2月4日，段祺瑞联合王占元、何丰林、李纯、王金铸、鲍贵卿、李厚基、马继增、周符麟等共9人发出要求共和的第二电，专致“近支王公、诸蒙古王公、各府部院大臣”，声言“谨率全军将士入京，与王公痛陈利害”。在清朝内阁总理大臣袁世凯等大臣的劝说和逼迫下，宣统帝溥仪的母后隆裕太后接受清室《优待条件》，发布《逊位诏书》，宣布清宣统皇帝退位，并授权袁世凯组织临时共和政府。《退位诏书》由张謇起草，并由临时参议院通过，但其中，“即由袁世凯以全权组织临时共和政府”为袁世凯手下所添加。
从此，大清帝国正式终结，并被中华民国取代与继承。统治了中国268年的清朝正式宣告灭亡，中国两千年来的帝制也宣告灭亡。
宣统帝退位后，1912年2月13日孙中山提出辞呈，向临时参议院推荐袁世凯接任。2月15日临时参议院选袁世凯任临时大总统，议决临时政府仍设在南京，并电袁前来受职；未受任前，政务仍由孙总统继续执行。袁世凯以北京兵变为由，迁都北京。
3月8日，临时参议院又通过《中华民国临时约法》，试图通过内阁制对大总统的权力加以限制。3月10日袁世凯在北京宣誓就职中华民国第二任临时大总统。确切的说，是袁世凯篡夺了革命果实。从此，中国进入北洋军阀统治时期，该时期的中华民国政府也称为“北洋政府”。
运气颇佳的王占元在辛亥革命期间南下镇压革命军，受到曾经的清廷的赏赐，官升第二镇统制。中华民国成立之后，中国陆军军制有了改革，镇改为师，协改为旅。标改为团，营仍为营，队改为连。原进攻革命军的北洋军各镇改为师。王占元继续担任第二师师长，驻保定、永平一带。趁着军制改革这个好机会，孙传芳被王占元提升为第五团第二辎重营营长。
辛亥之役以后，袁世凯夺取大权，成了中国老百姓的“人王地主”。曾经与其在朝野中争权夺势的满洲贵族铁良，也随着满清王朝的结束而退出陆军部。依附于铁良的王英楷也自知无法伸展，回到了家中。辛亥革命推翻了清王朝，王英楷的权势也被颠覆了，他从此郁郁寡欢，不久，卧床不起，不到一年，便憾然辞世。孙传芳失去了姐夫这个大靠山，很是惆怅，思来想去，只能暗下决心跟随王占元。从此以后，他跟随王占元整整10年，参加多次战役。
继任临时大总统的袁世凯却不是一个“明君”，他实行了专制独裁，这一行径遭到人民的不满和反抗，其中规模比较的要数“白狼起义”和“红枪会”。
所谓的“白狼”，实际上是个农民，名叫白朗（1875年～1914年），河南宝丰县大刘庄人，字明心，早年在巡防营当过兵，有一些军事常识和百步穿杨的枪法。因官军恨之入骨，便在豫西领着一群百姓搞起反袁的武装起义。白朗的行动迅捷，来无踪去无影，故称其为“白狼”，白朗军在与官兵的作战中摸索了一套流动作战方法，有的时候飘忽不定，一晚上就可以行军二、三百里，战术灵活多变。官军对白朗的农民起义军束手无策，将其诬为“狼匪”，但更多的人称之为“义军”。
从民国元年（1912年）开始，白朗组织当地老百姓在宝丰、鲁山、汝州一带拉杆子，啸聚山林，杀富济贫。
“二次革命”时，北洋军第六师从豫南开赴湖北，白朗趁机偷袭唐河县城，夺取了6门大炮，数挺机关枪及许多枪械子弹。随后，攻克了200里外的禹县，守城兵被打得落花流水。白朗乘势而起，提出了“打富济贫”的口号，进军豫、鄂、皖边境。后来还有很多百姓、被裁士兵、饥民等加入队伍。讨袁队伍由几百人扩展为几万人，声势浩大，所向披靡。
