其实在连续削废五藩时，建文君臣的主要心思一直都放在燕王朱棣的身上。当燕王朱棣为周王议罪书的“回答”上书送达南京时，建文君臣还为此展开了一番热烈地讨论。讨论其实并无新意，无非是揣测其有无不良居心。
依照齐、黄二人的意思，对燕王朱棣下手要立足于快，着眼于狠，不能有丝毫的犹豫，不然就会越来越难以应付。
建文帝并不是傻子，他当然也能意识到问题的严重性。骨子里的文弱和儒生的性格局限束缚了他的手脚。他与那些臣子们所处的地位不同，毕竟是向自己的亲叔叔动手。于情于理，都难以说服天下人心，他不能操之过急，要一步一步地慢慢来。
齐、黄毕竟年长于建文帝，社会阅历也相对丰富，所以他们不停地催促建文帝早早动手。
建文帝被催逼急了，也只能无可奈何道：“我一直叫人密切注意北平燕王的动态，可实在找不出任何破绽，我能够以什么罪名来削废他？”
齐、黄二人真是被自己的皇帝逼急了，都到了箭在弦上不得不发的关键时刻，朱允炆还在那里不知进退。堂堂帝国的皇帝要给藩王按个罪名，是难事吗？显然不是。先帝朱元璋在这方面不是做出了很好的表率吗？有样学样就可以了。
按照齐、黄二人的意思：拿燕王给周王议罪书的“回执”来做文章，虽说那份“回执”写得毫无破绽，可文字里还是透出了为周王求情的意思。既然周王有罪,为其求情的燕王又怎能独善其身？就以燕王与周王“连谋”的罪名将二人一并拿下。
在传统的专制社会里，对或者错并没有真正的标准与界限，话语权往往是掌控在那些嘴巴大、拳头硬的位高权重者手中。大臣们已经做好了准备，建文帝却还在犹豫之中。当齐、黄二人提出将燕王与周王一并拿下，朱允炆说了一句莫名其妙的话：“朕即位未久，连黜诸王，若又削燕，何以自解于天下?”
碰到建文帝这样优柔寡断的领导，就是上天赐予再好的机会也是白搭。事实上当时齐、黄的建议如果能够被建文帝立即采纳的话，局势对建文朝廷还是很有利的。当时朱棣正在“养病”，建文朝此时动手正好打得朱棣措手不及。
当齐、黄向建文帝建议发兵时，朱允炆是这样回答的：“燕王智勇双全，善于用兵，即使他现在在生病，恐怕朝廷也难以将其拿下（燕王智勇善用兵，虽病，恐猝难图）。”
这真是猛虎虽病，也能吓退活猫。建文帝对燕王朱棣的忌惮到了令自己深感恐惧的程度。忌惮归忌惮，朱允炆还是对燕王大本营北平进行一系列防范性的布防。一是将其困在北京城动弹不得，二是想办法削弱朱棣的兵力。从军事层面上来看，建文君臣对燕王朱棣的防范做得还是很到位的，中央军将整个北平城里三层外三层都控制起来。同时建文君臣以帝国安全的名义，将燕王府的主要兵力抽调出去防范蒙古；按照正常推理，这时候燕王府的兵力是不足为虑的，三个多月后，燕王朱棣起兵的时候手里也只有区区八百人。
军事人才的严重匮乏，是削藩战争的最大问题。建文帝新任命的张昺、谢贵和张信三位封疆大吏中前两位无能，最后一个张信后来成了叛徒。建文帝对此人缺乏了解，只是听信大臣的推荐才重用于他。
经过洪武时期的血腥清洗，朱元璋留下的武将只有耿炳文和郭英两位侯爷。耿、郭二人戎马一生，能够在朱元璋的铁血酷律之下逃生，可见他们的忠诚度是值得信赖的。
如果建文君臣能够在军事的人士安排与布防上多向两位侯爷请教，也许结果就会不一样。虽然朱棣起兵时只有800人，可等到他打出旗号，已经被朝廷调拨给别人指挥的原先他的部下纷纷阵前倒戈，燕王军队由800人直接就发展到几万。其中的奥秘就在于军队的长期上下级隶属关系所积淀的“效应”，决非是一时军队人事调动所能奏效的。所以说，北平布防实际上是等于在向朱棣下宣战书。
朱棣见到建文帝对北平城进行层层布防，心中还是有所恐慌的。朱棣身边虽然没有“三驾马车”，却也笼络了一批高人。其中有和尚道衍（俗名姚广孝）、算命先生袁珙、金忠等。这些人的社会身份虽然都是来自于江湖，可他们的智谋却丝毫不逊色于建文帝身边那“三驾马车”。
北平城的局势对朱棣十分不利，城内城外全在朝廷的掌控之中。朱棣想要摆脱这种困境，可是双方实力上的悬殊，让他有想法却没办法。和尚道衍等人的建议是，先放下皇叔的架子，学会低调做人。对外规规矩矩遵纪守法，暗地里厉兵秣马伺机而动。
北京城里刀已出鞘马也上鞍，虽然一切都在秘密中进行，可生活在南京城里的建文皇帝还是知晓了一切。原因是有人告密。告密者是朱棣的小舅子，明朝开国大将中山王徐达的大儿子徐辉祖。徐辉祖以探亲的名义去过几趟北京城，他觉察出了燕王府里弥漫着的杀气。他将自己掌握的情况告诉了建文帝，并提醒皇帝要有防范之心，应对之策。
建文元年（1399）正月，燕王府长史葛诚来南京奏事。建文帝将其拉拢，并让他返回燕王身边作为朝廷的内应。建文帝加强对北平和燕王府的侦查、监视等类的谍报工作，内部有葛诚内应，外面又命刑部侍郎暴昭、夏原吉等人作为采访使分巡天下。
建文帝的间谍战和巡视，还是起到了震慑作用。燕王朱棣能够感觉到刀锋掠过脖颈的丝丝寒意，这种寒意让他不敢存有丝毫的懈怠。
这是一场紧张又激烈的政治场上的心理战和谍报战，谁将笑到最后完全取决于双方的心理素质、个人性格和时间等诸多因素。
对于朱棣来说，从北京到南京，千里之外也挡不住权力路径之上的步步惊心，危险无处不在。他如果一味地采取守势，那么最后只能是坐以待毙。
考虑了很长时间，朱棣决定以攻为守。决定亲自前往南京一趟，摸摸对方的底细。按照朱元璋定下的祖制，地方藩王在没有得到皇帝允许的情况下是不能随便离开自己藩地的。朱元璋在他的遗嘱中曾经立下规定“诸王临国中，无得至京。”就连朱元璋驾鹤西去时，藩王们也不能前去送行，只能在自己的封地尽孝举哀。
