傅斯年在抗战后期，一再标榜自己的政治理想是民主加社会主义，延伸一下则是政治民主，经济平等，这两者是社会主义的基本内容。这是傅斯年对国民党政权呼吁进行政治改革的主要内容。但是，国民党政权不会接受傅斯年的这种改革思想。何兹全先生曾回忆当时情况说：“大约1941—1942年左右，皖南事变后，我预感到抗日战争之后，国共两党将有一场厮杀，那就是中华民族的悲剧。我给傅先生写信，提出民主统一的‘方案’，国民党实行民主，共产党接受统一。傅先生回信里有两句说：‘你说的很好，谁听你的?’现在回想起来，我心是善良的，但愚蠢不可及。傅先生的‘民主＋社会主义’，大约也已自知将成泡影了。”何兹全的回忆给我们提供了一个背景材料，傅斯年当时呼吁的政治经济改革实际是知其不可为而为之，他自知国民党政权难以接受他的主张，但他仍在不同场合，运用不同的方式奔走呼号，撰写文章，制造舆论，试图引起当政者的注意，逐步实行自己的主张。
总之，傅斯年在抗战期间要求政治、经济改革，政治实行民主化、法治化，经济平等，尤其是改革要顺从民意，满足人民的要求等思想具有进步性，是历代社会改革都应遵循的基本原则。
主持北大复员
（一）出任北京大学代理校长
1945年5月，国民党政府行政院改组，宋子文被任命为行政院院长，受命组阁，由于宋子文与蒋梦麟都是留美学生，关系比较密切，拉蒋梦麟做了行政院秘书长。按照有关规定，行政官员不能兼任大学校长，因此，1945年8月免去了蒋梦麟北京大学校长职务。国民党政府和蒋介石想让傅斯年出任北京大学校长，并让教育部长朱家骅劝告傅斯年就任。傅斯年没有答应，并于8月17日致书蒋介石，坚持不肯担任北京大学校长之职，理由是自己身体不好，难以膺此重任；再者，北大是自己的母校，论资历、威望不如胡适，所以推荐胡适担任。他在信中说：“日昨朱部长骝先先生，以尊命见示，谓蒋梦麟先生之北京大学校长出缺，即以斯年承乏。骝先先生勉之再三，云出于钧裁，强为其难。······惟斯年赋质愚憨，自知不能负荷世务，三十年来，读书述作之志，迄不可改。徒以国家艰难，未敢自逸，故时作谬论。今日月重光，正幸得遂初志，若忽然办事，必累钧座知人之明。兼以斯年患恶性血压高，于兹五年，危险逐年迫切，医生告诫，谓如再不听，必生事故。······抑有进者，北京大学之教授全体及一切有关之人，皆盼胡适之先生为校长，为日有年矣。适之先生经师人师，士林所宗，在国内既负盛名，在英美则声誉之隆，尤为前所未有。今如以为北京大学校长，不特校内仰感俯顺舆情之美；即全国教育界，亦必以为清时佳话而欢欣；在我盟邦，更感兴奋，将以为政府选贤任能者如此，乃中国政府走上新方向之证明；所谓一举而数得者也。”由于傅斯年陈述的理由充足，国民党政府答应了他的要求，决定任命胡适为北京大学校长。因为胡适在美国未归，在胡适归国以前，任命傅斯年为北京大学代理校长，并聘为西南联大常务委员。
1945年10月中旬，傅斯年到昆明就任西南联大常务委员职务，又回到教育界。可是当时到西南联大任职，正可谓受命于危难之时，奉命于动乱之际，所面临的内外形势都相当艰难。其主要表现在以下几个方面：
其一，国内局势混乱。1945年8月，日军投降，国民党政府到各地接受日军占领区，许多接收大员在接收中贪赃枉法，大饱私囊，把大批物资据为己有，并且对民族资本也进行没收，致使敌占区人民怨声载道，造成了全国的政治经济混乱，接收变成劫收。国民党政府在接收的同时，却命令共产党领导的八路军、新四军原地驻防不动，遭到八路军和新四军的抵制和反对，国共领导的军队开始在各地摩擦。两党虽进行了和平谈判，签订了所谓的《双十协定》，但是国民党政府并没有诚意，积极调兵遣将，准备消灭共产党，内战已有不可避免之势，傅斯年了解国民党上层内幕，深知国家将再度陷入混乱。
其二，抗战结束，原来迁往内地的各大学校将迁回原地，傅斯年面临的最迫切的任务是将西南联大分开，将北京大学迁回北平。怎样将北京大学脱离联大，脱离后北京大学的师生员工数千人，再加上仪器设备，要从昆明运回北平，两地相距数千里，在当时情况下将北大迁回谈何容易。
其三，由于抗战结束，西南联大师生人心思归，已显不稳之势。他们为顺利迁返北平，极力主张医治战争创伤，和平建国，安定社会，反对内战，而云南地方当局忠实执行国民党的内战政策，因此，西南联大学生与云南地方当局的矛盾正开始逐步激化。如何处理师生的不满情绪和学校内部的不稳定因素，是傅斯年面临的一个难题。
