在黑暗的地底世界里，我的身体不断地被破坏又不断地重生，虽然我被这样折磨了好久，但是我却没有死掉。身体在不断接受痛苦的锻造的同时，我也在不断地反思我失败的原因。自负？大意？意志太大？胆小？又或者这是反派的必然下场？
不！我不甘心，我不甘心就这样失败，所谓的反派又怎么样，正派又如何？说不定都只是别人的棋子，不，一定是！我要重生，我要称王！把那些所谓布局的家伙都踩到脚下，这是我梦想中的数据世界，这就是为我而生的，我才应该是这里的主人！
数码世界就像二进制的游戏世界，有时候就如同一些可即时存档的单机游戏。当真正试验过即时存档我们会发现，游戏中一些小小的不同操作，一定会引发一些不可思议的蝴蝶效应。虽然主流思想认为世界的联系是客观的，可是如果换一个角度来看呢。如果以游戏玩家来看，这样的“蝴蝶效应”就是计算机中的程序联系，当然是客观的。但如果我们是置身于那个世界中的NPC，那，这个联系不就是玄之又玄的“主观”联系了吗？
孩子们的进程变了，对于数码世界中剩下的四个孩子以及他们的搭档而言，就是以上解释，如此。
孩子毕竟还是孩子，太一阿助及阿武都回到了人类世界。起初太一差一点就因为亚古兽的意愿而想回数码世界了。但是阿助想要好好上他的辅导班准备小升初考试，阿武虽然挂念哥哥，但对于未知世界的恐惧最后还是战胜了亲情。当然压死骆驼的最后一根稻草，还是嘉儿的恋恋不舍。最终连太一也决定放弃所谓被选召孩子的宿命，做回一个普通小学生：拯救世界什么的，交给别人就行了，我只是个小学生阿！没有太一的带领，另两个当然也就按自己意愿不作为了。
起初孩子们还是团结的，也凑齐了其他所有徽章。但最终，因为没有了太一的强有力领导，没有了最大孩子的精神支柱，也没有了最小孩子带来的保护欲。两男两女的四人小队在坚持了很久后，因为种种偶然或必然，最终分开了。
美美和巴鲁兽来到一个奇怪的山谷，这里早就被小恶魔兽改了路牌：“前方有凶恶的大便！”看到这里，敏感的美美瞬间想到了曾经的伙伴，那个被自己嫌弃的大便兽，还被大家误伤致死，而这悲剧的起初还是因为自己。“难道，凶恶的大便是大便兽的鬼魂？！”想到这里，美美也不假思索，逃也似地避开了指示牌的道路，可是最后却掉下了陷阱。
八爪章鱼外型的入侵者兽看到美美后顿时心生歹意。身为完全体的他马上看穿了从小生活在象牙塔中的美美拥有及其稀缺的纯真心灵。在其本身构造的先天优势基础上，入侵者兽通过各种威逼利诱，用肢体和语言的手段慢慢给美美灌输一切世俗、浮躁、污秽、现实的认知，慢慢地，美美的纯真心灵被逼出体内。取而代之的是，入侵者兽把自己的存货：满足于现状所知的心灵作为替代品，给了美美......纯真徽章失去了光辉。
另外一边，在我被打倒后，我的一些原本的势力也四分五裂，其他一些小角色不必多说。火暴兽的伤势恢复得七七八八，基本摆脱了控制，获得了身体和灵魂的自由，便继续流浪。
只有熊仔兽知道我还没有死，因为他对我有感应，也正是因为我还活着，所以熊仔兽从根本上依旧被我控制着，只不过深处黑暗区域的现在的我无力给他任何指令。因此熊仔兽也凭借自己的意愿生活着。毕竟也是一个完全体，他混的也还不错，这一天，他来到远近闻名的蛋蛋兽餐厅享受美食，他看到一个四肢并不协调发达的男孩子，因为只有日元而没有餐馆要收的美元而被迫留下来打工，但打工的时间却比预期长很多。
