王明的小册子在延安印了第三版后，毛泽东就从1940年下半年开始，亲自主持收集、编辑和研究中国共产党在六大以来的主要历史文献。他对编辑这部历史文献集十分认真，花了不少工夫。在这个过程中，毛泽东读到许多他过去在中央苏区时没有看到过的材料，使他对问题有了一个系统的了解和认识，更深刻地感受到教条主义对中国革命的严重危害。12月4日，中共中央召开政治局会议，毛泽东在这次会上第一次比较集中地谈到党的历史上的右倾和“左”倾错误，特别是十年内战后期打倒一切的“左”倾错误及其给中国革命造成的严重损失。会上，王明、博古、朱德、康生、张闻天、陈云等相继发言，有人不同意说苏维埃后期的错误是路线错误。这样，毛泽东在1940年12月25日为中共中央起草的关于时局与政策的指示中，说到土地革命战争后期的许多过左的政策时，没有用路线错误的提法。
不久，皖南事变发生。毛泽东痛心地指出：事件发生的根本原因是，“有同志没有把普遍真理的马列主义与中国革命的具体实际联系起来”，“没有了解中国革命的实际，没有了解经过十年反共的蒋介石”。为了引起全党重视，毛泽东要求把反对教条主义的问题提到党性的高度来认识。
为了改变党内理论脱离实际的状况，经过慎重考虑，毛泽东做了两件事。
第一件事是：1941年3月，毛泽东决定出版主要由他在1930～1933年期间所作农村调查汇集成的《农村调查》一书。毛泽东为这本书写了序和跋。他申明：“出版这个参考材料的主要目的，在于指出一个如何了解下层情况的方法，而不是要同志们去记那些具体材料及其结论。”他指出：“现在我们很多同志，还保存着一种粗枝大叶、不求甚解的作风，甚至全然不了解下情，却在那里担负指导工作，这是异常危险的现象。对于中国各个社会阶级的实际情况，没有真正具体的了解，真正好的领导是不会有的。”他又指出：“实际工作者须随时去了解变化着的情况，这是任何国家的共产党也不能依靠别人预备的。所以，一切实际工作者必须向下作调查。对于只懂得理论不懂得实际情况的人，这种调查工作尤为必要，否则他们就不能将理论和实际相联系。‘没有调查就没有发言权’这句话，虽然曾经被人讥为‘狭隘经验论’的，我却至今不悔，不但不悔，我仍然坚持没有调查是不可能有发言权的”。这些话的针对性是再明显也没有了。
第二件更重要的事是：5月19日，他在延安干部会议上作了《改造我们的学习》的报告。他在报告中指出，研究理论有两种互相对立的态度：一种是马克思列宁主义的态度，就是有目的地去研究马克思列宁主义的理论，为着解决中国革命的理论问题和策略问题而去向它找立场，找观点，找方法。另一种态度是主观主义的态度，就是抽象地无目的地去研究马克思列宁主义的理论。毛泽东说：“这种作风，拿了律己，则害了自己；拿了教人，则害了别人；拿了指导革命，则害了革命。”他突出地强调了“实事求是”的重要性，说明只有这种态度才是马克思列宁主义的态度，并对实事求是作了精辟的阐述：“‘实事’就是客观存在着的一切事物，‘是’就是客观事物的内部联系，即规律性，‘求’就是我们去研究。”
然而，毛泽东这篇观点鲜明措词尖锐的重要讲话在党的高级干部中竟没有引起多少反响，宣传部门也没有在报上报道，好像什么事情都没有发生。这使毛泽东进一步意识到问题的严重性。他决定先从统一高级干部的思想入手。
1941年9月10日至10月22日，中共中央召开政治局扩大会议（又称九月会议）。这是党在准备整风时期的一次极其重要的会议。会前，中共中央作了充分准备，并根据毛泽东的提议，中共中央先后发出王稼祥起草的《关于增强党性的决定》和毛泽东起草的《关于调查研究的决定》。中央还把毛泽东主持编辑的历史文献集《六大以来》发给大家，要大家认真阅读，结合实际进行比较和分析，看看哪些是对的，哪些是不对的。
这一系列措施，特别是对《六大以来》的阅读和研究，对开好九月会议起了决定性的作用。胡乔木回忆说：“当时没有人提出过四中全会后的中央存在着一条‘左’倾路线。现在把这些文件编出来，说那时中央一些领导人存在主观主义、教条主义就有了可靠的根据。有的人就哑口无言了。毛主席怎么同‘左’倾路线斗争，两种领导前后一对比，就清楚看到毛主席确实代表了正确路线，从而更加确定了他在党内的领导地位。”“编辑《六大以来》就是为了解决政治路线问题”，“《六大以来》成了党整风的基本武器”。毛泽东在1943年把采取这些措施后引起的变化说得很明白：“1941年5月，我作《改造我们的学习》的报告，毫无影响。6月后编了党书（指《六大以来》——引者注）。党书一出许多同志解除武装，故可能开九月会议。”
