9月14日，段云鹏西装革履，商人打扮，从香港乘广龙线一进入深圳，立即被公安部门的监控点发现，并通知了广州。就这样，一张铺设了将近四年的大网，终于在广州收拢，罗瑞卿部长得知段被擒获的消息指示：“必须十分注意，不能出乱子，绝不能让他跑掉！”并下达命令迅速将段押解北京。为此，公安部队选派了10个身强体壮，有丰富擒拿经验的干警，用一架空军专机将段云鹏从广州押到北京。为隐秘安全起见，把段关在公安医院的急救汽车里，送到草岚子看守所。这里专门为段准备了一间单独的牢房，装上粗粗的铁栅栏，一盏照明灯，亮得刺眼，直射牢内，门口24小时不断岗，死死看住了带镣上铐的段云鹏。
毛人凤从香港站得知“段已平安潜入大陆”，十分高兴，特命香港站站长，出面款待有关的协助人员，就在众特务酒酣耳热之际，大陆一边，罗瑞卿部长正亲自向毛泽东主席汇报活捉飞贼段云鹏的经过，毛主席风趣地说：“他不是飞贼吗？让他飞个样子看看嘛！”段云鹏在大陆蹲了十五年牢，于1969年10月被押解到天津枪决。
查处“孙立人事件”是毛人凤涉足“内工作”的一个“杰作”。
1955年8月20日，蒋介石发布“总统令”称：“总统府参军长陆军二级上将孙立人因匪谍郭廷亮案引咎辞职并请查处，应予照准，着即免职。关于本案详情，另请调查委员会秉公彻查，报候核办。”随后，中央成立了以陈诚为主任委员，王宠惠、许世英、张群、何应钦、吴忠信、王云五、黄少谷、俞大维等为委员的九人调查小组，负责对此案进行调查。两个月后，即1955年10月21日，蒋介石又发布“总统令”称：“以孙立人久历戎行，曾在对日抗战间作战立功，且于案发之后，即能一再肫切陈述，自认咎责，深切痛悔，既须令准免去总统府参军长职务，特准予自新，毋庸另行议处，由国防部随时察考，以视后效。”与此同时，媒体发表了九人调查委员会的报告书，结论有二：第一，“郭廷亮为匪谍，并利用其与孙立人将军之关系执行匪谍任务，阴谋制造变乱，其本人业已承认不讳”。第二，“孙立人将军对于郭廷亮信任甚深，不仅未觉其为匪谍，且因为孙将军企图利用郭廷亮在军队中建立个人力量，乃至堕入郭廷亮匪谍活动而不自觉”。
这就是所谓的“孙立人事件”，它由两个案子组成，一个是“郭廷亮案”，要害在于利用孙的信任与重用，执行“共谍”任务；另一个是“孙立人案”，要害在于利用郭在军队中的关系扩张势力，间接为“共谍”提供方便。于是，继吴国祯之后，台湾军界最富有实力的亲美派分子——孙立人彻底倒台，由此开始了长达几十年的软禁生涯。
据九人调查委员会的“报告书”所述，“郭廷亮匪谍案”是证据“确凿”，脉络“清楚”的，具体事实如下——
郭廷亮是孙立人的老部下。1929年，财政部长兼中央银行总裁宋子文成立由财政部缉私处指挥的税警团时，选中美国西点军校毕业生孙立人出任团长。1938年，税警团发展成为税警总团，还办了干部教练所。郭廷亮于1939年考入教练所学员队第二期，毕业后留所任区队长等职。1941年11月，税警总团奉命改编为野战新编三十八师，孙立人出任少将师长，郭廷亮被其选中，出任中尉排长，自此一直追随孙立人前后。太平洋战争爆发后，中国与美、英结成反法西斯统一战线，按三国军事协定，三十八师编入中国远征军，于1942年进入缅甸抗日，郭廷亮在缅北两次战役中被提升为重炮营上尉连长。抗战结束后。孙立人以军长资格率新一军开往东北“剿共”，郭廷亮升为榴弹炮营少校连长。
