双方的出场论争是围绕哈维的血液循环和笛卡尔的身心观展开的。早在1640年，勒卢阿在课堂上宣传哈维的血液循环理论，被弗特等人逮住在校园里大加讨伐，说他离经叛道，宣称与宗教学说相背离的思想。我们知道笛卡尔也是哈维学说的拥护者，保守势力明白，宣传哈维的思想其实就是间接地宣传笛卡尔的学说。所以他们便对勒卢阿群起而攻之。偏偏这个勒卢阿，年青气盛、城府不深，不是先避其锋芒，而是单刀匹马就和人家干上了。斗争一开始还在学术论辩的形式下进行。双方你来我往，说着说着，就说到笛卡尔的神学学说上来了，在当时占统治地位的是亚里士多德小形式质料说和经院哲学的实体说，笛卡尔的身心二元论显然是有背传统，可勒卢阿就是这样不加修饰的为笛卡尔辩护，学者们就是喜欢接受新思想新观念。沃埃特尽管使出浑身解数，也抵挡不住这股新思潮在校园里“泛滥成灾”。勒卢阿的反驳让校长很没面子，情急之下，搬出当地行政大员来对斗争施加影响。结果，勒卢阿发表的文章被没收查禁了，而且沃埃特还利用自己校长的特权解除了勒卢阿教授哲学的资格。勒卢阿有些招架不住了，忙将战况函告笛卡尔，请求主帅出山。
其实，笛卡尔对校园里的这种斗争并不热心，他也多次规劝勒卢阿等弟子、信徒们要注意策略，要从长计议，不要图一时之勇。此时正是1642年5月，笛卡尔正忙着他的《沉思集》和答辩，无暇与沃埃特之流计较。可这个沃埃特也真够黑的，整倒勒卢阿根本不是他的目的，他要通过这种敲山震虎的办法逼笛卡尔出来应战。目的就是要把笛卡尔连同他的学术批倒批臭、扫地出门，以彻底消除笛卡尔思想在校园乃至整个荷兰的影响。
笛卡尔心里明白，自己的思想本来就很招惹是非，再加之还有个法国移民的身份，很容易被人利用。而且这样做也不符合他一贯的生活守则，他不愿意把精力耗费在无意义的争辩中，在笛卡尔看来，真理不是在争辩中而是在思考中发现的。
见笛卡尔不就范，沃埃特急了，他指使其弟子格罗宁根大学教授斯古克（此人后来升任格罗宁根大学校长）撰写诽谤笛卡尔的小册子《笛卡尔哲学》，沃埃特积极给斯古克提供资料，还帮忙修改，在文章中增加了许多攻击和谩骂的文字。在即将印刷时，沃埃特还特意写了一个前言，在前言中专门透露了笛卡尔写给丹尼特的信，在信中笛卡尔是这样勾画沃埃特的：“有这么一个人，他被当今这个地方的人视为神学家、传教士、信仰卫士。他通过喋喋不修的训诫，肆无忌惮地抨击现行天主教，排斥异己，打击代表时代精神的力量，正是凭借这些手段，他爬到了受人尊敬的高位。对于宗教，他表现出充满热烈纯真的执著；布道中间夹杂着诙谐，颇能取悦于教众的听觉。他不断地出版一些不值一读的小册子，频频引证许多作者的言论，尽管有些言论不是支持他，而是反对他。他奢谈每一种可能的科学，仿佛他是科学的行家，因此他被视为无知中的学者。”可见沃埃特在笛卡尔心中是何等形象。不过，这个原本属于私人信件，一到沃埃特手中，便成了笛卡尔诽谤他的证据。而且，笛卡尔还多次把沃埃特与神学家、宗教等词句联系在一起，这很能让不明真相的人相信，沃埃特是因为宣称宗教而遭到诽谤的。再加之斯古克把笛卡尔的哲学说成是无神论、反基督教的理论，这就使双方的争论由个人关系变成了无神论者和正统神学之间的斗争。这种无限·上纲的伎俩也只有沃埃特这样的学棍和政客才使得出来，因为他们总是需要借助政权的力量来达到自己学术之内达不到的目的，他们往往是靠封住别人的嘴来掩饰自己的理屈词穷。这种人最卑鄙！
