5月27日。理藩院奏请调查蒙古、新疆司法等事。理藩院奏请派员前赴蒙古、新疆二地调查司法、教育、商务等事项，并提出了具体的调查内容、范围和办法。调查内容主要有三项。（一）司法，如“筹设审判厅、改良监狱、添设习练所等类”。由于少数民族与汉族争讼的案例，审判官员也有民族差异，在审判权限上存在划分难度。此次调查意图解决这个问题。（二）教育，蒙古地区盛行黄教（喇嘛教），为防止人民迷信过深，清廷在各盟旗设立学堂。此次调查意图考察已设立学堂的地区教育宗旨“是否纯正，不染歧途”。（三）商务，蒙古商务一向以茶叶为大宗交易，而西伯利亚铁路开通后，由于交通便利，且俄商茶叶价格低于华商，华商的权限又严于俄商，致使华商茶叶销量大减，“不及前额十之三四”；又蒙古地区素来重视畜牧，皮革为出口大宗，“唯不知教养之法，顿形销减”。商务是这次调查的重点。
川汉铁路公司呈四川总督，请电奏收回铁路国有成命。
5月28日。中国邮政改归邮传部。此前，邮政属海关办理，改归邮传部后，在北京设立邮政总局，各省会设立邮政管理局，各府州县镇乡设立一、二、三等邮局、支局、邮寄代办所或信柜。
四川铁路公司举行临时股东准备会。四川谘议局常驻议员、各法团代表及铁路公司股东722人出席。以龙鸣剑为代表的同盟会会员坚决反对铁路国有。一些立宪派人士主张有条件地接受铁路国有。
5月31日。湖南巡抚杨文鼎代谘议局呈请，湘省铁路力图自办，不甘借债。清廷传旨严行申饬。
王人文上奏清政府，要求暂勿派员收路，俟按照公司律召开股东大会后，再行决定。
学部奏准设中央教育会。该会为中央教育议事机关，辅助学部征集全国有关教育意见。是日，学部奏准设立该会，并公布章程14条。
加拿大温哥华同盟会成立，推冯自由为支部长。
6月
6月1日。文学社开代表会议，决定与共进会联合，并成立阳夏支部。
盛宣怀、端方电署四川总督王人文告以度支部决定的川汉铁路股款处理办法：除公司在上海倒折之款不予承认外，所有川路现存及已用之款，一律填给铁路股票。如川人定要筹还现款，则必借洋债，并将以川省财政收入作抵。拒绝川人希望用路款自办支路和矿务的要求。
6月2日。对于王人文上奏川省绅民请暂缓接收铁路一事，清廷传旨，严行申饬王人文、四川谘议局和川路公司。
6月4日。宪友会在北京成立。随着国会请愿运动的更番起落，各省谘议局和中央资政院的相继设立，使立宪派加强了联系，逐渐出现了筹建政党，为竞选国会议席做准备的拟议。是日，各省谘议局联合会孙洪伊、徐佛苏、雷奋、汤化龙、谭延、林长民、蒲殿俊等发起，在北京湖广会馆召开宪友会成立大会。经过投票，选出雷奋、徐佛苏、孙洪伊三人为常务干事，籍忠寅、李文熙、谢远涵三人为候补常务干事，另有干事若干人。大会决定宪友会总部设在北京，各省设支部，并推定了各省负责人。其宗旨是发展民权，完成宪政。其政纲有六条：（一）尊重君主立宪之政体；（二）督促责任内阁；（三）厘定行省政务；（四）开发社会经济；（五）讲求国民外交；（六）提倡尚武教育。随后，各省宪友会相继成立，其中以湖北、湖南、四川、江苏等省声势最盛。
6月10日。各省谘议局联合会反对“皇族内阁”。立宪派对“皇族内阁”大感失望，于是在北京召开谘议局联合会第二次会议，上书力争，称君主立宪的唯一原则就是君主不但负责任，皇族不组织内阁。要求解散皇族内阁。但是他们遭到了清廷的斥责。本日，各省谘议局联合会又向都察院呈递了《亲贵不宜出任内阁总理，请实行内阁官制章程，另简大员组织》的奏折，再次申明上述主张，但清政府仍然置之不理。