九月会议时断时续开了一个多月，集中讨论了5次。会议重点是检讨党在十年内战后期的领导路线问题。毛泽东在第一天的会上，作了反对主观主义和宗派主义的报告。会上，有28人次发了言，谈了在中央内部开展反对主观主义和宗派主义的斗争有着极大的意义。包括张闻天、博古在内的许多人以自我批评精神认真检讨了自己历史上所犯的错误。这次九月会议，特别是毛泽东在第一天所作的反对主观主义和宗派主义的报告，为以后全面开展的延安整风运动确定了基调，并且在党的领导层内取得了大体一致的认识。
只有王明在会上丝毫不作自我批评。他发了两次言，虽然表示同意毛泽东的发言，承认1932年至1935年的错误是路线错误，但却完全推卸责任，说自己对博古、张闻天在中央苏区的政策和作法是不同意的，强调博古是苏维埃运动后期错误最主要的负责者。
鉴于这种状况，毛泽东、王稼祥、任弼时一起多次找王明交谈，希望他能够转变态度认识错误。在10月7日的谈话中，王明不但避而不谈自己的问题，反而攻击中共中央自抗战以来的方针是太“左”了。他指责毛泽东的《新民主主义论》和《陕甘宁边区施政纲领》是只要民族资产阶级，不要大资产阶级，这是不好的。认为目前应当以国民党为主，我党跟从之。建议中共中央发表声明不实行新民主主义，同蒋介石设法妥协。最后表示决心同中央争论到底，到共产国际去打官司。第二天，王明在中央书记处工作会议上更系统地阐述他的观点。王明的观点受到会上许多人的批评。毛泽东严肃地指出：王明在武汉时期有许多错误，我们等待他许久，最近我和他谈过几次，但还没有谈通。他认为我们过去的方针是错误的，太“左”了。恰好相反，我们认为他的观点太右了，对大资产阶级让步太多了，只是让步是弄不好的。
因为王明在争论中提出了对目前时局的严重的原则性问题，毛泽东提议停止讨论苏维埃后期的错误问题，集中讨论抗战以来中央的政治路线。他希望王明把他的意见在政治局会议上加以说明。但王明却突然称病不肯出席政治局会议，使会议未能举行。以后，他就长期称病，拒绝参加中央的整风会议。
10月13日，毛泽东在中央书记处工作会议上宣布，因为王明生病，政治局会议停止讨论。关于王明在武汉时期工作中的错误，依照10月8日书记处工作会议提出的“在武汉时期政治上组织上都有原则的错误，但不是路线的错误”作为定论。
同1940年底政治局讨论党的历史的那次会议相比，1941年的九月会议大大跨进了一步，因为它使党的领导层对必须反对主观主义和宗派主义这个根本问题大体上取得了共识。毛泽东曾这样评价：“九月会议是关键，否则我是不敢到党校去报告整风的，我的《农村调查》等书也不能出版”，“整风也整不成”。
九月会议后，毛泽东集中力量领导高级干部的整风学习，他认为“犯思想病最顽固”的是高级干部，“将多数高级及中级干部的思想打通，又能保存党与军的骨干，那我们就算是胜利了。”根据九月会议的决定，成立了中央研究组（又称中央学习组），毛泽东任组长，王稼祥任副组长。延安及各地方也成立高级学习组，归中央学习组管理指导。毛泽东规定中央学习组的任务是：“一方面研究马克思主义思想方法论，一方面研究六大以来的决议。”
在毛泽东精心部署下，从1941年冬季开始，全国各地高级干部的整风学习普遍开展起来，为全党范围开展整风运动准备了条件。
经过几个月的学习，高级干部的思想发生了深刻变化，达到了基本一致的认识。这样，在全党普遍整风的条件就成熟了。整风学习在党的各级干部和党员中普遍进行，是从1942年2月毛泽东在中央党校开学典礼上作《整顿党的作风》的报告和在中央宣传部干部会议上作《反对党八股》的报告后开始的。在报告中，毛泽东全面论述了整风的任务、内容、办法和意义。
他明确地指出：“反对主观主义以整顿学风，反对宗派主义以整顿党风，反对党八股以整顿文风，这就是我们的任务。”他说：党内的主观主义有两种，一种是教条主义，一种是经验主义，“现在在我们党内还是教条主义更为危险”。这两种主观主义，都是理论与实际相脱离的。“马克思列宁主义理论和中国革命实际，怎样互相联系呢？拿一句通俗的话来讲，就是‘有的放矢’。”“马克思列宁主义之箭，必须用了去射中国革命之的。这个问题不讲明白，我们党的理论水平永远不会提高，中国革命也永远不会胜利。”关于宗派主义，毛泽东认为是主观主义在组织关系上的一种表现。他要求正确处理党内的各种相互关系，以达到队伍整齐、步调一致的目的；同时也要消灭党外关系上的宗派主义。关于党八股，毛泽东认为它是主观主义和宗派主义的宣传工具或表现形式。他说：“主观主义、宗派主义和党八股，这三种东西，都是反马克思主义的，都不是无产阶级所需要的”。“这些东西在我们党内，是小资产阶级思想的反映。”
