庄周所著的书，现在只有一本《庄子》传世。这部书由内篇、外篇、杂篇三个部分组成。内篇共七篇，外篇共十五篇，杂篇共十一篇。《庄子》一书分为内、外、杂三大部分，可能不是出于庄周。因为在战国时期著书，没有分内、外、杂这种习惯，这种区分，往往是出自后人整理古书时，根据书中不同的内容或真伪而区别出来的。例如将《孟子》七篇认为是孟轲及其学生万章等的著作，称之为内书，将后人伪造的《孟子》的篇章则称之为外书。《庄子》一书分为内、外、杂三个部分，可能是出自汉代刘向编校《庄子》时所定，因为在刘向以前的司马迁所见到的版本，并没有这种内、外、杂的区分。
最早提到《庄子》一书，并给它评价的人，是西汉时期的司马迁。但司马迁当时所见到的版本，显然和现在的内篇在前、外篇居中、杂篇在后的结构不一样。司马迁只说庄周“著书十余万言”，提到了这部书中现属于杂篇的《渔父》、《盗跖》和属于外篇的《胠箧》这三篇文章。而且是把外篇的《胠箧》放在杂篇的《渔父》、《盗跖》之后。按现在的编排顺序，不仅应是外篇在前，杂篇在后，而且在杂篇中应是《盗跖》篇在前，《渔父》篇在后，如果司马迁是按他所读的《庄子》前后顺序所举的例证，那么司马迁所读的本子，则与我们现在所流传的版本顺序不相同。
在《汉书·艺文志·诸子略》中，明确地记载着：《庄子》一书是“五十二篇”，由宋人庄周所作。可见汉代的《庄子》是“五十二篇”，到了魏晋时期，玄学之风盛行，为《庄子》作注释的人便有好多家。根据唐代陆德明在《经典释文序录》中说：当时注释的《庄子》版本，有崔注的《庄子》十卷，共二十七篇。其中内篇七篇，外篇二十篇。向秀注的《庄子》共二十六篇，（一作二十七篇，一作二十八篇）其中无杂篇，音三卷。司马彪注的《庄子》是二十一卷五十二篇，其中内篇七篇，外篇二十八篇，杂篇十四篇，解说三篇，音三卷。司马彪新注的这部《庄子》，是根据《汉书·艺文志》所载的“《庄子》五十二篇”为底本进行注释的。除司马彪外，当时孟氏所注的《庄子》十八卷，也是五十二篇，是用汉代五十二篇本为底本。但陆德明认为司马彪、孟氏二人所注释的五十二篇版本，“言多诡诞，或似山海经，或类占梦书，故注者以意去取”，有失此书的学术价值。
除上述这些《庄子》注释本外，还有李颐的《庄子集解》三十卷，共三十篇；郭象的《庄子注》三十三卷，共三十三篇，其中内篇七篇，外篇十五篇，杂篇十一篇，音三卷。陆德明认为在这些《庄子》注释本中，各家的内篇均相同。他们之间的差别是有的版本有外篇而无杂篇。但从这些注释本的质量来看，则只有郭象所注的三十三篇本，能“特会庄生之旨，故为世所贵”，造成了在唐代便“以郭为主”，其他版本便逐渐失传的这种情况。
根据这些史料来看，《庄子》一书在先秦和西汉初期，可能仅仅是一本庄子学派的论文集，这样才会造成司马迁在提到《庄子》时，既不谈它的内、外、杂三个部分的区分，又不举此书的内篇，而把外、杂篇中的篇章颠倒，与现在流传的顺序不同而加以举例这种情况。《庄子》一书区分为内、外、杂三个部分应是刘向编校《庄子》时所定，所以才出现了晋代所有各家的《庄子》注本、“内篇众家并同”（《经典释文序录》）的这种结果。如果没有刘向所编的这个统一的分内、外、杂的版本，是难以在魏晋时期，造成各家所注的内篇篇章全部相同这个情况。至于刘向为什么要将《庄子》一书分为内、外、杂三个部分，可惜司马彪、孟氏根据他这个本子为底本所作的《庄子注》已经失传，不然我们还能根据司马、孟两家的注释本而探求其原意。但从魏晋到隋唐认为内篇是庄周所作或集中反映了庄周的思想，已成为公认的事实。