笛卡尔这次可是坐不住了，他隐约感觉到那一顶顶“帽子”背后充满着杀机，关心他的朋友也纷纷来信要求他澄清事实真相。其实，早在这本小册子印刷期间，笛卡尔就陆陆续续得到该书的一些信息，他当即致函沃埃特，对斯古克的这本小册子进行了猛烈的抨击，对该书前言中提到的那封信也做了解释，笛卡尔这样做还是希望息事宁人，以免事态进一步扩大。可是沃埃特并不买账，继续对笛卡尔进行攻击，这种人，在理论上虽说不出什么道道来，但在罗织罪名方面却说得头头是道。笛卡尔激怒了，他奋起反击沃埃特和他的弟子斯古克，使论战达到白热化的程度。
如果是纸上论战，这些学术上的次量级拳手，确实不堪一击。可笛卡尔心里清楚，这些人根本不是和你理论是非的，他们是要通过这些罗织的“罪名”置人于死地。这时沃埃特又出版了本《关于圣母玛丽亚》的小册子，诽谤、攻击市政当局的有关政策。笛卡尔读过后，凭直觉他判断这与诽谤他的那本小册子出自同一个人手，都是斯古克写的。这时沃埃特仍然躲在幕后操纵着这场斗争。笛卡尔想，如果能证明这两本小册子是出于同一作者之手，就能把沃埃特操作论证的真相揭露出来，也能把他诽谤笛卡尔和市政官员的事联系起来。可是笛卡尔苦于没有证据，一时也没有办法。这样一晃就是4年，期间沃埃特和他的同伙还是不屈不挠地纠缠着，时而匿名信、时而公开声讨，沃埃特还利用校长的特权，以学校的名义宣布笛卡尔有罪。正在沃埃特一伙为他们的讨笛成功弹冠相庆的时候，沃埃特为自己表功的一封信件落到了笛卡尔的手中。沃埃特在信中得意洋洋地宣称，他就是要指使斯古克等人把笛卡尔搞臭，使其思想在学校和社会上没有市场。笛卡尔看到这封信如获至宝，即与沃埃特订正事实，在白纸黑字面前，沃埃特也无法抵赖，只得承认自己操纵辩论、诽谤笛卡尔的事实。笛卡尔随后给丹尼尔和沃埃特各写了一封公开信，要求澄清事实，追究诽谤者的法律责任，并通过当地一些有影响的人物交给了乌特勒支市政官员。当地的行政长官对这件事本来也没什么兴趣，而且他们也不希望事态继续扩大下去。可事情既然已到了这个份上，也只好让他们通过法律解决纠纷。
我们现在的人当然可以接受笛卡尔，并被他的伟大思想所折服。可是这事在笛卡尔的时代却全然不是这样。笛卡尔，无论他如何地宣称他对宗教的虔诚和信仰，但他的理论中“普遍怀疑”、身心二元论以及理性高于信仰等思想对当时的社会有着很大的冲击。当时几乎所有的教派都对笛卡尔思想持批评和否定态度，笛卡尔本人在宗教界也很孤立。这时笛卡尔如果再想想阿尔诺神父在《沉思集》出版前的忠告，或许有利于他分析自己目前的处境。阿尔诺当时就曾引用奥古斯丁的话指出：如果“我们什么都不相信，那么在人类社会里就没有什么东西是靠得住的了”。即便你笛卡尔本人如何相信上帝，但你的普遍怀疑等思想“对有些倾向于不信神的人能够利用他的话来反对信仰和我们信之不移的真理”。这话说得再明确不过了，那就是，无论你笛卡尔怎么说，你的思想都将成为攻击宗教的思想武器。可是笛卡尔当时并不相信，他还与阿尔诺神父辩论了一番，现在，当笛卡尔即将与沃埃特对簿公堂时，阿尔诺神父的话不幸而言中。教会不支持他、学校当局也不支持他，法国国籍也容易被人利用。笛卡尔处在一个非常不利的境地。
庭审前，沃埃特就开始大造舆论，把自己打扮成与笛卡尔的无神论思想进行斗争的坚强斗士。他要使大家相信，他与笛卡尔之间并没有什么个人恩怨，就因为他是“尼德兰教会的光荣与荣耀”，才使他遭到笛卡尔的诽谤和攻击。至于那些诽谤笛卡尔的小册子，沃埃特声明与己无关，都是斯古克他们所为。而这个斯古克也捶着胸膛充好汉，一口咬定，那个小册子全是他一人所为，与他的老师无关。沃埃特就这样凭着他的极具煽动性的演讲宣传，赢得了乌特勒支大学和一些社会名流的同情和支持，他们纷纷要求法院惩罚笛卡尔，以保护本国国民的名誉不受侵害。可别小看这个“本国国民”，他一下使人想到笛卡尔的法国国籍，笛卡尔就这么被孤零零地排除在众人的关怀之外，在民族情绪的支配下，谁还能相信笛卡尔这个外国人呢？沃埃特受到了普遍的同情和支持。
