倚靠着徐树铮，段祺瑞政治、军事上的势力大增，他对小徐的宠信亦到了无以复加的地步。而小徐仗着他也更加为所欲为，最终演出暗杀陆建章的事件来。
陆建章是冯玉祥的长亲，是他一手提拔了冯，还将内侄女许给冯为妻。冯玉祥滦州起义被拘后，陆建章千方百计营救，使冯玉祥幸免于难。冯和陆的感情相当深厚。冯玉祥在武穴通电主和，大大影响了主战派的对南用兵。徐树铮认为冯是受陆建章的指使，而以陆为代表的主和派很有活动能力。徐树铮恨死了陆，有一天他对张作霖的参谋长杨宇霆说，他想除掉陆建章，杨随口答道：“也好。”小徐便以此作为奉军对他行为的认可。在1918年6月15日，把陆骗到司令部枪毙了。
陆建章是和冯国璋、段祺瑞同时代的北洋老前辈，段得到徐树铮枪毙了陆建章的消息后，“惊讶万状，瞠目半晌，才说出话来”。他遣曾毓隽到冯国璋那儿去探听冯对这事的看法，冯见到曾，不等曾开口，就问：“你是为了又铮(徐树铮字又铮)的事情来的吗？”曾说：“是。我来请示总统，这事怎么办？”冯说：“又铮在芝泉左右，一向是为所欲为，今天这事未免太荒唐了。所好是责任内阁，你回去告诉芝泉，他怎么办，我就怎么用印好了。”冯把球踢回给段祺瑞，段对这只烫手的山芋不接也不行，只好补下了一道含糊其辞的命令，说陆建章勾结土匪，煽惑军队，“现既拿获枪决，着褫夺军官军职勋位勋章，以昭法典”。尔后为安抚人心，在6月17日授冯玉祥陆军中将职，撤销免职处分。
张作霖对随意调遣奉军的徐树铮早就不满，这次又在天津奉军司令部诱杀陆建章，事前并没征求张的同意，张怕任由徐放纵下去，更加难以约束，就想把徐踢出奉军。谁知，“嗣张又发现徐挪用奉军军费数百万元，作为其他建军之用，怒甚，解除徐之奉国副司令职务，撤回奉军司令部”。张作霖与徐树铮从此分开了。
徐树铮亦恨张作霖，主要为争夺入关后的新编六旅。因为开始招编时，段祺瑞按当时的具体情况，批示张作霖四个旅，徐树铮两个旅。徐树铮为此大感不平，闹个不休。但最终因为有段的批示，也没办法。此外，还有一件事让徐树铮更加记恨张作霖：他们双方在秦皇岛截得的军械，张作霖只给徐两旅半，徐这时有五旅人，他不答应。曾毓隽劝他说：“你不要和他争了，现在段老总正当国，两旅半军械，在政府还不是好想法子的吗？”徐只好作罢，但心中更恨张。有一次，曾毓隽请张、徐吃饭，陪坐的有杨宇霆等人，曾的意思是为张、徐两人作和事佬。没想到酒正喝到一半，徐树铮忽然对张作霖说：“大哥汝现在既有地盘，又有兵力，汝不要逞强。我现在兵力单薄，不能征服汝；我如实在不行，将来总有一天带日本兵打汝。”徐树铮的一番话，令满座失色。张作霖当时态度很冷静，忙举杯对徐树铮说：“老弟，何至于此，我的兵不就是你的兵吗？干杯！干杯！”事后，段祺瑞听说了这事，对徐树铮这种到处树敌的为人亦无可奈何。
张作霖表面上维持着与皖系的合作，对徐树铮尚持隐忍态度。但当徐把他的权力之手伸到内蒙，张认为这侵害到了他的利益，奉直联合反皖势在必行。
徐世昌利用直皖二系之争，获任大总统，为确立自己文人总统形象，巩固地位，决定利用国际、国内的和平呼声，积极筹措南北和议。这时候的国际大环境是：第一次世界大战已经结束，处理战后问题的巴黎和会即将召开。从一战中解脱出来的英美法意等国把注意力都转向东亚，意欲对中国作进一步的侵略，大家分肥，而不允许日本垄断。各国纷纷寻找他们在中国的代理人。因为日本的代理人是安福系，西方各国根据中国当时的情况，寄希望于通过南北和议来排挤安福系。此时，“国内人民十分渴望南北统一，以苏民困，而图争取国际之地位。在此之前，南北军阀派系之间，亦不断有谈和之声浪，但双方迄未获得较接近之机会。嗣因国内外和平空气之高涨，南北执政首脑以及各实力派均希望借此时机提出和平口号，解决当时所存在之问题。虽然免不了各为其自己的地位和利益来作打算，而且还有一部分人，如安福系的一些人，仍坚决主张以武力统一，但却不欲公然提出反对和平，以冒天下之大不韪。”意欲谋求南北和议的北方军阀是指直系。“直系是根据冯国璋‘和平统一政策，希图与西南滇桂军阀联系，来搞南北议和以抵制安福系之专横。如长江三督之首李纯与南方酝酿和谈，及曹锟得力部下吴佩孚进入湖北后按兵不动，均是“主和派’。”“此时南方军政府七总裁主席岑春煊亦积极要与北方拉拢。于是把酝酿已久的和谈更推进一步，双方派出代表，至1919年2月始获得正式开议。”