关于《庄子》一书的真伪问题，自郭象所注的三十三卷出版以来，从晋至唐，较多的人，都认为郭象这个注释本能反映庄周的思想，是庄周的著作，对它信而不疑。到了宋代的苏轼，认为庄周对孔子的态度是“阳挤而阴助之”。（《东坡全集·庄子祠堂记》）但《庄子》一书杂篇中的《盗跖》、《渔父》两章则是真诋毁孔子，应不合庄周本意，而《让王》、《说剑》两章又“浅陋不入于道”，（同上）所以认为这四篇“皆出于世俗，非庄子本意。（同上）同意他这种看法，更以这四篇文章“其文不类庄子所作”，（林希逸：《庄子公义》）而且在用词汇和史料上，用了不是战国的材料，如《盗跖》篇中，用了“今谓宰相曰”一词，在战国时，未有“宰相”这个称号等理由，判定这四篇为“后人私撰”，（同上）并非庄周所作的，除林希逸外，还有宋濓、沈一贯等人。
在苏轼怀疑《渔父》、《盗跖》等四篇的基础，宋代黄震又以“庄子生于战国，六经之名始于汉，而庄子之书称六经，主张《庄子》这书，亦未必尽出于庄子”。（《黄氏日抄》）明代的郑瑗除同意《渔父》、《盗跖》等杂篇中的文章不是庄周所作的，更认为：《马蹄》、《胠箧》等外篇的文义、文字，也与《逍遥游》、《大宗师》等内篇的文义不相称，断定“内七篇是庄氏本书，其外、杂篇二十六篇，或是其徒所述，因以附之”（《井观琐言》）所造成的，认为《庄子》一书除内篇外，外篇、杂篇全是庄周的学生或庄派学者的作品而附加在《庄子》一书中的。
自郑瑗以后，同意郑瑗这个看法，并对这个看法做了材料上的补充的，有明代的焦竑、清代的王夫之、近现代的梁启超等人。焦竑说：“内篇非庄生不能作，外篇、杂篇，则后人窜入者多。”“之哙让国在孟子时，而《庄》文曰‘昔者’；陈恒弑其君，孔子请讨，在春秋末年，而《胠箧》曰：‘陈成子弑其君，子孙享国十二世’”。即此推之，则秦末汉初之言也。而庄周在战国中期，不能说十二世。岂其年逾四百岁乎？曾史、盗跖与孔子同时，杨、墨在孔后、孟前，《庄子》内篇三卷未尝谈及五人，则外、杂篇多出后人可知。又封侯、宰相等语，秦以前无之。且避汉文帝讳，改田恒为田常，其为伪托尤明。（《焦氏笔乘》）焦竑在以从史料和词汇的运用上，比较系统地指出了外篇、杂篇不是庄周所作的证据，而断定外篇、杂篇中，窜入了后人的许多事例。如避汉文帝讳“改田恒为田常”的做法，应是西汉初年才窜入的。
王夫之则认为：“外篇非庄子之书，盖为《庄子》之学者，欲引而申之，而见之弗逮，求肖不能也。以内篇参观之，则灼然辨矣。内篇虽参差旁引，而意皆连属；外篇则踳驳而不续。内篇虽洋溢无方，而指归则约；外篇则言穷意尽，传为繁说而神理不挚；内篇虽极意形容，而自说自扫，无所粘滞；外篇则固执粗说，能死而不能活；内篇虽轻尧舜、抑孔子，而格外相求，不党邪以丑正；外篇则忿戾诅诽，徒为轻浮以快其喙鸣；内篇虽与老子相近，则别为一宗，以脱卸其骄激权诈之失；外篇则但为《老子》作训诂，而不能操化理于原微，故其可与内篇相发明者十之二三，而浅传虚嚣之说杂出而厌观，盖非出自一人之手，乃学《庄》者，杂以成书。杂云者，博引而泛记之谓。故自《庚桑楚》、《寓言》、《天下》而外，每段自言其义，而百不相若，非属着内篇之首尾一致，虽重向广喻，而脉络相因也。”（《庄子解》）王夫之主要从外篇、杂篇与内篇相比较，文理上杂乱、重复，缺乏一个系统的中心内容，含义不深刻，对待尧舜、孔子、老子等人物的态度不同，判断外篇、杂篇不是庄周所作，而是学《庄子》者，想引申庄周的思想而又达不到庄周的水平，学得不像的一批作品，它不是一个人所作，而是“‘学庄者’杂辑以成”的书。
梁启超认为：“《庄子》一书，内篇是庄周所作，外篇乃后人注释庄周之书，抄书的抄了内篇，又把注解一并抄下，统名之为《庄子》。但是内篇、外篇内容文体不相同，一见可以一目了然。绝不能认为出自一人之手。如认内篇为正文，则外篇、杂篇必为注解。”（《古书真伪及其年代》）