1643年6月13日，法院向笛卡尔发出了传票，要求他向法庭提供证据以证明他的起诉，主要是沃埃特诽谤他和《笛卡尔哲学》那本小册子的真实作者。法院在此过程中显然做了一些不利于笛卡尔的事，如他们通过邮寄和散发印刷品等形式大肆渲染笛卡尔收到传票的消息，以扩大笛卡尔在大众中的负面影响，对笛卡尔的精神造成很大的压力。而对笛卡尔提出的要求却敷衍了事。笛卡尔对此很恼火，于当年11月写信——《致海牙国际顾问威廉函》，详细解释了他与沃埃特等人争论的经过以及他所受到的不公正待遇，希望得到威廉的干预。他也向法院表示了不满和抗议。可是，他的声音在埃赫蒙德这个已被搅得天昏地暗的城市里显得多么地微弱和无力。多少年后，当这个无名小镇因笛卡尔的居住而有名时，当地居民因与笛卡尔有缘同居一处而自豪时，他们是否也对笛卡尔的这种不公待遇而心生愧疚呢？
庭审的日子一天天地临近了，笛卡尔有些坐立不安，一些好心的朋友也写信提醒他，要他注意眼前的处境。笛卡尔也有些犹豫。是与沃埃特对簿公堂吗？眼下这种状况，不要说为自己申冤，就是连一个清白怕是也还不了。如果自己证据不足，人家反告你一个诬陷、诽谤罪。到那时，自己可就吃不了兜着走，逮捕入狱是小事，弄不好连小命也得搭进去。笛卡尔越想越有些害怕。看来，此处不是久留之地，一不做，二不休，三十六计走为上策。想到这里，笛卡尔就连夜打点行李，与仆人一起逃往海牙。
笛卡尔为什么要到海牙去呢？因为那里住着法国大使蒂利埃，在危难之时，他希望得到祖国的支持和帮助。大使和笛卡尔以前就有过交往，而且他也很敬佩笛卡尔的学识，现在笛卡尔提出请求，于公于私，他都是义不容辞。他请求奥伦治亲王出面调停，在亲王的干预下，事件得到了控制。不过，法院通过不公开的审判，判笛卡尔有罪，并谴责了他对沃埃特的诽谤和诋毁，只是审判结果没有公开发布，这在一定程度上也算保护了笛卡尔。
对官方的这种息事宁人的态度，双方都不满意。笛卡尔感到自己受了很大的冤屈，心里窝着很大的气，而且他认为这是对他的人格和尊严的极大伤害。沃埃特也觉得自己的冤屈没有得到伸张，对这样的判决也不满意。这就为以后矛盾的激化埋下了隐患。
对这个判决大为不满的还有一人，那就是斯古克。他好像觉得自己受了天大的冤枉，于是在乌特勒支大学大吵大闹，公然指责笛卡尔对他的诬蔑，这在一定程度上又激起了大家对这个事件的关注，而且判决结果对笛卡尔又是那样的不利，在这种情况下，笛卡尔只得再一次逃到海牙避难。
为了弄清事实真相，笛卡尔决定从斯古克身上寻找突破口。他向斯古克所在的学校——格罗宁根大学的校务委员会提出控告，要求他们澄清有关事实。校方当时也很为难，一方是自己学校的校长，一方是著名的思想家。若对笛卡尔的控告置之不理，恐怕学校的声誉将因此而受到影响，校方并不想为校长背黑锅。在校方的压力下，斯古克只得向外界公布事实真相，把沃埃特的一切不光彩的行径抖个精光。斯古克的证词把乌特勒支校园搅成了一锅粥，笛卡尔站出来要求法院为他恢复名誉。沃埃特和他的儿子也不认输，他们在诽谤笛卡尔的同时，也把矛头对准了斯古克和他的学校，一时间三国鼎立、天下大乱。在事实真相已经大白于天下的情况下，为了平息笛卡尔的愤怒，法院只得宣布禁止在该市出售攻击笛卡尔的小册子。对笛卡尔提出的其他正当要求不予理睬。这场争执了将近6年的论辩就这样不了了之。
