朱元璋死后，他的孙子建文帝以皇太孙的身份即帝位，而各位叔叔在内心并不敬服。建文帝进行的削藩，使他与诸王矛盾公开化。靖难之役，燕王攻克南京，建文帝战败。建文帝的最后下落，或说他自焚而死，或说他被杀，也有说他为僧浪迹天涯。究竟哪一说为真？
朱元璋建立明朝，制定了一套嫡长子继承皇位、余子分封王爵的制度：“国家建储，礼以长嫡，天下之本在焉。”又说，“居长者必正储位，其诸子当以封王爵。”而且还规定：“兄终弟及，须立嫡母所生者，庶母所生，虽长不得立。”在《明史》中记载了明朝的制度：皇子封亲王，受金册、金宝，岁禄万石，府置官属。亲王嫡长子，年及十岁，就授金册、金宝，立为王世子，长孙立为世孙。为巩固朱姓天下，从洪武三年开始，朱元璋模仿汉高祖，大封诸子为王。此后又屡有封建，将自己的儿子全部分封到各地为王，辽、宁、燕、谷、代、晋、秦、庆、肃等王是其中实力最强者，诸王成了皇权的重要支柱。
明太祖对自己死后的嗣位十分重视。洪武三十年（1397），他生了大病，认为自己可能不久于人世，就命足智多谋的李淑妃自尽，以防像唐朝一样出现“武后之祸”。太祖的长子朱标，为马皇后所生，洪武二十五年（1392）因病医治无效死了，再选一个继位者成了朱元璋十分紧迫的事情。朱标子朱允炆生下来时额颅稍偏，人虽聪颖，但仁柔少断，朱元璋觉得不是最适合。燕王朱棣智虑过人，性格像朱元璋，朱元璋十分钟爱他，一度想把皇位给他。朱标死时已有五个儿子，嫡子早殇，次子朱允炆也已长大，朱元璋要舍孙立子，不合自己制定的礼仪。于是他召开群臣大会，以欲立燕王朱棣之意询问诸臣，学士刘三吾当场反对：“皇孙年富，且系嫡出，孙承嫡统，是古今的通礼。若立燕王，那么秦王、晋王该怎么办？”这样朱允炆就成了皇位的继承人。
各地分封的藩王，都恃叔父的尊严，看不起侄儿朱允，只是因为父皇还活着，大家隐忍不发罢了。洪武三十一年（1398）朱元璋死，在遗嘱中他称赞皇孙朱允炆人很聪明，讲究孝道，希望各位大臣尽心辅助，各地诸王驻守原地，不用赴京奔丧。几天后朱允炆即位，称明惠帝，改元建文，所以又叫建文帝。建文帝明白各地藩王实力强大，战功卓著，就以太祖遗诏为由，禁止各位王叔入京，朱棣人已到淮安，只能调头回到北京，内心充满着怨恨。
建文帝上台后，对王叔们不把他放在眼里十分忌恨。特别是力量最强大的朱棣，入朝见他时竟然立而不拜，令他十分恼火，遂着手作削藩的准备。他先是将周王贬为平民，后接连治代王、岷王、湘王、齐王等罪。接着在自己当年的伴读老师黄子澄等人的谋划下派人到北京去，控制燕地兵权，监督燕王行动。建文元年（1399）七月，建文帝走了最为冒险的一招，他命北平左布政使张昺等发兵逮捕燕王，但早有准备的燕王把张昺等全部擒杀，以清君侧为名，打着靖难的旗帜，废除建文帝的年号，续称洪武三十二年，正式开始了靖难之役。
靖难之役共历时四年，至建文四年（1402）六月，朱棣兵临南京城下，守卫京城的大将李景隆开门投降，朱棣带兵入城，在任官员四处逃窜。气急败坏的建文帝下令放火烧宫，当燕王来到皇宫时，宫中已是一片火海，建文帝不知去向，所使用的宝玺也随他一起消失。那么建文帝哪里去了？
正史记载建文帝在宫中自焚而死。当燕王到来时，建文帝自知大势无可挽回，遂纵火自杀。《太宗实录》说，朱棣兵攻至南京城下，文武百官诸王无计可施只能前来见皇帝，建文帝想出去迎接，想不到左右的人已全部散尽，仅有内侍太监数人而已。建文叹曰：“我何面目见耶。”就关了门自焚而死。朱棣上台后，在给朝鲜国王的诏书中就谈到：“不期建文为权奸逼胁，阖宫自焚。”但建文是否真死于自焚，很多人表示出怀疑。因为事后朱棣命太监在火烧后的余烬中反复搜检，发现了皇后和太子朱文奎的遗骸，却就是不见建文帝。《太宗实录》说朱棣是找到了建文帝，并令以皇帝规格举行葬礼，但明清两代从未有人提到在南京附近有建文帝的陵园。《春明梦余录》谈到明末有人请崇祯帝将建文列入祀典，崇祯叹道：“建文无陵，从何处祭？”上世纪三十年代，明清史专家孟森就认为虽然《明实录》载建文帝在宫中起大火时被烧死，但明代却无人相信。清朝修《明史》说“燕王遣中使出帝、后尸于火中”，这是因为康熙时朱三太子案搅得人心惶惶，因而“故有此曲笔耳”。
