这期祝寿专号乃“不识相”地言人所不敢言，发表了一些讨论、建议和批评的文字，在台湾连印七次而引起轰动，令蒋介石及其“军方”、“党方”和“团方”十分不满。1956年12月，蒋经国控制的“国防部总政治部”以“周国光”的名义发布“极机密”的“特种指示”《向毒素思想总攻击！》该指示共九条，第一条即宣布：“有一种叫做《自由中国》的刊物，最近企图不良，别有用心，假借民主自由的招牌，发出反对主义，反对政府，反对本党的歪曲滥调，以达到颠倒是非，淆乱听闻，遂行其某种政治野心的不正当目的。”指示党团员们要“站在三民主义的思想立场上”，“正视这一股毒素思想所隐藏的恶劣影响，要从思想战场上明确的确定它是我们思想上的敌人。”以党的名义要求各级组织“有计划的策动思想正确、信仰坚定、有见解、有口才、有写作绘画能力的同志，口诛笔伐。”
一时间，胡适和《自由中国》被台湾当局批成了“共产党一样的”洪水猛兽，胡适却没有一点防范意识。回到台湾不久的一天晚上，自由中国社举行宴会欢宴该社朋友。胡适在宴会上演说《从争取言论自由谈到反对党》，公开主张由知识分子来组织一个在野党，并极力表彰雷震为民主自由所作的贡献。他说：“这几年来，如果说言论自由格外普遍，我觉得雷先生的功劳最大。我说台湾应该替他造一个铜像，以表示他是真正争取言论自由的英雄、好汉、斗士。”
胡适虽主张组织一个与国民党公开对抗的反对党一一中国民主党。但当雷震劝他担任“党魁”时，胡适拒绝了，他说：“我不赞成你们拿我来作武器，我也不牵涉里面和人家斗争。如果你们将来组织成一个像样的反对党，我可以正式公开的赞成，但我决不参加你们的组织，更不给你们作领导。”
年8月13日，中国民主党在中坜举行竹苗桃三县座谈会，雷震宣布新党将于9月底或10月初正式成立。
蒋介石自然不会坐视一个反对党在自己身边悄然兴起并壮大，1960年9月4日，趁胡适去华盛顿参加中华教育文化基金会年度会议的时候，蒋介石向向《自由中国》下黑手了，他命令逮捕雷震等骨干分子，《自由中国》自此停刊。
正在美国办事的胡适从广播里得知“雷震案”发生后，大吃一惊，赶忙拍电报给陈诚说，“政府此举甚不明智”。建议将此案交司法审判，一切侦审及审判皆予公开。随后又再电陈诚说：“万望我公戒军法机关不得用刑审，不得妄造更大罪名，以毁坏政府的名誉。”在回答美国记者时，针对雷震的罪状，他说：“我相信雷震是一个爱国反共的人。”
所谓“我不杀伯仁，伯仁因我而死”。10月8日，台湾警备总司令部军事法庭对“雷震案”做出最终审判，雷震以“为匪宣传”与“知匪不报”两项罪名判刑14年。
蒋介石担心胡适在美国发表不利台湾的言论或不返台，此时得罪了美国也不是蒋介石的愿望，就让陈诚找任过《自由中国》总编辑的毛子水去封胡适的口。10月18日，胡适离美回台，途径东京时，毛子水巳在此迎候。毛子水劝胡适无论如何不要接见记者发表谈话，先将事情冷一冷，等蒋介石的气平息下来后大家再来进言，挽救雷震出狱。
返台后，胡适面见蒋介石，提到“雷震案”时仍难掩悲愤之情：“我在国外，实在见不得人，实在抬不起头来。所以8日宣判，9日国外见报，10日是双十节，我不敢到任何酒会去，我躲到普林斯顿去过双十节，因为我抬不起头来见人。”蒋介石打断胡适的话说：“胡先生同我向来是感情很好的。但是这两年来，胡先生好像只相信雷儆寰，不相信我们政府。”书生终究无法和“总统”正面抗衡，胡适只好软了下来，他忙向蒋介石表示：“这话太重了，我当不起。”接着他重申了1949年刚到美国时说过的那句话：“我愿意用我道义力量来支持蒋介石先生的政府。”蒋介石微微一笑，室内的气氛似乎缓和了许多。胡适走时，蒋介石亲自送至接待室门口。
