秦良玉依靠百姓将土匪赶出石柱县以后，又在全县建立村寨联防，组织石柱百姓自卫。
在组织联防中，秦良玉运用从书上学到的知识修起了哨楼，发明了"天观"、"地听"，即用竹筒做的望远镜和用水缸做的"地听"仪。
接着她又组织全县百姓大练兵，还发明了"连翔阵"。其阵以五名战士为一排，手持装满毒沙的竹筒，顺风冲在最前，后面紧跟弓箭手。她的前排战士冲进敌营以后，随即顺风倒出竹筒内的毒沙。当毒沙顺风飘入敌军眼里，睁不开眼时，后面战士立即大举冲入敌营，将敌人生擒活捉。
几次战斗杀得土匪和乱兵闻风丧胆，都以为秦良玉的队伍是神兵天将，以后不敢再接近石柱县一步。
石柱境内的叛军、土匪消灭光了以后，外县的土匪、叛军又蒙蔽一些人前来抢石柱。秦良玉得此消息后，组织百姓在城周围挖掘沟壕御敌；在空仓库中装上火箭、炸药诱敌。
几个月后，果然大批土匪赶着牛马在前开路，浩浩荡荡向石柱城而来。
牛马赶到城边时通通摔入沟壕。然而他们仍不死心，从牛马身上冲进城来，直奔仓库抢劫。那群乌合之众一进仓库就争抢粮食和布匹等财物。正在此时，里面的炸药、火箭一齐爆炸，炸得他们人仰马翻，鬼哭狼嚎，死伤数千人。离仓库远的土匪听到爆炸声，争相逃命。逃出城的土匪，跑出不到五里，又被秦良玉所率大军团团包围，一个个只得举手投降。
秦良玉不杀降兵降将，对他们进行规劝，发给他们粮晌，让他们或留在本县劳动谋生，或回本寨生产劳动，由他们自行选择。那些人一个个感恩戴德，不少青年自愿留在石柱参加秦良玉的队伍，不再做坏事。秦良玉对他们进行了妥善安置。
从那以后，再没有土匪敢到石柱。石柱社会稳定，百姓安居乐业。
马千乘问秦良玉："夫人，你怎么知道敌人会用牛马开路，会去仓库呢？"
秦良玉说："全得我的'天观'、'地听'。我们派出去的探子用'天观'、'地听'得知敌人会用牛马开路。敌人来的目的就是要抢东西，他们能不直冲仓库吗！我就是这样为他们做的准备。"
马千乘高兴地说："这下太平了，我们既富也贵，应该过上好生活了！"
秦良玉说："相公错了，这点成就算得了什么！大丈夫功在社稷。眼下群雄四起，民不聊生，我们怎能儿女情长，不顾民众的安危呢！"
石柱老百姓刚过上半年平静生活，明末起义军来夜袭石柱官兵。朝廷驻守石柱的将军李化龙听到起义军到来，连夜逃跑。为了拯救百姓，秦良玉夫妻兵分两路，前后夹攻，起义军仓皇逃跑。
击退起义军以后朝廷对"白杆军"引起重视，尽力收买。皇上给马千乘封官赐爵，将"白杆军"纳入朝廷军队，任朝廷调用。
不久张献忠、李自成兵围北京，京城告急。崇祯皇帝钦点"白杆军"进京解围。
秦良玉和马千乘点兵进京，她用自己发明的"连翔阵"杀得李自成的兵大败，为北京解了围。解围后崇祯皇帝亲自召见秦良玉。崇祯对秦良玉说："你功在朝廷，我封你个什么官好呢？"
秦良玉说："启奏皇上，封女子为官我朝前所未有。既然没有就不要封我的官吧！"
崇祯说："那好吧，就封你的丈夫为靖北侯。赐你为守乡夫人吧！封马千乘为守城大元帅，由你辅佐他好了！"
他们封侯出来，不少朝廷官员都来行贿、索贿。秦良玉对丈夫说："千乘，皇帝身边都是一些谄媚贪赃之徒，大明朝快完了。此地不能久留，我们回去吧！"
马千乘说："你不是说我们要大贵吗？现在我刚当上大官，你又要回去。我不回去！"
秦良玉说："你不回去，我回去。别怪我没提醒你呀！"
秦良玉回到石柱后，马千乘为开矿之事与内监争论起来。内监邱乘云在皇帝面前诬陷马千乘有谋反之心。崇祯将马千乘关入监狱。邱乘云又派人严刑拷打，将马千乘折磨致死。
马千乘死后，崇祯怕秦良玉起兵造反，立即给马千乘平反，并让秦良玉的儿子承袭爵位，让秦良玉承袭丈夫的大元帅职务，守护石柱城。
秦良玉带着媳妇张凤仪、女家将白氏，以及石柱的妇女，组成一支娘子军，日夜巡行在石柱城墙上，
不久，四川宣抚使奢崇明反叛朝廷，崇祯要求秦良玉带她的白杆军前往成都，平定奢崇明。奢崇明得知秦良玉奉皇命北上攻打他，十分畏惧白杆军的威名。他连夜派使臣用高官与重金收买秦良玉。秦良玉斩使臣示众，将贿金全部作为军饷犒赏三军。
秦良玉北上先进攻奢崇明在新都的大本营，接着又与四川布政司朱燮元的部队联合包围奢崇明的军队。奢崇明前后受敌，新都大本营丢失，只好匆忙逃到重庆与其驻守重庆的部属会合。成都解围以后，秦良玉又迅速挥兵南下，包围重庆，很快又收复重庆。奢崇明叛乱就此平定。
