他还从朴素的唯物主义出发，对死亡、雷击等自然现象，作了科学的解释。认为人死之后，“一瞑而万世不视”，没有什么灵魂。雷击死人，身上的焦纹是受到火气烧灼的结果，不表示任何天意。他还用古今中外不同民族的水葬、火葬、野葬等风俗来说明，葬，就是藏的意思，避免尸身外露而已，没有什么深文大意。这种无神论的观点，也是难能可贵的。
张居正执政十年，推行一系列改革，其目的是为了振兴衰弱的王朝，巩固地主阶级专政。他改革弊政，打击豪强权贵，发展社会经济，表现出勇于革新的精神。但是他也和其他地主阶级政治家一样，所作所为在主观上都是为了强化封建统治。他残酷镇压农民起义，表现出地主阶级仇视农民反抗的阶级本质。但是这些改革在客观上收到了一定的积极成果，它不单延缓了政治危机的爆发，出现了短暂的安定的局面，而且也有利于社会生产的发展和人民生活的改善，因而对历史的发展作出了一定的贡献。
但是，在封建社会后期地主阶级已经没落，封建生产关系所能容许的改革余地非常狭小，而阻力却愈来愈大，这些改革所能获得的实际成果很快就遭到破坏。1582年(万历十年)张居正一死，顽固派反扑过来，新政即告废除。支持改革的官僚被罢官、贬谪，张居正一家被迫‘害致死的有十余人，张居正本人也几乎被掘墓鞭尸。自此以后，明王朝更加腐朽，无可救药了。
明代城市人民反抗运动的蓬勃兴起
明朝中叶以后，商品经济有了很大的发展，一些旧有的城市因工商业的发展而益趋繁荣，一批新的工商业市镇迅速成长。在城市，以商人、作坊主、工匠以及城市贫民所组成的城市人民，得到很大的发展，并开始形成一支新的社会力量，给当时的社会矛盾、阶级斗争带来了新的影响。商品经济的进一步繁荣，更加刺激了封建统治者的贪欲，从而更加加重了对人民的剥削。
明神宗是个贪财成癖的昏君，他在加重对农民剥削的同时，又垂涎于城市的财富，从1596年(万历二十四年)开始，派出大批宦官作为矿监税使，分往全国各地进行搜刮。这些宦官或专管织造，或监督开矿，或强征各种新增名目的税收，或兼采珍宝，“吸髓饮血，以供进奉。”从1597年到1605年，仅掠得的矿税银一项即达300万两，此外被宦官上下其手，贪污中饱的银两更是数倍于这个数字。民间凡有金珠宝玩，貂皮名马，统统被搜刮进宫，贡献给皇帝。
这些派出的矿监和税使，是皇帝的特派员和密探。他们到那里就与当地的流氓地痞、土豪劣绅勾结在一起，撇开地方官府，另建税署，自成系统，专折奏事，直通皇帝。他们享有极大的特权，甚至咆哮公堂，践踏官府，他们无端告密诬陷，任意杀人劫夺，真是无法无天，肆无忌惮。神宗对朝臣的公事奏疏，一向懒于批阅，而对宦官的奏事却是“朝奏夕报，如响应声”。只要弹章一上，不问是非曲直，立即逮捕治罪。以至一个普通的参随也可以公然宣称：“我天子门生，奉有密旨，部院不得行考察，科道不得纠劾。”每个矿监税使都有这样的参随百人，每个参随又各有自己的爪牙和羽翼。往往一个税署就有成千上万的奸徒。他们呼朋引类，狼狈为奸。只要矿监诬指谁家屋下有矿，立即抄家毁屋，公开抢掠，或者挨户敲诈勒索，挖墓盗尸，搜索财富，无所不用其极。税使则沿着交通要道，遍设税卡，拦截过往行人，反复征敛。行船一日，纳税可达五、六次之多，有的商人不得不把全部货物充作税款。百姓凡有舟车庐舍，米麦菽粟的都要受到勒索，连提个包裹，牵头驴，拿只鸡的行人都不能幸免。稍有抗拒，立遭毒打，甚至被残害身死。这就造成在矿监税使骚扰的地方，商贩断绝，鸡犬不宁，丝粟财物几乎被席卷一空。像京师这样的重地，也搞得市上煤米断绝，几乎连吃饭都成了问题。
