5月3日，荷兰使者秘书韦恩·利普伦和检察官伍德·豪斯威尔，来到郑成功大营，提出愿意支付一笔赔款给郑成功，但郑成功必须退出台湾；荷兰人可以退出台湾，但必须继续居住大员。郑成功在领土和主权问题上没有做交易，再次明确坚持要么荷兰人全部撤离台湾，要么武力解决。
荷兰殖民当局见谈判没有成果，被迫于公元1661年5月4日交出已经被围得水泄不通的城池，以保在台湾的最后一个据点——热兰遮城。
长远打算屯垦开发
收复赤嵌城后，郑成功的大军开进大员市区。揆一在决定撤出大员市区的同时，下令上尉哈豪维尔拆除装在市区的4座大炮，把市区的所有荷兰人迁往热兰遮城中，同时烧毁工厂、作坊、货栈、粮仓，给中国军队留下一座废墟。殖民者还在进行着最后的狗延残喘。
面对殖民者的暴行，郑成功率军突袭哈豪维尔的营地，断荷兰人的退路。荷兰方面在中国军队的进攻之下，数百名荷军和奴仆被杀被伤，哈豪维尔带着残余军队，杀开一条血路逃入热兰遮城，放火焚城计划失败，郑军在民众的欢迎之中，进入大员城。
台湾作战胜利之时，也迎来了从厦门赶来的后续部队，两军会师，郑军信心大增，民众欢欣鼓舞。
胜利在望的郑成功开始实施长期固守计划，在占领区设立行政管理系统。最高行政机构为承天府，后改为台湾府，府治设在赤嵌楼；分为东安、西安、宋南、镇北四坊；由杨朝栋为承天府府尹。北路天兴县，南至新港溪，北至鸡笼，县治设在大目降和新港之间（今新市乡），由庄文烈为知县。南路为万年县，县治设于二赞行（今台南县仁德乡二行村），由祝敬任知县。这是中国人在岛上设立的第一套行政管理机构。
同时，郑成功出于长远考虑，同时出于解决粮草供应和长期包围热兰遮城、把台湾建成军事基地的需要，决定实施“寓兵于农计划”。除了包围热兰遮城的部队外，其余军队奔赴大员南北进行屯垦；同时，也从闽粤沿海地区招募移民，开发土地。郑成功的军事屯垦和移民政策，形成新一波的开发热潮。
（第四节）振臂高呼，回荡热兰遮
从1661年2月1日至1662年2月1日荷督投降整整一年。郑成功带领全军将士和岛内居民，经历苦战，惊天动地，结束了荷兰殖民者的统治，中国人把占领自己领土的外国侵略者赶了出去。荷夷窃踞38年之久的台湾又重回祖国怀抱。
荷夷内乱又遇天灾
荷兰殖民当局在重兵包围下极不稳定，内部并没有忘记争权夺利。此时巴达维亚总裁莫斯契尔听信前台湾舰队指挥官韦德拉恩、前台湾总督费尔堡和卡萨的情报，认为揆一谎报军情，管理不善，任命检察官赫尔曼·克林科接替揆一出任台湾总督。
克林科踌躇满志带着两条战舰上任时，见到的是台江四周和大员附近都是中国军队的旗帜，热兰遮城已经被围得水泄不通，如此接任岂不是接替揆一充当替死鬼吗？吓得他根本没有上岸，就绕道日本回巴达维亚去了。投降在即，克林科当然不会充当替死鬼。
揆一终于等到增援部队。8月中旬，东印度公司总裁莫斯契尔根据台江5月海战中逃走、在海上飘泊50余天才回巴达维亚的“玛利亚”号提供的消息，确知台湾已有中国军队登陆，所以立即派出援兵。派出的增援舰队到达台江外海。舰队由“库克肯号”、“克登霍夫号”等12艘战舰、725名士兵组成，雅科布·考乌任指挥官，副指挥官是当年镇压郭怀起义、屠杀中国人的刽子手君士坦丁·诺贝尔。这批侵略者赶来台湾，根本没有把只有木帆船的中国军队放在眼里。
但荷军出师不利，刚到台江外海不久，遇到风暴，“约克号”当场沉没，其余舰只开往澎湖避风。过了约50余天，这支舰队在抢光了澎湖岛上民众仅有的粮食、家禽、家畜后回到大员，登岸进入热兰遮城。两军会师，准备与郑军决一死战。
休整多日后，9月16日，揆一和考乌决定兵分三路向中国军队进攻，希望一举打退郑军防线。
三路进攻三路败北
北路军由军舰“库克肯号”率领两艘战舰，直扑鹿耳屿、北线尾，郑成功部将左虎卫镇陈冲迎战。结果“库克肯号”被烧毁，另外两艘战舰被击伤向澎湖方向逃窜。后被澎湖守将陈璋、洪暄擒获，成为郑军的战利品。