其四，北平沦陷八年，各方面遭到日寇的严重破坏。更为严重的是，日寇占领北平，纠集部分汉奸文人和未来得及南撤的北大个别教师，在北大旧址上重建了所谓北京大学，对中国学生进行奴化教育，傅斯年等北大师生不承认，称之伪北大。如何收回北京大学旧址，尤其是如何处置伪北大的数千名师生，也将是一个十分棘手的问题。
傅斯年在此时出任北京大学代理校长，必须要解决这一系列难题。1945年11月，他飞赴北平，为北大复原进行筹备，并对伪北大学生进行安置，正当他在北平克服一系列难题，想把北大从联大中分出并迁往北平时，西南联大发生了震惊中外的“一二·一”惨案，傅斯年只得放弃一切，奔赴昆明，处理因惨案而引发的学生运动。
（二）处理“一二·一”事件
抗战胜利后，国共两党进行了重庆谈判。但是国民党并无和谈的诚意，只是借和谈应付舆论，争取时间调兵遣将，然后以武力将中国共产党及其武装消灭掉，重新对全国实行专制统治，重庆谈判期间人们便感到战云密布。刚从抗战苦海中爬出来的民众又要一下子被推进内战的深渊。所以全国范围内反内战的情绪十分高涨。11月19日，重庆各界反对内战联合会成立。昆明学生积极酝酿以实际行动响应。
1945年11月15日，西南联大、云南大学、中法大学和英语专科学校四校学生自治会发起，在云南大学致公堂举行反内战时事演讲会，结果遭到云南省地方当局的禁止。于是，四校自治会决定改在西南联大图书馆前的民主草坪上举行，邀请了钱端生、伍启元、费孝通、潘大逵、杨西孟等五位教授发表演说，到会各大中学师生及社会人士六千多人。时事讲演会的主要内容为迅速制止内战，成立联合国民政府，进行和平建国。但是这次演讲会遭到地方当局派遣特务与军队的骚扰破坏，国民党昆明防守司令部派第五军邱清泉部包围会场，向会场上空鸣枪威胁，切断会场电线，百余名特务冲进会场捣乱，他们冒充“老百姓”强行登台讲话，制造现场混乱，妄图通过这些手段破坏大会。但大会顶住了这些破坏坚持进行。最后大会在《我们反对这个》的反内战歌声中通过四大学学生团体建议，即：发表反对内战宣言；呼吁美国人民和政府，反对美军参加中国内战的提案。本来这只是一个一般性的集会，爱国的学生因不满国民党政府的内战政策，企图通过以和平、合法的上书方式表达学生们的反内战呼声，争取国内和平的爱国行动，决无危害政府之意。只是云南地方政府草木皆兵，处置失当，使局势一步步走到不可收拾的地步。
大会结束后，外面国民党军队依然如临大敌，实行戒严，封锁路口不准行人通行。学生的爱国热情换来的却是冰冷的警棍，这极大地刺伤了学生的自尊心。一时间群情激愤，学生纷纷连夜签名罢课。仅联大校本部拥护罢课者就达700多人。第二天早晨昆明国民党中央通讯社又发表了一篇题为《西郊匪警，黑夜枪声》的颠倒黑白的报道：
［中央社讯］本市西门外白泥坡附近，昨晚7时许，发生匪警，当地驻军据报后，即赶往捉捕，匪徒竟一面鸣枪，一面向黑暗中逃窜而散。
学生们看到这条消息，愤怒的情绪顿时像火山一样爆发出来。“西门外”正是昨晚开会的西南联大，“7时许”正是昨晚开会的时间，学生在校园内举行正当的集会，竟被诬蔑为“匪警”，几千名学生被诬蔑为“匪徒”。学生们忍无可忍了，为抗议国民党反动派的暴行和中央社的造谣诬蔑，联大学生率先罢课，云南大学、中法大学、昆华工校、昆华农校等十八所大中学校学生，也相继罢课。到29日，罢课学校达34所。昆明学联组成了昆明市大中学校罢课联合委员会（“罢联”），选举联大、云大、中法大学、昆华女中、云大附中五校代表为罢联常委，发出《昆明市大中学生为反对内战及抗议武装干涉集会告全国同胞书》（即“罢课宣言”），鲜明地表达了昆明学生的政治主张和要求：立即停止内战；美国政府立即撤退驻华美军；组织民主的联合政府；切实保障人民的言论、集会、结社、游行、人身自由；抗议武装干涉集会的暴行，追究射击联大事件的责任，要求中央社改正诬蔑联大的谣言，并公开道歉。
色厉内荏的地方政府本以为恐吓一下便能使学生们服服帖帖，没想到事与愿违，乱子越闹越大。27日，李宗黄、关麟征召集昆明市大中学校校长开会，责令各校交出“思想有问题”的学生名单，限于28日无条件复课。反动当局还组织了“反罢课委员会”，破坏学生民主运动。时势发展证明，地方当局实施的这一切都是徒劳的，学生们的爱国热情早已化成漫天的怒火，炽热的蔓延开了。骑虎难下的地方当局恼羞成怒，使出他们惯用的手段，对手无寸铁的学生准备武装镇压。云南代省长李宗黄等人发布命令，采取“以组织对组织，以宣传对宣传，以行动对行动”的手段，准备镇压学潮。