矿监税使敲骨吸髓的暴行严重地摧残了工商业，使得城市经济遭到极大的打击，直接损害了商人、工匠、作坊主，以至于士绅和地方官员等城市居民的利益。人民对矿监税使愤恨已极，因此在全国各地相继爆发了群众性的反抗运动，打击各地的矿监税使，这就是明朝历史上著名的“城市民变”。
1599年(万历二十七年)四月，山东临清人民揪住税使马堂，轰动全城，商民罢市，群起打死马堂的爪牙三十七人，火烧了税署。在没有被打死的爪牙臂上，刺上“偷”字，以示惩戒。神宗下令镇压，恐怖气氛笼罩全城。平民王朝佐急公好义，为了掩护乡亲，他便挺身而出说；“首先发难的是我!”临刑时面不改色，从容就义。
这年，在湖广荆州地区，有数千民众示威，抗议税使陈奉入境征税。襄阳、长沙、黄州等地居民也群起而攻之，飞砖击石，驱逐陈奉。两年之内爆发了民变十多起。1601年(万历二十九年)陈奉对武昌人民图谋报复，以宴请为名，先将地方官软禁起来，随后出动一千多名士兵，焚毁民房，疯狂围剿手无寸铁的市民。湖广佥事冯应京忍无可忍，上疏揭发了陈奉十大罪行，陈奉反诬冯应京违抗皇命。神宗下令逮捕冯应京。捕冯的消息传开后，市民相率痛哭，聚集了数万人包围陈奉。陈奉逃匿在楚王府中，民众火烧了官府执其爪牙六人，投入长江。有两个月的时间，巡抚不敢出门，朝廷使臣不敢入境，终于迫使皇帝把陈奉撤回北京。
1602年(万历三十年)，江西上饶市民毅然断绝矿监潘相的饮食，使他和他的爪牙饥不得食，渴不得饮，不得不离开那里。潘相在景德镇，引起居民大哗，放火烧毁税署，潘相仓惶逃走。
1606年(万历三十四年)，云南腾越(腾冲)愤怒的人民，杀死税监杨荣等二百余人，几乎将其党羽一网打尽。成千上万的群众像过节日一样欣喜若狂，奔走相告。神宗听到这个消息，又气又怕，几天吃不下饭。后来只将领头人云南指挥贺世勋治罪，不敢株连别人。
1608年(万历三十六年)，守卫在辽东前线的军士反对税使高淮魁扣军饷，先后在前屯卫、锦州、广宁、山海关等地举行兵变，高呼“誓食淮肉”，迫使高淮撤出辽东。
在这些民变中，声势最大，组织得最好的是发生在1601年(万历二十九年)苏州织工葛诚领导的苏州民变。这是我国手工业工人发动和领导的反对封建掠夺的群众运动，在历史上留下了光辉的一页。
城市居民打击矿监税使的斗争，风起云涌，连绵不断，延续了二、三十年，大小数百次。北至辽东，南至滇粤，东至苏常，西至陕西，地域之广大，群情之激愤，使得全社会如“沸鼎同煎”。
这时民变的蜂起，说明中国封建社会发展到明朝后期，随着商品经济的发展和资本主义的萌芽，城市中出现了自发地展开反对封建掠夺的群众运动。它在一定程度上抑制了封建统治者对工商业的摧残，对城市工商业的发展起了积极的保护作用。
苏州织工的暴动
十七世纪初年的苏州城，是明朝著名的商业和手工业中心。在这周环四十五里的城市里，西城是商业区，比户贸易。城东则是丝织业集中的地区，工匠各有专技，有织工、纺工、车匠、染工等不同工种。仅织工、染工两种就各有数千工人。这些手工业工人，有的有固定的工作，有的则每日清晨聚在桥头，等待雇主临时雇佣。通过这些人的辛勤劳作，滋育了苏州城内工商业的高度繁荣，因而引起了封建统治者的垂涎。1601年(万历二十九年)，神宗派税使孙隆来到这座名城，对人民进行敲骨吸髓的剥削。
