嘉靖皇帝死后，海瑞被放了出来，从此一路升官，隆庆元年就做到了大理寺右丞，这些都赖于徐阶的提携。当时正值徐阶与高拱斗法，海瑞又开始炮轰高拱。事实表明，高拱正需要海瑞这样的人来对付，海瑞在奏书中说，“徐阶为首辅天下开始出现治世的景象，徐阶不招权、不纳贿，而高拱性格狡猾而且凶，高拱的才具不足以担任内阁大学士，而且高拱指使爪牙将是说成非，非说成是，臣以为应该立刻罢黜高拱。”
海瑞的上书直接将高拱搞的没有脾气，打了高拱一个响噎。隆庆三年，在高拱回朝的前夕，海瑞升任都察院右佥都御史，总督粮储、提督军务，巡抚应天。
应天巡抚治所在苏州，下辖应天、苏州、松江、镇江、常州、徽州、宁国、池州、太平、安庆十府，另外还总督杭州、嘉兴、湖州三省税粮。
可以说帝国半数粮仓都在这个地方，这个地方的份量自然是不言而喻的，让海瑞出任这个地方的巡抚其原因究竟是什么？这个时候徐阶已经致仕，不会是他推荐，高拱跟海瑞有仇，也自然不会是他的举荐，张居正向来看不起海瑞，他也不会举荐海瑞，所以海瑞此次出任应天巡抚可能出自皇帝的圣裁，皇帝想利用这把利器去戳一戳江南的那些豪绅们。
海瑞人还未到任上，其声势已惊涛排海而来，整个江南上空似乎是阴云密布，一些本地的精英分子似乎开始喘不过气来。一些当地的官员开始向吏部打报告要求调走，缙绅之家将大门由朱色涂成黑色，驻苏州的一名宦官将轿子由八人抬改为四人抬。
海瑞上任伊始便发布他的督抚条约三十六条：境内成年男子一律从速结婚成家，不愿意守节的寡妇立即改嫁，溺杀婴孩一律停止，巡抚前往各地视察，地方官吏一律不许迎接，巡抚在各府县逗留期间，伙食标准为二钱至三钱银子，鸡鱼肉可供应，但不得供应鹅及黄酒，境内公文一律使用廉价纸张，公文必须写满，不许留白，知府和县令不许下乡，有事让吏传唤民众到场，境内停止生产一切奢侈品。
海瑞的这些条款显得古怪而琐碎，而且不近人情。
不久，海瑞又发布文告要对那些因为破产失去田产的农户讨回他们的土地。在本朝，洪武皇帝通过武力手段革除士绅阶层，但到了明代中期这个阶层又死灰复燃，因为帝国的土地所有制仍旧是封建土地私有制。
有积蓄的自耕农或者政府公务员通常将钱以高息的形式贷给那些缺资金的农户，这些借钱的农户自然以田产做抵押，一旦还不起债务，所抵押田产自然归贷款者所有。但帝国的法律又规定，五年之内失去田地的农户可以以原价赎回，海瑞来到后便开始执行这一规定。
一时前来申请退田的人络绎不绝，巡抚衙门口挤满了前来要求退田的百姓，海瑞一个月居然收到要求退田的申请达几千份，这名官僚居然碰到了跟洪武皇帝一样的难题，那就是由于自身的理想化带来一些复杂性的问题。
这些要求退田的申请很多都指向一个人，前任首辅徐阶，徐家大约很久以前就从事高利贷生意，而且几代没有分家，到如今积累的田产已达六万亩。这倒令海瑞难办了，一方面徐阶对他有恩，另一方面自己政令如山，而且天下的眼睛都看着自己。
事实说明我们这位官僚并非一根筋，他也具备灵活性，只是看情况而论。他采取了折衷办法，他令徐阶退了一部分田，又逮了徐阶的弟弟，这样既对老百姓有了交待，又维护了徐家的利益。
海瑞在处理徐阶问题上获得了空前的成功，至少人们认为这是一个处事秉公的人，前来申请退田的人越来越多，而海瑞也越来越有信心，他跟当初的洪武皇帝一样开始牵扯进一些鸡毛蒜皮的琐碎事情中去。
海瑞的行为终是触犯了士绅的利益，在他来江南的八个月后，终于开始有人弹劾他了。刑科给事中首先发难，他说海瑞不识大体、不近人情，出寻常之外、创新奇之法，只能放在清闲的岗位，不能重用。穆宗皇帝并没有理会这些，他大概很享受的看着海瑞在地方上搞个不亦乐乎。
眼见刑科给事中的弹劾没起到作用，徐阶授意吏科给事中、嘉兴人戴凤翔弹劾海瑞。戴凤翔在奏书中说海瑞“不谙吏事、鱼肉缙绅、沽名乱政”，而且还说海瑞性情古怪，将自己的妻妾杀死。
虽然戴凤翔的弹劾具备代表性，但依然不起作用，皇帝对这个特立独行的官僚依然庇护，但群臣对海瑞的态度却大大转变。当海瑞将矛头对着嘉靖的时候，众人还觉得有点意思，但当海瑞将矛头对准士绅集团的时候，他们发觉事情不是那么妙了，因为政府官员的家庭多多少少也是这个集团。人们普遍认为这个人志大才疏、性格偏激，只会将事情办糟，所以只能闲用，海瑞在文官团体中树立的那种形象轰然倒塌。
有隆庆撑腰，仍然是没人能撼动他，但当高拱回朝以后，这一切就不同了。高拱是个睚
呲必报的人，隆庆元年海瑞对他的辱骂他还记忆犹新，高拱担任吏部尚书后就发现了戴凤翔参海瑞的奏书，高拱立即做出批示，免去海瑞应天巡抚的职务，改任南京粮储总督，不久高拱又免去海瑞督粮官的职务，见此情形，海瑞便辞去职务回到了海南。临行前，海瑞在给朝廷的上书中说道：“举朝之士，皆妇人也。”
隆庆年的政治斗争仍然是血雨腥风，而且这种较量是在清流与清流、君子与君子之间，博弈的会更精彩、更激烈，我们也可以看见很多人的精彩人生。总体来说，斗争还是在革新派与守旧派之间进行，因为有皇帝的支持，革新派要顺利的多，跟前几朝不同的是，皇帝对这种改革派是始终不渝的支持，而且这种改革派从中央到地方都有，这也是前朝不存在的特点。从隆庆元年到万历十年是帝国的改革期，这场改革涉及到军事、人事、经济方面，它在军事方面带来的私兵制，这多多少少的会提高帝国军队的战斗力；在人事方面主要侧重于对官吏的考核，这点在张居正死后已经不复存在；在经济方面主要是顺应商品经济的发展，将赋税和徭役合并统一以白银缴纳。
这三方面的改革事实上都存在问题，有的还是灾难性的。军队的私兵化会带来军队的官僚化，会导致将领的自保，而这又会影响军事任务的完成；对官吏考核过严又会导致弄虚作假和官员加大对百姓的盘剥；白银的货币化又会动摇农业的基础性地位，尤其是这点，在明朝的灭亡中是一个很大的因素。
政策的制定和改革的推进往往看起来并不是那么美好，它所带来的弊端会在以后显露出来，而这些或许又将成为各级官吏苟安的说辞。无论如何，隆庆时代仍旧是一个伟大的时代，在这个时代打破了祖制，南北同时开关，这完全是利在当代，功在千秋的大事，这才是后世人应该关注的大事。
