1949年10月1日，中华人民共和国成立，中国历史翻开了崭新的一页。
中华人民共和国成立后，还有一批日本战犯关押在中国。这些战犯主要有两部分，一部分是在抗战中被八路军和新四军逮捕的，共有140人；另一部分是1945年被苏军俘虏的在中国境内犯有罪行的战犯，苏联于1950年将这些人移交给中国政府，一共969名。截至1956年6月，期间死亡的战犯47名，关押在中国的战犯实际人数为1062名。
为了彻底清算侵华日军的罪行，中华人民共和国政府决定组织特别军事法庭对关押在中国的重要日本战犯进行审判。
在进行审判前，中国最高人民检察院对战犯进行了长期的侦讯工作，通过各种途径调查取得了大量证据，证据表明：这些战犯在侵略中国期间，违反国际法准则和人道主义原则，对中国人民犯下了各种战争罪行。
这些战犯中，除一小部分犯有严重罪行外，其余多数是犯有一般罪行的普通战犯，其中一些人在关押期间，经过教育感化，已经有不同程度的悔改表现。此时，日本已经和台湾国民党当局建立所谓“外交关系”，但中日两国民间交往已经开始启动，为了争取中日关系的早日正常化，需要为中日正常交往创造一个良好氛围，因此，尽快按照宽大原则对这些战犯做出处理成为中国政府的决策。1956年4月25日，第一届全国人大常委会第34次会议通过了《关于处理在押日本侵略中国战争中战争犯罪分子的决定》。
《决定》的第一条做了如下规定：
“对于次要的或者悔罪表现较好的日本战争犯罪分子，可以从宽处理，免予起诉。”
“对于罪行严重的日本战争犯罪分子，按照各犯罪分子所犯的罪行和在关押期间的表现分别从宽处理。”
据此，最高人民法院组织了由贾潜任庭长、袁光和朱耀堂任副庭长的特别军事法庭。于1956年6月至7月，对关押在中国的铃木启久、富永顺太郎等45名战犯分别在沈阳和太原进行了审判，这次审判也被称为“沈阳和太原审判”。其余战犯被免予起诉，陆续释放。1956年6月21日，335名战犯被释放，7月15日，328名战犯被释放，8月21日，354名战犯被释放。
沈阳特别军事法庭于1956年6月9日至19日第一次开庭审理。沈阳特别军事法庭审判长是袁光少将，首席检察官为国家检察院检察官王之平少将。
全国政协代表、各民主党派代表、人民团体代表，以及沈阳的工厂、学校、机关代表数百人出庭旁听。
第一批受审的日本战犯一共8名，分别是：日本陆军第117师团中将师团长铃木启久、第59师团中将师团长藤田茂、第59师第53旅团少将旅团长上坂胜、第39师团中将师团长佐佐真之助、第59师团第54旅团少将旅团长兼济甫防卫司令官长岛勤、第137师团第375联队大佐联队长船木健次郎、日本关东军第731部队第162支队少住支队长(木神)原秀夫、第39师团第232联队本部中尉俘虏监督官兼情报主任鹈野晋太郎。
法庭开庭前5天，日文本起诉书送达给被告，辩护人与被告进行了接触。
6月9日上午8时30分，审判长袁光宣布开庭。
首席检察官王之平宣读了对铃木启久等8名战犯的起诉书。
9日上午开始，法庭调查被告的犯罪事实。法庭调查证实，铃木启久等8名被告，积极推行日本帝国主义的侵略政策，公然违反了国际法和人道主义原则，犯下了严重的战争罪行。
法庭首先传讯了铃木启久。法庭传讯结束后，证人开始出庭作证。潘家戴庄农民周树恩讲述了他亲眼目睹的骇人听闻的事件。
1942年10月28日凌晨4时许，铃木启久部队包围了潘家戴庄肥全村，把老少全部赶到村口，并把男人和女人分开。几个日本兵找来铁锹，让男性村民挖坑。大坑挖好后，日军把村民赶进坑里，上面盖上草和庄稼秆，然后放火烧。村民们哭叫着爬上来，日军就把他们踢进坑里。村民戴作胜从坑里爬上来时，被日军用木棒打碎了脑盖。日军把男人杀害后，把100多名妇女赶到一边，集体强奸她们之后用刺刀捅死。周树恩是趁烟火浓烈时爬上来躲藏在草堆里才幸免于难的，但他全身烧伤严重，落得终身残疾。他向法庭审判官展示烧伤的伤痕，哭诉道：“这天，我们村有1280余人被残忍地夺去了生命。大部分是被烧死，还有一部分人是被刺刀刺杀了。我的父亲兄弟、媳妇等6人被活活烧死。我恳切地要求法庭严惩这些凶手。”
“铃木启久，周树恩证人说的属实吗？”审判长问。
“证言全部属实，我真心的谢罪。”铃木启久低头认罪。
检察人员向法庭递交了与铃木启久有关的罪状起诉书181件、证词45件、调查笔记89件、调查报告1份、照片38张。