安福系迫于国际、国内形势，不得不同意和议，但“他们绝不愿意和议成功，因为和议成功后，徐世昌的地位将比较稳固，不能再多受安福系的指挥；而直系是早与西南军阀有联络，自然将占据上风。可以说，和议成功就是安福之失败，尤其是怀有野心的徐树铮，更是不甘心于此”。所以，有安福系的破坏，和谈注定不能成功。事实上，这次南北和谈从一开始就吵吵闹闹，纷争不停。
首先是开会地点。北方主张在南京开会；南方总代表唐绍仪主张在上海租界内开会，意思是不能在军阀包围之下开会，因为当时南京是在直系军阀李纯管辖之下。最后双方决定以上海的旧德国总会（俱乐部)为会场。南方代表住愚园路九十号，北方代表住哈同花园。
关于会议名称，双方意见也不一致。北京政府以安福系为代表的一开始就反对对等议和，主张该会议称“善后会议”；南方认为这是清代在绥靖地方土匪时才用善后字样，提议称“上海会议”。彼此磋商，最后都未达成共识，于是，各叫各的。北方称“南北和平会议”；南方称“上海会议”。
总代表的人选问题上亦有一番争议。北京总代表先有李纯之说。李纯是直系人物，徐树铮非常讨厌他，瞩意王揖唐。王揖唐是安福系，也有偏于一方之嫌，徐世昌便挽出旧友朱启钤为总代表。除了总代表，双方各出9名分代表(南方后增为10人)，北京的分代表中安福系占去5名，以吴鼎昌为中坚分子；直系占2名，以王克敏为中坚分子。南方总代表初拟为岑春煊，但徐世昌希望由唐绍仪出任，因为唐和徐早年在东三省为同僚，关系密切，经章士钊斡旋，唐绍仪作了南方总代表。南方分代表则由西南各省推派，代表岑春煊的章士钊为中坚分子。
段祺瑞本人也是反对这次和议的。徐树铮便安排吴鼎昌专作破坏之事。徐世昌早就明白这一点，故在会议酝酿期就派徐树铮去日本观操，所谓调虎离山，以免徐在国内兴风作浪，破坏和议。小徐无可奈何，勉强去了日本，但很快就回国了。无论如何，南北和议总算在1919年2月20日上午9时召开了。
此次南北和谈计划讨论陕西问题、中日军事协约问题、湖南问题、国会问题、出席巴黎和会代表人选问题等等，可就在讨论陕西问题时，双方纠缠不得解决以致和谈告挫。所谓陕西问题，缘自1918年初，胡景翼等在陕西宣告独立，拥护“护法”。同年6月，孙中山派于右任入陕宣慰军民。8月，于右任被推举为陕西靖国军总司令。段祺瑞随即派军入陕，围攻陕西靖国军。1918年11月16日徐世昌下令停止战事，11月23日南方军政府也下令各守原防，静待后命，为南北和议创造条件。安福系的陕西督军陈树藩拒不听命。说他是“剿匪”，不是打南军，剿匪不包括在停战范围之内，双方军队继续有冲突。南北和谈时，南方总代表唐绍仪提出撤换陈树藩，否则和议不能进行。北方朱启钤则以当地真相不明为由，要求将会议继续下去。
而后，因为国会问题，双方总代表先后辞职。“国会问题”是南方提出要由此次和会宣布前总统黎元洪1917年6月13日的命令无效(指张勋威迫下令解散国会)，恢复原国会。这就涉及徐世昌本人地位和北方安福国会是否合法的问题了。徐世昌和段祺瑞、徐树铮有利害冲突，他本希望和议成功，以“和平统一”战胜“武力统一”之主张。这国会问题一提，徐世昌和段祺瑞等就有共同利害，目标一致了。吴鼎昌到北京和徐世昌、钱能训、段祺瑞等共同商议对策，得到指示“北方代表采取强硬态度，不惜决裂”。结果，唐绍仪以国会问题不能解决，其他问题不必讨论而愤然辞职。另一方面，徐树铮以区区一个参谋处参谋长的资格，频频对北方和谈总代表朱启钤发号施令，说：徐世昌就职以来，国内舆论表示支持，各国一体认可，何待你等21人来承认。那你21人承认以后，21人以外之人是否照旧承认，恐怕不是你等所敢断言。然则现在不统一的尚仅五个省，一经你等无病呻吟，儿戏从事，必招致天下骚乱，使总统不安于位……语气专横狂妄，并且，他明目张胆地说要以“交通、北洋、安福三派实力，戴东海之德望，握二十四省区大地”迫使西南五省就范。朱启钤受其逼迫，遂跟着唐绍仪也辞了职。朱启钤一退，北方马上派安福系的头目之一王揖唐继任北方总代表，受到南方军政府和直系军人反对。吴佩孚尖锐地指责王揖唐“身列国会，安能解决国会问题！身为党魁，安能不受党派之牵制！”王揖唐因为南方代表深拒勿内，“在上海所处的情形极为尴尬，乃于10月19日自己使人在哈同花园住所伪置炸弹，遂借此而远飏矣”。