12月1日上午8时，李宗黄向集中在国民党云南省党部的党徒训话，要他们效忠党国，“以流血对流血”。这伙党徒随即和军官总队、三青团省团部的暴徒会合，分头冲进西南联大、云南大学进行武装捣乱，和学生发生冲突。上午10点，他们闯进云大校门，撕掉壁报和标语，打烂岗警棚和桌椅，打伤学生多人。佩带“军官总队”符号的军人百余人闯进联大校内，以木棒石块殴打学生与校警。学生们奋起反抗，这批人随即用手枪及手榴弹等武器打死联大学生李鲁连、潘琰(女)和昆华工校学生荀继中、南青中学教师于再4人，重伤25人，轻伤者30余人，联大教授也有多人遭到殴辱。这就是震惊中外的昆明“一二·一”惨案。
“一二·一”惨案当天，云南大学的教职员工就发表了《敬告各界书》，12月2日，中国民主同盟云南省支部发言人发表了对“一二·一”惨案的抗议。表达了对国民党当局暴行的愤慨和对学生运动的同情和支持，要求严惩凶手，保障人民权利。同天，西南联大教授举行会议，全体教授决议向国民党军政当局提出严重抗议，宣布罢教，要求惩凶。昆明3万多师生立即掀起更大规模的反内战、争民主运动。在继续坚持罢课的同时，每天出动100多个宣传队到街头、工厂和郊区农村宣传。从12月2日起，昆明为四烈士举行公祭。全国各地学生纷纷举行集会游行，声援昆明学生的正义斗争。一时间，昆明局势异常紧张。
当时西南联大尚未解体，校务工作由傅斯年、张伯苓、梅贻琦三人组成的常务委员会主持。惨案发生时，三人都不在昆明。蒋介石为了尽快平息学潮，不得不将关麟征“停职议处”，请云南省新任主席卢汉出面处理此事，并电令联大常委、北大代理校长傅斯年去西南联大主持工作，协助地方当局解决由“一二·一”惨案引起的学生总罢课.。
12月4日，傅斯年乘飞机到达昆明，一下飞机便急着接见学生代表，详细了解学生的死伤情况。听了学生们的报告后，傅斯年气愤填膺，当即表示：关麟征杀死了我的学生，直如杀死了我自己的儿女……我一定要同他算账！他一方面怒斥地方当局的暴行，一方面频繁的与有关负责人接触，商讨积极的解决办法。
12月9日，云南省新任主席卢汉与四个学校的学生代表谈判，傅斯年参加了这个谈判。学生对《中央日报》歪曲事实把“一二·一”惨案说成是当地军警为追捕、镇压土匪而采取的军事行动一事，要求向学生公开道歉。卢汉态度暧昧，未给予正面答复。傅斯年建议用澄清事实的方式进行驳斥。于是，由梅贻琦和熊庆来校长举行记者招待会，报告了学生的具体活动和地方当局镇压的真相，《中央日报》等报纸照登，变相地澄清了原先《中央日报》的污蔑之词，暂时安抚了学生的情绪。
然而对此次惨案，当局始终没有给师生一个明确、公正的答复，事件进一步升级，学生运动继续发展。双方剑拔弩张，激烈冲突，大有一触即发之势。地方当局一方面向校方施加压力，限令学生立即复课，一方面策划更大规模的镇压。蒋介石在《告昆明教育界书》中既劝说又恐吓地说：“目前一切问题必须以恢复课业为前提，以正常手续为解决，否则政府纵如何爱护青年，亦不能放弃教育安定秩序之职责。”卢汉也对学生发出最后通牒，限令学生停止一切校外活动，于17日复课，如不遵守，“决遵钧示为最后之处置，刻已准备待命。”
在这种局势下，傅斯年为避免不必要的损失，更多的流血事件发生，积极动员学生复课。15日，梅贻琦与常委会全体召集学生代表在办事处谈话，正式宣布了校方的决定。梅并且说明了学校规定17日全体复课的理由，和届时不复课可能招致的严重后果。接着傅斯年等依次发言，强调学生不仅应顾及到为死难学生伸冤，而且也应为学校前途着想的道理。然而，学生自治会召开代表大会讨论后，仍表示拒绝。果然，17日上午梅贻琦与傅斯年巡视学校时发现，教师们均已到校各就各位，而学生还是没有上课的。17日下午三时校方召集诸教授茶话，梅贻琦报告了近几日调处交涉的经过，明确提出，他和傅斯年对学潮事均已感觉无能为力，解决无望，打算引退让贤。随即教授们开会，一致挽留，并决定次日上午由各系主任联合召集学生代表进行劝告，下午再分由各系教授向本系学生进行劝告。如仍不能有结果，则实行“总辞职”，以此向学生施压。
