1519年9月20日，麦哲伦的船队驶离了大陆。在那些年代，西班牙的国土远远超出了欧洲的疆界。启航六天之后，船队的五艘船开到加那利群岛的特内里费上水加粮的时候，他们仍然处于皇帝查理五世的统治范围之内。在继续开往不知何处的航程之前，勇敢的航海者们又有最后一次机会踏上祖国的可爱土地，再一次吸一口祖国的空气，听一听祖国的语言。
但这最后一次途中休息转眼就结束了。麦哲伦已准备扬帆，突然间出现了一只西班牙的轻快帆船，老远就向船队发出了信号。它给麦哲伦送来了他岳父迪奥古·巴尔波查的一封密信。秘密消息一般都是坏消息。巴尔波查通知女婿：他从可靠方面了解到西班牙船长的阴谋——在途中违背服从麦哲伦的义务。阴谋的首领是布尔戈斯主教的堂兄弟胡安·德·卡尔塔海纳。麦哲伦没有根据怀疑这一警告的真实性和正确性，因为他和密探阿尔瓦列什含糊其词的威胁完全相符：“此外，其他的人得到了相反的指示，麦哲伦得知这一切的时候，挽救荣誉就为时已晚了”。但决心已经下定，面临的明显的危险只不过使麦哲伦的坚定决心变得更加坚定罢了。他往塞维利亚写了一封骄傲的回信：无论发生什么情况，他都将无条件地为皇帝效劳，他的生命就是保证。关于这封他一生中收到的最后一封信，给他带来了多么阴郁而又真实的警告，他只字未提，便命令起锚。几个小时以后，特内里费峰的轮廓便渐渐隐没在远方的天际。大多数船员最后一次看见祖国的土地。
在这次航行的一切困难中间，对麦哲伦来说，最困难的任务是率领船队中排水量和航速差别很大的所有船只紧密编队前进：只要一只船掉了队，对于船队来说，它就丢失在没有航路、茫茫无边的海洋里了。早在启航之前，麦哲伦征得东印度公司的同意，制定了一套保持船只之间经常联系的特别方法。不错，船长们和舵手们了解大体的航向，但在大海里他们必须执行一项命令：跟随领队的旗舰“特立尼达号”前进。白天，遵守这一命令完全可以办到；甚至在狂风大作的时候，各条船之间也不会失掉联系；夜间，要在五条船之间保持不断的联系就困难多了。为此目的，发明和周密设计了一套信号系统。天一黑，“特立尼达号”的船尾的灯笼里便点燃一个浸过树脂的火炬，使跟在后面的船只不至同旗舰失去联系。如果在“特立尼达号”上除了浸过树指的火炬，又点起两盏灯，这就表示，遇到了不顺之风，其余船只应当减速或者曲折前进。点起三盏灯就是预示飓风即将降临，因而应当系紧辅助帆；如果点起四盏灯，就必须落下所有的帆；如果旗舰燃起许多忽亮忽灭的灯火或者鸣炮，就是警告要提防浅滩或暗礁。总之，为了应付各种顺利和不顺利的情况，制定了一整套夜间信号语言。
对这种原始灯光“电报”发出的每一个信号，各条船必须立即以同样的信号回答，使海军上将了解，他的命令已被理解和执行。此外，每天傍晚夜幕即将来临之前，四条船都要逐一驶近旗舰，用下面的话向海军上将致敬：愿上帝保佑您，海军上将先生，保佑舵手们，保佑值得尊敬的全体船员。听取他对夜间三班的命令。看来，从第一天起就实行的每日汇报规定了明确的纪律：旗舰率领船队，其余船只跟随，海军上将指示航向，船长们必须遵循。
但是，领导权如此无条件地断然集中在一人手中，以及这个沉默寡言、严守自己秘密的葡萄牙人每天强迫他们像新手一样在他面前列队，发布完指示以后又像对待助手似的打发他们走开，使其他船长们十分气愤。他们没有怀疑，而且，应当承认，有一定根据认为，麦哲伦在西班牙的时候所以极其顽强地闭口不谈探险队的目标，是因为担心把海峡的秘密泄露给多嘴的人或密探。但在大海里，应当认为，他终会抛掉这种小心谨慎，把他们召集到旗舰上，利用自己的海图向他们说明至今严格保密的意图。但是，他们看到，麦哲伦变得更加沉默寡言，更加审慎，更加难以接近。他不召集他们到自己船上，不征求他们的意见，一次也没有向这些久经考验的西班牙海员请教。他们必须像狗跟着主人那样，毫无怨言地、恭顺地跟在他后面，白天跟着他的旗帜，夜间跟着火炬。一连几天，西班牙军官们耐心地忍受着麦哲伦倔强的沉默，由他率领着他们前进。但是海军上将没有一直朝西南方向驶向巴西，而离开原定的航线向南偏了许多，沿着非洲海岸一直走到塞拉利昂。一次傍晚汇报的时候，胡安·德·卡尔塔海纳直截了当地问道：为什么不顾起初发布的指示，改变了航向？