在最后陈述中，铃木启久说：“开始，我想隐瞒自己残暴的罪行。但是，受中国人民人道主义待遇的感化，开始反省和认罪了……我感谢中国人民，我真心的谢罪。”
最后，铃木启久被判处有期徒刑20年。
法庭接着传讯其他被告，他们也都承认自己的罪行，并表示认罪服法。
被告陈述全部结束之后，法庭用3天进行评审。19日上午8时30分，宣布判决书。
沈阳特别军事法庭于7月1日至20日第二次开庭。期间，审判了古海忠之、武部六藏等28名日本战犯。法庭上出现了国际审判史上罕见的情景——所有受审的战犯无一否认罪行，无一要求赦免。在审判古海忠之时，溥仪曾出庭作证。
1956年6月10，太原特别军事法庭开庭，特别军事法庭设在原海子边的人民大礼堂，门口挂着“中华人民共和国最高人民法院特别军事法庭”的牌匾，审判大厅中央高悬特制的大型国徽。法庭审判长朱耀堂。
太原战犯管理所的9名日本战犯。首先审判犯有侵略战争罪和特务间谍罪的富永顺太郎。
审判期间，国家公诉人控诉了他所犯的罪行，6名证人揭露了富永顺太郎自1933年起，一直依托东北和华北的日伪铁路机构，参与策划、组织、领导对中国人民的警察特务统治和间谍活动的种种罪行，证实他是长期对我国进行间谍活动的日本特务骨干分子。甚至在日本投降后，他仍继续潜伏中国境内，继续从事间谍活动，妄图颠覆新中国政权，复活日本军国主义。
经过被告供述和辩护人辩护后，法庭审理后确认被告犯罪事实确凿，应判有罪。富永顺太郎在证据面前最后说：“审判是实事求是、光明正大进行的，我只有低头向中国人民认罪，反省我的罪恶。”
法庭经过两天审判，宣布判处他有期徒刑20年。
太原审判最引人注目的战犯当属曾经参与残忍杀害赵一曼烈士的大野泰治。
赵一曼，着名的抗日民族英雄。早年加入中国共产党，后响应号召进入东北进行抗日。1935年11月15日，为掩护主力部队突围，负伤失去知觉不幸被日军逮捕。被捕后，受尽敌人惨无人道的非人折磨，宁死不屈，壮烈牺牲。
战犯大野泰治是伪“满洲国”滨江省公署警务厅外事股长，他在狱中撰写了一份材料，详细交代了赵一曼被日军审讯和杀害的经过。他笔下的日军暴行令人难以设想这是人的行为。在审判员的提问下，他说：“赵一曼的胳膊、腿负伤后被俘，我拿鞭子抽打她的伤口，逼问共产党的组织和活动情况。她被关押在哈尔滨警务厅拘留所地下室时，我也用木棒打她的胳膊，捅她的腿。”
大野泰治对所犯罪行供认不讳，尽管他罪恶深重，法庭念及他的认罪态度较好，有悔改表现，最终判处他有期徒刑13年。
沈阳和太原特别军事法庭判决的45名日本战犯被判处从8年到20年不等的有期徒刑。法庭判决的日本战犯中有一人是因病假释，因而实际被判刑后继续关押服刑的人数是44名。另外，刑期包括在苏联和中国关押的时间，一日抵押一日，因此余刑也不长了。有3人判决后达到服刑期，故立即被释放。剩下的战犯中，有一半人在宣判后1至2年之内被释放，判处最高徒刑的日本战犯也是在1964年5月前全部释放回国。
日本战犯在得到中国政府的宽大处理后，对中国政府“感恩戴德”。1956年8月30日，一批被免予起诉、宽大释放的战犯，在路过天津即将登船回国时，特意给中国监狱当局写了一封信，信中写到：
我们就在受过我们残害的中国人民“以德报怨”的这种比父母还要深切的崇高温情中，使我们懂得了真理，使我们深深懂得了什么是侵略战争，深刻认识到军国主义才是导致人类于不幸和使我们陷入罪恶的根本源泉……我们一定要反对侵略战争，要和日本人民一起认真地工作，通过我们的亲身体验，把中国人民的友谊传达给日本人民，而使两国人民紧紧握住友爱之手，把曾被我们破坏了的日中友好关系恢复起来，并为民族的真正独立、自由和永久和平而斗争，献出我们自己的后半生。我们相信，只有如此，才是酬报你们（中国死难烈士）崇高遗志的惟一道路。
回到日本后，以国友俊太郎为领队的300余名归国战犯们回到日本后的第一步，就联名向全国发表了长2000字的宣言——《告日本人民书》：
我们对于那些和你们一样的热爱和平幸福生活、勤劳而善良的中国人民，采取了你们所难以想像的各种野蛮残酷的手段，犯下了大量卑鄙可耻的罪行，使富饶的中国大地变成了人间地狱，使中国人民遭受了无法估计的严重灾难。我们既然认识了自己过去所犯的错误，我们就不能再犯这样的错误。我们坚决反对侵略战争，坚决反对把人们驱向侵略战场的军国主义！