此时，江苏讨袁总司令黄兴很佩服白朗这批特殊的讨袁部队，他曾派人联络白朗共同讨袁。于是，白朗又把“打富济贫”的口号改成“公民讨贼军”，树起“中华民国抚汉讨袁军”的旗号，决心打倒袁世凯！
面对当前形势，河南护军使雷震春马上组织人马“围剿”白朗，同时向袁世凯致电告急。袁世凯手中有强大的北洋军，他一声令下，便调动了河北、河南、陕西、湖北、安徽等5省军队进行对白朗起义军大会剿。这时候，王占元已经升任第二师师长，这个队伍是袁世凯“五省会剿”军的主力之一，他们全军开赴了前线。
白朗军攻势逼人，1913年8月，白朗军1万多人突然在信阳的吴家店一带集结，于22日攻随县未下，转攻枣阳，俘虏河南到到枣阳的西洋传教士13名。9月6日退出枣阳，8日将所俘虏的传教士释放。袁世凯急调豫鲁张镇芳和鄂督段祺瑞派兵进剿。10月16日，白朗军分兵攻克河南之唐河、桐柏、新野等县，设大本营于豫鄂交界的桐柏山中。
1914年1月8日，白朗军与官军在新安店激战一阵后，即向东接连攻克光山、潢山、固始等县。鄂督段祺瑞急忙命令王占元率军向固始进剿。孙传芳深知战斗是军人表现才能的好机会，同时也能得到王占元的肯定，这可以为日后的提升做资本，于是他主动向王占元请缨“围剿”白朗。而接到上级命令的王占元也正想找孙传芳来商量下此事。于是，二人在席间商讨起支撑局面的大计。
王占元开门见山的说道“如今的形势对于我们来说非常有利，我们必须要抓住机会，稳定自己，这样才能打拼出属于自己地盘。”
孙传芳点头说：“王师长，你说的很有道理。”
王占元随后又说：“围剿白朗对我们来说就是个好机会，只要我们努力，前途一片大好。”
“我想说的也正是这件事情。”孙传芳连忙说道，“王师长，我等着你的派遣！”
王占元笑道：“虽然我是师长，但称不上是足智多谋，你毕业于日本军官学校，出谋划策的事情得需要你来做。所以，今后很多事情都得靠你呢！”
“王师长，这……这怕不行吧？”孙传芳不敢越权，心想：自己接触的军阀中，十个有九个是过于自信的，现在王占元说的这些话感觉很真诚，但却不知道是否是肺腑之言。要自己去给师长出谋划策是贸然行事，总有些不妥。
王占元仿佛看出了孙传芳的迟疑，说：“一有机会我就会提升你。”随后又嘱咐道：“该我办的事我一定办好。以后，你就只管放宽心地去出谋划策！”
孙传芳点头：“是，王师长。”
几天后，王占元和孙传芳带领一个旅的兵力向河南固始一带进发。
此时的白朗军正转攻南面的商城。孙传芳立即建议王占元在商城北方堵截白朗军。他向采取出其不意的方法伏击白朗军，这样就能大伤白朗军。但没有想到，孙传芳在日本学来的军事知识对付中国土生土长的农民起义军来说并没有预期的效果。白朗军来势汹涌，堵截伏击失败，只有退回商城南部。白朗军随后包围商城，王占元、孙传芳被困于城南。多亏驻麻城的第六旅旅长张敬尧部救援，王占元、孙传芳才得以突围逃脱。
随后，白朗军以惊人的速度进入安徽境内，攻下六安、霍山两县。不久，白朗军离开六安，临行时扬言下一步是进攻合肥，那只是掩人耳目的一个策略，实际上白朗军是朝西挺进，目的是进攻金家寨。
为了加大“围剿”力度，段祺瑞亲自进驻信阳，与皖鄂两省的官兵采取大包围的部署。目的是把白朗军驱赶到商城一带，一举歼灭。在围攻之中，白朗军在固始、商城、滨川中间的武庙集、桃树岭、李家山、鄢家集一带山地中停留有半个月之久。段祺瑞任命王占元为总司令，负责剿灭豫皖边界的白朗军。他们从根据地河北永平动身，日夜兼程，来到豫南信阳。据侦探报告，豫南这支白朗军的大本营住在商城，他们正想向皖鄂交界处转移，和那里的同伙会合，然后再入河南。
