此前的11月3日，海军党委常委会按照检查团的意见和军委有关精神对每个常委负责的工作再次进行了分工。上报军委、总政的关于这次分工的报告，在笼统说明“常委的全面工作由萧劲光、苏振华主持，党委日常工作由苏振华主持”后，明确规定：军事行政方面的日常工作，“主要由李作鹏主持”；常委会，萧劲光、苏振华因身体、工作不能出席，“由李作鹏、杜义德主持”；党委办公会议，由“李作鹏、杜义德主持”。很显然，李作鹏调任海军副司令员虽还不足半年，但在12人的海军党委常委中已不是一般成员。既然萧劲光因病住院，李作鹏理所当然应与海军政委苏振华共同主持党委扩大会议。尤其这次会议的主题是贯彻“林副主席的三条指示”，李作鹏积极、主动，当仁不让，俨然成了“第一主角”。
直到若干年后，讲到李作鹏，海军机关有人总是说，李作鹏是萧劲光从总参要来的。这话不全对，但也不是没有来由。
从资历上看，李作鹏堪称典型的红小鬼。他15岁参加红军，之后长期在高级军事机关做参谋工作。解放战争期间，萧劲光任民主联军副总司令兼参谋长时，他任参谋处长，工作上经常打交道。后来李作鹏担任了纵队司令、军长，与萧劲光仍然是直接的上下级关系。围困长春时，他率部打援，任务完成得比较好，给萧劲光留下了不错的印象。1950年组建海军时，萧劲光确曾建议他到海军工作，他没有来。后来，他调到了总参谋部，担任了军训部部长。
最近几年，海军接连发生了几起重大事故，萧劲光很伤脑筋。加上自己身体不太好，有时感到工作上有点顾不过来，为此他曾向军委提过建议，希望能给海军增加力量。年初，广州全军编制装备会议期间，林彪找萧劲光谈话，告诉他，准备让李作鹏到海军当副司令员。萧劲光当即表示欢迎。他当时主要考虑，主管全军训练工作的军训部部长，对如何搞好部队军事训练应该说是一个“专家”。海军出现的事故和问题，大都是在训练过程中发生的。由总参军训部长来当副司令员，对解决军训中发生的问题有利，是件好事情。得到这个消息后，萧劲光从心里希望他早点来。然而，令萧劲光没有想到的是，李作鹏完全变成了另一个人。
3月下旬，萧劲光从广州抵达上海。这时，林彪的妻子、“林办”主任叶群也在上海。4月1日，她把萧劲光叫到居处，传达了所谓“林彪的指示”。叶群说：“林副主席要我转告你，刘承司大事故，政治影响大，首先军委要负责，没有增加力量，工作帮助不够。今后要改变，要重视。增加李作鹏等主要是帮助研究原因，改进工作。派工作团来也是帮助工作，引起舰队的重视，要维持海军威信，商量做事。海军问题，萧劲光有信仰作用，海军党委对军委是良好的，拥护主席。主要是帮助工作，不出事故，由萧劲光放手抓。组织上主要是加强力量，继续支持海军领导。出了事故，海军党委是否齐心协力不够？基层作风是否朝气不够？思想教育是否也有问题？要提倡雷厉风行的工作作风和方法，加强核心领导。”第二天，李作鹏等就随军委检查团一起来到了上海，参加了在东海舰队进行的工作调查。
5月初，军委检查团回到北京。数天后，李作鹏等到海军参与工作。萧劲光是个原则性很强的人。虽然在广州林彪已向他打过招呼，说李作鹏到海军任常务副司令，因正式命令没到，萧劲光也就没有正式宣布。直到6月中旬（命令为6月10日），国防部命令到了后，才向部队转发命令，并在机关公布。按说，这是人尽皆知的组织原则，但却被李作鹏等作为萧劲光打击他、迫挤他的“罪状”——这是后话。
由于李作鹏一再催促，强调这次会议的重要性，此次党委扩大会一直扩大到部队师以上单位的政委、政治部主任，海直机关的二级部长，使到会人员达一百三十多人。会议从12月5日开始，风风火火地开了一个多月。
