这时，马蒂因索采取了坚决措施。他警告警卫司令：逮捕国王亲自授予崇高权力，并以自己的玉玺和亲笔信加以证明的船长，对于皇家官员是件相当危险的事。他应该放聪明一些，不要卷到里面去。但是已经太晚了！麦哲伦的船员和港口的恶棍已冲突起来。剑已出鞘，只是由于麦哲伦的冷静和沉着镇定，才防止了挑拨者十分巧妙地暗中安排的一场流血惨剧，而挑拨者正怀着满意的心情在一旁观看自己亲手策划的殴斗。麦哲伦说，好吧，他准备把旗降下来，甚至离开船只；让无知愚民随意处置国王的财产，但对于可能造成一切损失的责任，当然必须由港口官员承担。这时，火性大发的市长不自在了：国家荣誉感受了侮辱的好汉们低声嘀咕着散去了，而几天之后就尝到了鞭子的滋味，因为麦哲伦立即写信给查理五世说，通过他麦哲伦，王权受了侮辱。查理五世毫不犹豫地站在自己的海军上将一边：港口官员受了惩罚。阿尔瓦列什高兴得太早了，准备工作毫无阻碍地继续进行。
麦哲伦的钢铁般的镇静挫败了敌人阴险的攻击。但这样复杂的航海大事，往往一个漏洞刚堵上，又出现了另一个缺口。每天都发生新的不愉快的事。起初，东印度公司消极对抗，只是皇帝亲手签署的命令在官员们的耳边震响之后，他们才停止装聋作哑。后来，正当进行最紧张准备的时刻，司库突然宣布，东印度公司的钱库空了，似乎由于缺钱，事情又要无限期拖延下去。但麦哲伦不屈不挠的意志把这一障碍也克服了：他说服宫廷接受一批富有的市民参加这项事业。装备大船队共需要800万马拉维第，克里斯托弗尔·德·亚罗匆忙组织的财团立刻就送来了200万。作为对这一功绩的奖赏，它得到了以同等条件参加以后探险活动的权利。
资金问题安排妥当了，只有这时才能真正着手准备出航和为船只供应一切必需的物资。国王陛下根据合同提供的这五条大帆船初到塞维利亚港的时候，样子并不怎么雄伟。特务阿尔瓦列什幸灾乐祸地向葡萄牙国王报告说：“船只全都破旧不堪，打满了补丁。要是换了我，即使是到加那利群岛，也不敢乘这样的船出航，因为船舷软得像奶油。”但久经远航考验的水手麦哲伦非常了解，老马走路常常比壮马更可靠，即使最破旧的船只，经过悉心修理，也可以再用。麦哲伦趁船上的技师根据他的指示日夜修补整治旧船的时候，抓紧时间着手为船队招募有经验的海员。
但平静中又隐藏着新的困难！虽然公告员敲着鼓在塞维利亚各条街上不断喊叫，虽然招募人抵达了加的斯和帕洛斯，所需要的250个船员仍未能招满。有谣言说，这支探险队显然并非一切顺利，因为进行招募的人不能明确、肯定地说出探险队究竟要到哪里去；船上带了整整两年的食品——这又是件空前未有的事！——也引起海员们不小的顾虑。这就是最终招募来的衣衫褴褛的人所以不像真正船员的原因。这群身份复杂的人更像是福斯塔夫的武士，其中有各个部族和民族的代表：西班牙人和黑人，巴斯克人和葡萄牙人，德国人、塞浦路斯人和科孚岛人，英国人和意大利人，但都是真正的亡命徒，只要有钱，只要有希望发一笔大财，他们不惜把自己的生命出卖给魔鬼。至于向北还是向南，向东还是向西航行，他们都同样甘心情愿——或者不甘心情愿。
船员队伍还没建立起来，又出了新的麻烦。东印度公司反对麦哲伦招募来的人员，公司官员认为他招募到西班牙皇家船队里的葡萄牙人太多了，并声称不会付给这些外国人一个马拉维第。而国王授予麦哲伦自行招募人员的无限权利……让他这个有丰富经验的人按照自己的愿望组织船员队伍。他坚持自己的这一权利；于是，他又给国王写信，再次请求帮助。但这一次麦哲伦触到了痛处。查理五世装作不愿得罪国王曼努埃尔，实际是担心麦哲伦同葡萄牙人一起会过于独立自主，决定整个船队最多只能留下五个葡萄牙人。同时，又产生了新的困难：一会儿，为了节俭，在其他省份，甚至在德国采购的货物没有按期送到；一会儿，一个西班牙船长拒绝服从海军上将，当着全体船员的面对他进行侮辱。于是麦哲伦只好又向宫廷求助，要求国王的灵药来医治创伤。每天都带来新的无谓争吵，为了任何一件小事，都得没完没了地同有关部门和国王通信，有关指示一个接一个下达。有好几十次令人觉得，船队甚至未及离开塞维利亚港，就得整个覆灭。