这时，豫、鄂、皖所调的部队陆续集结。王占元命令这些军队一部分堵住豫鄂、豫皖间的山路。一部分在商城南部铜锣关附近控制，自己和孙传芳率领一个团的兵力进入潢山。本来拟定到京汉铁路线上的部队调齐后再同时进攻。但适逢天下大雨、道路难行，部队多数人都没有到达指定地点。
这时王占元犯起愁来：大军长途跋涉，人困马乏，尚未得到休整。信阳至商城大约200多里，交通不便，如今又赶上大雨，道路泥泞难行。怎样消灭这伙白朗军呢？若待休整之后，白朗军肯定转移成功，到时候想追都追不上了，岂不是误了大事。
正在王占元犹豫之时，孙传芳来到他面前。没待开口，孙传芳便主动请战。
“王师长，现在白朗军的去向我们已经掌握了，他们的主力在商城，我们就应该立即前往商城，在他们毫无知觉的情况下歼灭他们。”
“我也考虑过攻其不意。”王占元说：“但是，客观的想，我们远道而来，尚未休整，且对商城情况生疏，贸然出兵，我心里有点不踏实。”
“我是这样打算的。”孙传芳说：“我率一团兵力，连夜插往商城左右。第一步作为侦察，看看匪徒虚实和动向；第二步见机行动。可取则一举歼灭它，不可取，则控制它的行动，等师长带来大队人马，我们再全歼他们。”
“这固然是个好策略，如若实行就有太多的困难了。”王占元说道。
“有什么困难？”孙传芳说：“没有困难。”
王占元摇摇头。“这是冒险行动，孤军深入，十分危险。而且，信阳到商城，200余里，路程遥远，而且敌人变化多端，如有不慎，露了马脚，后果很严重。”
“王师长的顾虑我很清楚。”孙传芳说：“我们不是孤军，只是我先走一步。我们不了解商城匪情，商城匪徒也不了解我们，正可以先斗斗智。何况我们是有备而去。等他们摸清我们底细了，你不是也领着大军到了么，他们吃不掉我。”
“但是路途太远了，就怕士兵们吃不消。”王占元说。
孙传芳却笑了，说道：“200里路不算什么，我们今日傍晚就出发，明日黎明刚好到达。正好出其不意。”
“只有一个晚上，你确定能赶到？”王占元有点惊讶。
“可以！”孙传芳说。
“200余里，需要马不停蹄的赶路才行。更何况现在正下着雨，道路泥泞不堪，根本行不通的。”
“王师长，请你放心。”孙传芳说：“咱们的队伍能办到！”
王占元感动了，他拉着孙传芳的手，又拍着孙传芳的肩，说：“那你千万注意，入虎穴有一定的风险，一旦有特殊情况，你立即向师里汇报，我会及时赶到那里。”
“请师长放心。”孙传芳说：“我会见机行事的。”
回到队上，孙传芳把六团的营、连长都找到跟前，把任务交待一遍，然后说：“我们这一仗第一要吃苦，第二要奇袭。信阳到商城200里，我们一定要追赶上白朗军！”
听到孙传芳的这些话，有几个连长面露难色，说：“营长，部队经过很多天的行军，但始终追不到白朗军。现在赶上大雨，天色已晚，不如明天再作打算吧！”
但孙传芳却十分坚定的说：“现在是我们唯一的机会，这次出奇制胜我想了很久，虽然大家都很疲劳，但是，为了能顺利围剿白朗军，我们只有坚持住，趁着雨夜追赶。”
“但是，现在的情况是人困马乏，动员就是个首要问题。”其中一个连长说道。
孙传芳说：“今天晚饭后，我同大家一起徒步去往商城！如果有不服从命令的，军法处置。
晚饭前，孙传芳把所学习的完整的军事理论搬出来，他认真的分析了和白朗军的几次交战，并掌握了白朗军的作战特点，为了取得胜利，他慎重的计划了这次突袭行动。
