吏治腐败的另一重要表现是贪污腐化，贿赂公行。乾隆中期以后，贪污成风，朝廷虽然也抓几个案件查究惩处，但对于根除贪官，根本无济于事。结果贪污事件愈来愈多，贪污方法愈来愈巧，即使被人发现指摘，弥补的办法也愈来愈高明圆通。不仅个人贪污，而且上下勾结，串通一气，集体分赃数字可达数百万之巨。贪污的财货，除直接向百姓搜刮外，还大量动用国家积蓄。当时全国各省普遍出现亏空，有的前任离职，后任不肯接收亏缺，上司出面说合；有的虽然接收了前任亏空，到自己离任时，照旧亏欠，叫做“原装原卸”；有的甚至本来没有亏空，到离任时将库中银钱拿走，名日“做亏空”。这样一来，不仅处处亏空，而且数字大得惊人。1791年(乾隆五十六年)清查地丁钱粮，有的省竟欠二百多万两。到1812年(嘉庆十七年)再次清查，安徽、山东等省积欠至四百多万两。财政亏缺越来越多，人民负担越来越重，清朝的危机也就越来越深。
随着吏治的腐败，军队也十分腐朽。八旗军队是清朝封建统治的支柱，乾隆以后，由于八旗官兵长期居住城市，脱离了农业、游牧和采猎等生产劳动，安逸的生活使他们丧失了吃苦耐劳的精神，不仅战斗力大大减弱，而且军纪废弛到难以收拾的地步。派往外地执行任务的官兵，常常私自逃回北京。围猎后兵丁所交的鹿只，也不是自己打猎捕获的，而是向猎人买来的。甚至在与川楚农民军作战的前线，八旗军队中还携带很多商人、妓女。他们强迫地方官吏馈送大量财货供其挥霍。掠取财物，置买产业。绿营兵也是宿娼窝赌，甚至盗卖兵器或公然抢劫。这些官兵到前线不是为了打仗，而是为了发财和享受。作战时，他们驱使乡勇冲锋陷阵，自己却畏葸不前。军队的腐朽，足以说明清王朝的衰弱。
据说，乾隆在临死的时候“频望西南，似有遗憾”。西南是当时农民起义如火如荼的地方。乾隆也许是因为他来不及镇压西南的人民起义而引为遗憾吧!但是，历史的发展是不可抗拒的，清朝的极盛转衰，也正如乾隆的行将老死一样，不可避免。而人民的斗争烈火，正在四处兴起，不断地打击着衰朽的清朝统治。
朱一贵、林爽文领
导台湾人民进行反抗斗争1683年(康熙二十二年)，郑克塽投降清朝。郑氏统治台湾，自1661年(顺治十八年)至1683年前后经郑成功、郑经、郑克塽三代，共二十三年。郑克塽降清后，清政府在台湾设立府治，属福建省。不久，郑氏所定的“官田”和“营盘田”被废除，地主、官僚疯狂兼并土地，贪官污吏横征暴敛，激起了台湾人民的反抗。1721年(康熙六十年)，爆发了朱一贵领导的农民大起义。
朱一贵是福建漳州长泰人，曾在台湾充当台厦道辕役，后被斥革，养鸭为生。1721年春，台湾知府王珍苛征粮税，无故监禁因地震海啸而唱戏谢神的四十个老百姓，并逮捕了二三百个违禁入山砍竹的人。被监禁和逮捕的人给钱者立即释放，无钱可给或不给钱的重责四十大板，驱逐过海，撵回原籍，引起民怨沸腾。在这民情汹汹的情况下，朱一贵于四月十九日在罗汉门与黄殿、李勇、吴孙、郑定瑞等五十二人焚表结拜，组织武装起义。朱一贵托称明朝皇帝后裔，被推为首领。随后他们分头动员群众，立即发动一千多人，砍竹为尖枪，占据冈山，举起义旗，旗上写着“激变良民，大明重兴，大元帅朱”等大字，与清朝誓不两立。
