为了给发动战争找一个合理的借口，萨达姆对伊朗宣称拥有位于霍尔木兹海峡的几个小岛的主权表示抗议，并抱怨伊朗没有完全遵守双方在1975年签署的《阿尔及尔协定》——没有按照协议把一小片土地交还给伊拉克。萨达姆给伊朗政府发了一份最后通牒，但是伊朗人没有给予回应。1980年9月，伊拉克部队入侵伊朗，占领了大约150平方公里的土地，并宣称这是伊拉克的领土。随后不久，萨达姆对伊拉克国民大会发表了一个演讲，宣布废除与伊朗在1975年签订的《阿尔及尔协定》。接下来的几天里，伊拉克部队继续深入伊朗领土，炸毁了几座伊朗机场。两伊战争全面爆发了。
萨达姆在言辞中给伊拉克发动的这场战争抹上了越来越浓厚的伊斯兰革命色彩，他也努力呈现出阿拉伯民族主义倾向。战争刚开始时，伊拉克政府发表了一份正式声明，号召阿拉伯人行动起来参加这场“萨达姆的卡迪西亚圣战”。萨达姆给两伊战争冠以这个称号，目的是把它与公元7世纪发生在阿拉伯人和波斯人之间的战争相提并论。在那场战争中，波斯帝国的萨珊王朝被阿拉伯穆斯林军队彻底击败。31萨达姆政府发行了一枚邮票，把公元7世纪的阿拉伯战士刻画成了战斗在20世纪的伊拉克国旗下的伊拉克部队。借助这种手段，萨达姆把两伊战争与早期伊斯兰历史联系了起来。邮票上的萨达姆身穿现代军装，然而他的投影却是一位头戴早期伊斯兰军队头盔，身披斗篷的古代将军形象。邮票中央的星星象征着萨达姆；这颗星的八个角各自代表着萨达姆名字（阿拉伯文字）中的一个字母。一位伊拉克作家写道：“有人打赌伊拉克什叶派穆斯林会背叛自己祖国，与同属一个教派的伊朗人联手，然而泛阿拉伯主义和伊拉克民族主义的力量证明这么想的人错了。”32
1980年11月，萨达姆再次就与伊朗之间的这场战争对国民大会发表演讲。他指出伊朗人是波斯人，而不是阿拉伯人，因此他质疑伊朗人是否真正是穆斯林。他宣称：“一个试图羞辱阿拉伯人的人不能算是一名穆斯林……《古兰经》属于阿拉伯人；先知穆罕默德是一名阿拉伯人；天堂上使用的语言是阿拉伯语；《古兰经》里讲述的故事教训主要来源于在阿拉伯土地上占据主流地位的人际交往活动……有些人颠倒黑白，意图让德黑兰成为（伊斯兰）圣书的发源地。如果这一切是真的，那么万能的真主当初怎么没有从德黑兰选择一位先知？……”33萨达姆在孩提时从舅舅海拉拉那里得到的熏陶就包括对波斯人的深深憎恨；现在，阿亚图拉-霍梅尼对伊拉克什叶派穆斯林的潜在影响力进一步加深了萨达姆的反波斯人情绪。
20世纪80年代早期，伊朗军队有效遏制了伊拉克的入侵，成功迫使萨达姆的部队采取守势，并且还对伊拉克领土内的一些重要经济和军事地区实施了轰炸。1982年，以色列军队入侵黎巴嫩，萨达姆从伊朗撤出了部队。然而，伊朗军队采取了越来越咄咄逼人的攻势，对伊拉克部队造成了越来越大的压力。受到形势鼓舞的阿亚图拉-霍梅尼提出，要实现停火，伊拉克必须作出巨额赔偿，而且萨达姆-侯赛因必须辞去所有职务——很显然伊拉克人不能接受这样的条件。34然而，到了1984年，这种军事胶着状态发生了转变。伊朗的军事供给出现短缺，而萨达姆则能够从苏联、法国和埃及等国购买武器和其它重要物资。到了1987年，伊拉克成了世界上最大的武器进口国。35
1985年春天，萨达姆再一次扩大战争规模，他出动伊拉克空军部队对30个伊朗城市（其中包括德黑兰）的民事目标进行轰炸，目的就是为了“威慑伊朗平民并降低他们的士气”，此外，萨达姆还对伊朗军队使用化学武器。一位记者写道：“侯赛因发动了一场战争，但他很快发现他不能赢得这场战争，随后他又意识到短时间内他不能结束这场战争了。因此他再一次作出了疯狂的举动，在战场上使用国际上明令禁止的武器，给伊朗的各大城市带来了严重的破坏，并造成了极大的人员伤亡。”36作为报复，伊朗向巴格达发射导弹，并对几个伊拉克南部城市进行轰炸。1987年1月，巴士拉附近爆发了一场特别残酷的战斗，大约2.5万名伊朗人和1万名伊拉克人失去了生命。
两伊战争并不仅仅是一场争夺土地、争夺石油、争夺军事优势的战争——尽管它的确是由这些事情引起的。两伊战争还是一场个人政治影响力的角斗：决定哪一个领导人——霍梅尼还是萨达姆——将会成为中东地区影响力最大的领导人。两国领导人都公开寻求推翻对方。这场战争还与意识形态有关：萨达姆的阿拉伯复兴主义和霍梅尼的伊斯兰主义，哪一个能成为本地区的主流意识形态？萨达姆的阿拉伯复兴党主义和阿拉伯民族主义能否具有足够多的伊斯兰色彩，以吸引在该地区逐渐盛行的伊斯兰主义思潮？霍梅尼的伊斯兰主义是否包含了足够多的民族主义色彩，以发动伊朗人击退伊拉克人对伊朗领土的入侵？在某些方面，两伊战争是一场关于意志力的战争——两国领导人互不妥协，使得战争变得越来越惨烈。他们的不妥协态度是最终导致这场损失巨大的长期战争的主要原因，然而出现这种情况在一定程度上还要归因于地区和国际势力的干预，它们不断涉入这场代价高昂的冲突中。伊拉克具有一定军事优势，部分原因是它从阿拉伯世界和一些西方国家得到了一些军事和经济帮助；然而伊朗拥有一支更为庞大的军队，并且作了大规模的战争动员，这使得双方处于一种势均力敌的状态。
