众所周知，雍正初年，隆科多与年羹尧，一内一外，备受雍正的信赖、是炙手可热的人物。刚满两年，年羹尧就被雍正视为异己政敌，首先被雍正抓住罪证加以整治；在年羹尧之前隆科多就已经开始被怀疑，与年羹尧同时受到雍正的责怪，但是在年羹尧之后被定罪。
作为朝中重臣的隆科多，多多少少也有些专断揽权，在吏部，下属对他惟命是从，他一人执掌了用人大权。隆科多预料到自己的地位不稳固，在很多事情上都给自己留了后路。隆科多了解雍正喜欢搞抄家，害怕哪一天会轮到自已，于是就早早把财产分散到亲戚家中，这件事让雍正知道了，更让雍正抓住了他不守人臣大义的话柄。
隆科多也知道雍正不会永远信任他，于是在雍正二年主动提出辞去步军统领的职位，想在形势上争取主动。可这样更是触怒了雍正。这之后，在很多场合，斥责隆科多。在年羹尧获罪之后，雍正还把隆科多看成是和年羹尧一样的独揽政权的奸臣，只不过在对二人的处理上分了轻重缓急，因为雍正首先是想把年羹尧除掉，因此对隆科多的处理就拖延了些时日。同时也可以说是年羹尧的东窗事发促使雍正加紧制裁隆科多。
雍正二年冬年羹尧获罪后，隆科多也随之倒霉。下面来看看他倒霉的过程：
雍正三年正月，隆科多感觉自己和皇帝的关系已经不适合再担任步军统领这一职务，于是请求辞去步军统领一职。五月，雍正把年、隆的所谓奸臣行为告诉了朝廷的众臣，斥责隆科多结党营私，党同伐异，罪名和年羹尧大致相同。六月，隆科多的儿子玉柱与年羹尧的儿了年富、年兴在同一天被革职。玉柱的罪名是行为恶劣。雍正认为他儿子的行为是隆科多在背后指使，是“舅舅有意扰乱的缘故”。七月，以徇私情庇护年羹尧的罪行，隆科多被削去太保的头衔，同时被剥夺了所赐的物件。雍正派他以吏部尚书兼理藩院尚书的身份，前往阿拉善山等处修理城池，开垦土地。果郡王允礼办理理藩院事务，隆科多的此职实际已被剥夺。八月，隆科多的俸银禄米被永远停给。
雍正四年正月，雍正先命他往阿尔泰与准噶尔策旺阿拉布坦议界，然后再会同其他人与俄罗斯谈判中段边界事宜。同月，因家人牛伦索诈钱财事发，隆科多被削去吏部尚书一职，被委任专门处理前面所说的边界议定的事务。
雍正五年二月，雍正说隆科多贪取钱财四十余万两，雍正命人彻底追查。雍正五年闰三月，宗人府参劾隆科多擅自将宗室阿布兰给他的皇家玉牒私藏于家，雍正知道这件事之后极为震惊，传旨命令隆科多回奏给这件事情一个回应。五月，隆科多将自己的家财私藏在允禩获罪的儿子“菩萨保”(原名弘旺)家中的事情败露，这件事被雍正四处散播。
雍正五年六月，隆科多被削去爵位，其一等公爵由其弟庆福承袭。雍正认为议定边界的事情不必一定需要隆科多，于是下令将隆逮捕回京。
雍正五年七月，“菩萨保”因为藏匿隆科多的金银而被正法，很多参与了这件事的人都受到了牵连。
雍正五年十月初五日，王公大臣罗列了隆科多的四十一条大罪安上。雍正表示，当年面听遗诏的大臣只有隆科多一人，所以诛杀他心有不忍，姑且将其免死，在畅春园外空地盖屋三间，将隆科多永远禁锢其中。畅春园是康熙去世的地方，将他禁锢在那里大概是说他对康熙有罪，让他在先帝而前忏悔。隆科多的妻子被从宽处理免去处罚；他的儿子岳兴阿被革职，玉柱被发往黑龙江当苦差。至此隆科多的案子始告完结。
雍正六年六月初一日，隆科多死于禁所。雍正传旨说，隆科多已经病故，赏银一千两，将其尸骸交给他的弟弟庆福、他的儿子岳兴阿，照平常人一样殡葬。巧的是，本月六日，与隆科多同禁一处的前平逆将军贝勒延信也随后病故了。
隆科多虽与年羹尧一起遭到雍正的打击，在处理上，年羹尧被“升调”，而隆则被逐渐削掉职权、爵位，发配到很远的地方做苦差事。他在北边议定边界时，正是雍正紧锣密鼓地向年羹尧发动最后攻势之时。很明显，雍正这是要隔离年羹尧和隆科多二人，处理上先年后隆，前重后轻。隆科多终被幽禁而死，虽则死因大有疑问，但形式上还是善终的。