张謇自汉口北上，路过彰德，晤袁世凯，讨论时事。
6月11日。两广总督张鸣岐奏，干路收归国有，请从速决定归还股本办法。
立宪派、川汉铁路公司股东邓孝可，在《蜀报》发表《卖国邮传部！卖国奴盛宣怀！》文章，痛斥盛宣怀所订借款合同。
《妇女时报》在上海出版，月刊。
6月12日。四川铁路公司致电各州县租股办事处，告以“歌电”内容。电报局奉邮传部令，拒绝收发关于铁路问题的电报。四川绅民散发传单予以揭露，铁路公司拒绝查账。
6月14日。湖南常德、长沙发生水灾由于长江流域本年雨量较大，江水骤涨，淹没湖南长沙、常德等二府所属州县。灾区范围之广，受灾程度之深皆为前所未有。受灾地区水深一丈有余，较高处也积水六七尺不等，不但庄稼全部被淹，而且房倒屋塌、人畜漂没，损失极其惨重。
6月15日。有人倡议抵抗收回粤省铁路，不用官发纸币，纷纷持票领银，牵动广州市面。清廷准张鸣岐向外国银行订借现款500万两，周转市面，并命认真弹压，有敢作乱者，格杀勿论。
上海发生地震。夜里10点半，发生地震，历时10秒至11秒之久。室内所挂之灯大为摇动，离开中心约一尺，摇动约二分钟始已。地动使人眩晕。震时黄雾满天，月色朦胧。震后云开雾散，星月灿烂。室内的人们纷纷外出站立数分钟之久。这次地震没有造成伤亡。
6月16日。广东铁路公司股东反对铁路国有。清政府关于铁路国有的上谕发出后，广东民情激愤。是日，广东铁路公司召开股东大会，到会股东千余人，一致坚持商办，反对清政府的卖路政策，特别是爱国侨胞表现更为坚决。大家纷纷表示誓死不接受“铁路国有”政策，有谁敢劫夺商路，格杀勿论。
6月17日。清政府宣布收回川汉、粤汉铁路的详细办法。度支部、邮传部会奏川汉、粤汉干路收回的详细办法，要点是：（一）广东铁路全系商股，现每股优先发还六成，其余亏耗的四成，发给国家无利股票。路成获利时，在该路余利项下，分15年摊给。（二）湘路商股照本发还，其余米捐租股等，发给国家无利股票。（三）鄂路商股一律照本发还，动用赈济捐款，按湖南省湘路米捐租股的方法办理。（四）川路现存700余万，如股东愿入股，全数更换为国家保利股票，五年后分15年还本；并可随时抵押，分得余利。除倒账外，宜昌已用款400多万两，发给国家保利股票。又宜昌开办费33万两及成渝各局费用若干，发给国家无利股票，与粤路一律，悉归本省兴办实业之用。
四川保路同志会成立。川汉铁路总公司在成都召开临时股东大会，经过讨论决定：川路是光绪皇帝批准川民自办，不能收归国有。借款条件太苛刻，尤其不能接受。恳请署四川总督王人文迅速电奏清廷，求其收回成命。他们表示，如果请求得不到批准，四川人民将力争到底。当时到会的共有2000多人，在讨论到合同对于国家和铁路存亡的关系时，一时间哭声震天。与会人员当场决定成立四川保路同志会，由省谘议局局长蒲殿俊任会长，罗纶任副会长。接着，各府州县纷纷响应，成立了分会，参加群众达数十万。重庆以及县、镇、街道都纷纷成立分会。学界和妇女界分会也迅速成立。
6月18日。孙中山抵旧金山筹款。孙中山从纽约抵达旧金山，将同盟会与致公堂联合，并成立洪门筹饷局（中华革命军筹饷局），对外又称国民救济局。此前，美国华侨大部分多为洪门会门徒（致公堂），致公堂总部对同盟会所倡导的革命心存疑虑，筹饷之事迟迟不见进展。至本年4月27日，同盟会在广州举行黄花岗起义的消息传到旧金山，致公堂总部大受震动，态度迅速转变。
