里根总统得知这一消息后，立即召集国家安全事务助理麦克法兰、中央情报局局长比尔·凯西、国防部长温伯格以及国务卿舒尔茨进行紧急磋商。有人认为同伊朗接触不仅可以给人质获释带来希望，还可以打开霍梅尼之后与伊朗建立关系的大门。
由于此举关系重大，直接影响到美国人质的安全和美国在中东的利益，因此必须在严格保密的情况下进行。在里根的坚持下，国家安全委员会承担了这项艰巨的任务，开始了同伊朗的秘密谈判。
美伊之间的第一次接触是一次间接会谈。1985年9月3日，麦克法兰在伦敦会见了充当中间人的以色列外交部办公厅主任戴维·金奇。金奇是以色列的外交老手，当时他正是看准了美国人的意图，建议当时的以色列总理佩雷斯利用以色列同伊朗的关系，并由他去牵线搭桥的。由金奇为伊朗做担保，一旦美国交付一飞机的美制武器，每24小时就会有一名美国人质获释。不久，满载着“陶”式反坦克导弹、飞机零部件和弹药等武器装备的运输机飞抵伊朗，随即美国人质本杰明·韦尔获释。
1986年7月2日，另一架载满军用物资的巨型运输机降落在德黑兰机场。
26日，第二名美国人质劳伦斯·詹科在黎巴嫩获释。10月7日，由瑞典军火商租用的“莫尔索”号丹麦货轮从埃拉特港装上26箱由以色列生产的、用于维修美制坦克和大炮的零部件，运往阿巴斯港。11月2日，第三名美国人质雅各布森获释。
就在美伊之间大规模武器交易的同时，美国政府决策者中对是否继续同伊朗打交道问题产生了严重的分歧和争论。国务卿舒尔茨和国防部长温伯格均表示反对美国同伊朗做武器交易，他们认为美国自霍梅尼上台后一直反对任何国家向伊朗出售武器，如果美国自己反而秘密向伊朗出售武器，必然会遭到其他国家特别是西方国家的谴责。他们还指出，如果一次次向他们妥协，只会让更多的美国人遭到绑架。而中情局局长凯西等人则力主继续这一计划，认为这是确保人质获释的唯一途径。最后，里根拒绝了舒尔茨和温伯格的意见，继续和伊朗做军火交易。
会议召开后几个月，舒尔茨和温伯格的话应验了。由于伊朗内部剧烈的派系斗争，又有几名美国人遭到了极端分子的绑架，使得来不易的武器换人质的价值化为乌有。
为了改变人质问题上的被动处境，里根决定直接同温和派领袖会谈，派已经退休的麦克法兰秘密出使德黑兰。到德黑兰后，尽管麦克法兰和伊朗外交部、议会和军官进行了会谈，但没有和伊朗的高级领导会面，因此也没有达成实质性的协议。
据美国民主党参议员赖特透露，截至当时，伊朗为购买武器向美国支付了1200万美元。这些武器中，除作战飞机、坦克和雷达等装备外，至少还有2008枚“陶”式反坦克导弹和235枚“隼”式地对空导弹。但根据美国司法部长透露，伊朗支付购买武器的金额实际上远远超过1200万美元的数字，约达3000万美元。这笔钱没有上缴国库，而是挪作他用，其中相当一部分被用来援助了尼加拉瓜反政府武装分子，以实现里根的“低烈度战争”战略。除了美伊军火交易的款项之外，负责这一计划的诺思中校，还说服了一些亲美国家捐了不少款，同时在国内还通过“全国保卫自己基金会”建立了一个私人集资网，筹集了数亿美元的款项，用来支持尼加拉瓜反政府武装。这些行动都是绕开国会秘密进行的。
纸包不住火。“伊朗门”事件被曝光后，里根政府立即陷入巨大的谴责声中。最初，里根和他手下的官员矢口否认美国向伊朗出售武器一事，里根为此还发表了全国电视讲话，声称政府以前没有，以后也绝对不会用武器或任何东西交换人质。
然而，随着新闻界揭露出越来越多的事实，里根只好承认美伊武器交易属实，但仍坚持说自己并没有做错。此后，麦克法兰在马里兰州发表声明，承认里根政府秘密向伊朗出售武器的做法是“错误的”。麦克法兰这番话无疑让里根感到颇为难堪，很显然，里根在这一问题上没有说实话。