又是麦哲伦百折不挠的顽强毅力克服了一切碍碍。国王曼努埃尔的勤奋大使只好惊恐不安地承认，他的一切肮脏阴谋和破坏探险的一切希望，都被麦哲伦坚忍不拔、始终不渝的反抗碰得粉碎。五艘船只已装备一新，满载货物，等待出海的命令，看来已经没有任何事情能够妨碍麦哲伦了。但是，阿尔瓦利什的箭囊里还有最后一枝箭，而且是枝毒箭，他阴险地拉紧弓弦，要射麦哲伦最致命的地方。密探向自己的委任人、国王曼努埃尔报告说：“我认为现在时机已到，该说出陛下委托我办的事了，于是便出发到麦哲伦家去。我碰见他正在往木箱和筐里装食品和别的东西。我由此得出结论，他的恶毒用心已坚定不移。我想到，这是我同他进行的最后一次谈话，便再次提醒他，作为一个善良的葡萄牙人和他的朋友，我多少次试图阻止他不要犯那个他存心要犯的极大错误。我向他证明，他面前的道路上隐藏的苦难不亚于圣叶卡捷琳娜的车轮，对于他来说，最明智的办法莫过于返回祖国，回到您的祝福和宠幸的……最后，我劝他要明白，该城所有显贵的卡斯蒂利亚人都认为他是个出身卑贱、教养恶劣的人，只要他同陛下的国家对立，到处都会作为判徒受人鄙视。”
但是，这一切威胁对麦哲伦没有发生丝毫影响。阿尔瓦列什现在装出一副友好的面孔所说的一切，对于他并不新鲜。塞维利亚、西班牙敌视他，卡斯蒂利亚的船长们咬着牙服从这位海军上将，这一点没有人比他自己了解得更清楚了。但是让塞维利亚的市长老爷们仇恨他好啦，让忌妒者唠叨，让贵族血统的人抱怨去好啦。现在船队已准备启航，任何人，任何皇帝，任何国王都不能阻止和妨碍他了。最后一出海，他就将脱离危险了。在海上，他将是生与死的主宰。自己道路的主宰，自己目标的主宰，在那里，除了自己的伟大任务，他不必为任何人服务。
然而，阿尔瓦列什还没有使用最后一张精心保存的王牌。现在他把这张王牌打出来了。他假装殷勤地说，他想最后一次向麦哲伦提个“友好的”建议：他“真诚”地希望他不要相信红衣主教的甜言蜜语，也不要相信西班牙国王的诺言。不错，国王是任命他和法利罗为海军上将，似乎以此授予他们指挥船队的无限权力。但麦哲伦能否肯定，国王没有完全背着他麦哲伦同时向其他人发布暗中限制他权力的秘密指示？希望他不要欺骗自己，而主要的，是不要被人欺骗。虽然他有证书和印章，他的不可分割的权力却是建立在沙滩上的。跟随探险队的官员都接受了各种秘密指示和命令，他无权向麦哲伦透露更多的情况了。“麦哲伦得知这一切的时候，挽救荣誉就为时已晚了。”
“挽救荣誉为时已晚了。”麦哲伦不由自主地战栗了一下。这个善于以钢铁般的意志克制任何内心激动的坚不可摧的人的这一动作表明，箭已射中最要害的地方。射手自豪地报告说：“我了解这么多情况，他感到异常吃惊。”但创造者总比别人更了解自己创作的暗藏缺陷及其危险的程度：阿尔瓦利什暗示的情况，麦哲伦早就知道。他发现西班牙宫廷行为的某种两面性已经有些时候了，各种征兆使他担心，人们在同他玩一场不完全正大光明的游戏。皇帝禁止招募五名以上的葡萄牙人当船员，难道不是违反了一次合同吗？难道宫廷真的认为他是葡萄牙的秘密代理人？而这些强塞给他的人——监察员、会计、司库——真的只是统计局的官吏吗？他们是否被派来对他进行秘密监视，并最终夺取他的指挥权？麦哲伦早就亲身感到了仇恨和背叛的冷风。这个消息灵通的特务的居心险恶的诽谤，无疑包含着真实的成分，这是不能不承认的。他虽然一切都考虑得周密准确，却赤手空拳地面临着危险。只有同陌生人一起在牌桌旁坐下，打牌之前惊恐不安地怀疑这是一伙暗中勾结的赌棍的人才能体会这种心情。