没有被火烧死，建文帝哪里去了？孟森认为在宫中火起之前，建文帝逃出去了。《明史·姚广孝传》谈到永乐十六年（1418），84岁的姚广孝不能入朝，成祖到庆寿寺去看望，问姚有什么事要他办。姚什么也没说，唯独说起僧人溥洽被关了很长时间，希望皇帝赦免他。溥洽是建文帝的主录僧，有人说他知道建文帝的去向，明成祖以其他事情的借口将他关了起来。如果成祖找到了建文帝的尸体，何必还要将溥洽关起来而追寻建文帝的踪迹？《明史》中还说成祖怀疑建文帝出走，所以派了胡濙到天下各地去寻找，还派郑和下西洋，如果成祖有建文帝的下落，何必还要遍访十余年？
此后有人指出，嘉靖年间郑晓的《建文逊国记》，是明确说建文帝逃出金陵城的第一部书。
照上面的说法，建文帝可能是逃出去了。逃出后的建文帝在干什么？
有人认为他是做和尚去了。《明史·程济传》说：“金川门启，济亡去。或曰帝也为僧出亡，济从之，莫之所终。”南京城攻破而程济失踪了，所以人们怀疑他与建文帝一起做和尚了。《明朝小史》对建文帝的去向说得活龙活现：太祖病重时，给了建文帝一个密封的小匣子，让他只有到了危难时才可开启。到靖难兵入城时，建文帝想起了小匣子，把它打开，原来是和尚的一份度牒。于是削发披缁，从地道中逃出。有人认为建文帝城破前与杨应能、叶希贤一起削发为僧，法名“应文”。明成祖曾向天下寺院颁布了《僧道度牒疏》，将所有僧人重新造册登记，对僧人进行过总调查，目的是为了寻找出建文帝。从永乐五年（1407）起，他还派胡濙以寻仙人张邋遢为名四处出巡，一找就近20年。有人指出，朱棣死后，建文帝才回到北京，迎入西内，死后葬在西山。更有人声称在西山找到了建文帝的墓地。
当了和尚的建文帝到过些什么地方？许多人认为建文帝以僧人的身份浪迹天涯，足迹遍及江苏、浙江、四川、贵州、云南以及缅甸等地。有人指出建文帝曾到重庆三次，住在大竹山善庆里。有人主张，建文帝出亡在近不在远，不是在云、贵、川、粤，而是在吴县的穹隆山皇驾庵，永乐二十一年殁亡，葬于皇驾庵后的山坡上。有人认为徐霞客在贵州广顺东南的白云山间，看到建文手植的巨杉二株，树西半里的古寺，是建文所立。也有人认为建文帝是以滇为家，在最初三十多年中，以躲避朝廷追缉，他行踪不定。《神宗万历实录》记载万历二年，首辅张居正曾说：“先朝故老相传言：建文帝当靖难师入城，即剃发披缁，从间道走出。后云游四方，人无知者。至正统间，忽云游至云南，邮壁上题诗一首。”明代人就认为他主要在云南活动。《明史》也说：“或云帝由地道出亡。正统五年，有僧自云南至广西，诡称建文皇帝。”明清以来流传的许多地方文献，都可说明建文帝曾在滇中、滇西留下了足迹。有人认为建文帝到南洋去了。成祖找不到建文帝，始终有一块心病，他害怕建文帝没有死，会召集人马用朝廷的名义来讨伐他，于是派出郑和下西洋，一方面当然是为了宣扬国威，另一方面是为了寻找建文帝的下落。在随郑和下西洋的人中，有的竟然是锦衣卫的人员，他们主要任务是针对建文帝的。
郑和下西洋是为了找建文帝的说法，为很多人反对。有人指出，燕王朱棣攻下国都南京，火烧皇宫，但没有找到其侄建文帝的遗体。朱棣虽马上自号永乐帝，但对于此事及建文帝遗臣逃散各地，可能仍有挂怀。明朝历史文献里，留有一些建文帝可能没有被烧死而逃亡海外之传言，甚至有说出家二十年后返北京之故事。所以，人们认为永乐帝派郑和下西洋主因之一为追寻建文帝。此种说法不可能成立，因为郑和每次出使海外都是那么浩浩荡荡，建文帝若亡命海外，当闻风而躲藏起来，大规模下西洋寻建文帝绝非有效之方法。目前，绝大多数学者已不相信此说。但历史小说常常为了戏剧化的效果，还在强调这种可能。
文帝出逃做和尚的说法为许多人津津乐道，但也有学者发表了不同的声音，他们认为为僧之说不足信，因为当时京师内宫并无秘密地道或御沟通往城外，所谓剃发为僧、云游四方，都是民间传说而已，是无稽之谈。这大概是明成祖明白自己是抢夺帝位的，“欲曲讳其自弑恶名，故反隐播此说”，这样做想说明他还没有致建文帝于死地，而后来的文人不明其理，“缘饰其间，遂成千古疑案”。也有人认为建文帝既非自焚，也非出亡，而是被成祖所杀而灭迹。
建文帝究竟哪里去了？如果说建文帝是自焚死了，的确是无法解释史书中的种种矛盾；如果说建文帝是出逃为僧了，但大多是笔记小说所记和民间传说，确凿有力的证据还十分缺乏。郑和下西洋是否全是为了建文帝，应该是很难说。至少这个谜案在目前是不易解决的。