此后，胡适对此事讳莫如深地避而不谈，有记者来问时，他说只有一句话：“大失望，大失望！”出于自身的安危考虑，他也没有去狱中探望雷震。报纸记者提示他：“您不去，雷震会失望的！”胡适万般无奈地说：“我相信他会知道我在想念他！”
年6月25是雷震65岁生日，这位自由主义的斗士却只能在牢中度过了。郁闷难当的胡适在病中特为好友抄录杨万里诗《桂源铺》一首，算作是给朋友的“寿礼”：
万山不许一溪奔，拦得溪声日夜喧。
到得前头山脚尽，堂堂溪水出前村。
杨万里的诗明白如话，胡适非常推崇，他曾用这首诗来描述他的家乡一一上庄村的景致。杨万里一生沉浮官场，而他在“万山”面前，从未低头。他如这溪水一般，纵使身在险境，也不忘己任，以一颗乐观的恒心，勇往直前，应对变幻莫测的政治环境。他相信，就像那万山拦不住潺潺溪流，自己的政治抱负也不会被对立势力所阻拦。
而官场又怎大得过人生？人生又怎大得过生命的传承？
在高贵的灵魂下，雷震有着同杨万里一样不屈的人格。关在黑狱里，他没有承认任何罪名，更对国民党把他冠上“资匪”罪名相当愤慨。借着有限的资料与资源，他写起毕生回忆录；在刑期届满的出狱前夕，他于牢中也写下了一幅对联：“十年岁月等闲度，一生事业尽销磨”。
当溪水选择了奔流，万山便退却了。当你的字典里擦去了退缩，你便能前进了。
两个小朋友
年十月间，胡适收到一封一两千字的长信，信中提到了一个很大的问题：英国制度和美国制度有什么分别？哪个更好一点？寄信人名叫袁瓞，胡适并无印象，读完了信，才大吃一惊，原来这封信是一位卖芝麻饼的小贩所写。一个做饼、烤饼、卖饼的小贩居然在思考这样大的政治体制问题，这让胡适感慨万千，他便亲笔写了一封回信：袁瓞先生：
谢谢你10月23日的长信。
我细细读了你的信，很诚恳的感谢你在辛苦做饼、烤饼、卖饼的生活之中写这一两千字长信，把积在心中多年的话，一直没有向旁人提起过的话写出来寄给我。
你提出的问题太大，我很惭愧，不能给你一个可以使我自己认为满意的解答。我只能说，你说的英国制度和美国制度其实没有什么大分别。你信上叙述的那个“杜鲁门没有带走一个人”的故事，也正和丘吉尔在1945年离开唐宁街10号时没有带走一个人，是一样的。
我还可以说，我们这个国家里，有一个卖饼的，每天背着铅皮桶在街上叫卖芝麻饼，风雨无阻，烈日更不放在心上，但他还肯忙里偷闲关心国家的大计，关心英美的政治制度，盼望国家能走上长治久安之路一一单只这一件奇事，巳够使我乐观，使我高兴了。
如有我可以帮你小忙的事，如赠送你找不着的书之类，我一定很愿意做。
祝你安好。
胡适。四八，十，廿五夜。
从此，小贩袁瓞便成了博士胡适的“我的朋友”了。
一日，胡适邀请袁瓞到南港的中央研究院去做客。见面的时候，胡适拉着袁瓞的手惊异地说：“你这么年轻，出乎我的意料，从你的来信中，要看你40岁以上啊”
袁瓞带给胡适一份礼物，用手巾包着，打开了，是十个芝麻饼。他捧到胡适面前，说：“先生，这是我亲手做的，送给您吃，表示我对您的敬意。”
胡适接过芝麻饼，拿起一个就吃，脸上淡开了笑容，咬得咯咯直响。
那一日，刚好有外宾来访，袁瓞怕耽搁了胡适的公事，便告辞了。临行时胡适赠送他五本书，每一本上都亲笔题名留念，并说：“你先拿去看，以后需要什么书，尽管随时来拿。”
年2月25日，美国密歇根大学校长韩奈来台湾访问，胡适应邀作陪。还未见外国友人之面，胡适忽然脸色煞白，额上出汗不止，他指着心脏，微弱地对身边人说：“不舒服！”众人慌忙将他送到医院。经诊断，胡适心脏左边心室后面的血管堵塞。