关于整风的意义，毛泽东强调：“只要我们党的作风完全正派了，全国人民就会跟我们学。党外有这种不良风气的人，只要他们是善良的，就会跟我们学，改正他们的错误，这样就会影响全民族。只要我们共产党的队伍是整齐的，步调是一致的，兵是精兵，武器是好武器，那末，任何强大的敌人都是能被我们打倒的。”
关于整风的方针和方法，毛泽东提出八个大字“惩前毖后，治病救人”作为整风的宗旨。具体讲就是：“对以前的错误一定要揭发，不讲情面，要以科学的态度来分析批判过去的坏东西，以便使后来的工作慎重些，做得好些。”“但是我们揭发错误、批判缺点的目的，好像医生治病一样，完全是为了救人，而不是为了把人整死”。“惩前毖后，治病救人”这八个字成为党内对待犯错误的同志采取的正确方针。它的方法是开展批评和自我批评，作耐心细致的思想工作。
党内的普遍整风从延安开始，有1万多名干部参加。
当时，毛泽东的两篇报告发表后，在延安“好像巨石击水，引起强烈反响”，许多人开始从新的角度、新的高度来审视问题。但是，也有一些人，主要是抗战爆发后来到延安的知识分子和新党员还没有能够理解毛泽东发动这场运动的深刻意图和真正意义。“不少人受到自己经验的局限，误以为整风就是整领导。整什么领导呢？就是整那些直接面对他们的领导。那些高层领导中有什么东西要整，他们当时是看不清楚的。”这样，就把人们的注意力从当时最迫切需要解决的反对主观主义和宗派主义这个根本问题转移到一大堆枝枝节节的具体问题上去。这种倾向不扭转，就会改变整风运动的方向。那个时候，许多单位办起墙报。在墙报上一些人以讥讽谩骂的方式批评延安存在的某些具体现象，吸引了许多读者。一天晚上，毛泽东到中央研究院用马灯和火把照明看墙报，认为这样发展下去，整风学习是不能达到预定目的的。他说：“思想斗争有了目标了。”5月28日，毛泽东在中央学习组上谈到：整顿三风“就是一个无产阶级的思想同小资产阶级思想的斗争”。他说：这样大批的新党员没有这次思想的改造，将来党是搞不好的。毛泽东提出，全党干部和党员普遍整风的内容，一是学习中央规定的22个文件，一是结合学习检查自己的非无产阶级思想。在他的推动下，普遍整风在延安很快开展起来。
8月3日，中央书记处会议同意毛泽东的提议，决定将在延安的43名高级干部（8月8日的中央政治局会议又增为48人）编成9个小组，由中央同志直接领导，联系本部门的工作，学习和研究《联共党史》结束语六条和斯大林《论布尔什维克化十二条》。毛泽东编在第一组。根据毛泽东的意见，各地也先后召开高级干部座谈会，联系本地区的实际进行学习和检查。
1942年10月至1943年1月召开的中共中央西北局高干会是在毛泽东直接指导下进行的。在这次会上，毛泽东用两天时间，结合中国共产党的情况逐条讲解斯大林的《论布尔什维克化十二条》。毛泽东的讲话对边区党清算历史上的路线是非，纠正一些干部闹独立性的倾向，增强党的团结有重要意义。在闭幕会上，毛泽东总结道：“我们虽然是从历史中走过来的，但要从观念形态上恰当地反映历史是不容易的。经过这样多的磨折，这样多年，这次高干会才把历史搞清楚。”
接着，中共中央为了加强党的一元化领导，对组织机构进行了调整。
1943年3月20日，中央政治局通过《中共中央关于中央机构调整及精减的决定》。决定规定：在两次中央全会之间，中央政治局担负领导整个党的工作的责任，有权决定一切重大问题。政治局推选毛泽东为主席，凡重大的思想、政治、军事、政策和组织问题必须在政治局会议上讨论通过。书记处是根据政治局所决定的方针处理日常工作的办事机关，它在组织上服从政治局，但在政治局方针下有权处理和决定一切日常性质的问题。书记处由毛泽东、刘少奇、任弼时组成，毛泽东为主席。书记处会议所讨论的问题，主席有最后决定权。这里需要注意的是：毛泽东作为主席而具有“最后决定权”的是“书记处会议所讨论的问题”，而书记处是根据政治局所决定的方针处理日常工作的办事机关，一切重大问题必须由政治局会议讨论通过。有的研究工作者以为，这个《决定》给予了毛泽东在整个党的工作中一切重大问题上的“最后决定权”，这是由于过分粗心或以讹传讹而产生的误解。
这是一次重要的人事调整，经过一年多的整风学习，毛泽东的领导地位不仅在思想上而且在组织上也进一步得到巩固。