此刻麦哲伦正体验着莎士比亚描绘得令人难忘的科利奥兰纳斯的悲剧。科利奥兰纳斯因为名誉受了污辱而成了背叛者。像麦哲伦一样，科利奥兰纳斯是个英勇的男子汉大丈夫和爱国者，多年忘我地为祖国效力，却被祖国抛弃。为了回答这种不公正行为，他把自己尚未耗尽的精力交给敌人支配。但是，无论在罗马，还是在塞维利亚，纯洁的动机永远拯救不了叛变者。怀疑像影子一样伴随着他：谁抛弃了一面旗帜，就会背叛另一面旗帜；谁背弃了一个国王，就会出卖另一个国王。无论胜利和失败，背叛者都得灭亡。胜利者和失败者都同样仇恨他，他永远孤身一人反对所有的人。但只有悲剧的主人公了解自己处境悲惨的时候，悲剧才会开始。也许，片刻之间，麦哲伦第一次预感到了未来的一切灾难。
但是，做一个英雄，就意味着也要同全能的命运搏斗。麦哲伦坚决推开了诱惑者。不，即使西班牙国王对他的功绩不好好酬谢，他也决不同曼努埃尔国王签订契约。作为一个正直的人，他要忠于自己的诺言、自己的义务和国王查理。懊恼的阿尔瓦利什两手空空而去。他明白，只有死亡才能摧毁这个不屈不挠的人的意志，便在送往里斯本的报告的末尾表示了一个符合教规的愿望：“愿至高无上的上帝让他的航行像科尔特列阿尔兄弟的航行那样”，换言之：让麦哲伦和他的船队毫无踪迹地消失在无人知晓的大海里，就像科尔特列阿尔兄弟一样，他们覆灭的地点和原因成了永远的秘密。假如这一“符合教规的”愿望实现，假如麦哲伦果真在途中覆灭，“陛下就再没有什么要担心的了，您的伟力将一如既往，使全世界的一切君王羡慕不已”。
居心险恶的警告者的毒箭没有射倒麦哲伦，也未能使他放弃自己的任务。但箭上的毒药，怀疑的苦涩毒药从此将不断侵蚀他的心灵。从此刻起，麦哲伦了解或者设想，他在自己的船上也将时刻处于敌人的包围之中。但是，这种不安的心情丝毫没有削弱麦哲伦的意志，反而锻炼他的意志去做出新的决定。谁感到暴风雨临近，谁就了解，只有一个办法能够拯救船只和全体船员：船长用钢铁般的手把住舵，主要的是由一个人把住舵。
总之，必须排除妨碍他意志的一切！他用拳头和胳膊肘推开可能挡住他道路的每一个人。正是现在，由于麦哲伦感到了躲在他背后的这些“监察员”和“司库”，便决定完全独立自主和毫不留情地行动。他明白，在决定性的时刻，只能由一个人的意志做决定和指挥：一个船队的指挥权今后也不能允许由两个人，即由两个海军上将分担。一个人必须凌驾于所有的人之上，必要的话——还得反对所有的人。因此，他已不愿意在如此危险的航行中使自己受鲁伊·法利罗这个性情乖张的平等长官的累赘。船队出港之前，必须把这个包袱扔出船外。要知道，这个天文学家早就成了麦哲伦的无用的负担。在这些艰难辛苦的日子里，理论家没帮他一点忙。招募水手，填补船缝，采购食品，试验火枪，起草条例都不是占星家的事。带上他，等于在自己脖子上系上一块石头。而麦哲伦需要放开手脚，以便进行斗争，左右抵挡出现在面前的种种困难和在他背后策划的阴谋。
麦哲伦怎样施展他的外交技巧摆脱了法利罗，我们不得而知。法利罗自己观了星象，断定他不可能从这次航行中活着回来，便自愿放弃了航行。表面上，被客客气气打发走了的法利罗的离去安排得倒像是提升：皇帝的御旨任命他为率领第二支船队（只是纸面上有船舷和风帆）的惟一的海军上将，交换条件是法利罗把自己的地图和天文图表让给麦哲伦。这样，无数困难中的最后一个困难排除了，麦哲伦的事业重又变成了原先的样子：成了他的理想，他的切身事业。现在，一切重担和操劳都将落在他一个人的肩上，但他也将得到创造性个性的最大的精神愉快，因为他只对自己负责，去完成他自己选定的终生事业。