胡安·德·卡尔塔海纳直截了当提出这个问题并不是一个蛮横无礼的行为（这一点需要特别加以强调，因为多数作者为了抬高麦哲伦，一开头就把胡安·德·卡尔塔海纳描写成一个凶恶的叛徒）。同时，假如被国王任命为船长的人，假如最大一艘船的船长和西班牙皇家的官员有礼貌地询问海军上将，究竟为什么改变了原定的航向，不能不承认这是合乎逻辑和正确的做法。此外，从航海的观点来看，胡安·德·卡尔塔海纳的问题也是有充分理由的，因为新的航向迫使船队绕远，因而至少将失去两个星期时间。什么原因使麦哲伦改变了航线，我们不得而知。这样远的路程，直到几内亚，他始终沿着非洲海岸行进，可能是因为他想要在那里“捉住顺信风”，但葡萄牙航海业的这一技术秘密，西班牙人是不了解的；也许，他离开通常的道路，是为了避免遇到葡萄牙的船只，据传，国王曼努埃尔派出舰船到巴西截击他的船队。无论如何，诚恳地、友好地向船长们说明迫使他改变航向的原因，对于麦哲伦是毫不费力的。但对他来说，重要的不是这一个别情况，而是原则本身。问题不在于向西南或者西南偏南歪了二三海里，而在于一劳永逸地建立严厉的纪律。假如船上果真像岳父通知他的那样有阴谋分子，他宁愿立即面对面地同他们冲突。假如真有向他隐瞒的模棱两可的指示，它们必须得到有利于他的权威的统一解释。因此，胡安·德·卡尔塔海纳坚持要求他作出解释，这对麦哲伦恰恰是再有利不过了，因为现在就会弄清楚，这个西班牙伊达尔戈与他处于同等地位还是他的属下。这个职务上的等级问题确实也不大明确。最初，胡安·德·卡尔塔海纳是作为“总监察员”派来跟随船队的，而这个头衔像“圣安东尼奥号”船长的职务一样，都是海军上将的下属，没有咨询权，没有要求解释的权利。但麦哲伦排除了自己的伙伴法利罗，胡安·德·卡尔塔海纳被任命接替他为船长之后，情况发生了变化，Conjuncta一词是“权力平等的”意思。现在，他们两个人都有权援引国王的证书。麦哲伦可以援引“合同”，根据合同他是船队最高的和惟一的领导。胡安·德·卡尔塔海纳可以援引“补充文件”，文件责成他“在他发现疏忽，而其他人未表现出应有的远见或慎重的情况下进行十分留神的监督”。但是，船长是否有权要求海军上将本人作出解释？正是这一点，麦哲伦一刻也不想让它含糊不清地保留下来。因此，对胡安·德·卡尔塔海纳提出的第一个问题，他就粗鲁地回答：“全体必须跟着他走，任何人都无权向他要求解释。”
这是不顾情面的斥责；但麦哲伦认为，立即向敌人猛烈进攻比长时间的威胁或设法寻求和解要好。他用这些话直截了当地向西班牙船长们（也许是阴谋分子们）宣称：“请别迷了心窍，我将独自一人，而且是用铁手把住舵。”但是，麦哲伦的拳头虽然坚强、有力、无情，他的手却缺乏许多宝贵的品质，首先缺乏必要时抚爱它曾过于严厉地惩罚过的人的本领。麦哲伦永远不懂得装出亲切的表情说令人不快的话和随便、友好地同上级和下属打交道的艺术。因此，在这个集中了巨大毅力的人周围，从一开始就必不可免地要形成一种紧张、敌对和充满怨恨的气氛。事实越表明胡安·德·卡尔塔海纳所反对的改变航向确实是麦哲伦的明显错误，这种隐秘的气愤心情就变得越发强烈。麦哲伦未能捕捉到顺风，一丝风也没有，船队在大海里滞留了两个星期。接着，他们很快又陷入了十分猛烈的暴风雨区，根据毕加费塔的浪漫主义描述，只是发光的“圣体”，海员的保护者——圣艾利马、圣尼古拉和圣克莱拉（所谓“圣艾利马的火光”）的出现才拯救了他们。由于麦哲伦的独断独行，失去了两个星期时间，最后，胡安·德·卡尔塔海纳再不能够也不愿意克制自己了。既然麦哲伦忽视劝告，不能容忍批评，那就让整个船队都知道，他，胡安·德·卡尔塔海纳是多么不尊重这个无能的航海家。诚然，胡安·德·卡尔塔海纳的“圣安东尼奥号”船那天傍晚也和平时一样顺从地驶近“特立尼达号”，汇报并接受麦哲伦的例行指示。但是卡尔塔海纳第一次没登上甲板致规定的致敬词。他派水手长代替他去，水手长对海军上将说：“愿上帝保佑您，船长先生，保佑舵手们。”麦哲伦一刻也不能用这样的想法来迷惑自己，改变致敬词会是偶然的、无意的口误。如果恰恰是胡安·德·卡尔塔海纳叫人不按头衔称呼他为海军上将，而只称他为船长，这就是让整个船队明白，胡安·德·卡尔塔海纳不承认他是自己的领导。他当即命令转告胡安，希望今后受到当之无愧的应有的敬意。但胡安这时也拉下了面具。他傲慢地答复：他很后悔，这一次委托自己最亲密的助手读致敬词；下一次就由任何一个少年见习水手去做了。“圣安东尼奥号”一连三天当着整个船队的面不遵守致敬和汇报的礼仪，向大家表示，它的船长不承认葡萄牙司令官的无限专制。西班牙伊达尔戈完全公开地把铁手套扔到葡萄牙人的脚下——公开这样做使从不（无论人们的看法多么相反）背信弃义的胡安·德·卡尔塔海纳得到荣誉。