驻扎在台湾府城的清朝总兵欧阳凯得知朱一贵起义的消息后，派右营游击周应龙率领清兵及当地高山族壮丁去镇压，但清兵畏缩不前，不敢与起义军接触，只能四出掳掠，杀人放火，欺侮没有组织起来的老百姓，激起台湾人民的更大愤怒，纷纷起来抗击清军。杜君英、郭国正、戴穆、林曹、王忠等股起义军都和朱一贵合作，共同进攻台湾府城。经过几次激战，占领府城，开府库，取金银，并获得大量郑成功贮藏的军器弹药，更加强了起义军的战斗力，很快就摧垮了清朝在台湾的封建统治。五月三日，起义军拥戴朱一贵为中兴王，建元永和，布告中外，申述反清复明的宗旨，号召全国人民推翻清朝封建政权。
清水师提督施世骠看到从台湾逃回大陆的文武官员，才知道台湾爆发了农民起义，急忙和南澳镇总兵蓝廷珍率领水陆军前去镇压。乘起义军内部分裂之时，和台湾的地主武装配合起来，击败和打散起义军，逮捕了朱一贵。
朱一贵被捕后英勇不屈，壮烈牺牲，余部分散各地，继续坚持斗争。清朝采用了剿抚并施的政策，利用地主分子瓦解起义军，用阴谋手段招降其他首领和战士，将这场轰轰烈烈的农民大起义镇压。
朱一贵领导的农民起义军虽然被扑灭，但台湾人民的反封建斗争并没有止息，到1786年(乾隆五十一年)，又爆发了林爽文领导的农民大起义。
林爽文原籍福建漳州平和县，早年随父渡海，住在彰化县的大理代庄。后来他的同乡严烟到台湾传布天地会，林爽文应邀入会，并使大理代成为天地会活动的中心，形成一股反抗官府的强大势力，林爽文被推为主。
当时清朝在台湾的官吏异常贪劣，知府孙景燧造户口册，每户都要缴几块“番钱”。同知刘亨基丈量土地，每亩也缴几块“番钱”，激起广大人民的普遍反抗。他们又逮捕天地会员杨光勋、张烈等，张烈逃入大理代。孙景燧派地方武装前往搜捕镇压，但清军行至离大理杙五里的大墩，强迫“村民擒献”，并烧毁几个小村的房屋进行恐吓。林爽文在敌兵压境，人民激愤的情况下发动武装起义，当夜全歼大墩清军，次日攻克彰化县城，杀死孙景燧、刘亨基等清朝官员，出榜安民，获得人民群众的广泛支持。起义队伍迅速壮大起来，称林爽文为盟主大元帅。然后又攻克诸罗、淡水、斗六门、南投等地，并进攻台湾府城。以庄大田为首的南路群众群起响应，攻克凤山。南北两部号称十万之众，控制了台湾西部的大部分地区。
清朝统治者得知台湾农民起义的消息后惊慌失措，急忙派黄仕简、任承恩、徐鼎分兵三路，前往镇压，但他们处处被动，遭到农民军的痛击。清政府调闽浙总督常青亲往台湾督办军务，调广东兵、浙江兵和满洲兵共八千前往增援，但常青困守台湾府城，不敢与起义军接仗。清政府又命协办大学士福康安、领侍卫内大臣海兰察率领从湖南、广西、贵州、四川等省征调的十多万清兵前往台湾，一面用武力镇压，一面利用起义军内部闽粤和漳泉居民的乡土观念进行分化瓦解，将起义镇压下去。
川楚农民大起义
1796年~1804年(嘉庆元年至嘉庆九年)爆发的川楚农民大起义，是清朝统治时期一次大规模农民起义。这次起义的基本队伍是白莲教徒。当时白莲教在河南、湖北、陕西、四川等省广泛传播，特别是在南山、巴山的“棚民”中有着巨大的影响，他们互相援助，“穿衣吃饭，不分尔我”，形成一股与清政权对抗的强大力量。因此，这次起义又称白莲教大起义。
1794年(乾隆五十九年)，在川楚一带活动的白莲教教首宋之清、齐林，被清廷查获。清廷发现白莲教拥有威胁封建政权的强大力量，下令严拿白莲教徒。地方官吏借机敲诈勒索“棚民”和农民，“不论习教不习教，只论给钱不给钱”，因此人民恨之入骨。1795年冬，刘之协、王聪儿(齐林妻)、姚之富、刘起荣、张汉潮等白莲教主要领导人在襄阳开会，提出“官逼民反”的口号，决定分东、中、西三路，于明年辰年辰月辰日(丙辰年三月初十日)同时起义，并派出传教师傅到各地去进行准备。
