量建立在公民的良心上。它攻击人们的宗教热情，这本应该是他该联合的，它还用正统的教义压制那些诚恳的疑问和迷惑的见解。当教会干涉道德问题时，民众会站在他一边，但当它干涉教义时，民众就不会这样做了。在法兰西南部，沃尔多教导人们应该在生活和信仰上恢复耶稣的朴素，但是教皇英诺森三世却因此召集十字军讨伐沃尔多的追随者--沃尔多教派，企图用火、剑、污辱和最残忍的刑罚使之屈服。后来圣·方济各（１１８１－１２２６）也教导人们以基督为榜样，过清贫和为人民服务的生活。但他的追随者团体--方济各会教徒，也被迫害、鞭笞、监禁和被迫解散。１３１８年，有四个方济各派教徒被活活烧死。另一方面，圣·多米尼克（１１７０－１２２１）建立的多明我会狂热的正统信仰秩序却得到了英诺森三世的支持。在多明我会的帮助下，教皇设立了宗教裁判所，以迫害异教徒，禁锢人的自由思想。
这样，教会通过过度的索取，不正当的特权，和一种不合理的偏见，破坏了作为它所有力量的最终源泉的普通民众的自由信仰。教会势力的衰落，并非是由外来的劲敌造成的，而是它内部日益加剧的腐败导致的。