6月19日。王人文奏，川汉、粤汉铁路借款合同丧权辱国，请将盛宣怀治罪，然后提出修改，以救危亡。
6月20日。清政府任命张謇为中央教育会会长，张元济、傅增湘为副会长。
6月22日。江西抚州（今临川）乡民四五千人，捣毁积谷绅富家及米店。建昌（今南城县）乡民七八千反对绅富囤积米谷，捣毁县署。
6月23日。清廷颁布内阁属官官制及内阁法制院官制，任命官员，裁撤宪政编查馆、吏部、中书科、稽察钦奉上谕事件处、批本处等衙门，新内阁的建制宣告完成。
6月26日。清政府命令改订资政院院章。资政院建立的法律依据是资政院院章，清政府制订的资政院院章先后于1908年（光绪三十四年）与1909年（宣统元年）分两次公布。本年5月8日颁布内阁官制，撤销了有180余年历史的中央辅政机关军机处，成立了以原首席军机大臣奕为首的皇族内阁。由于这—大的变动，资政院院章中原有的与军机大臣、部院衙门有关的条款必须作相应的修改。
6月27日。署理四川总督王人文将罗纶等2400余人签名批驳铁路借款合同的原件及公呈人全体姓名上奏，并附相片自请处分。
6月28日。湖北宜昌川汉铁路股东联合农民两千余人，捣毁该地铁路公司机器房，宜昌城内罢市。
7月
7月3日。清政府颁布资政院改订章程。该章程凡65条，与原章程相比，资政院权力大为缩小。如：原章程规定资政院临时会由总裁、副总裁或半数议员陈请，候特旨召开。现章程改为“由特旨召集”，资政院失去了奏请权。原章程规定，资政院在处理省谘议局与督抚的争议时，可据实陈奏，现改为咨送内阁核办，或咨国务大臣具奏请旨裁夺。资政院改变议事日程，也要取得行政衙门同意。又将原章程中的法定有效人数由2／3降为“过半数”，到会过半数即可通过议案，以此防止议员抵制会议。这样的资政院根本不具备议会性质，只是政府的御用工具。
7月5日。谘议局联合会要求重组内阁。皇族内阁成立后，立宪派人士备感失望，于是有各省谘议局议长、副议长及议员上书，力陈皇族内阁不合君主立宪国公例，仍请另选大员组织内阁。呈文本日由都察院代递，当天即遭清廷严厉斥责：黜陟百司，系君上大权，载在先朝钦定宪法大纲，并注明议员不得干涉，乃该议员等一再陈请，议论渐近嚣张，若不亟为申明，日久恐滋流弊。
7月8日。杨守仁在英国投海自杀。杨守仁，原名杨毓麟，字叔士，又名笃生，湖南长洲人，1872年生。戊戌维新前夕，湖南实施新政，设亿时务学堂，以梁启超主持讲席，杨守仁与唐才常任教授。戊戌政变，杨守仁几遭不测。后东渡日本，与革命党人黄兴、刘揆一、陈天华关系密切，开始鼓吹政治民族革命。之后曾组织拒俄义勇队，设暗杀团。1904年夏曾谋炸颐和阅和内城宫殿，未遂。同年，因长沙起义火败被通缉，故改名杨守仁。1905年，领导吴樾等人谋刺五大臣，吴樾以身殉国。1908年随蒯光典往欧洲，留学苏格兰爱伯汀埠。本年春，杨守仁得知广州起义失败，尤其是误闻黄兴蒙难，忧伤过度，夜不成寐。后又听说列强有瓜分中国之说，旧疾复发，愈不成眠，于本日在英国利物浦港投海自尽。
7月9日。安徽无为州发生水灾。是年春夏之际，安徽淫雨成灾，以无为州最为严重。江皖查赈大臣冯煦电奏云：本月（阴历六月）十四日，皖省无为州五里碑地方，圩破五十余丈，又上下九连等处百七十七圩，全行淹没。另外，盛宣怀奏折描述：无为州灾情尤为惨酷，灾民无处栖身，因粮食短缺而嗷嗷待毙者无数。上下九连等各个圩村一片汪洋，水深高及树巅，村落庐舍全被浸淹。灾民们或蜷伏于高地上，或挤在小船中。为寻活路，已有十数万灾民过江乞讨。（盛宣怀）路过雍家镇时，看到和州官八圩形势也岌岌可危，保大圩已有决口处。