1948年1月，新一军奉东北行辕主任陈诚命令驻防沈阳，郭廷亮与连部驻地铁西二道街三义和米栈老板白经武来往密切。1948年4月，郭廷亮部奉命开往前线作战后，白经武以“共谍嫌疑”罪名遭逮捕。1948年初冬，郭廷亮所在部队被解放军消灭，当时孙立人已奉调台湾主持新兵编练事务，郭从前线化装逃出，潜入已被解放的沈阳，找到获释出狱的白经武，请他帮忙搞一张路条逃离“敌占区”。
11月3日，白经武把郭廷亮引到沈阳铁路局饭店会见其兄，即解放军东北铁路护路军（吕正操部）联络科科长白经文。白经文先后与郭谈话四次，得知郭为孙立人老部下，在“国军”中关系甚多时，有意发展郭为“共谍”，从事兵运工作，要求郭“长期潜伏，掌握部队”，“设法制造国民党军队的大规模变乱，同时俟机策应解放军进台湾”。郭表示愿意为中共工作，并填写了自己的详细履历及有关表格。白经文又介绍一位马科长，当面与郭约定，以沈阳铁西二道街三义和米栈自经武先生收为通信地址，今后中共派往台湾的联络人员以“白先生要来看你”为接头暗号。
1948年11月12日，郭取得路条1张和十两黄金偕妻子一同逃往天津，途中遇见新一军的同僚，结伴于年底来到台湾，由孙立人派往陆军训练司令部储训班第四队任副队长与第四军官训练班入伍生总队少校营长。
郭抵台湾后，曾向沈阳白经文、白经武兄弟写过一封信，报告到台湾的情况。1954年9月，一位姓李的“共谍”联络员来到台湾，要求郭展开工作，联络友人同学。恰巧，此前已交卸陆军总司令一职，调任“总统府”参军长的孙立人，也秘密召见了郭廷亮，要郭协助陆总第五署督导组中校组长江云锦联络从第四军官班毕业的学员，搞成一种“横的联系”。于是，郭廷亮便利用孙的名望和关系，从事“共谍”联络员布置的工作。不久，郭廷亮便在某部上尉情报官田祥鸿、刘凯英等人的协助下，搞成了一个愿意保持联络的校尉军官网络，一共有一百多人。在部队中形成了组织。
为了有效地开展联络工作，孙立人为郭廷亮等提供种种方便与经济上的资助，并且通过郭廷亮的安排，多次接见联络员。1955年5月，台湾军方计划在台南举行军事会操，其中有一项活动是于屏东机场接受蒋介石和美国顾问团检阅。郭廷亮遂策划，趁检阅时采取行动，活捉总统。为取得孙立人的同意，5月15日那天，郭去见孙立人，称：第四军官训练班同学因部队中存有一股不良现象，拟向总统呈递意见书，并说准备借某部于5月中旬由营级教练结束转向团级教练之间的10天内为采取这种“呈递意见书”行动的时间。这次谈话没有提出“兵变”概念，孙立人没同意，但表示：同学勿轻举妄动，如有意见，等自己于5月25日左右到屏东再说。
但郭廷亮决定行动，并对自己联络的对象假传是孙立人的意见，行动时间定在5月底6月初，在南部某地设立指挥部。然而，临发难前，不少被联络者得知要搞兵变，分头向上级和特工、特勤部门报告，旋有毛人凤突然乘飞机南下，统一指挥行动，将孙立人在各部队中的联络员一网打尽。
综观九人调查委员会“报告书”，不难看出，“孙立人案”的实质是军队内搞宗派，图谋不轨。与其相关的严重性，却在于被“共谍”利用，客观上成了制造变乱的帮衬。因此，“郭廷亮匪谍案”的罪证“确凿”，其实是孙立人咎由自取的前提。另外，“报告书”也突出了毛人凤在平息事件中的重要作用。
事实果真如此吗？九人调查委员会的“官样文章”其实作了很大的隐瞒。根据若干年后披露的内情来看，孙立人的倒台涉及美蒋关系的演变，他和吴国祯一样，完全是这种演变的牺牲品。
