心智，这是人类引以为傲的天赋，也是我们区分动物等级的首要标准。几乎从掌握科学以来，人们就没有停止过对其的探索，科学家也一度梦想着通过科技手段创造心智，或者叫做灵魂。
经过长期的努力，这个顶级难题终于被两位天才科学家联手攻破，他们创造出了可以像人类一样可以思考，具有感情的机器人。人们将这种机器人命名为半人类“雷普利”（Reploid）。
雷普利的问世轰动一时，人类找到了造物主般的成就感，被创造出的半人类也带着各自的梦想不断成长。但是他们的科学价值很快就被实用前景所取代。因为不同的需要，大量雷普利被投入到风险极高的工作中，之后为了更好地完成越发艰巨的任务，一种专门用于战斗的雷普利（ReploidofCombatantKind）应运而生，他们被命名为“洛克人”（ROCKman）。
洛克人的存在使得许多不可能成为了可能，其中最浩大的工程是在月球表面建立空间基地。无数的洛克人驻守在那里，而负责领导他们的是专门为了月面基地计划而开发的“超级机器人”（西格玛sigma）。
然而人们万万没有料到的是超级机器人搭载的最尖端系统存在着致命的缺陷，这个缺陷最终导致其人格在一次应对外星侵略的行动中崩溃，月球的领袖堕落为残暴的异常体并开始无差别攻击地面上的目标，致使人类和半人类都陷入了恐慌。为了应对这起突发事件，一支由人类和洛克人组成的部队被派往月球讨伐异常体西格玛。一场惊心动魄的大战过后，人类的部队终于迎来了最后的胜利，但代价是异常惨痛的。参与行动的人类有六成在战斗中丧生，而洛克人为了保护人类，仅仅有两名幸存，这两名幸存的洛克人也是最终歼灭西格玛的英雄，他们就是X和zero。
西格玛事件极大地动摇了人类对雷普利的信任，世界很快就分成了两大阵营，一方是支持继续开发雷普利的激进派，另一方是提倡销毁或削弱雷普利的保守派。两大阵营的斗争愈演愈烈，最终导致早已统一的世界变得分崩离析，寡不敌众的保守派分子被连同大批雷普利驱逐出境，在他们即将山穷水尽之时，X加入了他们的阵营，并协助他们击退了追兵。幸存者们最终在一块不毛之地上白手起家，最终建立了人类和雷普利共存的乌托邦——阿卡迪亚共和国。曾经两次拯救他们的英雄X被推选为共和国的领导人，并被这些敬畏着洛克人的人类以及半人类尊奉为“蓝色救世主”。
但是阿卡迪亚建国后仍然难免战争的命运，时常受到反对派和外敌的袭扰，而其中最强大的是曾经拯救了地球的另一位英雄，zero旗下的让阿卡迪亚军闻风丧胆的特种作战部队“零番队”。零番队强大到即使是洛克人X亲自出战，也仅仅能够确保突围，根本毫无胜算。在一次行动中，X偶然遇到零番队正在围攻四名伤痕累累的洛克人，虽然寡不敌众，但他们默契的配合和超群的战斗力居然让势不可挡的零番队陷入了苦战。经过了慎重的考虑，X召集了阿卡迪亚的全体主力与四名洛克人里应外合，最终击败了不可一世的零番队。
四名洛克人十分感激X和阿卡迪亚军的解围，义无反顾地加入了阿卡迪亚军，并通过屡次作战中的出色表现被阿卡迪亚民众尊为“四天王”。四天王的参战让整个战局出现了逆转，阿卡迪亚不仅可以成功守住防线，甚至可以主动出击将领土向外扩张。激进派开始对此感到恐慌，为了对付阿卡迪亚，他们祭出了最后的王牌，欧米伽（Omega）系统。而为了解零番队被重创之恨，zero主动请缨驾驶欧米伽向阿卡迪亚进军。前来阻击的部队纷纷不敌，战斗到最后的只剩下四天王和X。一场苦战之后，欧米伽系统终于被击毁，怒不可遏的zero与已经身负重伤的四天王展开了最后的决战。
在战斗中，为了保护X，隐将梵托姆被zero腰斩，在意识到自己可能成为战友的累赘后他选择了自爆。余下四人带着仇恨全力反击，激烈的混战中贤将哈尔比亚和zero互相砍掉了对方的一只手臂，致使zero瞬间落于下风。穷途末路的zero向昔日的战友X发起了最后的冲锋，但已是强弩之末的他随即被愤怒的妖将利维坦阻击，失去了另一只手臂。X趁机破坏了zero的动力系统，使其丧失行动能力。
Zero失败之后，激进派大势已去，阿卡迪亚军在余下三天王的带领下发动了大规模反击，歼灭、驱逐和俘获了大陆上所有的反对派，使昔日的阿卡迪亚共和国扩张成地球上最大的国家——阿卡迪亚帝国。
强盛的阿卡迪亚在X的治理下长治久安，但人类和半人类的矛盾此时又显现出来。保守派人士惧怕雷普利和洛克人的力量，强烈的信任危机使社会的和谐稳定受到了致命的威胁。为了安抚人类，稳定治安，X在保守派的呼声中制定了包含《雷普利条约》在内的《阿卡迪亚宪法》，明令指出任何伤害到人类的半人类都是阿卡迪亚的罪人，他们会被打上“异常体”的罪名，必定要受到严厉的制裁。
然而这项法案并没有受到所有人类的支持，多数人只是半推半就，直到这项矛盾被一个意外事件彻底点燃……