瓢泼的大雨似乎没有停止的意思，但是，这并不能阻碍孙传芳所要采取的这一行动，他心中暗暗思量：围剿白朗军是否成功就要看今晚这一战了。晚饭后，紧急集合的军号吹响了，全营士兵都集中在孙传芳的面前。
看着大雨中的士兵们，孙传芳的内心很不舒服，士兵们在这种艰苦的条件下作战为的就是赢得战争的胜利，所以，这次行动只能成功，不许失败。想到这里，孙传芳在雨中铿锵有力的说道：“正因为这样的天气，白朗军才会放松警惕，这正是我们出击的好机会。我们要出其不意，这样才能夺取胜利。”
“我们今天所吃的苦，所走的路，正是为了这次战斗的成功，为了成功，我们就要咬牙坚持下去。我会和队伍一起行动，为了胜利，希望大家能听从我的指挥。”
听了孙传芳发自肺腑的讲话，士兵们都纷纷表示：愿意听从孙营长的指挥。
就在这风雨交加的傍晚，闪电划开漆黑的夜幕，雷声在头上不停的轰鸣着，道路两旁的大树被风雨摇撼着，沙沙作响，仿佛是凄厉的哀号。孙传芳率领他的第六团全体官兵开始了艰难的跋涉。此时的孙传芳信心十足，他坚信这次行动会取得成功的，为了证明他在日本5年来所学习的东西不是“纸上谈兵”，他必须付之于这次行动，想到这里，他热血沸腾，加快了脚步。
这时，行军来到一个大镇，征程已过半，一个连部的连长建议孙传芳：“营长，我们已经走了一大半了，现在是否能稍作休息，这样也能恢复士兵们的体力。”
孙传芳想了想，却没有同意，并且下命令“再快速行军50里！”他对部下说：“兵贵神速！我们要奇功以制胜俗，黎明前赶到目的地，日出时结束战斗。如能胜利，定会犒赏！”这支军队训练有素，军纪严明。听到营长的命令，便加快了行军的速度。
经过8个多小时的行军，孙传芳终于赶到目的地，随后就分散部队，包围了白朗军。随着一声令下，士兵们发起进攻，白朗军对突如其来的北洋军感到意外，但是凭着多次作战的经验，他们临危不乱，和北洋军展开了一场激烈的混战。孙传芳部有4门管退炮，见形势并不乐观，他立即下令将炮火对准白朗军的土堡垒一顿猛炸。白朗军抓住机会，杀开一条血路，很快就消失在浓浓的烟雾之中。
面对白朗军的逃脱，孙传芳并没有下令穷追不舍，而是传命全营休息调整。孙传芳很清楚：经过一夜的行军，士兵们已经疲惫不堪，刚刚又经历了一场激烈的战斗，现在需要调整和补充力量。
休息过后，队伍又踏上了征程。行军途中，孙传芳在心里打算着，俗话说：知己知彼，百战不殆。现在并不知道白朗军人数多少，也不清楚这里的地形，要想获胜的唯一方法就是先了解白朗军的情况。于是，他立刻决定把全团马匹会集起来，组织一支快速行动队，对商城白朗匪军进行一次火力侦察。侦察清楚了，能战则战，不能战就先守在商城外围，等待王占元的主力军的到来。
伤亡不轻的白朗据险死守，商议着突围的方法。此时，王占元也率军赶到了这里，次日下令发起发动攻击，激战数日，双方损伤都很大。行动飘忽的白朗军碰上训练有素的北洋军，伤亡很大，加上对方有精良的装备和武器，对峙下去的结果就是全军覆没。经过内部商讨，决定并分两路突破包围。白朗带领两千多人，其余的人由李鸿宾带领，就这样展开了突围搏杀。
见此情况，王占元下令集中兵力，不能有“漏网之鱼”，必须歼灭白朗军。孙传芳指挥指挥炮兵攻打高地人群密集处，形成严密的包围圈，打退了白朗军的多次突围。情急之下，白朗军乘机用声东击西的策略，以一部兵力猛攻王占元的驻地，以吸引其注意力。王占元大惊，急忙下令回师挽救驻地。王白朗军乘机化整为零，分数股逃出包围圈。随后，又在信阳以南大约20里的双河镇分道越过京汉路，返回桐柏山中。
