蒙文通发挥师说并加以一定的修正和改变。廖平以鲁学为今文经学，以燕赵学为古文经学，齐学杂有今、古文经学。廖平这一以地域分今、古文经学的思想虽有一定的道理，但也不尽然。他以齐鲁之地的鲁学、齐学为今文经学，还是比较符合事实的。但以燕赵为古文经学之地，却少有根据。如燕人韩婴传《韩诗》，广川（今河北枣强）人董仲舒治《公羊春秋》，皆为今文经学。蒙文通将其师说“详究论之”， 而将“燕、赵为古学”，改为“赵魏三晋为古学”。这一改动虽与廖说有异，但却体现了蒙文通所主张的超越秦汉之后的今、古文学，直求晚周儒学之旨的思想。蒙文通倡鲁、齐、晋之学，以地域分今、古的思想，其重要目的还在于“由明经进而明道”，通过探明地域流传的儒学流派，来分辨孰为孔孟正宗、孔学嫡传，推本邹、鲁正学之宗以明道，修正齐、晋派及受其影响的汉人之今、古文经学“离失道本”的偏差。他说：“孟子是邹鲁的嫡派，他说的礼制都是和鲁学相发明的，《孟子》和《穀梁传》这两部书，真要算是鲁学的根本了。……孟子以后还有两个大儒，便是荀子、董子。荀子是三晋派的学问大家，董子又是齐派的大家，他们是齐、晋派里面讲孔学的特出者，但是于道之大源不免见得不很明白，便也是齐、晋两派不及邹鲁嫡派的地方。汉人的今文学是齐派占势力，古文学是晋派占势力，孔学的真义自然是表现不出来的了。也和《左传》、《公羊》杂取霸制，不及《穀梁》独得王道的一样。今文派是主《公羊》，古文派是主《左传》，这那里还见得出什么王道来！”在弄清今、古文学的地域思想文化传承的基础上，超越今、古文学，复归孔学正宗，以明经学之道，这即是蒙文通当年倡鲁、齐、晋之学，以地域分今、古思想的重要目的。
2.破弃今、古家法，上追晚周儒学之旨
蒙文通经学的第二变是破弃今、古家法而宗周秦儒学之旨。他提出破弃今、古家法，通过剖析今、古文经学家所依据的典籍，上追晚周儒学之旨，这是蒙文通超越两汉，向先秦讲论思想的体现。
在经学史上，西汉末以前，并无所谓今、古文之争的问题。到了西汉末，刘歆才提出“古文”一词。与“今文”相对应，于是有了今古文经学之争。西汉学者治经，以今文为主，即使东汉初所立的十四博士，也属今文。而古文经学所依据之古文经书在西汉时，相传藏于秘府，少有人知(亦说阴行于民间)，其后刘向、刘歆父子领校秘书，才得以传出，依据这些古文典籍，才形成古文经学。今、古文学在传授儒家典籍的过程中，各有其家法 ，相互之间自有不同。蒙文通认为，不能以今、古文家法来明周秦之学，先秦典籍之旨也非两汉经师之家法所能概括，因而他主张破弃两汉经师的今、古文家法，将汉代经学与周秦儒学划分开，以周秦为宗，上追晚周儒学之旨。这也是对廖平“弃两汉，宗周秦”思想的发挥。蒙文通破弃今、古家法，通过剖析今、古文经学家所依据的典籍，上追晚周儒学之旨，是他超越两汉，向先秦讲论思想的体现。
3.汉代经学乃融会百家，综其旨要的新儒学
蒙文通经学思想的第三变是在倡鲁、齐、晋之学，以地域分今、古和破弃今、古家法而宗周秦儒学之旨之后，又于1944年在其所作的《儒学五论》中提出汉代经学，尤其是“先汉经说”乃融会百家之学，出入“六经”，综其旨要于儒家而创立的新儒学。认为宗儒（家）之学取代宗道（家）之学是汉代学术发展的趋势，汉代新儒学不仅超越诸子学，于百家之学、“六艺”之文，弃驳而集其醇，从而集其大成，而且其学有优于孟、荀之处，发展了先秦儒学，给汉代新儒学以较高评价；并认为今文经学是东汉以下思想的根本，“先汉经说”不仅是子史之中心，而且亦是中国文化之中心，充分肯定西汉今文经学的历史地位。蒙文通思想的第三变已与其早期超越两汉，向先秦讲论的思想有不同。体现了随时间推移他本人思想所发生的变化。
