“可恶！！啊！！你们给我去死。”一座小镇里，传出几声惊恐的叫声，使得附近那些家养的小精灵，被吓的到处躲藏。“小智！你怎么了？”一名穿着睡衣的成熟女人紧张地对二楼的一个房间喊道，因为房间被反锁了，进不去，她只能在外面喊道。“没事，妈我只不过做了一个可怕的噩梦而已。”“哦，那你睡吧，有事来找妈。”那名成熟的女人回到了自己的房间里。
小智躺在床上，眼睛阴沉的看着天花板，表现出来的眼神一点都不像八岁小孩的样子。没错，小智是个穿越者，他原来叫做萧玉龙，本是一个顶级的杀手，他在进行一个任务的时候，他的组织却把他的消息泄漏出去，引来各个国家精英部队包围，使得他被杀死。不过，他一死杀手组织与各国精英部队都变成他的陪葬品。
在制****厂的废墟上，一道金光携带着萧玉龙的灵魂破开了空间，钻进了虚空。
当萧玉龙再次恢复知觉的时候，他已经成为了一个八月大的胚胎了，并且大部分器官已经长好了，在花子的肚子里开始新生活了，但是当他听到外面的声音时并确定这是神奇宝贝的世界时，他被震惊了一把，他没想到二次元世界是真的存在的。
神奇宝贝又称宠物小精灵，这里是个神奇的世界，除了人类和动物之外，还有一种神奇的魔兽，这些魔兽拥有各个属性的力量，有的只有一种属性，有的有两种，甚至是三种。这些属性分别是一般、火、水、草、电、冰、虫、飞行、地面、岩石、钢铁、剧毒、妖精、龙、恶、幽灵、超能力、格斗。
在近百年过后，一个名叫训练家的职业出现了，他们用一种名叫神奇宝贝球的球捕捉各个神奇宝贝，用来培养，使它们变得更加强大，但是在时间又过了百年之后，训练家之中又出现了一个以饲养神奇宝贝的职业出现了，它的名字叫做神奇宝贝饲养家。
但是萧玉龙知道，他在怎么知道原著剧情，也不能再自傲，因为世上变化万多，有可能因为自己的到来使得原著改变，并且他已经很少看动漫了，记忆也忘的差不多了，只有碰到一些剧场版的剧情才有可能回忆起一些。
在萧玉龙出生的时候被花子起了一个叫做大木叶智的名字，而同时一个叫做大木茂的男孩也出生。
萧玉龙虽然有成年人的思想，但是他还小控制不住吃喝拉撒，但是在花子的精心照顾下，也成长了起来，也在四岁的时候知道了自己的身世与身份。
花子原是大木家族一个长老的女儿，一次小智的父亲也是大木博士的儿子见到了花子，他立马喜欢上了花子，展开了激烈的追求。终于，花子被小智的父亲大木志轩（假造的）给打动了。更是在他们的父母同意下结了婚。可是，木村志轩在花子怀孕期间被联盟派出去进行了消灭火箭队一个分部之时，被火箭队的高层干部给干掉了，当大木博士得知这个事情之后，更发动了家族的力量，全力放覆灭火箭队，使得火箭队受到了严重影响。
