因此，朱熹坚决主张应该把《太极图说》列于《通书》之前，认为若不如此排列哈“使先生立象之微旨，暗而不明，骤而语夫《通书》者，亦不知其纲领之在是也”。朱熹的这个看法着眼于周子思想形成的历史顺序，强调第一步是立象，第二步是为说，第三步才是作《通书》，主张应按照这个发生学的顺序来把握他的思想体系的内在的逻辑结构。
后来《濂溪学案》改变朱熹的排列次序，把《通书》列于《太极图说》之前，主要理由只有一条，即有人怀疑《太极图说》源于道教的传授系统，在意识形态上比不上《通书》那样纯粹无疵。实际上，这个理由只反映了一种狭隘的门户之见，并不能推翻朱熹的看法。如果朱竟当年能够摆脱意识形态的考虑，不去故意否认周敦颐出入佛老的事实，联系到唐宋以来儒学发展的总的历史线索，公开标榜理学的本质在于以儒为主，三教合流，也许不至于在考据上陷入被动，给后人的攻击留下口实。
关于《太极图说》是否直接源于陈抟的《无极图》或《道藏》的《真元品》，这个问题是可以通过旁征博引的考据愈辩愈明的。但是，仅就周敦颐本人现有的着作而论，他的思想体系的形成曾经借助于佛道二教，确是一个不争的事实。其《读英真君丹诀》诗所说“始观丹诀信希夷，盖得阴阳造化机”，表明他是通过研读道教的内丹典籍，开始领悟到《周易》的阴阳哲学的原理。其《读易象》诗表明他对易象的重视。姑无论这个易象是他自立或是本于他人所立，总之是一个象征“阴阳造化机”的宇宙生成论的图式，而“阴阳造化机”则是得力于道教的启发。其《题大颠壁》诗表明他不同意韩愈排佛的思想，主张应对佛教有同情的了解。在《养心亭说》一文中，他公然批评孟子的“养心莫善于寡欲”的说法，认为“予谓养心不止于寡焉而存耳，盖寡焉以至于无”。无即无欲，这是佛教的心隆修养的方法。
仔细玩味周敦颐的言论，其宇宙论的思想主要是汲取了道教的营养，其心注论的思想主要是汲取了佛教的营养。至于其对待佛道二教的态度，则表现得十分微妙，似乎是倾向于与道教结成联盟来共同回应佛教的挑战。他所说的“一部《法华经》，只消一个艮字可了”，就是表明他是企图用儒道所共同崇泰的《周易》来取代佛教。
佛教是一种外来的宗教，从南北朝到隋唐时期，迅速扩大了势力。它以自己特有的一套精致的思辨哲学和超凡成佛的心注修养方法征服了玄学，不仅向儒学提出了严重的挑战，也成了道教的一个劲敌。中国传统的天人之学以及自然主义与人文主义相结合的文化价值理想面临着一场危机，儒学的正统地位也发发可危了。当时佛教对儒道二教的攻击之势是咄咄逼人的，特别是针对着儒道二教的理论基础即宇宙和心注论进行攻击，认为过于浅薄，是一种根本不能与佛教相抗衡的“执迷”之说。比如唐代华严宗大师宗密在《原人论》中指出，“儒道二教说人畜等类，皆是虚无大道生成养育，谓道法自然，生于元气，元气生天地，天地生万物”，这种宇宙论只相当于小乘佛教所说的空劫阶段，“不知空界已前早经千千万万遍成住坏空，终而复始。故知佛教法中小乘浅浅之教，已超外典深深之说”。至于在心注论方面，宗密认为，由于儒道二教不知“迷悟同一真心”，”。
已外的无别法，元气亦从心之所变”，把“内四大”与“外四大”执为实有，不能“直显真源”，揭示心注的本质，所以在理论上存在着一系列的破绽，难以自圆其说。最后宗密把问题提到究竟何为“本源”的哲学高度批评儒道二教说：“二教惟权，佛兼权实。策万行，惩恶劝善，同归于冶，则三教皆可遵行；推万法，穷理尽性，至于本源，则佛教方为决了”。“哀哉寡学，异执纷然！寄语道流，欲成佛者，必须洞察粗细本末，方能弃末归本，返照心源”。这意思是说，既然儒道二教以元气为本源的思想如此浅薄，比不上佛教以本觉真。已为本源的思想，就应该用佛教来取儒道二教，用外来的宗教来取代中国的传统文化。
这种思想斗争的形势是极为严峻的。就儒家来说，如果不突破汉唐经学注疏的藩篱，在宇宙论和心注论方面有所建树，从天道性命的哲学高度为当时的人们提供一种足以取代佛教的新型的世界观，就无法保住儒学的正统地位，而中国的传统文化也将由此而沦丧。