隆科多一度被雍正捧为“功臣”，尊称他为“舅舅”，一度在朝中红得发紫，为何雍正转眼间就翻脸不认人，将隆科多视为十恶不赦的罪人置他于死地呢?仔细研究一下隆科多所谓的四十一条大罪，就很容易发现这些众多的罪名有刻意拼凑之嫌，罪名形成得很勉强。其中，贪婪之罪共十六条，涉及可以计量的赃款银共49.98万两，金8万两，每项数目除一项38万两外，其余数额均不很大，甚至收贿银500两也单独成一条罪名。即使雍正在朝中要求官员应该清廉，但是上述的受贿数额在当时也着实不值一提。除此之外的政治性罪名也多是拼凑而成，并没有像年羹尧那样有直接令雍正绝不能容忍的事例。雍正为什么不惜拼凑罪名也要扳到隆科多呢?如果深入考察一下，我们能够发现雍正重惩隆科的三个主要原因：
第二，隆科多很可能掌握雍正最机密的隐私。雍正非常重视隆科多私藏玉牒底册一事，这项罪名列为四十一大罪之首。那么，除私藏玉牒是明显触犯了国法应该被治罪之外，其中还隐藏着什么令雍正担心和痛恨的症结呢?此外，隆科多曾经说过，“白帝城受命之日，即是死期已至之时”，这话似乎雍正早就知道，对此，雍正一直怀恨在心头。隆科多说这句话一方面是因为他跟随辅佐雍正这么久，了解雍正的为人。另外一方面，历史上功臣遭屠戮的例子比比皆是，这也让他对自己的前景担忧。如果再联系到康熙死时惟有隆科多发布遗诏这一历史公案，很容易使人做出这样推测：当年隆科多为雍正不正当即位立有大功，而隆科多事后非常担心自己被“杀人灭口”，所以，一方面搜集对雍正不利的致命信息以作为保护伞，另一方面则时刻准备着接收雍正的惩罚，将家产分寄他处，以便给后人留一条生路。至少可以说，隆科多知道的事太多，雍正必欲去之而后安。
第一，隆科多权大震主，日益成为雍正独裁的绊脚石。雍正刚继位时，一时信得过的重臣太少，于是，在雍正即位时就立下大功，并且头脑灵活的隆科多便成为守丧期不便过多出面的雍正的左右手，许多重大人事方面决策，都有隆科多的影子。作为满吏部尚书，隆科多在用人上有较大的发言权，以致后来围绕着他形成了一个小集团势力，很多人都拥护隆科多，反而将皇帝冷落在一边，这让雍正感觉难以容忍。隆科多身兼步军统领这一守卫京师和皇宫的重要职务，特别是他向皇帝夸口“提督之权甚大，一呼可聚二万兵”时，雍正听后当作何感想，不言自明。
第三，隆科多犯了雍正的君臣同好恶之大忌。在雍正当权之后还与皇帝的政敌有着千丝万缕的联系。隆科多及其家人曾经是皇八子集团的核心人物。雍正即位后，与他最大的政敌胤禩的关系越来越势不两立，自然，他就很关注隆科多忠于自己的程度，在意他是否已与胤禩彻底脱离关系。在雍正和隆科多之间，这一点就成为检验此人忠与不忠的一个标尺了。后来，雍正发现隆科多与胤禩关系不明朗，疑心顿生，直到隆科多将相当数量的金银寄藏于胤禩子弘旺家里事发，他才确认隆科多是个首鼠两端的人，于是就更坚定了处置他的决心。但由于隆科多已不具备危及皇位稳固的能量和条件了，所以，雍正才没有必要盼其速死。总之，雍正打击隆科多，政治成份居多，经济成份居少，与除掉年羹尧在原因上是有区别的。
雍正杀掉年羹尧、隆科多这两个他曾经的左膀右臂，是为了在自己的统治逐渐稳固之后收回继位之初下放过多的权力。作为一个权力欲望很强的君主，雍正当然希望将国家一切大权都掌握在自己一个人的手中。而从年羹尧、隆科多的方面看，他们掌握的权力确实也已经超过了一个封建臣子所应该享有的权力范围，他们享受的君王的礼遇也超出了君臣之间的关系，这种种的超越必定就会让雍正觉得不安。于是就开始想方设法地扳到他们，实现自己的集权。
在这场君臣之间的斗争中，双方都各有过失。雍正下放权力在前，后来为了收回权力开始残酷地打击为自己稳固王权立下汗马功劳的人，充分表现了霸主权力的绝对性和雍正本人的事记入残忍。但是另一方面，落得如此下场，年羹尧和隆科多两人也有不可推卸的责任，他们在自己权力膨胀的时候结党营私，依靠官职谋取私利，最后身败名裂，性命不保，还连累了相关的人。
总的来说，雍正通过年羹尧、隆科多在自己继位之初巩固政权，对于国家的稳定起到了积极的作用，但是后来权力过大造成这二人的擅权，又开始残酷打击他们，这虽然是为了继续巩固统治，但是还是坏了雍正的名声，后人不禁会认为雍正是个过河就拆桥的人。而且国家的两员大将被杀，统治力也必定会受到影响。