平定四川叛乱不久，努尔哈赤大举侵明。洪承畴的部队被辽兵杀得丢盔弃甲。崇祯又诏秦良玉北上支援。秦良玉北上帮助洪承畴打败清兵。回到北京后，崇祯亲自接见她，赐她一品顶戴，还专门为她写了一首诗说：
蜀锦征袍手织成，桃花马上请长缨。
世间不少奇女子，谁敢沙场万里行。
京城百姓为感谢秦良玉为北京解围，都出来欢迎秦良玉的白杆军。
秦良玉治军严谨，爱护百姓，北京人就把白杆军住的地方命名为"四川营"。至今北京仍有这一地名。
张献忠进攻江南，杨嗣昌想诱张献忠入川，保江南鱼米之乡，故意解除了秦良玉的兵权。
张献忠得知秦良玉失兵权，白杆军涣散无力，大举进攻四川。
四川告急，朝廷当时已处于难以自保的失控状态。秦良玉建议：四川守将邵捷春把溪洞两万人马给她指挥，阻止张献忠沿长江入川。
邵捷春怕违背杨嗣昌的命令，不还兵权给秦良玉。
张献忠的军队攻到涪陵时，邵捷春无力抵抗，丢下涪陵防线而逃，使张献忠长驱直入，顺利进入四川内地。
秦良玉的儿子马祥麟、媳妇张凤仪和马忠烈的女儿等一批白杆军将领，在进川的陆路口死守襄阳，阻止张献忠入川。但杨嗣昌一心牺牲四川保江南，不支援马祥麟。襄阳巡抚受张献忠的骗，不战而降，致使白杆军寡不敌众，马祥麟夫妻双双战死沙场。秦良玉接到儿子"誓与襄阳共存亡，望大人不要以儿为念"的遗书后，抹着热泪说："这才是我秦良玉的儿子和媳妇啊！"
秦良玉见大势已去，她又被剥夺了兵权，不能为国立功，只好退而自保。她写了一篇很长的讨张檄文贴在城门上，号召百姓团结起来保护和平生活。檄文说：
为传檄布告我父老军士，同心御侮事。自从听到张献忠侵犯巴蜀以来，石柱人心震动，有主张议降的，也有打算迁居的人。天呀！普天之下莫非王土，率土之滨莫非王臣。我高祖朱元璋皇帝身为平民，提三尺剑东征西讨，苦战多年打下了明朝基业，今皇上英明神武，几个小小毛贼张献忠之流，虽狡诈凶横，但难成气候，奈何广大父老不测虚实，听信谣传，长敌人之志气，灭我战士之威风。我一个弱女子，披甲挂胄二十年，上感朝廷知遇之恩，下谋将士拥戴，愿齐心合力与石柱共存亡，这是本使的职责。然而有人说，张贼善于用兵，攻无不克。这是长敌人的志气，灭自己的威风。张攻襄阳是他欺骗熊巡抚，使熊不战而降；澧州兵败是其统帅骄傲轻敌；若是本使就不会上当受骗。这不是我说大话，回顾播州一战，我击灭突厥部队八千余人，不超过九天就解了兰州之围。这些想必父老兄弟已是耳闻目睹，并非我胡言乱语。
眼下张贼的前锋已到荆关，距石柱仅三日路程，若众人如散沙一盘，进退不定，临危而惧，本使就难以指挥御敌。古人言，好谋乃成。这也是兵家之诀。本使国愤家仇，痛心交并，与贼势不两立。但也不可逞匹夫之勇，要学留侯的奇谋大略，置贼于死地。众将士若有破敌之良策，本使将乐于采纳。若主张与敌妥协，不顾百姓，则会使敌人日侵蜀土，乃至全蜀沦陷，贼军即可四处横行，防不胜防。唯一的办法是团结一致，共奋报国之心，同仇敌忾，共同抗敌。希望广大父老乡亲，不要私自迁移出城，不可临阵脱逃。要严守纪律，勿传谣、抢劫，勿骚乱浮动。遵此约者赏；违此约者斩。本使令出法随，虽亲不贷。檄至之日，其各咸知。
由于秦良玉组织百姓保城，张献忠不敢进攻石柱城。不仅石柱百姓避免受张献忠杀掠，周围不少逃到石柱避难的百姓也保住了性命。
李自成的部队攻进北京后，崇祯逃到故宫后的石景山上吊而死。努尔哈赤乘机进关，夺了朱家江山，建立了清朝。
清朝政府成立，秦良玉回家隐居，再不问政事。清顺治五年(1648)病死家中，享年七十五岁。秦良玉临死前对小儿子马万年说："过去贼兵不敢来犯石柱城，那是因为他们畏惧我。我死了以后，贼寇必会来犯。城东南万寿山险阻可守，我已经在山上储备了粮草与军备物资，有贼来犯，可带百姓上山固守。千万不可把粮草留给贼寇。"
两年以后，果然谭宏带兵攻打石柱。他在城内大肆烧杀抢劫。马万年遵母遗命，将全城百姓带到山上固守。由于地形险要，山上粮食军备丰富，敌军始终没能攻上山去，最后只好撤出石柱城。
（资料出自清何日愈《虞初广志》、吴芗庍《客窗闲语》、《香艳丛书》等。）