唐代中期，韩愈、李翱企图以《大学》、《中庸》为依据来回应佛教的挑战，揭开了新儒学运动的序幕。韩愈认为，《大学》讲正心诚意，也和佛教所谓的治心一样，重视个人的身心修养，但是《大学》的目的是齐家治国平天下，佛教的目的则是抛弃伦理纲常，去追求个人的清静寂灭之道。韩愈的这个看法只在价值层面上维护了儒家的理想，但由于未涉及天道性命问题，在理论层面上却显得贫乏无力。李翱继韩愈之后，特别表彰《中庸》，认为《中庸》正是儒家的一部“性命之书”，为了继承道统，应该采用”以。已通”的方法来发挥其中的性命之道，建立一套带有儒家特色的身心修养的学问。但是李翱的这个工作并没有做成功。朱表在《中庸集解序》中批评说：“至唐李翱始知尊信其书，为之论说。然其所谓灭情以复性者，又杂乎佛老而言之，则亦异于曾子、子思、孟子之所传矣”。(《朱文公文集》卷七十五)应当承认，韩愈、李翱在众多的儒家典籍中特别挑选出《大学》、《中庸》来回应佛教的挑战，确实是一种远见卓识。但是，问题的关键在于，必须适应当时思想斗争的形势，对之两部书中所蕴含的儒家的价值理想和性命之道作出新的解释，提到本源的高度进行新的论证。如果没有一种理论的升华，哲学的突破，像周敦颐那样，把《中庸》之诚解释为太极之理，那么儒学的理论基础在佛教的挑战面前仍然是相形见细，不能摆脱自己的困境。究竟在高层次的哲学理论方面应该依据哪一部典籍才能为新儒学建立一套可以与佛教相抗衡的天道性命之学呢？这个问题经过几代人的紧张的探索，反复的比较，一直到宋代，才最终选择了《周易》这部典籍，认识例叮以用《周易》来取代佛教。唐宋时期的这种思想史的现象，内涵丰富，经历曲折，深入其中，兴味无穷，确实是值得人们去认真研究的。
宋代的易学呈现出一片空前繁荣的景象，当时具有各种不同学术倾向的人都殊途同归于《周易》，把《周易》作为自己主要的研究对象。但是，就其对《周易》的基本理解而言，有的言天而不及人(如刘牧)，有的言人而不及天(如李靓、欧阳修)，有的偏于儒家的人文主义而言天人(如司马光)，有的则偏于道家的自然主义而言天人(如苏轼)，唯独周敦颐才第一次拈出厂天道性命的主题，援道入儒.以儒解道，把《周易》理解为“性命之源”，针对着佛教在宇宙论和心注论方面的挑战作出了积极的回应。正是由于这个原因，所以周敦颐能够成功地为宋代的新儒学奠定一个较为坚实的理论基础，尽管他的《太极图说》曾受到后人的种种非议，但是他作为理学思潮开创者的地位却是不可动摇的。就宇宙论与心性论二者的关系而言，宇宙论是心性论的本源依据，心性论是宇宙论的终极关怀，这也就是中国传统思想所常说的天人关系，天与人不可割裂为二，必须会而为～，只有沟通了二者的关系，才能建立一套完整的天道性命之学。当年宗密在《原人论》中攻击儒道二教，重点是放在宇宙论方面。宗密认为，儒道二教都以太极元气作为宇宙的本源，照佛教看来，是根本不能成立的。佛教以本觉真心即如来藏作为宇宙的本源。此如来藏之不生灭真心穹生灭妄想和合，非一非异，名为阿赖耶识。此识有觉不觉二义。依不觉故，转成能见之识及所见境界之相。境从微至着，展转变起，及至天地。这个变化的过程即儒道二教所说“始自六易，五重运转乃至太极，太极生两仪”。“彼说自然大道，如此说真性，其实但是一念能变见分”。“彼云元气，如此一念初动，其实但是境界之相”。因此，儒道二教所持的这种太极元气说不能穷理尽性，至于本源，是一种必须破斥的“迷执”。从驻、想史的角度来看，太极元气说确是汉唐时期儒道二教所共同持有的宇宙论的思想，体现了中国传统思想的特色，宗密对儒道不加区别合并起来进行攻击，在很大程度上反映了中印两种异质文化之间的冲突。此说本于汉代的易学。