在公众的要求下，司法部开始对此事进行调查。很快，11月25日，司法部长埃德温·米斯公布了他的调查结果。报告中巧妙地指出是国家安全委员会的工作人员参与了美伊武器交易中所得款项的转移工作，而总统并不知情。政府中的知情者是国家安全委员工作人员赖思中校和他的上司波因德克斯特。在当晚的白宫新闻发布会上，里根宣布他接受波因德克斯特的辞职请求，并免除了赖思的职务。
次日《华盛顿邮报》撰文表示，米斯的调查结果保护了里根，使人感觉是国家安全局的工作人员把事情搞糟了，而和里根没有任何关系。
为了尽快解决政府的信任危机，里根在11月25日成立了以约翰·托尔为首的3人调查小组，专门调查“伊朗门”事件。经过3个月的调查，对包括里根及许多在任部长和前任部长等高级政府官员在内的50多人进行了调查询问，最后写成了一份备受重视的厚达282页的调查报告。
托尔在报告中指出，里根总统一心想救出人质，就听信了国家安全委员会那伙人的“馊主意”，同意向伊朗出售军火。在执行时，他同意那伙人去胡搞，既不检查也不过问具体情况。里根总统不仅置国务卿和国防部长的不赞成于不顾，而且不多开几次会详细研讨这种做法在政治、外交和法律上是否妥当。他甚至瞒过国会，后来把国务卿和国防部长给撇开了，这一做法更是让人难以接受。
关于武器换人质问题，托尔报告指出，里根在1986年1月17日秘密签署了一批文件，批准美国可以直接向伊朗出售武器，从而奠定了这样做的法律依据。
但麦克法兰作证说，里根总统早在1985年8月就口头上同意了向伊朗出售“陶”
式导弹。而白宫办公厅主任里甘却说里根没有事先同意，只是在获知以色列已经这样做了之后才默许的。
关于把美伊军火交易所得用于支持尼加拉瓜反政府军一事，托尔报告中说诺思曾起草了一份备忘录，要求总统批准麦克法兰的德黑兰之行。备忘录中还提到了美国向伊朗出售武器中有1200万美元的余款用来支持尼加拉瓜反政府军，但至今尚未有证据证明诺思确实把这份备忘录交给其上司。
对此，报告的结论是，里根总统要对国家安全委员会的行动及其结果负责。
1987年3月4日，里根向美国人民发表了他入主白宫后最苦难的一次讲话，作为对托尔报告的答复。他承认，他对伊朗采取的主动行动变成以武器换人质的交易是一个错误。他还承认，自己对整个“伊朗门”事件负有全部责任。
托尔报告的公布和里根发表电视讲话后，美国公民立刻怨言四起。据民意测验显示，里根的声望在这次讲话后降到了1983年1月以来的最低点。
托尔委员会的报告发表以后，里根和共和党其他头面人物大大松了一口气，因该报告对里根及其政府的影响并没有预想的那样严重。然而，公众和国会议员仍不满意，纷纷提出他们的疑问，要求国会进行更加深入的调查。
为了弄清事情的真相，美国国会参、众两院联合组成了特别调查委员会和负责调查国家安全委员会工作的特别委员会，举行了多次秘密和公开的听证会。但是，由于参与此事的两位关键性人物诺思中校和波因德克斯特异口同声地援引美国宪法的第五修正案，拒绝对任何实质性问题作出回答，致使参、众两院的努力搁浅。
美国法案有一条不成文的规定，即为了使案情迅速水落石出，可以找出被告中的一人或两人“合作”，叫他们说出真相，以“免予起诉”作为条件，这称作“起诉豁免权”。此外，美国宪法第五修正案也有一条，不得迫使任何人在任何刑事案件中提供对本身不利的证据。由于有这样的规定和里根总统的保护，所以在关于“伊朗门”事件的成百万页的供词上，没有一页明确指出谁是这一事件中的主角。从诺思的供词看，他不惜违犯国法，隐瞒事实，全是奉承白宫领导人的旨意行事。波因德克斯特自作主张，不向总统汇报，销毁、篡改文件等胆大包天之事，却被说成是不想给总统找麻烦。
调查陷入困境，致使“伊朗门”成为一个谜团，无法做出完整的解释。为了促使知情者提供有用的证词，调查委员会同意予以波因德克斯特和诺思以有限的豁免权，即免予起诉。
听证会上第一个出来作证的是“伊朗门”事件的中心人物之一、退役空军少将查德·西科德。此前他拒绝作证，而这次却口若悬河、有问必答。从5月5日到7日，接连3天，他把事件的来龙去脉及有关背景全都说了出来。