月2日，胡适终于摘掉了氧气罩，脉搏也恢复正常，但医生不叫他出院，需要休息一个星期。恰好他的朋友梅贻琦也正住院，就在隔壁的一间病房。一天，梅夫人拿了一个芝麻饼送到胡适的病房来，说：“我给你吃一样东西，这样东西我相信你没有吃过。”胡适接过来一看，见是麻饼，便笑了，说：“我早就吃过了。这是我的一个朋友做的。”众人都笑了。
胡适不明世事，以为偌大的一个台北市，做芝麻饼的只有“我的朋友”袁瓞一个人。
胡适的另一个小朋友，名声比袁瓞要大得多了，他就是狂人李敖。
许多人都记得李敖曾经说过的一句名言：“500年内，白话文第一名是李敖，第二名是李敖，第三名还是李敖。”然而，就像再强悍的动物也有天敌，狂傲至极的李敖亦有自己佩服的人，这就是胡适。
李敖对胡适的兴趣，由来巳久。早在小学时他就巳知道胡适的大名，在初中时，他借到一本《胡适文选》，读后为那崭新的思想和明白畅晓的语言所慑服，引起他“很大的狂热”。1952年10月1日，李敖在台中车站递了一封两千字的长信给他，那时他才十七岁。
胡适定居台湾后，意外看到《自由中国》发表了李敖论《胡适文存》的文章，很感兴趣，想见见作者。1958年4月26日，在弟子姚从吾的引荐下，胡适见到了李敖。当天他们就在钱思亮家里大聊一阵。胡适对李敖就说：“呵！李先生！连我自己都忘记了、丢光了的著作，你居然都能找得到：你简直比我胡适之还了解胡适之！”
李敖后来回忆说：“此后胡适一直把姚从吾老师视为‘胡适一一姚从吾一一李敖’的关系。姚从吾老师也有视一同。我相信胡适以下，显然把我看做北大系的一个传人，姚从吾老师跟我的交情，也是在这一基线上发展的。”
两人第二次见面，在1958年6月8日。那天，李敖到南港参观民族学研究所的展览，顺道去看胡适。李敖请胡适写字，胡适满口答应，并当即送李敖“一个小玩意”，是一本《易林断归崔篆的判决书》。两人分别时，胡适亲切地说：“再见。”李敖深有感触，说：“此君真是礼貌周到，亲切可人。”几天后，胡适派人送来字。
同年12月4日，李敖赴机场迎接胡适。此前胡适赴美是做身体检查的，走后，李敖曾写信一次。回来隔一日，李敖作打油诗《好事近》，祝胡适六十八岁生日。诗曰：
哈哈笑声里，六十八岁来到，看你白头少年，一点都不老。
寿星说话不妨多，喝酒可要少，不然太太晓得，那可不得了。
胡适收到信后，也回信一封，信中说：“谢谢你送我的生日诗！
你把‘喝酒’写成‘渴酒’了。我常说，凡能做打油诗的，才可以做好诗。你这首诗可以算是成功的打油诗，可以预测你做白话诗的前途。”1961年11月6日，美国国际开发总署举办的“亚东区科学教育会议”在台北开幕。胡适推不掉洋人的纠缠，应邀赴会作了三十分钟的英文讲演，题目是《科学发展所需要的社会改革》。这次演讲的内容其实仍是他几十年前的老调子，颂扬西方的现代文明，攻击中国的古老文明，以致苛酷指责我们民族的固有文化。
没想到这次老生常谈，却引发了一场中西文化大论战。这次论战不是有意识的组织，于无意间，胡适和李敖成了这场论战的发动者，而且共同作为论战一方的主力，备受反对者的指责和谩骂。
在胡适发表演讲后，有人甚至在“立法院”提出质询，要胡适辞去中央研究院院长之职。李敖随后在《文星》上发表了长文《播种者胡适》，对胡适的思想作了比较全面的整理，充分肯定了胡适对国家、民族的贡献。文章开头说：“三百年来，朝代换了，古人死了，这部书的纸张也变黄了，可是圣朝破邪的细菌并没有消失，它钻进中国人的感情里，一代又一代，随着愚昧程度的深浅而有着不同的病象：有时中体西用的谵语出现了，那好像是一场伤寒；有时超越前进的怪调出现了，那好像是一场白喉；有时义和团的疯狂出现了，那好像是一场猩红热。”这篇文章一下子把由胡适演说所点燃的火苗煽动了起来，使那场规模空前的大论战很快形成。
