袁世凯在整治军纪的时候显露出权谋家的本色。他先严厉整顿了一番军纪，接着遍邀军官，排摆宴席。席间袁世凯端起酒杯，向军官们讲明整顿军纪的必要性。
有的军官劫掠惯了，未免不服，不满之心溢于言表，假说怕士兵闹事，袁世凯早就料到这一手，他说：“诸位放心，我如果没有这点胆量，就不会接受大帅的委任了，何况我手里还握着令箭呢！”
袁世凯又将各项军规公诸于众，此外挑选了300名亲兵，每天晚上，袁世凯派出亲兵在军营内外巡查暗访，听见有人发牢骚，就将名字记下，第二天即严厉训斥该士兵，三军以为袁世凯在军中遍插亲信，于是对他都颇为心服。
袁世凯深知单靠高压政策无法震慑军心，况且自己资历尚浅，那些久经战阵的官兵未免不服，因此他也千方百计收买人心。严守军纪的士兵，他会予以奖励，对于士兵颇为体恤。而且袁世凯与士卒同甘共苦，他平日起居和普通士卒一样，他的亲兵管带患病不起，袁世凯找来军医为他治疗，并亲自在营帐中为他生火煎药，可怜这名管带病重不治，管带死后，袁世凯抚尸痛哭，拿出钱来操办后事。从此军中都知道袁世凯体恤下属。
庆军入朝之前，吴长庆对部下军官的暮气沉沉感到不满。张謇对吴长庆说：“我于移营登州之后，亦颇感军气不如在浦江时之张扬，宜乘此时擢用青年，使军中耳目一新”。现在袁世凯初露锋芒，吴长庆大为赏识，吴长庆还曾经向张謇道谢：“慰亭(袁世凯)真不错，不负张先生识拔，我应向张先生道谢！”
庆军整肃了军纪之后，吴长庆分析了朝鲜的局势，和丁汝昌、马建昌等将领商议对策。他们根据情报，认为兵变的起因是拖欠军饷，只是一般的兵变，但是大院君李昰应却借机夺权，只要把李昰应捉拿押解回国，兵变很容易就可以平定了。
但是兵变后大院君李昰应在深宫中又有亲兵护卫，如果强攻，战事必将扩大，经过商议，几人定下擒贼先擒王的计策，决定摆下鸿门宴，捉拿大院君李昰应。
26日，吴长庆等三人到宫中觐见大院君李昰应，和李昰应相言甚欢。告别的时候约好吴长庆邀请李昰应到清军营中回访。
次日，李昰应如约来到清军营中。吴长庆率众将领在大帐外迎候。而袁世凯则按照事先的安排守住帐门，他彬彬有礼地将跟随大院君的卫队请到旁边的营中款待。卫队一进帐中，伏兵四起，还没等他们反应过来，就已命丧黄泉。
袁世凯回到中军大帐，众人早就等着他，一拥上去把李昰应捆得结结实实，塞进一顶密封的轿子，几个清兵抬起轿就走，丁汝昌带一队人马护送到军舰上，押往国内，后来大院君李昰应长期被幽禁在保定府内。
在这场诱捕行动中立了大功的袁世凯，见祸首已去，向吴长庆请缨，连夜去平定汉城的乱军。当晚袁世凯统领一哨人马，突然出现在叛军的驻地，许多叛军还在酣睡之中就做了刀下之鬼，袁世凯大声喊道：“大院君已经被押往中国，你们还不投降？”叛军们跪了一地投降。城里的其他叛军也被袁世凯逐一收拾。
虽然屡立奇功，他并不满足，对于雄心勃勃的袁世凯来说，这些全在他的预料之中，他还要进一步去实现他控制朝鲜政权的野心。
次日上午，奋战了一夜的袁世凯又是第一个进入皇宫，找到出使中国求援的金允植带路，在后宫谒见国王李熙。
这位国王看起来确实昏庸无能，袁世凯自然没把他放在眼里，他在李熙面前把清军智擒大院君，连夜平叛的过程活灵活现地说了一通，当然，袁世凯不会错过这个机会，他把自己所立的战功也大肆渲染了一番。
李熙一想到自己又可以重掌政权，也不容多想，手写致吴长庆、马建昌的信让袁世凯带回，信中请求吴长庆等从速派兵讨伐“乱党”，同时告示全国，要求协助清军平乱。
