李孜省、梁芳、万喜等人的斥黜，使朝廷官员们为之一振，他们遂将这一愿望寄托在新皇帝身上。明孝宗朱祐樘登基之初，六科给事中及十三道监察御史立即交章弹劾李孜省及其党羽邓常恩、赵玉芝交结太监梁芳、外戚万喜等诸不法之事，并且建议追究万贵妃之罪。但明孝宗朱祐樘是个生性宽和的人，这也许与他少年经历坎坷有一定关系。明孝宗朱祐樘以“宅忧”为由，只将梁芳谪为少监，万喜降为指挥使，李孜省及其党羽邓常恩、赵玉芝等谪戍陕西边地，而诫勿言万贵妃之事。
这一年的十月，以刚直敢谏闻名的资深大臣王恕被召为吏部尚书。王恕的直言在明宪宗朱见深朝是著名的，其“先后应诏陈言者二十一，建白者三十九”，皆力阻权幸，因此民谣说：“两京十二部，独有一王恕。”结果不仅贵近侧目，明宪宗朱见深也颇厌苦之，先是将王恕遣往南京任兵部尚书，后来索性借南京兵部侍郎马显乞罢之机，附批令王恕致仕，乃至朝野大骇。这次王恕被重新起用，并入主吏部，使朝廷政策及用人方针发生了根本变化。
明孝宗朱祐樘即位，“始用廷臣荐，召入为吏部尚书。”这其中起到微妙作用的却是一名有影响的资深太监怀恩。怀恩在明宪宗朱见深朝掌司礼监，当时汪直掌西厂，梁芳、韦兴等用事，怀恩地位在他们之前，性格忠耿无所挠，宦官们对其敬惮有加。为保护直言官员，怀恩不惜与宪宗朱见深争执。怀恩素闻王恕的直言，经常叹道：“天下忠义，斯人而已。”明宪宗朱见深晚年，因万贵妃谗言，曾想改立太子，怀恩力争，被斥居凤阳。太子朱祐樘即位后，将其召回宫中，仍掌司礼监。于是，怀恩力劝起用王恕，斥逐大学士万安。
起初明孝宗朱祐樘的精力主要放在了整顿吏治方面：罢免了以外戚万安为首的“纸糊三阁老”；将成化朝通过贿赂、溜须拍马发迹的官员一律撤换；斥逐佞幸之臣，礼部侍郎李孜省、僧人继晓等，或杀或贬，逐出京师；而一些获罪较轻的官员，或贬官放逐，或流放边地，或孝陵司香。人们很快便不得不对这位年轻皇帝刮目相看了。斥佞用贤的弘治初政，给成化后期混乱的朝廷打了一针兴奋剂，朝廷官员们感到那失去的秩序仿佛重又来临了。
明孝宗朱祐樘的治国方略核心即在任用大臣。大量起用正直贤能之士，重新启用了一些在成化朝由于直言被贬的官吏，其中著名的有王恕、马文升等人，以及徐溥、刘健、谢迁、李东阳等贤臣，并为前朝功臣于谦建旌功祠，使得无论是朝中还是宫中都为之一新。弘治一朝，名臣辈出。内阁的大学士、六部的尚书，都是贤明有能的道德君子。刘健、谢迁、邱濬三位大学士，六卿之长吏部尚书王恕，都是著名的学者与能臣。成化年间有一句谚语：“纸糊三阁老，泥塑六尚书。”那意思很明白，大学士万安、刘吉、王翊以及六部尚书，都不过是一些无能之辈。反观弘治朝的阁、部大臣，则是人才济济。
明宪宗成化二十三年（1487年）十月，明孝宗朱祐樘即位才一个月，就罢免了品格不好的万安，选用徐溥入阁；十一月，又录用刘健入阁；明宪宗弘治四年（1491年），邱濬入阁；弘治八年（1495），邱濬死后任用谢迁、李东阳为阁臣；明宪宗弘治十四年（1501年）九月，秦濬入阁。
徐溥是当时的南直隶宜兴人，明孝宗弘治五年（1492年）后任首辅大学士。徐溥的辅政风格，讲究“安静、守成法”，与明孝宗朱祐樘的性格有契合处。而且，徐溥与同僚谢迁、李东阳等人之间，不存在权力斗争，相互间配合得很好。
明朝的皇帝大都是粗暴的，从明太祖朱元璋起就动不动鞭挞大臣，但终明孝宗朱祐樘一世，未鞭打过一个大臣。明孝宗朱祐樘对深孚众望的大臣刘健、谢迁格外器重，总是称“先生”而不喊名字。每次下朝，明孝宗朱祐樘都要临轩而送，看到两位大臣走后才肯回宫。明孝宗朱祐樘生活也十分俭朴，每餐不过两菜一汤。由于幼年营养不良，明孝宗朱祐樘很早就脱发，乃至谢顶。节俭之余，明孝宗朱祐樘对大臣的生活却格外关心。明朝的官员大都是薄俸，大学士一年的俸禄不过几百两银子。明孝宗朱祐樘多次召对大臣刘健、谢迁，临走时总是从袖口里拿出两锭银子，温勉有加，告知这是私下从大内取出给两位补贴家用的。大臣们无不为之动容。
