蔡元培从民主主义的政治立场，培养“健全人格”的教育目的，以及世界万物都有一种“自阂而通，自别而同”的哲学观点出发，引申出自由主义的教育理论。
(一)发展个性与崇尚自然
蔡元培认为，新旧教育的不同在于：旧教育以成人的自存成见强加于儿童，阻碍儿童的个性自由发展；新教育乃是按照儿童的兴趣和个性特点，使儿童自然地自由发展。他说：“昔之教育，使儿童受教于成人；今之教育，乃使成人受教子儿童。”他解释说，“所谓成人受教于儿童，在于儿童地位而体验之，以定教育之方法”。因此他认为，“知教育者，与其守成法，毋宁尚自然；与其求划一，毋宁展个性”。蔡元培痛斥旧教育对儿童的摧残。他说，旧教育“是教者预定一目的，而强受教育者以就之”。这种教育，不问儿童的“性质之动静，资禀之锐钝”，都是采用一种方法，完全忽略儿童的个性，就好像“花匠编松柏与鹤鹿”，“技者教狗马以舞蹈”，“凶汉之割折幼童，而使为奇形怪状一样”。这种违反自然，束约人的个性自由发展的教育方法，“令人不寒而栗”。新教育完全与此相反，新教育是“深知儿童心身发达之程序，而择种种适当之方法以助之”。就好像农学家对于植物，“干则灌溉之，弱则支持之，畏寒则置之温室，需食则资以肥料，好光则复以有色之玻璃”。他介绍几位外国重视儿童个性的教育家作为学习的依据。他提到的有：卢梭、裴斯泰洛齐、福禄培尔等人，并特别提出托尔斯泰的自由学校，杜威的实验学校和蒙台梭利的儿童室。他要求我们的教育“必以实验教育为根柢”。他是我国要求按照儿童的身心发展进行教育实验的首倡者。
为了贯彻他的发展个性，崇尚自然的教育原则，他要求教师在教学中不要搞注入式，要运用启发式。他说：“案我们教书，并不是象注水入瓶一样，注满了就算完事”，必须引起学生的兴趣。所以在教学中，教师不可一句一句，或一字一字的，都讲给学生听，“只有当学生有了困难而自己又无能力解决的时候，教师才给以帮助”。要注意学生不同特征：“有的近文学，有的善算术”，各人于各科进步的快慢，也不一致，特别是“遇有特别的天才的，总宜施以特别的教练”。也就是依据学生各自的特点和情况，采取不同的方法，因材施教。对于学生，他说：“做学生的，也不是天天到校把教科书读熟了，就算完事”。要养成“自动”、“自学”、“自觉”的学习习惯。所以“在学校不能单靠教科书和教习，讲堂功课固然要紧；自动学习，随时注意发现求学的门径和学问的兴趣，更为要紧”。事实上，“教师不可能对于一个班内几十名学生的情况都了解得十分清楚，“最知我的，便是我自己了”，因此，学生力争养成“自动”、“自学”、“自觉”的习惯和独立思考的能力，学会“从具体的东西内抽象出公例来，好应用到别处去。”就是说，在学习中要掌握基本规律，并能举一反三，触类旁通，譬如“从书中学得菊花，看见梅花时，便知也是一种植物。”他告诫说：“学校教育注重学生健全的人格，故处处要使学生自动”。因此，教员不应“要学生圆就圆，要学生方就方。”不要将自己的意志强加给学生，要发挥学生学习的主动性、积极性，才能使学生得到全面和谐的发展。
在蔡元培的教育实践中，始终坚持“尚自然”、“展个性”的原则，在南洋公学时，提倡学生自己读书，在主持爱国学社时，也给予学生以充分的民主和自由。在任北京大学校长期间，提倡思想自由、学术自由，强调个性自由发展，改“年级制”为“选科制”，“使有特长者不可强屈之以普通”，“有天才者尤当利用之以为先导。”这种思想，影响是很大的。