台江江面上的战斗也是如此。攻打台江江面上郑军水师的是“克登霍夫号”战舰领头的7艘战舰。迎战的郑成功部将陈泽把自己的指挥船作为诱饵，驶向浅水区。吨位远大于郑军水师船只的“克登霍夫号”求胜心切，不知是计，紧追不放，结果搁浅，被陈泽的副手宣毅前镇副将林进坤身带炸药包攀登上舰将其炸毁。另外3艘当场投降，又成为郑军的战利品。
第三路是大员城。荷兰1艘战舰冲进一鲲鯓附近的海面，与热兰遮城中的荷兰守军合击进攻大员市区，也被包围热兰遮城的郑军所打垮。
等待多日，一直在寻找歼敌战机的郑军收获甚丰，击沉荷兰两艘大型指挥舰及另外几艘战舰，缴获3艘战舰和俘虏舰长1人、士兵100多人；击毙荷兰舰长1人、尉官两人和士兵128人。收获之大，超过登岛初期的作战。
三路出击失利，荷兰殖民当局的败局已定，再无进攻的实力，内部也开始分裂。12月间，考乌借与福建清军联合攻取厦门为名，率领舰队离去，不久带着两艘逃回巴达维亚，增援行动全部失败。
荷兰逃兵献计攻城
荷兰的军队有一个致命的弱点，就是它们是一支签订契约的雇佣军，所以面对着希望不大的围困战，有一些人选择了叛逃。
根据荷方记载：有一个军士下午休息，于傍晚睡醒之后，把枪扛在肩上，对他的同伴说：“你去烧开水，我去打新鲜的野味。”他的同伴以为他要去海边射鸟，就说：“好，多打几只回来。”
那军士说声再见，即走出城堡，沿着海岸向凤梨园（郑军驻地）走去。终于，可恶的家伙投降敌人了。我们对此都没有注意到，直到他走到第二渔场时才警觉到，虽然派了骑兵追过去，但他已经走得太远了。
这个叛逃的军士在郑成功那里显然受到了优待。他向郑成功建议：要趁着围城里面人心涣散、惊慌失措的机会抓紧开展连续不断的炮击，这样里面疲惫不堪的人就会绝望，而且热兰遮城堡本来就修建得不堪一击，如果用大炮，会很快完成战斗。
不仅如此，他还详细地告诉郑军热兰遮城堡及周围的地形地势。乌特勒支碉堡地势高，是保卫上层热兰遮城堡和周围四角附城的重要据点，只要拿下了乌特勒支碉堡，四角附城里的人就没有谁能够阻挡住枪炮的射击，不用费很大的损失就能夺取四角附城。到时候，在四角附城里加强挖掘，就可以很容易地完成进攻了。
继续施压最后期限
郑成功继续向荷兰总督揆一施加促降压力，于公元1622年1月25日组织了进攻热兰遮城的主要外围阵堡——乌特利支堡的战斗。战斗打响后，郑成功指挥30多门大炮连续发射2500余发炮弹，整个城堡变为一片废墟。
形势对揆一更加不利，外围城堡被攻克后，热兰遮城暴露在郑军的火力威胁之下。为加速敌人的失败，郑成功在乌特利支堡废墟上架起6门火炮，轰击热兰遮城。揆一面临的压力越来越大，距离做出最后决定的时间越来越短。
当局者迷，旁观者清。在金厦海岸被陈永华俘获的一位荷兰船长拉迪斯，愿意出面对揆一进行劝降。拉迪斯写给揆一的劝降书，告知了卡乌已经逃走的消息，并称赞郑成功军队是仁义之师，提出只要投降就能确保生命财产安全。
随劝降信送给揆一的还有第二封信，这封信是一张只有签名、没有内容的白纸。揆一见到此信，顿时明白空白信的含义。它预示着荷兰人如果拒绝投降，则将是一场无法估量的灾难，最后期限就在眼前，中国人已不允许他这个外国总督继续拖下去。
（第五节）功在千秋，名垂青史
收复台湾是郑成功戎马生涯中最光辉的业绩，其不朽功勋首先是为了祖国的领土完整而战。
就驱逐侵略者、维护祖国版图完整这一点来说，在这之前中国历史上堪与郑成功相比的人不多。所以他无愧为中国历史上的一位伟大的民族英雄。他的业绩，将永远激励着中国人民不畏强暴、反对外来侵略者的斗志。
走投无路献城投降
在这最后的时刻，荷兰殖民当局终于按照内部程序，于1622年1月27日召开“台湾评议会”
决定命运。29名成员中只有4人反对议和，25人同意立即投降。根据台湾评议会的决定，揆一的秘书韦恩·利普伦和检察官伍德·豪斯威尔在会后立即来到郑军大营，交上议和书。
九个月前他们二人来谈判时拒绝了郑成功提出的荷兰人必须投降的建议，如今兵临城下他们只有投降。