清军将领分赴朝鲜各地平定叛乱，袁世凯则跟随在吴长庆身边，在王宫里和朝鲜君臣打交道。
李熙对清军帮他夺回政权，平定叛乱非常感激，对袁世凯更加亲近。
李熙为了表示感谢，宴请吴长庆等清军将领，酒宴上李熙大大夸奖了袁世凯一番，为了重振朝纲，李熙还单独和袁世凯商谈计策。
9月12日，避走民间的闵妃回到宫中。袁世凯深知朝鲜政权实际掌握在闵妃手中。当闵妃回到王宫，袁世凯抢先前往祝贺。
闵妃从李熙口中得知袁世凯为平乱立下的赫赫战功，也很赏识袁世凯。
清军的这次异国平叛，初出茅庐的袁世凯有勇有谋，英勇善战，因此朝鲜的叛乱平定之后，吴长庆以“治军严肃，调度有方，争先攻剿，尤为奋勇”16字的评语，将袁世凯列为平定“壬午之变”的首功，请李鸿章、张树声会奏请奖。1882年10月12日，清廷准奏，袁世凯因战功卓着，由原来的中书科中书提升为同知，并赏戴花翎。
“壬午之变”平定之后，庆营奉命驻扎朝鲜，吴长庆成立驻守朝鲜的清军司令部。司令部里吴长庆自然是最高统帅。他手下的文武两大幕僚，文的事务由后来考中状元的张謇负责，其职位相当于今天的秘书长地位。武的就是袁世凯，袁世凯时年24岁，但是庆营的所有军事事务都由他做主，相当于今天的参谋长地位。此外吴长庆还委派袁世凯全权负责处理外交事务。袁世凯入朝之初就立下雄心壮志，准备“夺其政权归我掌握”，而现在得以担任这个职位，他就成了负责清军和朝鲜交涉的官员，对他想控制朝鲜政府也非常有利。
壬午之乱后，朝鲜的统治者知耻而后勇，打算发愤图强。当时朝鲜是清朝的属国，因此朝鲜的事务由清朝的北洋大臣管理，李熙得到北洋大臣李鸿章的同意，聘请德国人穆麟德为总税务司，聘请清朝的中书马建常为外交顾问，同时准备聘请袁世凯为军事顾问，负责整军练兵。
李熙亲自前往清军营中拜访吴长庆，向他商借袁世凯。吴长庆因为袁世凯要负责军营中的一切军事事务，所以回绝了，李熙再三恳求，吴长庆只好答应让袁世凯帮朝鲜练新军。
此后，袁世凯不仅是驻朝鲜清军的参谋长，同时还负责朝鲜新军的编练工作。
其实，帮助朝鲜编练新军这个差事也是袁世凯运用自己的手段得来的。
原来袁世凯曾经借机独自进宫觐见李熙和闵妃，朝王夫妇对这位年轻英武的中国将军非常感激，在宫中设宴款待他。酒酣耳热之际，袁世凯乘机进言，分析了一番朝鲜的局势，劝李熙编练新军，抵御外侮。这番话说到了闵妃的心坎上，酒宴后闵妃和袁世凯就这件事商议了一番，决定求助于清廷帮朝鲜编练新军。
清廷非常赞同此举，认为这样有利于保障朝鲜和巩固中朝宗藩关系。吴长庆得到朝廷的旨意，命袁世凯操办此事。
袁世凯于是遴选了1000名精壮的兵丁，分为左右两营，并将清军的枪炮弹药送给朝方，他看到朝鲜王室衰微，建议先建立国王的亲卫军，朝鲜新军的编制和操法完全取法淮军，并参照了德国等其他欧美强国的陆军制度拟定规章。李熙又请袁于江华沁营旧军中选调500名士兵，编为“镇抚营”，如法训练。
李熙对于袁世凯的这番计划非常满意，他请袁世凯移居到朝鲜的三军府居住，以便指挥和督练朝鲜军队。袁世凯的这段经历也为他日后争取到负责编练新式陆军一职起到积极的作用。