应该指出，蔡元培的“发展个性，祟尚自然”的思想，在反封建教育对学生的摧残，使学生个性得到解放，有其积极意义，在当时是进步的主张。但应看到，儿童中心主义的理论是片面的，它降低了教师的主导作用和有计划地培养学生，而且降低了系统知识的传授，这些都是受了杜威等人实用主义教育理论的影响。
(二)思想自由与兼容并包
“思想自由，兼容并包”是蔡元培办高等学校的指导思想。为了使学生得到自由发展，免于“守一先生之言，而排斥其他”。他一再申明，“大学是包容各种学问的机关”，是“囊括大典，网罗众家之学府”。因此，在学术上，不论古今中外，凡是有名的学派和有价值的学术着作，都应该收集和研究。这样，“自可旁稽博采，无虞缺乏”。他主张学术自由，“对于学说，仿世界各大学通例，循思想自由的原则，取兼容并包主义”。“无论为何种学派，苟其言之有理，持之成故，尚不达自由淘汰之命运者，虽彼此相反，而悉听其自由发展”。所以主张中国大学仿照各国先例，使“哲学之唯心论与唯物论，文学、美术之理想派与写实派，计学之干涉论与放任论，伦理学之动机论与功利论，宇宙论之乐天观与厌世观”同时并存。当时的北京大学就将不同思想，不同派别的学者集于一校，即使在同一学科也允许不同观点的学派并存。在教师中，既有信仰马克思主义的李大钊、陈独秀，也有实用主义的拥护者胡适，有主张文学革命，提倡白话文的钱玄同、刘半农、也有宣扬国故，反对革新的复古主义者刘师培、辜鸿铭。当时，新旧学派共处一校，各讲其学，形成新旧学派对峙、争鸣的形势，有时出现两个教师唱对台戏的情况，文字学有两位教师，一位是新派钱玄同，一位是旧派黄侃。王昆仑回忆说，“有一天，听钱玄同的课，对面教室正在讲课的黄侃大声地骂起来钱玄同了。钱听了也满不在乎，照样讲课”。引起我的兴趣，后来便“既听听钱玄同的课，也听听黄侃的课，以便两相对照。”这段回忆，生动地说明蔡元培的“思想自由，兼容并包”思想的具体实施。
当时蔡元培的“思想自由，兼容并包”思想是有进步意义的。因为，半殖民地半封建的旧中国，帝国主义奴化思想和封建主义的复古思想占着统治地位，在这一特定的历史条件下，“思想自由”对封建纲常名教是一个否定，把独尊中国两千年的儒学降为普通一种学派，意味着要“打破两千年来墨守孔学的旧习”，在封建主义的文化营垒里给新思想的传播以可能。“兼容并包”实际上是兼容资产阶级思想，并包资本主义，允许资产阶级学术文化在学校占有一定位置，为资产阶级文化的发展开辟道路。可以这样说，“思想自由，兼容并包”成为蔡元培反对封建主义旧教育，传播资产阶级新教育的武器。
历史证明，北京大学所以成为新文化运动的中心，“五四”运动的发祥地，马克思主义首先传播的阵地，“思想自由，兼容并包”的方针是起了一定作用的。当然，也应看到，蔡元培的“思想自由、兼容并包”
是资产阶级概念，是一种自由主义思潮。
(三)劳动教育与平民教育
在蔡元培的教育思想中，劳动教育与平民教育占着重要地位。
他从“教育救国”论出发，将这种教育作为改造社会的重要手段。
