一、净土四经
战争对南京城的破坏非常严重。两江总督曾国藩全套班底进驻南京后，首要的工作就是立即着手对城建城防的修复工作。此时，杨仁山被委以“董江宁工程局之役”的重任，即负责修复南京的城市建筑，包括官府衙门、城防炮台等多项内容。
初至南京，老母和妻儿都还在安庆，杨仁山过着单身生活。他白天到工程局上班，晚上回到简陋的宿舍里，用佛典来打发颇为寂寞的时光。他平常交往的朋友本来就不多，像赵烈文、曹镜初、刘翰清等在佛学上志同道合的朋友，都身居要位，忙得不可开交，他只有同程碧山、章镕甫等往日诗友在一起饮酒赋诗来享受骚动的青春和友谊，当这两位挚友要离开南京回归故里时，杨仁山自然要激起内心情感的波涛。当这些波涛变为优美的诗篇而抒发出来后，他便开始过“洗心参菩提”的生活了。
李鸿章战后南京城建城防的修复是一项十分紧迫的工作，非能力强又实干的人不能担任。曾国藩任命杨仁山担任此职，既是对他的信任，也是看重他的能力。第二年，科尔沁郡王追击捻军至山东曹州，逝于军中。四月五日，曾国藩调离两江总督，以钦差大臣的身份前往山东接任科尔沁郡王的位置，继续追剿捻军。原江苏巡抚李鸿章代理两江总督一职。杨仁山与李鸿章的关系也不一般。对此前面已作介绍：两人的父亲是同年进士，又同时任刑部主事。因此二人可算是世交，李鸿章也像曾国藩一样对杨仁山多有关照。后来到李鸿章身边做文案工作最后也官至两江总督的周馥，此时也在工程局工作，配合杨仁山负责财务和内业。他是安徽池州建德（今安徽东至县）人，与杨仁山是同乡。两人在此共事，建立了深厚的友谊。这种友谊直至暮年也不褪色。
杨仁山传第五章刻经事业修复城建工程，既要保证质量，又要省时省工，节约材料，战后财力匮乏，每一项开支都要精打细算，要把有限的财力用在刀刃上。杨仁山出任董江宁工程局之职后，兢兢业业，克己奉公，所办工程，节省费用，工程坚固，以质量上乘而超越他人，深得曾国藩和李鸿章两位总督的好评。《石埭县志备稿》中说：“曾、李两公均（将他）以国士相待。”曾、李也深知此人个性极强，淡泊名利，每有奖励都不先让他知道。
杨仁山虽然工作异常繁忙，但学佛之志不改初衷。他白天到董理工程局办公，夜晚则潜心学佛。令人欣喜的是，在他工程局的同事中，竟也有志同道合的人。有一位叫王叔梅的同事，也是在家学佛的居士。两人一交往，杨才知王对佛法深有研究，彼此相见恨晚。
王叔梅，名荫福，河北正定人（原为真定），寓江苏泰州，曾任南河县和沛县知县，他的祖父王定柱是乾隆五十五年的进士，深通佛法，号椒园居士；叔伯中，有王世耀，道光二年的进士，官汾阳知县，也深通佛学，著有《榱隐庵剩稿》；他自己和弟弟王子受均学佛。他家族中三代人都崇尚佛学，与佛学结下了不解之缘。
一天，王叔梅邀请杨仁山到他家做客，杨仁山欣然前往。杨到他家之后，才发现这是一个书香之家，大量藏书令他十分惊讶。王叔梅拿出一套由魏源重新编订的《大乘无量寿经》请他过目，上面有王叔梅自己圈圈点点的评注。在王家做客以后，杨仁山就将这套佛典带回家，连夜阅读，直至通宵达旦。一读之下，他深感这部经更能为广大信众所接受。在杨仁山对佛典的阅读经验中，他由读马鸣菩萨所著《大乘起信论》而真正迈入佛门，而后读《法华经》、《华严经》，喜欢明末四大师莲池和憨山等人的作品。读这些著作者，需要有上等慧根才能深入领悟，否则就会因深奥难懂而被拒之于佛门之外。而这部《大乘无量寿经》就简单通俗得多，它对佛教修行的原理讲得清楚明白。书中所讲的持戒忍辱、发大誓愿、精进不退、禅定智慧等内容，一般智性的人也能心领神会，是佛学入门的阶梯。杨仁山一直苦于寻此经而不得，现在一朝得之，自然喜出望外。
他把读经后的感想告诉了王叔梅。王叔梅也是这个看法，可谓英雄所见略同，二人更加互相引为知己。王叔梅因崇拜启蒙思想家魏源而对其所修订的《大乘无量寿经》深有研究，后来他结识了在金陵官书局工作的魏源的长子魏刚己，并结为至交。现在，他又把魏刚己介绍给杨仁山，于是三个人成了好朋友。
魏源年老以后，曾卜居南京清凉山麓龙蟠里，皈依佛教，修习净土，对净土宗的重要作品，参会数译，删繁就简，订为善本，合为一集，名为《净土四经》。他还辑录了《大乘无量寿经》、《观无量寿经》、《阿弥陀经》、《普贤行愿品》。他的目的是“使世之习净土者，但受此本，无不具足”。不久，他年老病重，于1857年逝世，年64四岁。他逝世前，致信多年的老朋友周诒朴（曾任两淮盐运史），告诉他：“此念佛法门，普被三根，无分智愚男女，皆可修持，若能刊刻流布，利益非小”，并期望周诒朴能够“力行毋怠”。遵照老友的嘱咐，周诒朴于1858年刊刻了魏源所辑的《净土四经》，但印量极少，且因战事越来越紧，未能广为流布。