清朝正值多事之秋，北疆方定，南疆又起战端。清朝的另一藩属国越南和法国又起战端，1884年，中法在越南的战事进行正酣，清廷为了应付战事，调派精锐军队以及着名的战将，驻朝清军统帅吴长庆奉命回国，担任守卫辽东的重任，留下三营清军驻守汉城，以记名提督吴兆有为统带，袁世凯总理营务处，会办朝鲜防务。袁世凯一跃而成为握有实力的统兵大员，成了清廷驻朝的重要武官，时年仅26岁。
1884年(光绪十年)，朝鲜发生了“甲申事变”，朝鲜政府不得不公开请求清政府派兵帮助平息有日本人插手的国内政争，这促使清政府下决心加强对朝鲜的控制。几经反复权衡，清廷采纳了李鸿章的主张，于1885年，任命在平息两次政变中崭露头角的年仅26岁的袁世凯为“驻扎朝鲜总理通商交涉事宜”。其使命对外明讲是“就近咨商”朝鲜政事，而真实用意则是“坐探国政”，对朝鲜政局“隐为扶持，相机匡救”，也就是“略其名而行其意”的监国。所以，就名分讲，这个职务不过相当于总领事。
而袁世凯却心领神会地自称为“小钦差局面”。但是，袁世凯也深知其处境的尴尬与艰难，就袁世凯的使命而言，他并没有对朝鲜政务“显为干预”的权力；就当时的清王朝而言，它既失去了盛世时的威仪，也缺乏保护朝鲜不被列强染指的能力，也就是说，袁世凯没有保证执行使命的可靠的政治和经济、军事实力后盾；就朝鲜的李朝君臣而言，一方面他们对清王朝的离心倾向日益增长，无时无刻不在谋求摆脱藩属名分的羁绊，另一方面，他们内外处境都十分艰难，又十分需要清王朝帮助维护在国内的统治地位，以至抵制东西方列强的侵入；而就东西方列强而言，他们各自从自己的利益出发，关心的是在这个远东战略要地上的力量平衡，多数完全否认中朝宗藩关系，而不承认袁世凯在朝的特殊政治地位。客观局势使袁世凯处于不利地位的夹缝之中，正如他自己所说的：“居半主之间”，“无成例可循”，“交际之间，卑亢均难”。
袁世凯受命于危难之际，他把自己使朝的任务概括为：在“各国通商”“友邦环伺”的客观形势下，“明尊亲之义，定摇惑之志，内修政治，外联邦交”。其意思非常明白，那就是：在加强对朝鲜的控制以维护宗藩关系的前提下，对内帮助朝鲜李朝政权，稳定并巩固其统治地位；对外依照清政府的“以夷制夷”的对外政策，帮助朝鲜政府抵制东西方列强的觊觎。袁世凯使朝九年，就是奉行的这个准则。
中朝宗藩关系史有定例，“必也正名”。面对朝鲜日益增长的离心情绪，袁世凯把“尊上国之体用”，“严属邦之名分”，作为他“扶持匡救”朝鲜政治的首要任务。
第一，确定自己在朝的特殊身份和地位，明白宣示他不同于各国驻朝使节，而是上国代表。同朝鲜国王的会晤，因无先例可循，经请示李鸿章，袁世凯为自己设计了一套比照司道谒见亲郡王的礼仪，直入宫门至内署门前始降舆、揖礼、侧坐。同各国驻朝使节之间的交往，袁世凯也认定，他的使朝“与供差边防省同例，固不应自居外国人之列，至与各国使员往还，亦不应统入各公使之下”，“故每有公会知单，或不署名，或不应赴”，更不以使节身份与外国使节共同活动。朝赵太妃发丧，驻朝美国公使约袁世凯一起路祭，袁世凯明白以中朝两国有旧章，不便与其同往为由拒绝，而单独别行一套礼仪。遇有朝鲜官方与各国使节公会，袁世凯则坚持必须居于“宾中之主，应坐于朝鲜官主位之上”。总之，严格把握，随时注意，绝对不与各国驻朝使节以平等身份交往，由此而引起纠纷口舌亦在所不惜。
