一些参加革命多年、出生入死的老同志，也被定成有政治问题，许多人想不通。有一次马文瑞在延安开会碰到欧阳青，欧阳青气愤地说：“陕西党被打成红旗党，革命革了半辈子，倒搞成反革命了！”马文瑞不好发表意见，听了没有说什么。他知道西北局的情况也不妙，除了高岗之外，多数负责同志都被认为有问题。就在这时，中央决定调马文瑞来西北局工作。贾拓夫找马文瑞谈话，末了贾拓夫说：“这样搞下去很危险。”马文瑞见他心情那么沉重，便安慰说：“我看不用过于着急，事情总会弄清楚的。”其实他心里也很焦虑，把外面来延安的青年百分之八十的人都打成反革命、特务、奸细或有别的问题的人，这显然成问题。如果真正从外面来的人大都有问题，岂不是蒋介石国民党的力量很强大吗？人家由国统区冒着生命危险，冲破重重封锁来到解放区，本是来寻找光明的，是弃暗投明之举，你却硬说人家是奸细，是反革命，这不是颠倒黑白吗？好在马文瑞的这些想法当时没有公开讲出来，否则也是难以逃脱被“抢救”的厄运。
暴露出的种种问题，使毛泽东认定“抢救运动”扩大化了。有错必纠，刻不容缓！当“抢救运动”还在康生这个“歪嘴和尚”的煽动下，闹闹哄哄进行的时候，1943年8月15日，毛泽东亲自主持政治局会议，作出《关于审査干部的决定》，向全党强调了“首长负责”、“少抓不杀”等九条方针。同时指示康生，要纠正这些错误倾向。康生一意孤行，向中央申述，坚持他的错误。毛泽东找了许多下边的同志谈话，并派专人到一些单位和基层了解情况，并仔细地审读了很多报告，发现了许多人的假口供和一些“犯人”的捏造材料。1943年10月，毛泽东在批转绥德反奸大会的材料时，指出：“一个不杀大部不抓是此次反特务斗争中必须坚持的政策。”至此，康生的倒行逆施才不得不有所收敛，历时近百天的“抢救运动”就此紧急刹车，但留下了大量的冤假错案和遗留问题，有待善后处理。
1944年9月，延安整风运动进入后期阶段，中国共产党第七次全国代表大会也即将召开。马文瑞被调到西北局担任组织部副部长。
一天，马文瑞去参加一个干部会，听毛泽东做关于纠正“抢救运动”错误的报告。毛泽东说：“整风是好的，审干也做出了成绩，只是在抢救运动中做得过分了，打击面宽了些，伤害了一部分同志，戴错了帽子。”毛泽东说着，诚恳地抬手摘下自己的帽子，又说：“现在，我给大家行一个脱帽鞠躬礼。”说着向大家深深地鞠了一个躬。人们被领袖的真诚打动了。在长时间的掌声中，大家不约而同地唱起了《东方红》。歌声起时，受了委屈的同志们都流着镦动的热泪，心中的疑虑和委屈顿时消失，革命的意志更加坚定。美国记者安娜路易斯斯特朗碰巧在场，用照相机摄下了这个令人难以忘怀的场面。紧接着毛泽东又风趣地讲道：“我们打了一场夜战，看不清敌人，误伤了自己的同志。好在不是真刀实枪，用的是白灰，洗一洗就好了。错误主要由我负责。”马文瑞感到毛泽东的这个比方打得很恰当。毛泽东又说：“审干反奸应该搞，干部的政治面貌应该弄清楚。”讲到这里，毛泽东引用了“三国故事”，说：“这就好比张飞把从曹营归来的关公挡在古城门外审查一样，擂鼓三声斩蔡阳，才相信他是身在曹营心在汉，方才放他进城。这一回，张飞审关公不错，是有原则性的表现。这就如同我们搞的审干反奸，是必要的。但扩大化了，整错了不少人，这就不好，要彻底纠正。如何纠正呢？我看有九条方针应当遵循，首先是一个不杀，大部不抓；其次是重证据，不重口供；第三是……”毛泽东又重申了那九条原则。马文瑞感到主席讲得很明确，很有针对性。
