抗战初期，绥德专区各县形成了两个政权。原来在西安事变时，蒋介石答应停止内战、一致抗日，陕北国共两党的军队都在原地停止了战斗，不久中共方面派周小舟到榆林与高双成达成和平相处的协议，高双成就把驻绥德专区各县的部队撤了回来。但那里的国民党行政机构和人员没有撤出。所以各县既有陕甘宁边区政府派驻的县长，在广大农村领导群众进行生产、宣传抗日；又有国民党陕西省政府委派的专员、县长，住在城里“吃冤枉”。
国民党绥德专员何绍南，是个有名的“摩擦专家”。1939年春天，何绍南乘八路军主力部队开赴前线抗战的机会，指使安定县（今子长县，县治在瓦窑堡）的县长兼保安队长田杰生，借口征兵问题，破坏团结，与驻杨家园子的八路军发生冲突。并把边区派的安定县长薛兰斌以会商事情为名，骗到他的县政府扣押了起来。国民党天水行营主任程潜据报后，令邓宝珊派兵一团，前往调停。邓宝珊意识到，安定冲突如不尽快解决，就会破坏团结、影响抗战。与高双成商议后，决定派胡景通前往。胡景通长期受中共统战工作的影响，团结抗日思想明确，又对邓、高从来推崇忠实，宜当受此重任。胡到定边后，陕甘宁边区政府方面派胡的旧友、中共党员马玉章前来联系。胡表示自己“决不吃摩擦饭”，决不偏袒国民党方面，并命令田杰生立即释放薛兰斌。在事件解决过程中，有一天晚上，中共方面通报胡景通：“何绍南指使其部属，要暗杀调停部队的军官，嫁祸于八路军，以引起冲突，扩大事态。”胡景通立即下令部队作了严密预防，全体官兵夜间一律不准外出。是夜，城内鸣枪数十响，胡部保持镇静，严阵以待，使敌人阴谋未逞。第二天，经调查是当地联保主任南寿棠所为。胡立即召开军民大会，捉来南寿棠示众，下令押出枪毙。南见此状，吓得瘫倒在地，连呼：“冤枉啊！冤枉！是何专员派人来让我干的。饶命啊，饶命！”周围的群众和地方士绅这才恍然大悟，愤愤不已。胡景通见首恶已经暴露，群众也受到了教育，便免处南寿棠死刑。
后来，王震部进驻绥德，地方安定。不料1940年10月蒋介石掀起第二次反共高潮时，早已离职的何绍南又生坏招：他保举八十六师政治部主任包介山（系胡宗南亲信）为绥德专员。包介山到绥德“接任”时，在汽车里带着化了装的何绍南，企图到绥德狼狈为奸。车到绥德，当地百姓发现了何绍南，大喊：“何绍南来了，何绍南来了！”包、何以阴谋败露，无法在绥德搞反动活动，仓皇烧毁文件，率领所带卫队一面开枪，一面逃出城去。八路军也未阻拦，就这样把何绍南一伙“礼送”出境了。这就是当时有名的“绥德事件”。国民党借此大造反共舆论，企图挑起更大事端。包介山、何绍南逃到榆林镇川堡，邓宝珊、高双成命令他们住在那里。包、何要求进城汇报，遭到邓、高拒绝。包介山与何绍南又提出领军队进入榆林，为邓、高阻止。事后，王震亲到榆林，感谢邓宝珊与高双成，又重申“互助互让”原则，表示一定与榆林友军友好相处。邓、高赞同王震意见。此前，长期困守安塞县境内旦巴寨子的地主武装曹焕章自度再难存在，突围向榆林逃窜，被群众打死在中途。至此，陕甘宁边区内的反动武装势力，就彻底瓦解了。
察哈尔游击军总司令张砺生，1938年秋率部到榆林。当时只有三四百人，到后大肆扩充，曾给三边反共地方武装张廷芝、米脂的地方势力杜立亭、高景明等以中将支队司令名义。张的第一支队司令徐守尧部和杜立亭、高景明的部队，驻在榆林东南地区的通秦寨、打火店、清泉寺、赵庄一带。张砺生文人出身，不善约束部队，因此察哈尔游击军的纪律很坏，官兵不时越界潜入陕甘宁边区的佳县、米脂境内抢劫烧杀、奸淫妇女，被当地群众拿获惩办过几次。邓宝珊为避免和边区发生摩擦，征得傅作义同意，命令该部于1940年秋移驻桃力民。张砺生虽有不悦，但虑及和邓的关系，未便反对。同时邓婉转向张提出“察哈尔游击军应当争取在察哈尔敌后活动”，张亦无词辩驳，勉强接受了命令。但张砺生收编的张廷芝部不肯转移，仍驻在安边堡东北三十里的堆子梁，给邓宝珊留下了一个隐患。
