腓特烈二世死后，意大利陷入了混乱，曼弗雷德失去一个又一个城市。不少地方选择置身于教会的保护之下，英诺森四世高喊着：“与天地同欢！”返回了意大利。
他否认腓特烈二世之后，任何一位霍亨斯陶芬王朝的后代成为德意志皇帝，并绝罚康拉德四世。教皇忿恨的说道：“将那个毒蛇般的家族赶尽杀绝，直到最后一个后代，使他们永远也休想重登王位。”
康拉德率军自日耳曼南下，再度征服了那些投身于教会的城市，并抵达意大利南部，准备接手父亲一生眷恋的土地。而这块土地，腓特烈二世在40年前第一次离开，北上争夺皇位的时候，就已经向教皇承诺为教会的封地。英诺森四世据此致信不列颠的亨利三世，许诺将南意大利置于英国的统治之下，条件是出兵将德意志人赶走。亨利三世动心于此，英格兰的军马战船也准备南下，但是英国贵族反对这一劳民伤财的远征，他们凭借《自由大宪章》所规定的权利，否决了国王的计划。
为此，亨利三世和敌对的贵族们居然为此爆发了长达七年的内战，当他最后获胜之时，也学会了如何去尊重贵族们的权利，而遥远的西西里已经不是那么重要了。
只做了四年皇帝的康拉德四世，看来太不习惯地中海的水土，于1254年病死，年仅26岁，死因同样是痢疾。康拉德的儿子康拉丁还在襁褓之中，年仅两岁，于是作为摄政王的曼弗雷德成为了罗马的下一个对手。是年底的一场战役中，教皇军队被击败，英诺森四世在绝望中死去。
新任教皇亚历山大四世决定采取各个击破的方式对抗霍亨斯陶芬王朝的几个继承者。在赦免罪恶的感召下，不少诸侯向教会捐献财物，没有财力的贫民只得凭一把力气为教会所驱使，一支十字军被组织起来，率先向伦巴第发起了进攻。腓特烈女婿罗曼诺在这里残暴的统治也已是千夫所指，很快就在战场上受伤被俘。
在狱中，这位往日的暴君拒绝医生和教士的人道关怀，也拒绝向神职人员忏悔，以获宽恕，最后绝食而死。曼弗雷德也受到了教会的绝罚，但这只是徒有形式而已，他盘踞在南意大利，期望可以再现父亲的辉煌。1258年，曼弗雷德决定篡位，他废除远在德国的侄子康拉丁，在巴勒莫宣布称王。
1261年，法国人乌尔班四世成为教皇，他的当选使罗马的政策开始向法国倾斜。当新的西西里王不断率军北上侵扰教皇国的领地时，乌尔班决定必须再度凭借外力，即法国的力量来铲除德意志人。法王路易九世虽然不想介入基督徒内部的纷争，但是他的弟弟——安茹的查理，却对此跃跃欲试，毕竟土地的吸引力是惊人的。
1264年，查理率领三万法国士兵进兵南意大利，从教廷手中接过王冠，成为这里的统治者。两年后，曼弗雷德与查理，德意志人和法兰西人的决战，在那不勒斯东北方向的贝内文托上演了。
结局是，满身豪情壮志的曼弗雷德战死沙场，作为霍亨斯陶芬王朝的私生子，他死的比任何嫡传都要光彩许多。
一年后，已经15岁的康拉丁决定收复爷爷的土地，南下意大利向查理挑战。他也遭到罗马教廷的绝罚，但是国仇家恨已经完全淹没了信仰上的归属感。年轻的康拉丁初战告捷，但是在1268年的一场战役中，德意志军队遭受重创，康拉丁在逃亡途中被查理捕获。
中世纪的欧洲有一项规矩，即不杀被俘的贵族，更何况是一个皇帝，但是法国人现在不想遵守这个规矩。这年的10月29日，在那不勒斯的街头，年仅16岁的康拉丁被斩首示众。当任教皇虽然没有批准这个死刑判决，但是也没有任何想要阻止的意思，看来谁也不希望看到又一个腓特烈二世长大成人。
康拉丁没有后代，四年之后，他的叔叔，长期被囚禁的腓特烈之子恩齐奥，也死于狱中。霍亨斯陶芬王朝整整三代精英在不到20年的时间里，在罗马教会、意大利爱国者和法国军队的围剿下相继死去，王朝至此终结。
自康拉德三世接过德意志的权杖开始，至康拉丁于意大利被公开处决为止，霍亨斯陶芬王朝130年的统治虽短暂，但波澜起伏。
巴巴罗萨的狂野为德意志人所铭记，但是他的贪婪也铸就了王朝的悲剧结局，连接波罗的海与地中海的大帝国之梦，被无情击碎。德意志与意大利，因这个王朝的延续而痛苦的纠缠在一起，而横亘其中的阿尔卑斯山却割裂着这种极不自然的整合。这些帝王们不知疲倦的南下北上，没有一次不与罗马教廷产生出曲折离奇的摩擦。霍亨斯陶芬王朝一度保护着教会，为罗马冲锋陷阵，甚至殒命沙场在所不惜。但在王权和帝国的诱惑下，他们又不断的与教会为敌，而成为教廷绝罚名单上的常客。
穷兵黩武的巴巴罗萨一度登上了欧洲的最高端，而文韬武略的腓特烈二世也曾经走在历史的最前沿，但这一切都已成过眼云烟。当这些个性鲜明的人相继淡出人们的视线，留下的是一个积贫积弱的德意志。从此，德国的分裂加剧，并可怕的持续了600多年。直到19世纪初，仍有不少德意志人在寻找着霍亨斯陶芬王朝的后裔，以期恢复日耳曼人的强大时代。
曾经的巨人轰然倒地，而另一个对手却日益强大起来，领导欧洲的接力棒，传递到了法国人的手中。这是公元843年查理曼帝国解体后，一个不经意的轮回。
法兰西替代德意志，世俗王权与罗马教会新一轮的合作与争端，继续上演。
就在腓特烈的子孙们在南意大利浴血奋战之际，十字军东征的绝唱也已经唱响。