1945年春末，马文瑞担任了西北局常委、组织部长。当时中共中央西北局共七名常委，马文瑞是其中之一。其他六位是：高岗（书记）、林伯渠、贺龙、谭政、贾拓夫、王世泰。当时正值整风运动结束，党内开始大规模纠正审干反奸的错误，他可谓受命于危难之时。上任伊始，便面临着一大堆十分棘手又亟待解决的问题。
为了搞好甄别平反工作，西北局成立甄别平反领导小组，马文瑞担任组长，边区保安处负责人周兴任副组长。同时抽调了一批可靠干部，挨个儿对每个被抢救者的问题进行复审，重新作出结论，搞错了的就给人家平反，并且代表组织向人家赔礼道歉。马文瑞回忆说：“问题很复杂，但大部分搞错了，费了很大的劲儿，解脱了不少好同志。杨静仁、孙作宾、董学源、陈元方等原先都被抓起来了，经过甄别，平了反，都放了出来。这项工作，搞了整整一年多，到七大之后才基本结束。”七大召开之前，乌兰夫是西北局统战部的干部，听说要开七大，他便到西北局组织部找马文瑞，提出想参加七大。马文瑞对于乌兰夫的革命经历比较了解，知道他是留苏学生，在内蒙古大青山一带人民群众中是很有名的革命者，在蒙古族同胞中很有影响，便将这个意见向负责代表资格审查的中共中央组织部部长彭真做了反映。彭真听取了马文瑞的意见，乌兰夫便作为列席代表参加七大。会议期间，乌兰夫主动向大会递交了一份书面发言，后来还安排他在大会发言。他着重谈了对毛主席和党中央民族政策思想的理解和认识，受到大会重视，随后当选为中央候补委员。马文瑞作为正式代表，参加了党的七大。
艰苦而持久的抗日战争终于结束了。中国人民以付出几千万同胞生命的代价，赢得了这场反侵略正义战争的胜利。1945年8月14日，日本侵略者宣布无条件投降。消息一传开，举国欢腾，普天同庆。八年浴血奋战，八年同仇敌忾，八年卧薪尝胆，八年前仆后继，中国人民终于将穷凶极恶、不可一世的日本侵略者降伏了！侵略者终于认识到中国人民不可欺，中华民族不可辱！一个被分割、被奴役、被帝国主义视为软弱可欺的民族，在八年血与火的斗争中坚强地站立起来了。
8月15日，消息传到延安。延安的“八·一五”之夜，是锣鼓秧歌和灯笼火把的世界。城里城外，漫山遍野，到处是一片欢腾，一片火光。游行庆祝的队伍，像长龙狂舞，蜿蜒腾跃，如火凤展翅，铺天盖地。人们扬眉吐气，尽兴狂欢，欢呼我们民族的胜利，欢呼世界反法西斯战争的胜利，欢呼民族独立与和平之神的降临！在这激动人心的日子里，毛泽东主席、党中央却保持着冷静的头脑。“抗战胜利了，中国向何处去？”这个重大而严峻的问题摆在国共两党领袖人物的面前。早在日本尚未宣布投降之前，毛泽东在延安干部会议上断言，“日本帝国主义已经不能继续打下去了。”“在这种形势下面，中国国内的阶级关系，国共两党的关系，现在怎么样，将来可能怎么样？我党的方针怎么样？这是全国人民很关心的问题，是全党同志很关心的问题。”这一系列问题，也是毛泽东自己近期反复思考的问题。早在七大开幕词中毛泽东就指出：“在打败了日本帝国主义以后，中国仍然有成为一个新中国和还是一个老中国的两种命运，两个前途。”果然，日本投降后的种种迹象表明，中国法西斯头子独夫民贼蒋介石又在玩弄新的反共伎俩，企图挑动内战。首先是抗战的胜利果实应该属于谁？毛泽东讲道：“这是很明白的。比如一棵桃树，树上结了桃子，这桃子就是胜利果实。