1941年3月，国民党军委会西安办公厅主任熊斌电邓宝珊，要他饬令新十一旅派队协助驻宁条梁陕西省保安第十三团，给被困在阎家寨子的国民党军送粮。邓复电熊斌说：“阎家寨子乃弹丸之地，深入陕甘宁边区一百多里，在我无足轻重，如果送粮，就会引起摩擦，影响国共团结，不如撤出。”接着新十一旅旅长刘保堂也电称：“保安十三团团长张廷祥奉陕西省保安处电令向阎家寨子送粮，要我部派队协助。”邓复电：“已转请熊主任核夺，可暂缓送。”可是刘迫于压力，和张廷祥一起把粮送了。回程中张廷祥还偷袭了边区部队，把八路军营长柴福俊打死。邓宝珊对此十分生气，后来一再训诫部下要严防这一类事件的发生。
邓宝珊对陕甘宁边区的友好态度，遭到国民党顽固派的多方反对。胡宗南的增兵之计（即调新十旅改编的暂十五师到陕北），除了进攻边区的意图外，亦有控制榆林形势，以削弱邓宝珊指挥能力的打算。蒋介石为了抑邓和掌握随时取消邓宝珊地位的主动权，在榆林安排了许多特务。当时，中统、军统的人员在这里的有：榆林党务督导处主任荆宪生、徐玉柱，总部政治处主任朱耀武，八十六师参谋长徐之佳（后为师长）和政治处主任包介山，晋陕绥边区调统室主任郝杰山，军统特务张尔雄、郝登阁，榆林专员富文，平绥铁路特别党部主任刘桂，察哈尔蒙旗党务特派员马鹤天，榆林县长肖履恭，他们领导的机构往往就是特务麇集的所在。蒙藏委员会绥蒙工作组和边疆通讯社也是特务机关。如边疆通讯社的社长赵尺子，是一个地地道道的特务，他经常混在其他人中，一起接近邓宝珊，他的目的是从中探听一些对他有用的情报，以便向主子邀功请赏。邓对赵的虚伪和做作很讨厌。此外，以西安军委会办公厅高参名义来的褚大光和该厅汇报秘书王绍猷，以朱绍良的第八战区长官部参谋名义从兰州来的张立平，都负有特务使命。还有一些身份和来历不明的神秘人物，如马华野、寸士杰、赵清云等。邓是有丰富社会阅历的人。目光敏锐，凭着政治上的敏感，他对这些人的面目很快就有了了解，有他们在场的情况下，他通常只是谈一些大道理及诗文字画、风土人情，以及戏剧、古玩等。那些鼠目寸光、心怀鬼胎的特务哪里是他的对手！
特务们搜集陕甘宁边区和八路军情报，监视邓宝珊的总司令部和所辖部队的动向，拉拢、分化伊克昭盟各旗王公。每天榆林城内十几部特务电台频繁地向外发送着电波。这些人表面上对邓宝珊都很尊敬，暗中却紧盯着延安方面来的人和邓亲信的一些工作人员（他们中有一些是中共地下党员）。肖劲光、王震等来榆林时，特务千方百计充当招待人员，跟前随后，寸步不离地监视着。邓宝珊对此类人防范很严，令城防部队严密稽查，同时叮嘱左右提高警惕。慑于邓宝珊、高双成在榆林地区的威望，以及确实难得有隙可乘，特务们才始终未能在榆林酿成大的事端。这些人暗中分化邓宝珊的部队的活动，也没有奏效，因为邓在注意防范的同时，还适时地打击特务活动，灭其气焰，使他们中的一些人狼狈不堪。
抗战时期邓宝珊对延安方面的友好态度，由于特务机关报告，蒋介石时有所闻，但他抓不住处置的把柄；又因榆林情势复杂，为稳定局面，他人确难取邓而代之，只好让邓一直坐镇榆林。当初，蒋让邓宝珊来榆林，不是没有利用邓从北面遏制陕甘宁边区之意，所以也曾通过胡宗南对邓进行拉拢、利诱，但邓都不为所动。蒋介石利用邓宝珊遏制陕甘宁边区的打算落空了。
延安方面的谅解与支持
中共领导人把邓宝珊部看作可以信赖的国民党抗日友军。在抗日时局每出现新情况时，都及时向邓通报信息，中共中央有关抗日策略的决议、报告、宣言，边区政府的施政纲领和重大决策等，也经常及时送往邓处。1938年12月5日，毛泽东曾致函邓宝珊，全文如下：
宝珊仁兄左右：