在湖北长乐、长阳、枝江、宜都传教的张正谟因另一头目黄庭柱被捕，便和聂杰人等于1796年正月十一日提前发动起义，占据灌湾脑，起义队伍很快发展到一万来人。各地纷纷响应，占据山寨，攻拔县城，惩办贪官，阶级斗争的烈火越烧越旺。
同年三月，刘之协、王聪儿、姚之富、刘起荣、樊人杰、张汉潮、张天伦等率领一万人在襄阳黄龙垱起义，进攻枣阳、樊城、襄阳等地，起义军人数很快发展到四五万人。四川、陕西两省白莲教组织也风起云涌，响应起义，起义烈火在川、陕、楚三省熊熊燃烧。
清政府命湖广总督毕沅、西安将军恒瑞、陕甘总督宜绵、四川总督福宁等分别率军镇压起义军，并陆续调遣八旗兵和各省绿营兵参战，集中优势兵力向起义军扑来。在强大的清军面前，起义军采取了流动作战的方式。湖北起义军在王聪儿、姚之富、王廷诏、李全率领下分三路经过河南、陕西向四川进军，他们行军不整队，不迎战，不走平原，数百人一伙，忽分忽合，忽南忽北，清兵对之无可奈何。当湖北起义军在四川东乡和四川起义军会合后，商定编制了青、黄、蓝、白等号，设置了掌柜、元帅、先锋、总兵、千总等职官，研究了作战方略。当清军集中兵力前来围攻时，湖北起义军留下一部分配合四川起义军作战，主力由王聪儿、姚之富、王廷诏率领东归湖北，在湖北西北部和陕南一带打击封建统治阶级。
1798年(嘉庆三年)，明亮、德楞泰率清军主力和乡勇将襄阳黄号起义军包围，王聪儿、姚之富坠崖自杀；王三槐被清军诱骗处死；其他一些首领也先后牺牲。但是起义军仍坚持抗战，一个领导人牺牲，又涌现出一个领导人，此伏彼起，仍以“官逼民反”为号召，领导广大群众继续斗争。
1799年(嘉庆四年)，嘉庆帝处治了大学士和坤、达州知州戴如煌、武昌府同知常丹葵等贪官污吏，将“官逼民反”的罪责归之于个别贪官，以息民愤，并且利用“但治从逆，不治从教”的宣传瓦解起义军，又采取了招抚流民、安置难民、用“筑堡团守”的办法阻止起义军流动作战、整饬清军、撤换作战不力的大员、统一指挥等措施。这些措施虽然不能马上收效，但对起义军的活动造成很大困难。由于起义军比较分散，缺乏统一的指挥，没有建立一个与清朝对立的政权，更没有提出更高的革命目标，各自为战，结果先后被清军各个击破。到1804年(嘉庆九年)，公开的武装斗争基本结束。
这次农民战争长达九年之久，活动在五个省内(川、楚、豫、陕、甘)，是鸦片战争前清朝最大的一次农民起义，它沉重地打击了封建统治者，清王朝从此一蹶不振了。
湘黔苗民大起义
自雍正帝对西南少数民族实行“改土归流”后，“流官”对苗族劳苦大众进行残酷的压迫和剥削，苗汉地主也竟相以举放高利贷和出租土地等方式盘剥穷民，他们以钱谷放账，一二年间就加息数倍。穷苦农民无力偿还，只得用田地、衣服抵债，沦落为佃户，有的甚至卖儿卖女。阶级矛盾空前尖锐，反封建的斗争不断发生。
1793年和1794年(乾隆五十八和五十九年)，湘西、黔东连遭旱灾，但官府的赋税、徭役及苗汉地主的地租、利息有增无减，民怨沸腾。到1795年(乾隆六十年)，处在水深火热之中的苗族劳动人民的反抗怒火总爆发，发动了湘黔苗民大起义。