早在1949年初，蒋介石下野，美国人欲拉拢陈诚叛蒋，没有成功，便开始垂青孙立人，同时还出台了一个倒蒋扶孙的计划，有三部分内容：先是以李宗仁代总统的名义免掉陈诚东南军政长官的职务，以孙立人取而代之；接着，美国以长期租借台湾、澎湖海军基地为条件，支持和援助孙立人；并且通知蒋介石，只能以政治难民的身份留居台湾。1949年秋，美国国务院主持远东事务的助理国务卿腊斯克派出曾与孙立人共事过的莫瑞尔到台湾，就此征询孙立人的意见，孙以未置可否的方式婉拒了美国方面的计划。据知情人分析，当时老蒋在台的势力强大，孙有顾忌，不敢冒进。
美方见孙立人退缩，便决定自行其是，由太平洋盟军最高司令麦克阿瑟的情报处长出面，对老蒋施加压力，要么离开台湾，要么不干预台湾军政，两条中允诺一条，美国就给台湾以武力保护。蒋介石大愤，断然拒绝。表面无从对美国人发作，暗中却把孙立人、吴国祯等亲美分子恨到了骨里。1950年春，麦克阿瑟派飞机来台湾接孙立人，招呼都不跟老蒋打一声，那神情好像是挑战式的宣示：不管你愿意也好，不愿意也罢，军政大权早晚是孙立人的。这下，把老头子刺激得厉害，自此埋下了于孙立人不利的祸种。
1950年春夏之交，美国国务院和中央情报局分别拟定了一个政变计划，目标都是用孙立人取代蒋介石。做法上，国务院鼓动孙立人发动政变；中央情报局认为，孙已经在策划政变，重要的是给予有力的支持，促其成功。不久，中央情报局的判断得到印证：孙立人两次向驻台湾以及前来台湾的美国官员表露了想采取“剧烈行动”的意图，这使美国务院大为兴奋，但计划一经讨论，立即遭到了美国防部的强烈反对，这当然和美国会“院外援蒋集团”的积极影响分不开。
美国政府的这些动向，通过“友好”的共和党议员以及毛氏特工系统驻美情报人员“通道”，让老蒋了然于胸。只是苦于无奈，被迫采用一边示弱容忍，一边另谋他途的方法。为此，老蒋曾向法国政府放出试探气球——中共一旦渡海作战法国能不能帮助保卫台湾？法国拒绝了。接着，老蒋又与韩国、菲律宾秘密接触，准备去那里建立流亡政府，甚至还派人向麦克阿瑟建议，愿意接受麦帅以盟军总司令统辖整个远东地区（包括台湾）防务的事实，但绝不把权力交给孙立人。同样遭到拒绝。
1950年6月19日，美国务院在总统的支持下，正式制订出一个在台湾实施政变的机密计划，要点与程序是：第一，美国如要达成防卫台湾的协议，必须迫使蒋介石及其党羽离开台湾，将所有的权力交给由美国人支持的中国人领袖。第二，完成上述步骤后，美国海军驻防台湾海域。第三，如果蒋介石抵制，美国就派出密使以严密的方式通知孙立人，如果愿意发动政变，美国将提供必要的军事援助。
说来也巧，计划中的“密使”还未去台湾（这个计划中的“密使”是美国第七舰队司令柯克上将），孙立人便主动向柯克投来一封密函，呼请美国支持他实行政变，并表示：自己掌权后，将制止腐败。柯克收到这封密函，马上转交腊斯克。腊斯克看了内容，觉得事关重大，为防止泄露，将信烧了，只是口头上向国务院作了汇报。四十年后，当有人问起此事，腊斯克仍然守口如瓶，咬定说，不知道有这么一封信。
正当美国方面紧锣密鼓地盘算台岛军政大权之际，朝鲜战争爆发，迫使华盛顿把更多的精力和物力投到朝鲜战场上，倒蒋的计划只得暂时缓一缓了，除却明里支持岛内的亲美派，暗中支持岛外的“第三势力”外，并没有采取激烈的行动。蒋介石与之周旋，明里多容让，暗中小敲打，也基本是这个时期的主调。一直维持到1952年10月底开始扳动吴国祯时止，才有了向亲美势力发动攻击的转变。因此，“孙立人事件”就是这类大清算中带有总结意义的一环。