《汉书·律历志》有云，“太极元气，函三为一”。《周易钩命决》将宇宙的起源分为太易、太初、太始、太素、太极五个阶段，宗密所谓的“五重运转”即指此说。孔颖达撰《周易正义》释“易有太极”云，“万极谓天地未分之前元气混而为一，即是太初，太一也。故老子云，道生一，即此太极是也。又谓混元既分即有天地，故口太极生两仪，即老子云一生二也”。这种太极元气说属于纯粹的自然主义的范畴，道教以自然为性命，可以依据此说顺理成章地发展为一套炼精化气、炼气化神的心注论，称之为“自然大道”或“阴阳造化机”。因而道教一向重视对《周易》的研究，特别是对《周易参同契》的研究，在道教的典籍中，这种本于易学的宇宙论的思想要比儒教更为丰富完整。
与道教相比，由于儒教的文化价值理想属于人文主义的范畴，如何把太极元气说落实于心注论的层次，用来论证仁义礼乐的名教规范，转化为自己的终极关怀，则显得十分困难，往往是顾此失彼，左支右绌，把天人割裂为二，不能合二为一。这是儒学进一步发展所亟待解决的一道难题。在这种情况下，为了回应佛教的挑战，儒教必须一方面汲取道教的研究成果，与道教结成哲学上的联盟，来共同维护这种本于易学的宇宙论的思想，另一方面儒教还必须立足于自己的文化价值理想对这种自然主义的宇宙论进行一番改造重构的工作，依据太极以立人极，作为发展必注论的理论基础，否则就不能与道教相区别。周敦颐的《太极图说》正是遵循了这个思路，同时从两方面着手，致力于为儒学建立一个自然主义与人文主义相结合的宇宙论的框架结构。它的理论意义只有联系到当时的三教合流思潮进行宏观的考查，才能有一个较为准确的把握。
《太极图说》是理学的经典文献，只有二百多字，全文如下：无极而太极。太极动而生阳，动极而静，静而生阴。静极复动。一动一静，互为其根；分阴分阳，两仅立焉。阳变阴合，而生水、火、木、金、土。五气)颁布，四时行焉。五行，一阴阳也；阴阳，一太极也；太极，本无极也。五行之生也，各一其性。无极之真，二五之精，妙合而凝。
“乾道成男，坤道成女”，二气交感，化生万物。万物生生，而变化无穷焉。惟人也，得其秀而最灵。形既生矣，神发知矣，五性感动，而善恶分，万事出矣。圣人定之以中正仁义，(圣人之道，仁义中正而已矣。)而主静，(无欲故静。)故“圣人与天地合其德，日月合其明，四时合其序，鬼神合其吉凶”。君子修之吉，小人悖之凶。故曰：“上天之道日阴与阳，立地之道曰柔与刚，立人之道日仁与义”。又日：“原始反终，故知死生之说”。大哉《易》也，斯其至矣。
此说由两段意思构成，第一段言太极，第二段言人权，最后以“大哉《易》也”作结，说明这两段意思都是本于《周易》而来。在吉太极部分中，周敦颐大体上是依据汉唐时期儒道二教所共同持有的太极元气说编织了一个自然生成的宇宙论的图式，并没有增加更多的新意，只是作了一番综合总结的工作，整理得层次分明、井然有序而已。其首句“无极而太极”含有歧义，成为后人争论的焦点。陆象山从生成论的角度来理解，认为以无极二字加于太极之上，正是老氏有生于无之旨。朱熹则从本体论的角度来理解，认为“无极而太极”说的是无此形状而有此道理，无极是就有中说无，太极是就无中说有，有无合一之谓道，非太极之外复有无极。朱陆二人的理解各有所据，很难判定谁是谁非。如果能考证出此句原作“自无极而为太极”，则除象山的根据似乎更为充足，但是其中确实蕴含着本体论的思想，也不能完全据此而推翻朱熹的看法。实际上，这个命题的歧义一方面以浓缩的形式反映了中国传统思想关于本源问题的探讨一直是生成论与本体论纠缠扭结含混不清的历史情况，另一方面也反映了理学开创时期力图由生成论向本体论转化过程中的困惑和矛盾，由于这一转化过程尚未完成，所以它的含义也不确定。朱陆二人以偏概全，只知其一，不知其二，把本身是含有歧义的复杂的命题简单化，虽各有所据，却不免失之于片面。
在中国思想史上，关于本源问题的探讨都是通过对《周易》和《老子》的诠释发挥而进行的。《周易》说，“易有太极，是生两仪，两仪生四象，四象生八卦”。《老子》说，“天下万物生于有，有生于无”。