税使孙隆一进苏州城，就在各个交通要道，重重叠叠设立税卡，向商贩征收重税，致使行商不敢转运，商贩日渐稀少，因而造成税源不足。为了补救，他强行规定征收机户的高额税。每张机纳银三钱，产纱一匹，纳银二分，产缯一匹，纳银三分；产缎一匹，纳银五分。这种难以忍受的苛税，迫使机户关门歇业，机工失业，贫民、工匠绝了谋生之路，饿毙街头。这年又遭水灾，使得繁华的苏州城，变得满目萧索，一片凄凉。有首民谣控诉说：“四月水杀麦，五月水杀禾，茫茫阡陌殚为河。杀禾杀麦犹自可，更有税官来杀我。”税官杀人比天灾更加可怕，人民对税使的愤恨，已到了一触即发的地步。
六月初三日，苏州人民忍无可忍，终于起而暴动。织工葛诚(后改名葛贤)奋起疾呼，慷慨激昂地说：“我来领头，大家齐心协力杀税官，为苏州城除害!”居民们纷纷响应。在玄妙观集合了二干多人，经过一番周密的布置，群众身穿自衣短衫，手拿棍棒，分成六路纵队前进。每队有个首领，用芭蕉扇作为指挥讯号，一路上浩浩荡荡，奔向税署。有首民谣传诵当时的盛况说：“千人奋梃出，万人夹道看，斩尔木，揭尔竿，随我来，杀税官。”暴动的居民用乱石打死孙隆的参随黄建节，缚住六、七个爪牙扔进河里，火烧了与黄建节狼狈为奸的地痞恶棍汤莘之家。群众又包围了官府，高呼罢税的口号。斗争坚持到次日，孙隆越墙逃跑。地方官迫于“民情汹汹”，施用了两手策略，一方面逮捕肇事人汤莘，以平民愤；一方面又派兵弹压，逮捕暴动的首领葛诚等人。知府朱燮元亲自出马，用软硬兼施的办法，解散了暴动的队伍。
这次我国手工业工人发动的暴动，具有重要的历史意义。暴动事先经过有计划有组织的安排。起事前在大街小巷贴出标语，控诉税官的暴行，宣布暴动的宗旨：“税官肆虐，我等倡议，为民除害。”起事时又一再宣告：“不掠一物”，并且“预告乡里，防其延烧。”纪律非常严明，连巡抚应天的都御史曹时聘也不得不承认：民变“只破起衅之家，不及无辜一人。”暴动的领导者葛诚，是个很有才干的手工业工人领袖，事败之后，他临危不惧，挺身而出，从容入狱，“不以累众”。苏州人民感念他舍己为人的崇高品德，纷纷携酒至狱中慰问，每日不断。死后，苏州人民把他葬在风景秀丽的虎丘山畔，尊称为“葛将军”、“义士”，香火不绝。
苏州织工暴动，反映了中国封建社会晚期阶级斗争出现了新的动向。参加者是不同于农民阶级的手工业工人、小商贩、作坊主等，并得到城市各个阶层的广泛的同情和支持。从此以后，反封建斗争有了更广泛的群众基础。这预示着我国古老的封建社会，正在酝酿的深刻的变动，一个新的社会力量，已在封建社会的母体内，孕育发展了。
“东林党”与阉党的斗争
明朝末年，以皇帝、太监、王公、勋戚、权臣为代表的大地主集团，已成为统治阶级内部最腐朽最反动的集团。另一部分中下级官员、中小地主和地主阶级知识分子，在政治上受到排斥，他们看到当时政治腐败，将要导致明朝的覆亡。为了改革弊政，缓和矛盾，也形成一股政治力量，和大地主集团进行了斗争。这个大地主集团，后来被称为阉党，反对阉党的人被称为“东林党”。
1594年(万历二十二年)，吏部郎中顾宪成因和神宗意见相忤，被革职，回到家乡江苏无锡；和原任行人高攀龙、御史钱一本、太仆少卿史孟麟等讲学于无锡东林书院。顾宪成认为士大夫要关心朝廷，关心民生，关心世道。他们在讲学中，往往议论朝政，抨击一些失职的大官僚和为非作歹的太监等，因此得到社会上对现实不满的地主、官僚、知识分子和商人等的拥护，也得到朝中一些正直官员如吏部郎中赵南星等人的支持。他们互通声气，志同道合，使东林书院成为一个社会舆论的中心。东林党就是由于东林书院而得名的。