7月10日。蒙古王公密议联俄独立。外蒙古亲俄派王公杭达多尔济等蛊惑活佛借献“丹书克”的机会，举行外蒙古四部会盟。会中杭达多尔济突然提出联俄独立问题。因多数王公不肯附会，会议毫无结果。杭达多尔济便联合少数赞成独立的王公、喇嘛18人，开会密商，决定投靠沙俄，脱离中国“独立”，并推举杭达多尔济等人为代表，前往俄国求援。
湖南常德发生水灾。湖南常德夏季遭受暴雨狂飙袭击，湖江水势骤涨，几乎与常德府城平齐，所属各县同被淹灌，死亡人口甚多，“牧畜器物，荡尽无余”。
江西新昌、乐安、永新、兴国等县乡民聚众抢米，捣毁县署。
7月11日。日俄国抗议美德对华实业借款。本年4月15日，清政府与四国银行团签订借款合同。四国银行团中没有俄、日，故引起两国不满。它们指责合同第16款使银行团在东北取得了垄断地位，违背了“门户开放”原则，侵犯了它们的利益，于本日提出抗议。四国银行团为取得俄、日两国谅解，不断让步，但俄、日态度强硬，毫不妥协。
7月13日。英、日在伦敦签订第三次同盟条约。规定两国为其在东亚及印度之“特殊利益”，实行攻守同盟，为期十年。
7月14日。川汉铁路公司宜昌分公司四万多工人反对铁路国有。
7月16日。盛宣怀、端方收买李稷勋破坏保路运动。为分化瓦解保路运动，盛宣怀、端方怂恿川汉铁路公司驻宜昌经理李稷勋侵夺路款。在铁路收归国有之初，李稷勋曾表示愿意争路，但重在路款的争回。为此，他不惜违背保路同志会的宗旨，径往北京与盛宣怀作秘密交易。是日，李稷勋擅自呈文邮传部，接受查勘大员清厘铁路款项，以旧历五月初一为界限，此前支出各款妥订归结办法，此后去留事项统候邮传部裁夺。他同意将川汉铁路现存路款附着国家路股续修宜昌至归州段铁路，并以宜昌川汉铁路董事局名义电成都股东会，建议附款筑路，停争路权。李稷勋的建议投合盛宣怀、端方的意图。作为回报，盛宣怀让李稷勋仍主持宜归段路工。盛李勾结后，盛宣怀曾嘱咐端方：“宜秘密，勿使人知为政府所愿”。
7月17日。中央教育会开会。本年4月29日至5月12日，全国教育联合会在上海江苏教育总会开幕，其间向学部提出五项议案，要求学部施行。为回应此项议案，中央教育会于本日开会。到会者138人，会议18次，议决12案：（一）军国民教育案；（二）国库补助推广初等小学经费案；（三）试办义务教育章程案；（四）规划地方教育经费案；（五）振兴实业经济案（以上五案由学务大臣交议）；（六）停止实官奖励案；（七）变通考试章程案；（八）初等完全师范学堂改由省辖案；（九）全国学校讨论会办法大纲案；（十）统一国语办法案；（十一）国库补助养成小学教员经费案；（十二）变更初等教育方法案（以上九案由会员提议）。
7月20日。清廷设典礼院。随着晚清官制的改革，原礼部所辖事务多被其他新置机构分割。学校被学部掌管，科举废除，外务部掌管一切外交事务。是日，礼部改为典礼院，以协办大学士李殿林为掌院学士，所有礼部旧管事项，有关于行政者，均划归各行政衙门管理。其各衙门旧管之关于典礼，无关行政，应归该衙门管理事项，为划入该院管理。为突出皇族的尊贵，典礼院章程规定：典礼院具奏，不经内阁，本院所管事务，有应行晓谕军民人等者，可分别咨札该管衙门办理。典礼院类似于皇家私人机构，凌驾于其他行政机构之上。
7月21日。清政府派驻爪哇领事。
