凯瑟琳为亨利八世生育了几次，但只养大一个女儿玛丽（后来的英王玛丽一世），其余都早夭。情势对她非常不利，因为亨利认为女王并不能治理好一个国家，而且圣经说弟娶兄嫂者无后代。1525年，亨利认定凯瑟琳不能为他生下继承人，且和女侍官安妮·博林发生婚外情。于是他指使亲信托马斯·沃尔西向教皇申请离婚，并派遣大臣威廉·奈特前去罗马教廷游说，理由是凯瑟琳与亚瑟的短暂婚姻里有圆房事实。这给教皇克勉七世出了大难题，因为他不想得罪势力强大的西班牙，况且此一婚姻是前任教皇亲自批准的。
教廷迟迟不批准离婚，沃尔西也无能为力，安妮·博林却已经怀孕。亨利着急起来，遂采取多项行动。1529年，他撤职并拘禁沃尔西。但继任者托马斯·摩尔爵士为人正直且忠于罗马，仍不愿配合。亨利继续提拔其他逢迎的人，如托马斯·克兰麦和托马斯·克伦威尔。这两人都支持安妮·博林，也同情当时欧洲大陆兴起的新教改革风潮。克兰麦建议寻求大陆的神学院支持。
通过贿赂和施惠，此策略终于获得成功。1530年，英国国会提交了有利亨利的报告。他投桃报李任命克兰麦为皇家法院特使，进而在坎特伯雷大主教威廉·沃兰死后让其继任。克伦威尔是亨利的亲信谋臣，其建议更加大胆，要他废除教皇在英国的崇高地位并取代之。另方面，即使亨利威胁不缴交教廷的什一税，教皇仍不改初衷。他于是下定决心决裂。
1533年1月，亨利秘密与安妮·博林结婚，英国国会随即立法脱离罗马教廷，大主教克兰麦接着宣布亨利与凯瑟琳的婚姻无效，与安妮·博林的婚姻合法。6月1日，安妮·博林加冕为英格兰王后。三个月后，她生下女儿伊丽莎白（后来的英王伊丽莎白一世）。同年7月，教皇废除亨利教籍。
1534年春，克伦威尔力促国会通过一系列法案：“上诉限制条例”禁止英国教会法庭上诉到教皇、禁止教会不经英王允许发布规章；“教职任命法案”规定教会必须根据英王指定的候选人推选主教；“至尊法案”宣布英王是英国教会唯一最高权威；“王位继承法”宣布凯瑟琳的女儿玛丽乃是私生子，安妮·博林的女儿伊丽莎白则为顺位继承人；“叛国罪法案”规定不承认英王的最高权威即是叛国罪，可判处死刑；并且取消给教皇的献金。
英国教会从此转变为圣公宗。它是基督新教的一个独立教派，也是改革最不彻底的，因为其目的只放在合法化亨利与安妮的婚姻。圣公宗和旧教天主教没有理论原则的任何分歧，只是不承认教皇权威，再简化部分的礼仪。很关键的《王位继承法》否认“外国的王室和君主”对英国王位有继承权，英国成人都必须宣誓承认该法案条款，拒绝者将处以终身监禁；任何人出版或印刷文字宣称亨利与安妮·博林的婚姻非法，必然处以叛国罪，可以处死刑。亨利进而快速镇压对其宗教政策不满的人。部分不妥协的修士被拷问并处死，一些拒绝立誓的主要异议者被判处叛国罪，于 1535年在泰伯恩刑场斩首。包括罗彻斯特主教约翰·费施尔、前任大法官托马斯·摩尔爵士等。
亨利新创一个职位“宗教特使”给克伦威尔，授权他访问修道院。这表面为了确保法令实施，实际则在评估修道院财产。1536年，国会通过法案，授权亨利剥夺小型修道院的财产。这项压迫引发反抗，尤其同年10月在英格兰北部的求恩巡礼事件。亨利宣布要宽恕叛乱者，并感谢他们提出值得注意的问题。他邀请其首领罗伯特·阿斯克（Robert Aske）参加皇家宴会，当场请对方写下事件情况以便改进问题。阿斯克相信亨利言行一致，乃解散叛乱团体。亨利却认定其叛乱为叛国，无需遵守承诺。叛乱于是再生，但声势已弱，终被镇压，其首领包括阿斯克在内都被拘捕且以叛国罪处死。当初他书写的资料成为其认罪书。1539年 4月，亨利再依据国会新法案先后解散较大的修道院。