这次起义的发难者是石柳邓。他在1794年率领松桃苗族人民支援四川秀山县青龙垄汉族人民反抗土司的斗争后，在本年十二月约会石三保、吴半生、吴陇登等到凤凰厅鸭保寨秘密集会，商定第二年正月二十三日，贵州松桃、湖南永绥、凤凰、乾州等地苗族人民同时起义。由于事机不密，起义计划为清朝官吏觉察，石柳邓遂于正月十八日树立起“统兵元帅”的旗帜，提出“逐客民(汉族地主)，复故地”的战斗口号，领导松桃苗族人民提前起义，围攻厅城和正大营、盘石汛的清兵。乾州厅平陇吴八月，以“穷苦兄弟跟我走，大户官吏我不饶”作号召，领导苗族人民攻打厅城。永绥厅黄瓜寨石三保领导苗族人民包围厅城，用刀指着城中的清朝官吏，大声喊道：“问你太爷们!我苗子来告状，还要规矩钱八千八百否?”凤凰厅苏麻寨吴半生也领导苗民杀死清朝总兵明安图、副将伊萨纳等。乾州三岔坪吴廷举率领苗民攻克乾州城，击毙同知宋如椿等清朝官吏弁兵。各地苗族和布依族、土家族人民纷纷响应，两三个月内，起义军的活动范围就扩大到东起沅江，西接秀山、酉阳，南至麻阳，北至永顺、古丈的广阔地区。起义军所到之处，严厉惩处了罪大恶极的清朝官吏和汉、苗地主，使苗族的“百户无一生者”。大灭了地主阶级的威风，大长了人民群众的志气。
清朝对苗民起义极为恐慌，集中云贵、湖广和四川等七省兵力，共十余万人，在云贵总督福康安统一指挥下，一齐向起义军扑来。福康安带兵自南向北，四川总督和琳带兵自西而东，湖广总督福宁带兵从北向南，分兵合围，企图将苗民大起义一举歼灭。义军面对强大的敌军，依靠群众的力量和有利地形，开展“其来我去，其去我来”的游击战争，并在凤凰厅的乌草河、廖家冲一带阻击了福康安部的进犯，在乾州厅狗爬岩歼灭了福宁部六千人，然后乘胜攻克浦市，进攻镇营和永顺、保靖、沪溪等地，挫败了清军的攻势。八月，各部义军推举吴八月为王，领导起义军各部抗击清军，声势更加浩大。
在1795年(乾隆六十年)上半年，清军处于被动挨打的局面，福康安一面以“暴雨山潦涨阻”为辞，掩盖自己的无能，欺骗朝廷，一面用加官封爵，赏给盐粮、布帛等手段收买起义队伍里的地主分子，分化起义军。在金钱官禄的利诱下，吴陇登(原鸭保寨百户)投降清朝，并于十一月出卖了苗民起义的杰出领导人吴八月，削弱了革命力量，使苗民起义进入困难阶段。
1796年(嘉庆元年)五月，清政府指示接替福康安(病死)为清军统帅的和琳将汉族地主侵占的苗地，偿还给降苗，加强了政治攻势。在这极端困难的形势下，义军在石柳邓、石三保和吴八月的儿子吴廷礼、吴廷义的领导下继续坚持战斗，先后在天星寨、结石岗、燕子岩等地打败清军，并惩处了叛徒吴陇登。但石三保不幸被土家族叛徒张子贵诱捕杀害，使起义军受到又一重大损失。
九月，清军在苗族地主的带领下围攻平陇，义军在石柳邓领导下开展了平陇保卫战，一直坚持到十二月，石柳邓在战斗中负伤牺牲，叛徒吴庭梁逮缚吴廷礼、吴廷义投敌。清军分四路围攻，才将义军根据地平陇夺去。
平陇失陷后，义军残部退入山中，武装起义处于低潮。1797年(嘉庆二年)三月，清政府把主力部队调往湖北、四川去镇压白莲教大起义。但苗族等少数民族人民的反抗斗争并没有停止，1797年三月，布依族王囊仙发动武装起义，1798年六月，镇右、前两营附近无业苗民数千人抢割田禾，发动武装起义，展开争夺土地支配权的斗争。他们既反对清政府在屯田的名义下霸占土地，也反对苗汉地主的反攻倒算，戳穿了清朝“苗地归苗”的谎言，给封建统治者以沉重打击。
明未清初西方传教士