关键时刻的行为最能表明一个人的性格。只有危险才能显示出潜在的力量和才干——所有这些在中等温度下无法测量的隐秘品质，只有在千钧一发的瞬间才能获得雕塑的形式。麦哲伦对待危险的态度是始终如一的。每当事情涉及重大的决定，他总是变得可怕地沉默寡言和无法接近。他好像发呆了。无论他受到多么严重的侮辱，他的浓眉下面的两只眼睛从不冒火，他紧闭的唇边的皱纹也一丝不动。他完全控制住自己，由于这种极端的冷静，一切事情在他眼里变得水晶般透彻清晰；他用冰冷的沉默之墙把自己围起来，更好地思考和盘算自己的计划。麦哲伦一生中从未轻率地凭一时冲动去打击敌人：长时间的、令人难受的、阴郁的沉默如同打闪之前雷雨云茏罩在头上。这一次，他同样保持沉默。那些不了解他的人——西班牙人还不了解他——可能认为，他不理睬胡安·德·卡尔塔海纳向他提出的挑战。实际上，麦哲伦已在准备武装，准备反击了。他明白，在大海里不能用强力撤换比旗舰更大、武器装备更精良的船只的船长。于是，只好忍耐，忍耐：最好装作头脑迟钝和漠不关心的样子。麦哲伦对侮辱的回答是沉默，只有他一个人善于这样沉默：如宗教狂似的痴呆，如农民似的顽强，如赌徒似的入迷。周围的人都看到，他态度安然地在“特立尼达号”的甲板上走来走去，表面上专心致志于处理船上生活的各种微不足道的日常琐事。至于“圣安东尼奥号”不再遵守傍晚汇报的命令，似乎也没有激怒他。船长们有点惊异地发现，这个难于猜度的人变得比较平易近人了：一名海员犯了违反道德的严重罪行，海军上将第一次邀请四名船长到他的船上开会。他们以为，这表明，跟同事们关系不和睦毕竟使他感到苦恼。看来，选错了航向之后，他明白了，还是征求经验丰富的老船长们的意见为好，而不要把他们看作可以被蔑视的芝麻绿豆。胡安·德·卡尔塔海纳也来到旗舰上。他利用长久未能得到的与麦哲伦进行公务谈话的机会，再次询问，究竟为何改变了航向。麦哲伦根据自己的性格和周密的打算，表现得十分泰然自若：如果他的安然态度进一步激怒卡尔塔海纳，那只会对他更加有利。而卡尔塔海纳认为，皇家最高官员的头衔使他有权批评麦哲伦的行为，他显然过分地使用了这一权力。事情大概终于闹到大发雷霆、坚决拒绝服从的地步。但出色的心理分析家麦哲伦早就预计到会爆发这种公然拒绝服从的场面。这正是他求之不得的事。现在他可以采取行动了。他毫不迟疑地利用查理五世授予他的进行公正裁判的权力。他一边说“您是我的俘虏”，一边揪住胡安·德·卡尔塔海纳的肩膀，命令自己的警卫（军需管理员和警官）把反叛者监禁起来。
其他船长惊慌失措地面面相觑。几分钟以前，他们完全站在胡安·德·卡尔塔海纳一边，此刻在内心里仍然支持自己的同胞。但是，这突如其来的毁灭性打击和麦哲伦抓住敌人并命令逮捕罪犯的恶魔般的毅力，瓦解了他们的意志。胡安徒然地向他们求救。谁也没敢动一动地方，甚至谁也没敢抬头看一看这个身材矮小而结实的人，他头一次让自己骇人的毅力透过坚固的沉默之墙迸发出来。只是胡安要被带往囚室的时候，其中一个船长十分恭敬地请求麦哲伦考虑卡尔塔海纳的高贵出身，不要给他带上镣铐；只要他们中间有人以名誉保证作他的看守人就行了。麦哲伦接受了这个建议，但有一个条件：受他委托监管胡安的路易斯·德·缅多萨必须起誓保证，一经召唤，便把他带到海军上将面前。这件事情结束了。一小时之后，“圣安东尼奥号”便由另一名西班牙军官——安东尼奥·德·科卡指挥。傍晚，他从自己的船上清楚地、毫无疏忽地向海军上将致敬。航行继续进行，没有发生任何事情。11月29日，桅楼上的欢呼声报告，已经望见了巴西海岸；他们辨别出了伯南布哥附近海岸的轮廓，船队没有停留，继续前进，12月13日，经过11个星期的航行之后，船队的五艘船终于驶进了里约热内卢湾。