近日敌侵西北之消息又有传闻，谅尊处早已得悉。不论迟早，敌攻西北之计划是要来的，因之准备不可或疏。高明如兄，谅有同情。特嘱陈奇涵同志趋谒麾下报告防务，并将敝党六中全会之报告、决议、宣言等件带呈左右，借供参考。倘有指示，概祈告之奇涵。
专此。敬颂
戎绥
弟 毛泽东上
十二月五日
毛泽东十分重视对邓宝珊的团结工作。八年抗战中，他派往榆林方面的信使不断，其中有八路军高级将领、陕甘宁边区党政负责同志和爱国民主人士。皖南事变酝酿中，何应钦、白崇禧受蒋介石之命发出1940年的“皓电”，诬蔑八路军、新四军，要求八路军、新四军缩编，集中于黄河以北。毛泽东预料形势将有巨变，通过刘绍庭致邓宝珊一信，并由刘详细转达对时局看法和对邓的期望。请邓认清反共顽固派破坏团结抗日、准备打内战的阴谋，反对分裂，坚持抗战。抗战期问，毛泽东多次让南汉宸、续范亭以老朋友身份联络邓宝珊，坚定他团结抗日、民主建国的思想。
1939年8月中旬，王震接到中央军委调第三五九旅回师陕北的命令，于1939年10月4日到达绥德，并立即被任命为绥德警备区司令员。抗战初期王震与邓宝珊有过交往，对邓宝珊维护团结抗日的态度非常赞赏。他到绥德不久，报经中共中央同意，亲往榆林访晤邓宝珊，商谈合作抗日的方策。邓宝珊热情地欢迎他的来访，赞赏王震有关团结抗战的主张。邓对何绍南的胡作非为原本不满，视为蓄意分裂，破坏团结的败类，表示不会偏袒姑息他们。他虽不能直接控制何绍南的行动，却可利用他在陕北举足轻重的影响，告诫何绍南少惹事端。在严守河防的同时，王震还对何绍南的反共破坏展开坚决无情的斗争。王震把群众控诉何绍南的罪状一面上报陕甘宁边区政府，一面转告榆林方面的邓宝珊。1940年绥德事件发生后，毛泽东电报指示王震妥善处理，电报特别指出：“久已告诉你们暂时不要把米脂及葭县边区化，此两县应暂维现状。因米脂原属榆林专员区，葭县有高双成潜在势力。此两县又均接近榆林，而榆林一带是邓（宝珊）、高（双成）、马（占山）、刘（宝堂）、朱（子文）等许多中间势力集中地。我们的政策是极谨慎地争取这些中间势力，顽固派正用全力与我们争夺这些中间派，用尽挑拨离间的能事，故你应十分注意这些。”“邓宝珊是三省边界总司令，肖劲光与你都是他的下级，如他有电来应好好回答。对他应称‘钧座’，自己称‘职’。高双成是军长职位，亦在你上，如有电来，你回电亦应如此称呼。对他们要取报告及请示态度。”“对友军、对绅士和对顽固派完全不同，你们需要注意研究这些问题，要使他们觉得我们是讲道理的。”他还奉中共中央之命，带着毛泽东写给邓宝珊、高双成的亲笔信，再次前往榆林访晤邓宝珊和高双成，向他们说明何绍南如何挑衅及其哗变逃走的经过，诚恳表示愿与他们继续保持友好关系，团结一致，共同抗日。王震后来说：“主席叫我去找邓宝珊，叫我称他‘钧座’。派我到榆林，是孤立顽固派，争取中间势力。邓宝珊叫我老弟，叫我打麻将。那天还有高双成，他们故意叫我赢了很多钱，但我没有拿就走了。”
毛泽东还指示中国共产党有关负责同志在处理与邓宝珊的部队和驻地的双边关系时，充分照顾邓宝珊在国民党内的处境。1942年10月，山西新军成立五周年纪念时，邓宝珊发去了热情的贺电，其赞成民主的立场和对共产党的友好态度跃然纸上。新华社晋西北分社将此贺电发表，延安电台收到后，毛泽东立即在给中央晋绥分局的电示中予以批评，指出这样做“足以影响友军之地位”、“是和我党目前政策不适合的”。同日（10月28日），毛泽东又专就此事给晋绥分局书记林枫打去电报。内容如下：
新华社晋西北分社十八日将邓宝珊对新军五周年纪念贺电播来延安。除令延安总社不要发表外，请你对晋西北分社及《晋西日报》加以指导。此类电报只能口传，不能发表，以免影响邓宝珊之地位。此外，整个通讯社及报社的新闻政策及社论、方针，分局必须经常注意，加以掌握，使我们的宣传完全符合于党的政策。