亨利为了迎娶新王后，激进地改革宗教，但很快两人的关系就冷却下来。主因是安妮·博林生下伊丽莎白公主之后的两次怀孕都宣告失败，一次流产，一次死产，直接打击了亨利寻求男性继承人的希望。可能是克伦威尔鼓动，亨利下令拘禁安妮·博林，罪名几乎都是叛国罪，但极可能都是编造。包括：以巫术诱使国王结婚、与5个男人通奸、与兄弟乔治·博林乱伦、伤害国王、阴谋杀害国王和试图毒害亨利八世的私生子亨利·菲茨罗伊等。
审判法庭由安妮·博林的舅舅托马斯·霍华德主持。1536年5月，法庭宣判安妮·博林及其兄弟死刑，由国王决定是火刑或斩首。两人很快被斩首。安妮·博林在最后弥撒时，对牧师和其他见证人坚称自己无罪。4名通奸男子判处车裂，后来减刑为斩首。
安妮·博林被斩首的第二天，亨利与她的侍女珍·西摩订婚，10天后正式结婚，并以新通过的第二部王位继承法宣布新王后的子女将是顺位继承人；之前的子女玛丽和伊丽莎白乃私生子，剥夺其继承权；国王且拥有以遗嘱重新指定继承人的权利。
隔年的 1537年，珍生下儿子爱德华（后来的爱德华六世），却在同年10月24日因产褥热逝世于格林威治。亨利哀悼了比较长的时间，因为珍生下他渴望已久的唯一男性继承人，被他视为唯一“真正”的妻子。
亨利与珍结婚同时，国会通过《威尔士法案》将威尔士并入英格兰，并指定英语为其官方语言，给威尔士众多使用威尔士语的人带来不便。1537年，亨利命令坎特伯里大主教交出奥特福德宫。1540年，亨利拆除天主教圣徒的一些圣地。1542年，英格兰剩余的修道院都解散了，其财产收归皇室。
都铎王朝：在温莎的时光中走向终结
修道院和隐修院在英国上议院的席位取消，只有教会的大主教和主教能保留席位。上议院神职议员（Lords Spiritual）的席次首度少于世俗议员（Lords Temporal）。克伦威尔则因此功劳受封新创的头衔埃塞克斯伯爵。
亨利急于再婚，以确保男性继承人无虞。克伦威尔推荐克里维斯的安妮，她是德国克里维斯公爵的姐姐。公爵信奉新教，是亨利对抗罗马教廷的重要盟友。他派遣画家小荷尔拜因去给安妮画像。画得很美，朝臣也争相赞美，于是亨利同意结婚。但安妮抵达英国后，他对其外貌大为失望，她脸上的痘疤完全没画出。据说他私下批她为 “Flanders Mare”（法兰德斯的梦魇）。然而，两人还是于 1540年 1月6日结婚了。
亨利事后急于结束这桩婚姻，不仅由于个人审美喜好，也基于政治考虑。因为此时公爵与神圣罗马帝国皇帝不睦，亨利不想夹缠其中。安妮王后很识时务的配合，顺势声称两人并未圆房，他仅每晚到她卧房吻一下额头而已。这桩婚姻于是被宣布无效，理由是安妮已和另一欧洲贵族订婚。她被授予“国王的姐妹”荣衔，亨利还赠予她博林家族旧宅希佛堡（Hever Castle）。克伦威尔则因此失宠被剥夺财产，1540年7月28日斩首。其担任的宗教特使一职此后没有继任者。
克伦威尔被斩首当天，亨利迎娶安妮·博林的表妹凯瑟琳·霍华德。他对新王后很满意，但她婚后却和朝臣托马斯·卡尔佩珀发生婚外情，还任命从前情人弗兰西斯·迪勒姆为秘书。大臣托马斯·克兰麦一向不喜天主教的霍华德家族，遂向亨利密报王后通奸。他起初不相信，但克兰麦调查获得有力证据。凯瑟琳也承认婚前与迪勒姆有婚约，这让她与亨利的婚姻无效。她又声称受到迪勒姆强迫才与之通奸。迪勒姆则揭发她和卡尔佩珀的奸情。这项婚姻于是被宣布无效。但既然婚姻无效，则通奸罪名理应不成立。但这一点被忽略了。1542年 2月13日，凯瑟琳很快就被处死了，当时只有22岁。