西科德承认他和诺思共同控制了在瑞士银行秘密账户上的大约3000万美元，而这些钱都是美国向伊朗出售武器的所得。美国以3000万美元的要价向伊朗出售价值2000万美元的武器，美国净挣1800万美元的利润。其中350万美元交给了尼加拉瓜反政府军，350万美元用于向伊朗运送武器，100万美元用于其他开销，800万美元存在瑞士银行账户上，另外有200万美元去向不明。西科德认为所有这些活动都得到了里根总统的批准，并得到了政府的支持。
5月8日至11日，麦克法兰作证。他曾经三缄其口，后来服用过安眠药以求解脱，是里根的铁杆支持者。可这次他的表现出乎人们的意料。他证明在国会反对向尼加拉瓜反政府武装提供援助的决定后，里根仍继续要求政府提供援助。而且，支付200万美金作为黎巴嫩的美国人质获释的赎金也是里根亲自批准的。
7月15日，波因德克斯特作证，他神情紧张，回答问题时躲躲闪闪。他一口咬定所有事情都是自己授权诺思做的，并未要求总统批准款项转移计划。他认为总统一定会支持尼加拉瓜反政府武装，所以擅自做主把钱给了他们。波因德克斯特把所有责任都揽在自己身上，而对整个事件过程了解最深的凯西已经在两个月前去世，所以在调查总统是否知情的问题上只能做出“查无实据”的结论，这样就排除了里根遭受弹劾的可能。
在29名证人中，最引人注目、最出风头的证人就是诺思中校。在听证会上，他一反过去“守口如瓶”的态度，以热情的言辞向美国公众表白了自己。
他承认自己曾经起草过5份备忘录送给波因德克斯特，要求总统批准把向伊朗出售武器的款项转移给尼加拉瓜反政府武装。后来他又四处活动，指挥行动。可5份备忘录中已经有4份被销毁，而剩下的一份没有留下里根总统审批的字迹。
此外，诺思还承认他曾经在1986年11月中旬参与伪造了一份“伊朗门”行动的大事记，以“帮助”国会调查委员会的调查，麦克法兰、波因德克斯特、凯西、米斯等都知道他掩盖真相的原因。
诺思绘声绘色和掷地有声的证词，特别是他“坦率”的态度赢得了5000万美国电视观众的心。大多数美国人相信了他的“真诚”，他成了一个“爱国者”，成了集美国人全部价值观于一身的人物。
调查委员会领导人在听证会结束时的总结发言中表示，“伊朗门”事件是一个“充满欺骗、口是心非、漠视法律和使人沮丧的事件”。美国舆论对听证会的评价则是一出前紧后松、有头无尾的“连续剧”。“伊朗门”事件的两个主角诺思和波因德克斯特把所有主要责任都承担了下来，使白宫如释重负。显“伊朗门”事件使里根陷入了严重的信任危机，他不得不发表电视讲话，向美国公众作出解释。
然事件背后有一笔见不得人的政治交易，双方订立了攻守同盟，采取了丢卒保车的战术，力保总统，即使将来自己锒铛入狱也会得到总统的特赦。
国会调查工作结束后，司法机关开始对此案进行审理。
经过15个月的调查取证，诺思因犯有阻挠国会调查、私自销毁文件和接受贿款3项罪名，被判处3年徒刑，缓期执行，并处15万美元的罚款。“伊朗门”
事件也算落下了帷幕。
轰动一时的“伊朗门”事件是自“水门”事件发生以后美国最大的一次政治丑闻。它涉及里根政府里的数十位高级官员，也使里根陷入了就职以来最严重的信任危机，使美国对恐怖主义的强硬形象也遭到严重的损害。
安全度过“伊朗门”事件带来的政治危机后，里根于1989年1月11日发表电视讲话，辞去了总统职位。
此后，他回到位于加州圣巴巴拉市附近的大牧场，开始了写自传、骑马、伐木的悠闲生活。1994年，里根被诊断出患有阿兹海默症，迫使他过起了与世隔绝的生活。2004年6月5日，93岁的里根在家中辞世。政府为他举行了隆重的葬礼，美国全天降半旗志哀。在世的数位美国前总统和众多外国元首都来为他送行，缅怀这位活得最久的美国总统。
诺思中校向法庭宣誓。