对于荷兰方面的议和书，郑成功指出，荷兰方面必须明确表明是“献城投降”，必须降下荷兰三色国旗；并且例如军械、弹药、粮食、物品等财产必须交出，属于私人的财产除了巧取豪夺的珍贵文物外可以带走。此外郑成功还同意了谈判代表的最后一个要求，即要在撤离时“击鼓、鸣金、荷枪、扬旗”。这恐怕已无胜利的含意，只是失败的纪录，郑成功同意了他们的这一请求。
历史应该记住这一天：公元1622年2月1日，郑荷双方代表在大员市镇的税务所完成协议的换文。
历史更应该记住这一天：公元1622年2月9日，在台江边的沙滩上，战旗飘扬，鼓声阵阵，受降仪式正式举行。热兰遮城铁门打开，揆一带领荷兰官员走出来。揆一向郑成功交出了城堡的钥匙，并献上一把象征权力的西洋宝剑。当天正午，随着阳光下旗杆影子的消失，热兰遮城内降下了已经飘扬了38年的荷兰国旗。殖民统治结束了，中国人把占领自己领土的外国侵略者赶出去了。
收复台湾的爱国英雄郑成功，在接受荷兰殖民者投降后，喜不胜收，题诗道：“开辟荆棒逐荷夷，十年始克复先基；田横尚有三千客，茹苦闾关不忍离。”
当郑成功手握战刀迎风矗立在宝岛台湾的巨崖之上，面对前方波涛汹涌的大海，我想他的内心是会和大海一样汹涌澎湃，久久不能平静的。
英雄壮举世代称颂
郑成功由于驰骋沙场，积劳成疾，于公元1662年农历5月初八与世长辞，时年39岁。郑军将士、台湾人民莫不热泪流涟，悲痛哀悼，台湾人民尊郑成功为“开山圣王”，在台南建开山圣王庙，千秋万代敬奉香烟。在台湾建纪念郑成功的庙宇就有一百多处。
郑成功逝世后葬于台南。1663年郑克爽归清，受封汉军公。尔后，上书奏请迁骸故土获准。
公元1699年（康熙三十八年），康熙皇帝赐葬于石井附近康店覆船山郑氏祖茔，下敕官兵护柩于5月22日卯时归葬，并赐挽联：“四镇二心两岛屯师敢向东南争半壁，诸王无寸土一隅抗志方知海外有孤忠”。
这说明作为清朝统治者的康熙皇帝从历史的客观角度出发，完全赞扬了郑成功这种带有民族气节的高贵品质，充分肯定了郑成功的历史功绩。
从郑成功的《复台》诗中的第一句“开辟荆榛逐荷夷”我们可以体会到，在他的心里不论是祖国大陆，还是宝岛台湾，都是“故土”，这是不可否认的事实。
再说康熙帝在其《中秋日闻海上捷音》中之最后一句“耕凿从今九壤同”也同样流露出了这种爱国情怀，这应当不是一种简单的巧合。说明了郑成功和康熙帝在维护国家领土完整和统一的重大问题上是一致的，不然康熙皇帝也不会给反清复明的郑成功如此高的评价了。
此后，清朝官员也都赞颂郑成功的爱国精神：清同治甲戊巡台使者沈葆桢撰联：“开万古得未曾有之奇，洪荒留些山川，作遗民世界。极一生无可如何之遇，缺憾还诸天地，是创格完人。”
台湾督使者夏献纶撰创业完志节联：“天地间有大纲，耿耿孤忠，守正朔以挽虞渊，祗因完我志节。古今来一创局，芒芒荒岛，启沃壤而新版宇，犹思当日艰难。”
如今，我们无法见到这位当年治国统兵的英雄是如何拓垦台湾，使这块土地走向郡县制度，及一个儒家教育生根、文风鼎盛的汉人社会。但那独属于英雄的格局视野，披荆斩棘、守卫疆土的雄才大略，却将永留后世子孙的心中。
战神档案
姓名：郑成功，又字：明俨。
年代：明代，民族：汉族。
出生：公元1624年，卒年：公元1662年。
特点：忠贞刚毅。
战神身世：生于海上商人家庭的郑成功有着比他父亲更加宽广而远大的胸怀和志向。文韬武略、风采耀人的他更是被人称为“此人英物，非人所比”。
相关人物：隆武帝，永历帝，顺治，荷夷。
主要事件：1.公元1645年，21岁的郑成功受隆武帝的召见，赐他国姓（朱），改名成功，因此中外尊称为“国姓爷”。
2.公元1659年，郑成功率水师10余万北上，经舟山溯长江，连克瓜州、镇江等城。
3.公元1661年4月，郑成功亲率战舰120艘，将士2500人，在金门料罗湾誓师东进收复台湾。
4.公元1662年2月1日，在郑成功的强大攻势下，荷兰侵略军被迫投降，被侵占达38年之久的台湾重归祖国怀抱。
震撼声音：“然台湾者，中国之土地，久为贵国所据，今吾既来索还，该土地自当归我。”