第二，监视纠查朝鲜奉行清王朝正朔，遵守来往文书的礼仪格式。1888年(光绪十四年)6月，袁世凯收到的朝鲜电报局收条和电报封皮上，有“大朝鲜电报总局”和“大朝鲜开国若干年”的字样，立即行文向朝鲜外督办指出：“查中国与朝鲜往来文函，或曰朝鲜，或曰敝邦，向未有大朝鲜等字，此时何遽以此称谓？”严责电报局违制，迫使朝鲜外督办立即道歉，并且责成电报局改具款式，将草本送袁世凯审查。
1892年(光绪十八年)，朝鲜新铸洋式钱币，上面只铸有“大朝鲜开国若干年”，而没有清王朝年号，袁世凯立即电禀李鸿章：“朝钱向不纪年。近见韩交换局铸洋式银铜钱，俱注大朝鲜开国若干年，无华年号以作通宝，殊乖奉朔”。同时与朝鲜当局交涉。朝鲜政府被迫答应删去“大”字，达成妥协。
袁世凯维护上邦体制，对朝鲜几乎达到吹毛求疵的程度。1884年6月，朝外署致袁世凯的公文中，称朝王为“主上”，并抬高一格，袁世凯即以有违体制，拒不接受，并责令更改。朝鲜赵太妃去世，朝派赴中国的告讣使节录上谕电告韩廷，电文与上谕小有出入，袁世凯即说这是“朝人欺罔故习”，有意“与原旨不符”而电禀李鸿章，连清廷都认为袁世凯是横生枝节，“殊属冒昧，着李鸿章传旨申饬”。
第三，坚持在朝鲜对外事务中的中国宗主权。对于朝鲜危及中国宗主权的离心行动，袁世凯毫不犹豫地持强硬态度对待，丝毫不作让步。1886年夏，朝俄第二次密约事发，袁世凯即采用了一些超乎寻常的强硬手段。一面向朝鲜官员大发雷霆，声言请中国派兵来朝武力解决，一面起用朝王政敌大院君李昰应，派他入朝宫对朝王、赵太妃以及闵妃施加压力，一面向李鸿章建议“速派大员率兵查办”，并主张“废此昏君，另立李氏之贤者”，甚至已经为李昰应代拟了致各国照会的草稿。李鸿章亦采纳了袁世凯的意见，准备扶植大院君行废立之事。只是清廷权衡利弊，密令采取“先以整军备俄为主”和外交解决的方针，俄国和朝王迫于形势，亦极力否认有密约之事，事情才不了了之，废立之事才告平息。
朝俄第二次密约风波刚过，次年，1887年，即又发生了中朝关系史上着名的朝鲜遣使朴定阳赴美案。朝鲜君臣打算以独立遣使之举动表明对清朝宗主权的挑战，袁世凯则在李鸿章的支持下，采取强硬态度，步步为营，节节阻挠，坚持上国体制。事前对遣使之举订立种种约束，事后更要求处分“违纪”使臣。面对袁世凯、李鸿章步步紧逼，朝鲜则处处敷衍塞责，拒不实行。双方僵持不下，交涉拖宕四年之久，最后还是乘袁世凯回国探亲不在朝鲜之机，朝鲜政府才通过代理职务的唐绍仪之手了结此案。
第四，迫使朝鲜政府遵守宗藩礼仪。1890年朝鲜赵太妃病故，袁世凯认为这是向各国，和朝鲜君臣凸现强调清韩宗藩关系的大好时机。在赵太妃病危时，袁世凯即献计于李鸿章，“顷闻赵太妃已殂，尚未发丧，似明日必可颁布。惟查朝有大丧，例派吊使，而各国磨驻汉城，朝王欲存自主体，或不愿华派钦使。然值此机会，正宜明彰体制，宣示各国。可否乞预商枢廷核办”。果然，赵太妃去世后，朝王命朝驻津商务委员向李鸿章请求“照顺付之例”，不专派钦使。袁世凯则再次向李鸿章进言阻拦：“顺付祭赙，未见有此成案”，“赵太妃为朝王母，历事回朝，倾心慕华，乒不荷祭赙，似无此礼”。倘此时“华派吊使，王例须郊迎”，正可特别显示两国间宗藩关系。朝王请求“顺付”不成，又请求清朝钦使在马山浦下船，而不在仁川登陆。袁世凯明白朝王知道：“朝此请似乎恐在仁徉人瞻，损体面”，坚持钦使在仁川登陆。最后，朝王不得不遵守旧式典礼，按昭藩属礼仪，亲自出汉城，行跪拜大礼，郊迎清朝致祭钦使，极不情愿地在臣民和外国人面前表明其藩属国地位。