会上，除用短短几天的时间讨论了精简整编问题和1963年的工作计划外，主要是学习林彪4月28日在军委编制装备碰头会上对海军的“三条指示”，并以此和军委检查团的《汇报材料》为据，检查海军党委对1960年中央军委扩大会议《关于加强军队政治思想工作的决议》的贯彻执行情况。其间，苏振华在大会上发言，就海军工作中存在的问题作了检查。李作鹏等人在会上发言，阐释了林彪指示的内涵、重大意义。对此前海军文件和萧劲光等海军领导讲话中的一些观点、提法，再次进行了批评。会议最后通过了《关于坚决贯彻执行林彪同志三条指示，加强海军政治思想工作的决议》。其主要内容是：一、坚决贯彻“四个第一”；二、工作一定要落实；三、改进工作作风；四、加强党委领导。会议于1963年1月17日结束。
会议期间，萧劲光一直住在总医院。他的发言稿写好了。陆续听到会议的一些情况后，他不赞成李作鹏等人对海军文件和自己讲话中一些观点的“上纲上线”的批评。他没有到会讲话，也打消了将自己准备的发言稿作为书面发言的想法。会议结束的当天，东海舰队司令员陶勇到医院看望萧劲光。谈到会议情况，他说对检查团的结论有意见，对这次会上一些人的发言“不敢苟同”。最后，严肃表示：说海军犯了方向性错误，现在接受不了，还要看三年。萧劲光当即接过来说：再过三年，如果实践证明我错了，我再作检查！
对这次会议，军委非常重视。会议议程基本完成的1月15日，总参谋长罗瑞卿代表中央军委到会讲了话。他首先对海军党委扩大会议作了肯定，说“这次会是个好会，是建设性的会，是促进的会”。继而就海军建设方针的提法、海军的作战指导思想，及什么是当前海军工作中的主要矛盾等问题，谈了看法。讲到海军的问题，他说，“海军的问题是林总首先发现的”，“各总部的同志都讲了，今后对你们的工作要多抓一抓。不抓，你们可以提意见”。据知情人透露，讲话稿是原检查团的成员参与起草的，所以对海军形势看法的主要观点与《汇报材料》基本相同。但调子明显低了些，且增加了对海军工作成绩，对海军主要领导肯定的内容。但有一个内容是新的，即对领导工作职责作了明确要求：“少壮派”李作鹏、×××挡第一线，苏振华、×××等同志挡第二线，萧劲光挡第三线。
军队日常领导工作要设“三道防线”，此前没有过，之后也很少听到这种说法。意思很清楚，萧劲光可以“放手”了。
罗瑞卿讲话后，把讲话稿留在了海军。很显然，这样重要的讲话，是要学习、讨论，下发部队的。值得注意的是，在留下讲话稿的同时，罗瑞卿还留了个便笺，全文是：
关于“在海军党委扩大会议上的讲话”的说明
这个报告定稿前，我已将其中的主要点，当面报告了主席和林总。主席问了一些情况，并有指示，大意是说，错误和缺点应当批评，但目的是团结起来，做好工作。海军工作应当做好一些，也可能做好一些。林总说，他完全同意。并指示说，军委各总部今后要多抓海军的工作，不然，三军中我们松了一军，就可能要犯一个大错误。刘主席、周总理和中央书记处还没有来得及报告，以后还要补报。特此注明。
罗瑞卿
一九六三年一月十二日
海军党委扩大会结束不久，军委便根据这次会议的情况和检查团的《汇报材料》，给党中央和毛泽东写了《关于海军问题的报告》。
报告中说，海军问题最本质的是：一、毛泽东思想红旗举得不高，四个第一没有真正摆在第一。海军党委在指导思想上存在着单纯军事观点的偏向。从1956年以来，萧劲光同志一直把人与技术的矛盾当作海军建设中最基本的矛盾，把海军装备技术的复杂性强调到不适当的程度。在1960年林彪同志领导作出《关于加强军队政治思想工作的决议》以后的这两年间，这种思想还继续有所发展。二、没有认真贯彻执行军委指示，有的没有落实，有的走了样。海军党委的领导，不适当地强调海军的特殊，许多事情另搞一套，确实存在着林彪同志所批评的“大路不走走小路”，“找到好药方子不吃，又在乱找药方子”的偏向。三、三八作风没有贯彻好、培养好，主观主义、官僚主义相当严重，而且老虎屁股摸不得。具体表现在“空、偏、骄、浅、慢”这五个方面。四、海军党委内部长期不团结，没有及时很好贯彻民主集中制。萧劲光同志作为党委第一书记，官僚主义和家长作风相当厉害，很多情况不了解，很多问题没有解决，有个人说了算、个人否定集体、少数否定多数等不正常现象。