不久后，来了另一个比较帅气的男孩子，因为小恶魔兽的贿赂，也被蛋蛋兽强行留下来一起打工。这一切熊仔兽都看到了，但毕竟于自己无关痛痒，他并没有多管。以至于后来，两个男生想要偷偷逃跑并识破阴谋后与蛋蛋兽撕破脸，熊仔兽依旧两不相帮。最终，加鲁鲁兽超进化成兽人加鲁鲁打倒了蛋蛋兽，熊仔兽也只是把这一切默默看在眼里，还是事不关己高高挂起。
阿和跟光子郎决定找回伙伴们，阿和的搭档已经完成过超进化，因此他可以用自己的神圣计划探测到数码世界中其他伙伴的位置。因为另外两个坐标基本不变，而技术宅又偏偏对地图和方向感很有感觉。阿和决定兵分两路，自己去山顶寻找，而光子郎则去城堡寻找另一个伙伴。然后在约定地点汇合。
光子郎来到城堡，居然发现城堡的公主是素娜和比丘兽，人总是会变的。好女孩也忍受不了饥寒交迫的日子，在信念和方向失去后，有一个温暖的港湾就成了她根本不想离开的理由。有怪蛙兽和蝌蚪兽的无限殷勤虽然起初让她感动万分，受宠若惊，但时间长了，一切也变得理所当然，毫无感动和感情了。即使素娜表面的态度依旧和善，但渐渐地，爱心徽章失去应有的光泽。
这也是小恶魔兽的阴谋。他骗怪蛙一族有个女孩的完美歌声能够唤醒他们的国王，条件是对那个女孩言听计从。素娜试过唱歌，但是她发现自己的唱功总是差那么一点点，怪蛙皇总是到达醒来的临界点，始终没有突破那个临界点。主要还是素娜心不甘情不愿，不想就此离开，但她并没有把真相说出来。只是说自己不断练，总有一天会成功。
经过一番波折，原本骨子里还是善良的素娜被光子郎说服了，于是真正用心尽全力唱歌了，这次，成功了。可随之而来的却是沉睡暴君的血腥洗礼。巴多拉兽和比多兽顽强抵抗这怪蛙皇的攻击。无奈完全体与普通成熟期的差距还是很大，并不是二对一就能战胜的了的。
但很有求知欲的光子郎用从我这里学到的强大分析能力解析了战况：虽然战局是一边倒，但火系巴多拉兽和实力相当的电系比多兽的表现相比，却差得很多。巴多拉兽的攻击对怪蛙皇几乎等同于挠痒，而怪蛙皇对她的伤害却十分巨大，几乎挨一下就损失了一半体力。而比多兽的攻击却很有效果，只是因此实力差距太大而无法威胁到怪蛙皇而已。再加上怪蛙皇看上去就是水生类，所以一定是水系！
想到这里，光子郎坚信，如果比多兽能够成功超进化，一定能够赢！
很快，巴多拉兽又挨了一下，被迫退化了。看到这里，光子郎心中的的信念愈发强烈。最终，比多兽不负所望，成为了超比多兽，用电系技能超大角炮战胜了怪蛙皇。
回到美美那边，巴鲁兽因此美美就此沉沦的关系，也不断退化，最终，退化到了最初形态。而美美却在这个幼年期无声的语言中看到了最初的自己，那个纯真干净的自己，性本善的自己。她幡然醒悟，带着进化回来的巴鲁兽偷会了属于自己的心。
然后与入侵者兽大战，无奈仙人掌兽根本不是他的对手，即使现在战斗经验很好，以往很难很难发挥好的椰子冲拳也可以次次命中游刃有余了，但依旧无济于事。熊仔兽那场战斗中仙人掌兽只是恰巧抢到人头，论真正实力她根本不可能越级招架完全体。失而复得的力量总是强大的，纯真的心灵迸发出前所未有的力量，纯真徽章真正发光了。仙人掌兽超进化成花仙兽。也许是花仙炮对于一些奇怪的数码宝贝有一些莫名其妙的属性克制，花仙兽取得了战斗的胜利。
阿和找到了带着美美飞出陷阱的花仙兽她们。最后，四个人又像预先约好的一样聚齐了。
我的身体不断铸造着，原本的强化猿猴套装与我真正融为一体，我的机械体“侵蚀”了我的生物体，我变成了真正的超合金数码宝贝——不仅仅一个表面涂层，而是全方位的超合金！与此同时，我的身体还融入了来自黑暗深渊的神秘力量，当然最令我兴奋的是，我就快要重返数码世界了！