桃子该由谁摘？这要问桃树是谁栽的，谁挑水浇的。蒋介石蹲在山上一担水也不挑，现在他却把手伸得老长老长地要摘桃子。他说，此桃子的所有权属于我蒋介石，我是地主，你们是农奴，我不准你们摘。我们在报上驳了他。我们说，你没有挑过水，所以没有摘桃子的权利。我们解放区的人民天天浇水，最有权利摘的应该是我们。”马文瑞和西北局的领导同志们聆听了毛泽东的这次讲话。为了收获胜利的果实，中央决定由陕甘宁边区抽调大批干部到东北、华北等新解放区去。由延安中央办的各类学校中共抽调两万多名学生分配到新区去了。马文瑞经手调出的干部有两千多名。当时是蒋介石一面下令限制八路军的行动，企图独吞胜利果实；一面假情假意连发三封电报，邀请毛泽东去重庆谈判。妄图制造假象，掩饰其发动内战的真实面目。为了揭露敌人的阴谋，毛泽东亲赴重庆与蒋介石谈判，双方签订了“双十协定”。不久，蒋介石撕毁协定，下山抢摘桃子，公然发动内战。解放区军民奋起自卫，反击蒋介石的进攻。1946年解放战争爆发。国民党反动军队气势汹汹，四面出击，受到人民解放军迎头痛击。在各路攻势接连受挫的情况下，蒋介石改变战略，调集兵力，对我山东、陕北两个解放区实行重点进攻，妄图速战速决，消灭共产党及其军队。1947年春，胡宗南大举进攻延安。西北野战军在彭德怀司令员指挥下，派部队在延安以南的南泥湾、松树林一带阻击七天七夜。毛泽东、党中央决定主动撤离延安。为适应战争的需要，中共中央西北局领导成员决定分为两部分，林伯渠、马明方等留在后方，领导地方工作，习仲勋、马文瑞、贾拓夫、刘景范等跟随部队上前线。
1947年3月18日傍晚，即胡宗南匪军进入延安前一日，延安城南七里铺对面西北局机关所在地的花石砭山坡上，急匆匆跑出一哨人马，直奔毛泽东居住的王家坪。彭德怀、林伯渠、习仲勋、马明方、马文瑞、贾拓夫、刘景范几位策马飞驰，大家一路上都沉默不语。城内多数机关和学校的工作人员、师生及老百姓已经撤离，眼下，道路两旁仍然可见拉着牲口驮子朝西面、北面和东面撤退的有些慌乱的人群。不时地从南面传来隆隆的炮声，仿佛提醒人们，战争正在分分秒秒地朝着延安城逼近。涉过延河时，有一队撤退的群众正在过河，大家一眼便认出那是西北局机关家属队，由一个叫马丰瞬的总务人员带队，马文瑞的爱人孙铭和两个孩子也在这支队伍中。这支队伍的特点是：牲口背上的驮笼中都蹲着只露出小脑袋的孩子们。他们的母亲，便在前面牵着牲口的缰绳。孩子们并不懂得战争的可怕，倒觉得坐在垫着麦草的驮笼里既暖和又有趣儿。他们不理解妈妈和身边忙碌着的叔叔阿姨们脸上何以都是那样的一副紧张而又严肃的表情骤队在涉过延河的时候，发生了一点小小的事故。由于正值陕北消冰流凌的季节，一匹驮着粮食的骡子踏裂了浮冰，陷进河中。人们正在拉扯着抢救时，那一哨人马赶到了。大家下马，七手八脚地把骡子拉上来，这才与家属队分了手。家属队要连夜翻过安塞的几座山，赶在天明时到达瓦窑堡。在分手的那一刻，马文瑞深情地望着拉着驮了小文和阿丽的骡驮子的孙铭随着队伍渐渐远去，心里突然涌起一阵惆怅。他知道，战争是残酷无情的。这一分别，不知什么时候才能相见。家属队走出好远好远了，他还仿佛听到两个孩子在一声接一声地喊着爸爸。孙铭最后离开时，是低着头的，他没有看清，但也想象得出，平时好流眼泪的她，又少不了流眼泪了。这一回，他倒是很能理解她，并不再认为那是小知识分子情调了。