军委报告在报中央的同时，抄给了海军。萧劲光看到后，心里什么滋味都有。检查团的材料变了一下说法，报给了中央、毛主席，已到顶了，至高无上，还有什么可说得呢？若干年后，萧劲光回忆当时的思想说：看了军委对海军问题，特别是对我的错误所作的结论，我心真有点凉了，沉闷得很，“按照党的组织原则，组织上我必须服从。这对于我这样一位党龄几十年的老党员来说是丝毫也不含糊的。但思想上却不能剥夺我保留意见的权利。我所想的是：错与不错，实践会作出公证的评价。当然，也做好了最坏的思想准备，即准备被罢官撤职。”
毛泽东对萧劲光是了解的。此前，他对海军机关、部队进行过多次视察。从某种意义上说，他对海军的了解远比其他军委领导、特别是林彪要多得多。1963年5月2日，毛泽东在军委的报告上作了批示：“关于海军问题的报告已经看过，认为很好，照此执行，每年检查一次执行情况。希望海军各级党委同志们团结起来，以大局为重，焕发精神，努力工作，发扬成绩，纠正缺点错误，同其他军种一样，把海军工作做好。有错误并不要紧，只要改正就好了。”
这是林彪没有想到、不愿看到的（从后来的大量事实看，林彪一直希望把萧劲光的海军司令员撤掉），但他无可奈何。这也是萧劲光、海军党委多数人所没有想到的。海军党委接到毛泽东批示后，集中两天时间组织学习讨论，研究落实意见。5月31日，海军党委将学习情况向中央军委、中共中央和毛泽东作了专题报告。在对存在问题作检查和自我批评的基础上，表示绝不辜负党中央、毛主席的期望，把海军工作做好。6月24日，中央军委向全军各大单位转发了海军党委的报告。
萧劲光是在解放军总医院看到毛泽东批示的。毛泽东鲜明的态度，满怀热望的话语，使他说不出的感动。霎然间，似乎多少天来的苦闷、烦恼都过去了，所有的是深深的愧疚和自责——出了这么多问题，辜负主席的希望了！经过几天的思考，萧劲光决定给主席写一封信。至时，他想到，已好长时间没向主席报告工作了。
信是1963年7月3日在病房里写的。虽然不足两千字，萧劲光却字斟句酌写了一天多的时间。他先诚恳地检讨了自己工作中的错误和问题，作了自我批评，继而表示了改正错误，做好工作的决心。信最后说：
今后决心一定按照主席的指示去做，坚决改正错误，从头做起，永远跟着主席的思想行动走。一方面认真地学习主席的著作，另一方面下苦功夫到群众中去，到实践中去，继续改造自己，彻底改造思想，改变作风。我现在虽然有病，正在疗养，希望能争取早日恢复，能把我最后一段时间和精力为党做点有益的事情，求得少犯错误，或不犯严重错误，以补偿过去工作中的某些损失。
我到海军工作，还没有向主席作过系统汇报。曾经有好几次打算找主席，但没有适当机会。如主席时间许可的话，我可随时前来。我写这封信时，心情有些乱，写得不全面也不深刻，请主席阅后给予指示，以便遵行。
信发出后，萧劲光思想仍然平静不下来。他苦苦思考：在没有战事或战事极少的情况下，部队工作究竟应以什么为主？是大搞政治，还是以军事训练为中心？尤其是对于海军这样一个技术复杂的军种，抓军事训练是过头了呢，还是远远不够？对照十几年来海军建设的实践，萧劲光想来想去，最后坚定了一个思想：和平时期的部队建设必须以军事训练为主，作为装备技术复杂的海军尤其应该如此。海军以往的工作，不是抓训练过了头，而是抓得很不够。训练上不去，部队没有战斗力，保卫海防，完成党和人民交给的任务，都是空话！
9月份，病情稳定后，萧劲光便出院回海军机关，一边休养一边工作。