大臣之间的和睦相处，自然能够形成一种与皇权相制衡的“文官”权力。从明孝宗弘治八年（1495年）起，已经做了八年好皇帝的明孝宗朱祐樘，据说“视朝渐晏”，就是上朝上得晚了一些。这在儒臣们看来，是皇帝走向堕落的初步。明孝宗弘治十年（1497年）二月，徐溥等人向皇帝上疏，要求皇帝远离诱使皇帝斋醮的宦官李广，而将更多的精力放在处理朝政和接触儒臣上。与绝大部分明代皇帝不同，明孝宗朱祐樘能够非常谦虚地接受大臣们的意见，就在明孝宗弘治十年（1497年）的三月于文华殿召见了内阁大学士徐溥、刘健、李东阳、谢迁，集聚一堂共商政事。议事完后，皇帝赐诸位大臣吃茶，然后散去。召见大臣，面议国事，在当时被称为“盛事”。终弘治一朝，从《明史·孝宗本纪》中的记载看，除这一次首开先例外，大概先后还有过四次。像这样召见阁臣面商国家大事，其对于大臣们的激励作用是可以想见的。所以，一方面，可以看出弘治一朝君臣关系之和睦；另一方面，也可以看成是明孝宗朱祐樘对于儒臣的信任。
内阁大学士之外，弘治一朝的六部大臣，也都是正人君子。例如，吏部尚书王恕在弘治一朝的政治中就发挥了非常重要的作用。王恕，字宗贯，号石渠，陕西三原人。王恕在成化朝的时候就因平大藤峡瑶民起义、安抚荆襄流民而名满天下了。前文已经说过，王恕因为敢于直言，得罪了汪直，一直只能在南京做官。但是，王恕在南京尚书任上仍然是敢于言事。所以，明孝宗朱祐樘一即位，就听从群臣的推荐，召王恕为吏部尚书。在不设宰相的明代，吏部尚书是诸卿之长，掌管对官员的考察与任命，权势颇重，高于其他各部。王恕在吏部所荐用的都是正人君子。据说，王恕曾带着他的第七个儿子王承裕到京城。王承裕每天为父亲接待来访的朝臣名士，和他们交谈，然后将自己的观察原原本本地告诉父亲。继王恕之后任吏部尚书的大臣中，马文升也声名甚盛。李东阳后来有诗，称赞明孝宗朱祐樘之善待人臣，其中有一句说：“近臣常造膝，元老不呼名。”说明明孝宗朱祐樘对待大臣总像是对待家人一般亲切。
在信任大臣之外，明孝宗朱祐樘又要求加强对臣工们的考察，这便涉及到一个完善考察制度的问题。孟森曾说：“明之一代立法创制，皆在太祖之世。至孝宗朝，始有修明之举。”意思是说，明代的制度基本上是在明太祖朱元璋统治的时候就已经建立，后来的皇帝中能够提出较贤明的政治制度的，也就是明孝宗朱祐樘。
在明代的皇帝中，明孝宗朱祐樘最为仁慈。明孝宗朱祐樘对于救荒的工作非常重视，要求各级官府都要设立常平仓，以应付灾荒。
在内政上最主要的措施是大力兴修水利，发展农业，繁荣经济。明孝宗弘治二年（1489年）五月，开封黄河决口，明孝宗朱祐樘命户部左侍郎白昂领5万人修治。明孝宗弘治五年（1492年），苏松河道淤塞，泛滥成灾。明孝宗朱祐樘命工部侍郎徐贯主持治理，历时三年方告完成。从此，苏松消除了水患，再度成为鱼米之乡。
在刑罚方面，明孝宗朱祐樘要求慎重施刑。在明孝宗朱祐樘的这种要求下，一些素以残酷闻名的特务机构如锦衣卫都变得仁慈起来。据历史记载，于谦的女婿朱骥是当时的锦衣卫使，在审理大案时，十分谨慎，从不轻易定人死罪。明孝宗朱祐樘所任用的执法官吏比较贤明、公正，一扫明宪宗朱见深时代特务横行的恶劣风气。
明孝宗朱祐樘对自己的要求也比较严格，尽管由于幼年坎坷的生活使他一直身弱多病，但他却勤于政事，不仅早朝每天必到，而且重开了午朝和经筵侍讲，每天请有学问的大臣向自己讲解“圣贤经旨，帝王大道”，向群臣咨询治国之方，使得大臣有更多的机会协助他办理政务，也使他有更多的时间处理政事，从而避免受到宫中妃嫔、宦官的不良影响。明孝宗朱祐樘还开辟了文华殿议政，其作用是在早朝与午朝之余的时间，与内阁共同切磋治国之道，商议政事。
明孝宗朱祐樘的勤政终于得到了回报。他在位期间，吏治清明、社会安定，是明代历史上少有的经济繁荣、人民安居乐业的和平时期，被史家称为“弘治中兴”。