他认为，劳动教育的作用，可以“养成全国人民劳动的习惯，使劳心者亦出其力以分工农之劳，而劳力者亦可减少工作时间，而得研求学识机会，人人皆须致力于生产事业，人人皆得领略优美的文化”。因此，他主张工与学结合，边工边学，工学并进。在他看来，做工是人的天职，“人不是为生而工，是为工而生的”，因为人能学，“所以学是工的预备”。他认为理想的社会，应该人人能工，“凡是有益于人类的生存，文化的进步”，不管是劳力，或者是劳心，都是工。但现实生活与此相反，“有一部分人，完全不作工；有一部分人，作了不正当的工”，结果造成“正当的工人不能不特别劳苦，延长他的工作时间”。而且，“要取所需，常恐不足”，“精神上的需要，或者一点都没有”。要消除这种障碍，“就要先来实行工学并进的生活”。他所理想的新生活，是每人“每日有一定的工作又有一定的时间求学。”若是一个人“肯日日工作，日日求学，便是一个新生活的人”，若“全世界的人都是日日工作，日日求学，便是新生活的世界了”。他十分赞扬一边读书，一边做工的“王学互助”活动。这样，“不但中国青年求学问题有法解决，就是全中国最重大问题，全世界最重大问题，也不难解决”。在蔡元培看来，劳动教育不仅是改造社会的手段，也能使人个性得到全面和谐发展。他指出：旧生活的人，“一部分不做工，又不求学”；另一部分又“整日作苦工，没有机会求学”。“不作工的人，体力是逐渐衰退了；不求学的人，心力又逐渐萎靡了”，两者都不能使人得到全面发展。他认为提倡劳动教育，使人日日作工，日日求学，工学并进，就能改变这种状况，使人得到全面和谐的发展。
蔡元培认为，社会的不平等，劳心与劳力的对立，都是由于教育不平等造成的。普及平民教育是改革这种不合理状况的重要办法。
所以，他主张除正规的各级各类学校以外，开展平民教育的重大作用。他所说的“平民”意即“人人都是平等的”。普及平民教育的目的，就是为使平民不但进小学、中学，也能进大学。所以号召大学生“扩充平民教育”。他自己也积极开展平民教育工作，他参与吴玉章等在法国提倡的勤工俭学，主持勤工俭学会工作，在北京大学办校役夜班、招收失学的工人，使“他们晚上不当差的时候，也可以随便的求点学问”，希望使“大学中无论何人，都有了受教育的权利”。蔡元培重视开展平民教育，支持当时的学生邓中夏、王光祈、罗章龙等人组织平民教育讲演团，这些组织后来接受马克思主义，培养了一批和工人运动相结合的共产主义知识分子，以及接受共产主义思想的工人。1927年，他创办劳动大学，目的是：“谋劳工教育的普及和提高”。
蔡元培重视劳动教育和平民教育，在当时的历史条件下，有其积极的意义。第一，他试图将脑力劳动与体力劳动结合起来，要求工与学相结合。他不止一次的强调，“我说的劳工，不但是金工、木工等等，凡是用自己的劳力作成有益他人的事业，不管他用的是体力、是脑力，都是劳工。”所以，学校职员、着述家、发明家、都是劳工。他自称是劳工的一员。
他要人们认识劳工的价值，满腔热情地喊出“劳工神圣”的口号，并期望“此后的世界，全是劳工的世界呵！”这种思想，在轻视劳动人民的半殖民地半封建社会，对于改变人们卑视劳动和劳动人民的旧思想，提高工人阶级本身的觉悟，使知识青年接触劳动群众，都有积极意义。第二，初步提出劳心与劳力结合，工与学相结合在人的个性全面发展中的重要意义。在他拟定的《国立劳动大学劳工学院组织大纲》中，明确反映出这种思想，“本院相信劳心劳力不可偏废，希望学生成为劳心而又劳力的完全劳动者；养成劳动的技能习惯以及尊重劳动的精神”，目的是“使劳动者得有知识，劳心者也去劳动。”蔡元培看到了边工边学、工学并进，对消除“劳心”与“劳力”分离的重大作用，认识到劳动的重大价值，超越了他的阶级限制，在中国教育史上走在同时代人的前面。当然，蔡元培将劳动教育和平民教育当作改造社会，实现人人平等的手段，无疑是错误的。他没有认识到改革社会的根本手段，是社会革命，因而不自觉的走上“教育救国”、“教育万能”的道路。