那么，在这一过程中毛人凤起了什么作用呢？如果用“一以贯之，举足轻重”来概括，不失恰当。
从1950年起，孙立人等亲美派人士的一举一动就在毛人凤的特工系统监视之下，包括孙立人去日本、美国访问，都无法躲过保密局的耳目。其间，诸多有关孙立人与美国官员勾结，并且在军队建立组织的重要情报，均毛人凤直接向老头子提供的。另外（也是最重要的），在挫损、打击和剪除孙立人及其党羽的行动中，毛人凤是最主要的策划者和执行者，就拿1950年到1952年那段时间来说，孙立人权势倾天，如日中天，蒋介石表面容忍，暗里算账，时时不忘敲打孙立人。比如1950年7月，孙立人的嫡系部属、陆军总司令部少将军法处长周芝雨以“共谍”罪被逮捕，后被处以死刑；又如1952年2月，孙立人的老部属、原新七军军长李鸿以“共嫌”罪被判处二十五年徒刑，李鸿夫人则以“共谍”罪被处死刑等，这些欲加之罪的罗织勾当，全出自毛人凤之手。
李鸿，黄埔五期工兵科毕业。孙立人在中央军事教导队任排长时，李是班长，由此建立上下级关系。孙于税警总团当团长时，李鸿为所属团的团长。后来，税警总团改编为陆军新三十八师，孙立人当师长，李鸿在其所辖第一百一十四团当团长，并且随孙参加远征军，因战功卓著，被提升为第三十八师师长。此时三十八师已编入新一军，孙立人为军长。
抗战胜利后，新一军奔赴东北，军长孙立人兼任东北第4绥靖区司令官，李鸿以三十八师师长兼任吉林城防司令。1948年辽沈战役打响，东北剿总司令郑洞国指挥新七军、第六十军和第一兵团直属部队死守长春，李鸿以新七军军长兼任长春警备司令。1948年10月17日，李鸿因患伤寒，部队由副军长史锐指挥。18日夜，在大势已去的绝境中，史锐和参谋长龙国钧率部向解放军投诚，李鸿被送到哈尔滨，经治疗，伤寒症痊愈。1949年秋，李鸿回湖南老家，住在长沙，平时沉默寡言，不谈时势，不论政治（当时长沙已解放）。
1949年12月，先赴台湾的孙立人派人潜入大陆，要李鸿归队，李便约了陈鸣人（原新三十八师师长）、彭克立（原新三十八师副师长）、曾长云等十几个孙立人的老部属一同前往。1952年2月，这些反共之志未泯，报效之心犹盛的老顽固们历尽艰险，辗转抵台。孙立人闻讯大喜，专门设宴接风。不久，刚复职“总统”的老蒋在官邸召见了李鸿等，对其率同僚“万里跋涉，闯关归来，深为嘉许，语多慰勉”，并且当场端出两个职务来供李鸿挑选：一是出任“成功军”军长；二是出任中央军校校长。对老蒋的“垂青”，李鸿十分感激，但左等右等不见下文，随后便有了所谓李鸿“共嫌案”，涉及陈鸣人、彭克立、曾长云等十几个一块从大陆来台湾的同僚，均被毛人凤一网兜尽，虽有拷讯连连，却众口一词，声称“只拥护领袖，冒死而来”，最后以“共嫌”案成立，李鸿被判二十五年徒刑。
1975年老蒋去世，李鸿刑满开释，垂垂老矣，不久，中风瘫痪，长期卧榻。1988年1月蒋经国去世，七个月后，李鸿也赴黄泉，旧属袍泽、同窗故友在屏东为他“送行”，忆当年“冤狱”，愤愤不平，跃然于字里行间，其中有一副挽联倾吐极为淋漓，把老蒋、小蒋、阿毛全都骂，进去。挽联云：
格老子啊，你坐牢，我坐牢，统统坐牢。皇上喜欢哪！
龟儿子呀，老归阴，少归阴，个个归阴。天下太平啰！