蒙文通认为在各种文化交流融通，相互取长补短的时代背景下，汉代经学得以产生和发展起来，是“汇各家之学，而综其旨要于儒家”的产物。其时，西汉初黄老之学盛行，文、景帝及窦太后皆好黄老之言，尊其术，不任儒者。至后来，宗儒者亦综诸子而备其制度，益加切于日月。使得宗儒家的经术继宗道家的黄老之学后而渐次兴盛，以至取代汉初黄老之学的地位而成为社会意识形态的指导思想，于是表彰“六经”，罢黜百家，而独尊儒术。蒙文通认为，董仲舒的学说被汉武帝所采纳，不是偶然的。并指出，儒家“六艺”之文在其流传的过程中，存在着篇章盈缺、文句异同的现象，未必是经典的原貌，有可能出自后学所定。所以经书与传记可相依互补，西汉时儒家学者对于诸子百家之学和儒家“六经”之文，均作了研究整理，弃驳集醇，去短取长，把儒家学说加以发展，使之更为精妙，不仅超出诸子学，成为汉代的新儒学，而且其思想更有优于孟、荀等先秦儒学代表人物之处，这岂是先秦诸子百家之学所能比拟的。直把“先汉经说”，即西汉今文经学，说成是对诸子百家之学的总结，是融会了百家之学，而综其旨要于儒家而创立的新儒学，体现了殊途而同归的学术发展趋向。蒙文通强调，这正是他立论之所在。由此他反对所谓先秦学术卓越，而到了汉代则暗淡无辉的说法。他认为，汉代经术乃学术之根底，而诸子百家之学则为其枝叶，西汉今文学虽导源于先秦诸子之学，然又出入百氏，反求诸“六经”而得之，集先秦思想之大成。蒙文通指出，汉代经学与先秦诸子学各有其学术特点，汉代经学为约，先秦诸子学为博，如果不以今文经学的旨要去探究先秦诸子学的归宿，那么诸子学就会散漫无所统宗；反之，如果不以诸子学的广博去反观汉儒的立意宏大，则今文之说就会枯竭贫乏。所以蒙文通主张经术与诸子交相互发，以经为纲，为本；以子为末，为枝叶。强调西汉经术导源于诸子，出入于百氏，反求诸“六经”而后得之，是对先秦以往思想的总结发展而集其大成。并盛赞西汉今文经学，认为西汉今文经学为汉以后的中国思想文化立其根本，儒学“六经”之道立，定百世楷模，直为后世所效法。不仅如此，蒙文通还推崇西汉今文经学，把它视为子史之中心，乃至整个中国文化之中心。他说：“既以先汉经说为子史之中心，亦即中国文化之中心。”对西汉今文经学在中国文化史上的重要地位，给予了充分肯定和很高的评价。
4.今文经学乃变质了的儒学
蒙文通经学继第三变后于晚年作《孔子和今文学》，发表于1961年，此时他的经学思想又发生了一些变化。虽说《孔子和今文学》是对他本人《儒家政治思想之发展》的丰富和进一步展开，然亦有所变化和不同。即对西汉今文经学提出批评和评论，尤其对董仲舒的批判更为激烈，认为董仲舒之今文经学乃变质之儒学。这与其以往思想中较温和的批评已有不同。蒙文通本人指出：“《孔子和今文学》，也可说是我的经学研究告一段落，比之《经学抉原》是有改变。”这不仅与他成于1928年的《经学抉原》，倡鲁、齐、晋之学，以地域分今、古的思想有改变，而且与他作于1944年的《儒学五论》中提出的汉代经学，尤其是“先汉经说”乃融会百家之学，出入“六经”，综其旨要于儒家而创立的新儒学的观点有异。反映了他经学研究晚期的观点。