“东林党”的政治主张主要是通过个人的活动而表现出来的，综括起来看，大致有以下几点：
1、主张拥立朱常洛为太子。神宗皇后无子，王贵妃生子常洛(即光宗)，郑贵妃生子常洵(即福王)，常洛是长子。按照儒家礼法，“有嫡立嫡，无嫡立长”的原则，应立常洛为太子。但神宗宠爱郑贵妃，想立常洵为太子。许多朝臣争请立常洛为太子，这就是后来所说的“国本”之争。围绕这个问题，又产生了所谓三王并封之争，福王就国之争，“三案”之争等。拥立常洛为帝的朝臣最后虽然胜利，但光宗即位后不久就病死了，使他们又失去了靠山。后来阉党把由于拥立常洛而产生的这些斗争，算作“东林党”的一项罪名。
2、主张重用李三才。李三才，顺天通州(河北通县，一作陕西临潼)人，从户部主事，历官至户部尚书。在他任右佥都御史总督漕运、巡抚风阳诸府期间，主张改革弊政，停征商税，反对矿监、税使，并且惩治了税使陈增部下的程守训。他还修治河道，发放赈粮，是一个有才能、得民心的官员。顾宪成等和他友好，曾写信给大学士叶向高，推荐李三才为人廉直，应入阁为相。但忌妒他的人很多，群起反对，有人甚至攻击他曾私用皇木、营建私第。因此落职为民。“东林党”人想任用贤能，澄清吏治的主张也破产了。
3、反对横征暴敛。翰林院检讨姚希孟(江苏长洲人)，在《代当事条奏地方利弊疏》中说：三吴诸郡，财赋一直很重。自从满族在东北兴起，户部告匮，于是有了加派的名目。可怜那些百姓，怎能忍受竭泽而渔的痛苦?以致父卖子，夫卖妻。使得财赋根本之地，十室九空。如果继续下去，政治上的崩溃，将有大水冲溃堤防一样的危险。因此，东林党有人还主张“惠商”，简化征税手续；有人主张减少滥征滥派，减轻江南织造的供应；减轻人民负担最重的“解役”等。“东林党”主张减轻人民负担，是为了维持农民的最低生活生产条件，以便保障封建统治阶级的剥削收入。但是，就是这样的建议也没有被皇室大地主集团所接受。
4、反对太监为非作歹。神宗为了搜刮财物，派出许多太监到外地去。他们勒索财物，残杀人命，为非作歹，肆无忌惮。甚至一些地方官也被他们随意处置。余懋衡在《恶珰茶毒乞正国法疏》中揭发了陕西税监梁永的罪恶，李三才在《请停矿税疏》中揭发了安徽税临陈增等人的罪恶，凡此都引起了皇帝和太监们的憎恶。
熹宗天启时(1621~1627)，统治阶级内部的斗争愈来愈激烈了。最初，“东林党”人叶向高、邹元标、杨涟、赵南星等人得到执政的机会，反对“东林党”的人暂时销声匿迹。他们幻想能够依靠皇帝和几个贤能的官员，对为非作歹的太监加以约束，就能改良政治、安定民生。但是大地主集团的既得利益决定了他们必须继续进行勾结，保持他们的腐朽统治。太监魏忠贤纠合了“东林党”以外的浙、齐、楚等党派中的一些大官僚，互相勾结，对“东林党”人进行迫害。他们编制了东林《同志录》、《点将录》等，把他们想要打击的入编入册内，又将东林党人加以《水浒》中为他们所蔑视的农民起义领袖的绰号，如托塔天王李三才，及时雨叶向高、大刀杨涟、智多星缪昌期、神机军师顾大章等，制造压制他们的舆论。
1624年(天启四年)四月，阉党给事中傅櫆开始向东林党人开刀，奏劾和逮捕了与东林党人关系较密的汪文言。阉党叫汪文言诬陷左光斗、魏大中等人，汪文言不屈，被击毙狱中。