1543年，亨利第六次也是最后一次结婚，妻子是富有的寡妇凯瑟琳·帕尔。她的宗教观点激进，亨利却是保守派。两人经常争论，几次险些让她丧命，但她总能及时让步。受到王后影响，亨利和两个女儿玛丽、伊丽莎白和解。1544年，国会通过第三部《王位继承法》重新赋予她们次于爱德华王子的王位继承权，但仍被视为私生子。亨利则获授权以遗嘱重新设立继承人。
亨利晚年严重超重，腰围达 54 英寸，也可能有痛风。他超重始于 1536年。亨利在一次马上长矛比武发生意外，大腿受伤，从此无法运动。其去世或许跟该伤口的溃烂有关。他去世 100 年后，有传言说他患有梅毒。近世更有说法，其三个子女爱德华六世、玛丽一世、伊丽莎白一世均有梅毒症状。亨利身体状况渐差之后，也越发残暴。
史学家何林塞声称，从 1513年的第三任沙福克公爵埃德蒙·德拉·波尔到 1547年的萨里伯爵亨利·霍华德，他总共处决 72，000 名政治犯。
1547年 1月28日于怀特霍尔宫，亨利在他父亲亨利七世 90 冥诞那天去世，埋葬在温莎堡的圣乔治教堂，与第三任妻子珍·西摩合葬。约100年后，查理一世也被葬于此。亨利八世死后十来年间，其三个合法子女都坐上英国王位，但都没有子嗣。
亨利唯一的合法儿子爱德华根据第三部《王位继承法》，继承其王位成为爱德华六世，是英国历史第一位新教君主。他当时仅9岁，无法施政，16位执行者依据亨利遗嘱代议政事直到他满 18 岁。珍·西摩的兄长爱德华·西摩被遗嘱指定为护国公（Lord Protector）。爱德华之后的顺位继承人是阿拉贡的凯瑟琳之女玛丽及其后代；若玛丽无后，她死后由安妮·博林之女伊丽莎白及其后代继位；若伊丽莎白无后，她死后由亨利八世的妹妹玛丽·都铎的后代继位。因为亨利姐姐玛格利特·都铎（苏格兰王室）的后代已被剥夺对英国王位的继承权。
事实却是，亨利的三个子女和玛丽·都铎的儿子都没有后代。伊丽莎白一世去世后，王位传给她表侄女的儿子、苏格兰王室的继承人詹姆士一世。都铎王朝从此终结。
亨利对后世的最大影响在于英国宗教改革。1533年，他脱离罗马教廷产生的影响远超过都铎王朝本身的份量。尽管亨利最初动机是解决王朝和自身的继承人问题，也尽管他从未放弃天主教信仰的本质，他的改革是所有英国君主最激进且最具决定性。
一方面，英国转变为独特且生气勃勃的新教国家，修道院被解散和土地财产充公，更使英国经济政治的权力重心从教会移到贵族，社会效应非常深远。另方面，亨利授权爱德华·西摩为首的新教人士为其年幼儿子爱德华六世摄政，或许这出于信任西摩，但确保了新教改革的持续。
亨利的政策和结果却时常不一致。他鼓励研究人文主义，但也处死几位杰出的英国人文学家；他一心要确保王室延续，但只留下一个年轻的儿子和两个宗教信仰对立的女儿；他扩大君主的权力，但中产阶级也加强参与政治；他成功加入欧洲大陆的政治外交，但国库因此空耗，使继位的英国君主相当麻烦。
亨利和阿佛列大帝、查理二世一般被视为英国皇家海军的创始人。在他统治下，海军参与一些重要战役，兴建成果也增多，包括海军舰船、造船所、海军建制改革等。但他主要作为仅在一些军舰，并未留下真正意义上的“海军”，没有建立正规的海军组织、军衔、军需等体制。后来的伊丽莎白一世仍然需要召募私人舰船去对抗西班牙无敌舰队。英国海军要到十七世纪英荷争夺海上霸权时才算成型。
亨利脱离罗马教廷引起法国和西班牙大规模入侵。他因此加强海岸防卫堡垒，甚且亲自监管数个月。多佛堡至今尚有相关的纪念馆。亨利同时也新建一系列棱堡、炮台等，分布在东英格兰到康沃尔的南部海岸线上，大多使用拆除修道院所得的材料。
亨利唯一留存的衣物是一顶冠冕。1536年，他将这顶冠冕连带一把佩剑赏赐给沃特福德市长。目前冠冕保存于该市珍宝博物馆。