魏源的三个儿子均专心致力于佛学研究。作为长子的魏刚己一直期望实现父亲的愿望，使父亲修订辑录的四部经流通世间，让广大信众大为受益。现在遇到杨仁山这位有志于佛学的同志，自然要向他出示父亲所辑的《净土四经》，并谈及父亲生前的愿望。杨仁山对魏源这位启蒙思想家早已心存崇敬，当即下定决心，要将《净土四经》刻印流通，普被群机，广度众生。
中国佛教在唐代就形成了大乘八宗体系，即：律宗（南山宗）、三论宗（性空宗）、天台宗（法华宗）、贤首宗（华严宗）、慈恩宗（法相宗）、禅宗（心宗）、密宗（真言宗）、净土宗（莲宗）。此八宗，修学之人，专修一门，皆能证道，但每个人的根有利钝，学有浅深，在杨仁山看来，净土宗“乃我佛世尊别开方便，普度群生之法。倘不知其义旨深微，但能谛信奉行，自有开悟之期”。净土宗强调的是念佛法门，念佛成佛，一日念佛，一日往生，日日念佛，日日往生，“无禅有净土，万修万人去”。
刻印四部经书，费用不是一个小数目，杨仁山一家此时已由安庆迁往南京，境况是家贫母老，他之所以长期就职工程局，实当年杨仁山刻经的雕版为解决家计问题。但他决心要做的事，是不会改变的。为刻印四部经书，他四处募集，亲戚、朋友、同事、信众，能出多少就出多少，多则十几元，少则五角，积少成多。他一边募集资金，一边聘请金陵官书局的著名刻工甘国有雕刻经板。甘历经一年多时间，将四部经刻完付印。
同治五年（1866）十二月初八的佛成道日，杨仁山撰《重刊净土四经跋》，于此，战后由杨仁山牵头刻印的第一部经书《净土四经》开始流通于社会，它标志着近代中国佛学复兴的征程开始起步。
二、创办金陵刻经处
明清两代，民间秘密宗教盛行，大多数老百姓所信奉的都是伪教，乱七八糟，五花八门，正统佛教的经典很难行之于世，再加上长期的战争，使寺庙皆毁，经籍焚烧，民间一本正宗的佛经也难以找到。
在此之际，要复兴中国的佛教，唯有先开智识，让人们认识真正的佛教，认识汉传佛教的义理和精髓，认识佛教对于人生的意义。而要做到这点，首先必须有书可读。无书可读乃为无米之炊、缘木求鱼，因此刻经流通，为当务之急。这是杨仁山时代一批崇尚佛学的知识精英欲振兴佛教而达成的一致共识。
在历史上，佛教复兴所走的也是这个路子。明朝末期，皇帝几十年不上朝，乾纲解纽，放松了对整个社会的控制，一时间，经济活跃，文化兴起，佛教也得到一次为期很短的复兴。可是，好景不长，很快就遇上一次新的改朝换代。此次佛教复兴就源于刻经流通这一不二法门。明末佛教四大师中的真可紫柏和憨山德清，以弘法为己任，以开佛知见为急务，刻经流通。于此，中国历史上才出现了流传民间的方册本佛经。在此之前，都是皇家版的《大藏经》，最早是黄卷赤轴的卷子本，至南宋的江南版《大藏经》，改为折叠样式。这种《大藏经》卷帙浩繁，整部供存于皇家宫廷和大寺院之中，除了皇帝和重要的大臣及大寺院中的方丈住持，一般的人无缘问津。直到明末紫柏大师和憨山大师刻经开始，才有方册小本流通民间，任凭僧人和信众随意购请。于是，民间也兴起了研究佛学的热潮。但是，随着改朝换代和频繁的战争，到了晚清时期，民间的方册本也已经完全失传。清代乾隆时期官刻《大藏经》，收藏经典1669部，7168卷，分装724函，整部经同样供存于朝廷和各大寺院的藏经楼中。
杨仁山成功刻印魏源所辑的《净土四经》后，在南京工作的一批崇尚佛教的志同道合的知识精英，都感到必须要成立一处专门刻经流通的场所，任何事业都需要日积月累，聚沙成塔，长持不懈。这一年，杨仁山与多位同仁来往密切，商议成立金陵刻经处事宜。1868年的农历八月十五日，杨仁山、赵烈文、刘翰清、张守恩、曹镜初、魏刚己、赵季梅、杨长年、余治、隆凯臣等15位知识精英和在家研究佛学的居士，还有一位已经出家的妙空法师，趁中秋节的假期，相聚在一起，开会研究成立金陵刻经处，并对由杨仁山所撰《金陵刻经处章程》和《募刻全藏章程》进行讨论。会后，对社会公布了这两个文件，同时公布的还有由妙空法师和杨仁山共同署名的《募刻全藏疏》和《募刻全藏目录》。
根据章程的规定，金陵刻经处刊刻全藏，均用书册本，以便印刷流通。刻经处设在南京鸡鸣寺的北极阁，以方便十方善信前来随喜。刻经处的资金由同仁认捐，筹有常款。设主僧一人，由妙空法师担任。设写手一人，刻手七人，香火两人。同时，还作出了一个重要的“三不刻”规定：一、凡有疑伪者不刻；二、文义浅俗者不刻；三、乩坛之书不刻。