从1919年2月20日南北和谈会开幕，到5月14日双方总代表辞职，不足三个月的时间里，因为安福系一再从中破坏，和谈搁浅，后虽延续很长时间，但已无任何实质的意义。
正当直皖矛盾日益激化的时候，第一次世界大战宣告结束，1919年1月，帝国主义进行战后分赃的“巴黎和会”召开。不久就传来了“巴黎和会”上中国外交失败的消息。段操纵下的北洋政府继续推行其投降卖国的外交政策，激起全国民众的愤慨，具有划时代意义的“五四”运动由此引发。
对爱国反帝的“五四”运动，段祺瑞横加阻挠，极力破坏。对爱国青年学生，他主张血腥镇压，他指责钱能训内阁对爱国学生运动镇压不利，并因此而授意安福国会进行倒阁。他还向北京政府施加压力，撤换了他认为镇压学生运动不利的李长泰，换上了一个有“屠夫”恶名的王怀庆为步军统领。他还指使安福系的内阁成员提出，撤换这次学生运动策源地北京大学校长蔡元培。安福系甚至扬言要暗杀蔡元培。
对民愤极大、全国人民强烈要求惩办的卖国贼曹汝霖、章宗祥、陆宗舆，段祺瑞则极力包庇。因为这些卖国贼无一不是他的心腹，故他很怕人民惩治这些卖国贼后，找他这个总后台算账。为此，他竟公开袒护卖国贼，说他们是“体国公忠，有裨大局”，还亲自去慰问3个卖国贼。更有甚者，他竟冒天下之大不韪，丧心病狂地发出通电，主张在“巴黎和约”上签字。所有这一切，使这个北洋军阀独裁专制、卖国求荣的反动本质暴露无遗。这使更多的人认识到，曹、章、陆的后台是段祺瑞，段氏不倒，中国无望。
政府的高压和迫害并没有使爱国学生屈服，他们组织起更大规模的游行、演讲。6月3日、4日，大批北京学生被捕，这激起全国人民的愤慨和抗议热潮。各阶层的人们空前团结起来，他们罢工、罢课、罢市，整个运动波及全国20多个省市150多个城市。这空前规模的斗争令北京政府感到莫大的威胁，特别是工人阶级的斗争，令他们害怕。6月7日，北京政府被迫释放关押学生。10日，下令免去曹汝霖、章宗祥、陆宗舆三个卖国贼的职务。
段祺瑞对此非常不满，他严厉指责任国务总理钱能训镇压不力，迫使其于6月13日辞职。接替钱的是皖系政客龚心湛，面对广大人民拒绝在合约上签字的强烈要求，他秉承段祺瑞的意志，在6月21日公开表示不能拒签，安福系议员们亦到处活动，极陈签约之必要。但最终，参加和会的代表们没敢在和约上签字。这是人民斗争的胜利！事后，徐树铮居然还在总统府会议上大谈不该拒绝签约，要求把签约代表陆徵祥撤回来，换胡惟德再去巴黎追着签字。不过，在人民的强大压力和斗争面前，他们终于没有得逞。倒行逆施的安福系亦走到穷途末路上来了。
9月24日，靳云鹏兼代国务总理，11月5日，正式任国务总理。
据曾毓隽言，“段祺瑞身边军人中有两个最得宠：一为靳云鹏，一为徐树铮”。靳云鹏，字翼青，山东人。“士兵出身，由段祺瑞在前清考选送入随营学堂。文化虽然不高，但好学而聪明。毕业后，粗通文字。辛亥以前，由段祺瑞保荐给李经羲在云南充任总参议。光复后，靳任陆军第五师师长，驻山东。民国二年，以靳云鹏代理山东都督，因得段的赏识，几年间，靳即扶摇直上”，他又出任参战军训练处督练，陆军总长等职。徐树铮追随老段，亦是炙手可热，红极一时。在段祺瑞看来，徐树铮政治背景单纯，自己就是其惟一靠山，加上他才能过人，擅长谋划，所以，段祺瑞深为赏识和信任他。而靳云鹏政治关系复杂，同各派千丝万缕：他和段是师生关系，和冯国璋是同学同事，和曹锟是把兄弟，和张作霖是儿女亲家，故而，段祺瑞对他是有戒心的。此外，“论文学才华，(徐)在靳之上，徐树铮以秀才出身，文武兼长，在当时段的心目中，徐树铮和靳云鹏之间，段未尝没有偏徐而抑靳的趋向。因为两人都是受段一手提拔。在靳云鹏，总以为本人身为士卒，受段早年的特达之知，早在徐树铮之前，视徐树铮是后生晚辈。而徐树铮以文采自豪，认为靳云鹏出身行伍，……不足重视。所以靳、徐二人，在民国初年之间，为了在段祺瑞左右争宠，彼此不和，但在权利上的矛盾还不十分明显”。
