显庆二年闰月（657），右屯卫将军苏定方进军西突厥，薛仁贵虽然没参加，但献出了最重要的政治决策，为苏定方灭西突厥做出了重要贡献．薛仁贵上书说“臣闻兵出无名，事故不成，明其为贼，敌乃可伏。今泥熟仗素干，不伏贺鲁，为贼所破，虏其妻子。汉兵有于贺鲁诸部落得泥熟等家口，将充贱者，宜括取送还，仍加赐赉。即是矜其枉破，使百姓知贺鲁是贼，知陛下德泽广及也。”意思就是出师有名，收买人心。苏定方，大唐名将，是李靖的嫡传弟子，李靖兵法的继承人，比薛仁贵年长20多岁，这样一位大将能接受薛仁贵这一个看门将军的意见，可见他对薛仁贵军事才华的尊重。苏定方最后成功的开拓西域也得益于薛仁贵的计策。显庆三年（658），已经44岁的薛仁贵，终于开始自己统帅军队，开始了自己那传奇的军事指挥官生涯（唐朝将领多数都是人到中年才开始统领军队）。显庆三年（658），薛仁贵和营州都督兼东夷都护程名振骚扰高句丽，薛仁贵率众一举攻克赤烽镇，斩首400人，俘虏100余人。同年6月，高句丽派遣大将豆方娄率军3万人迎战唐军，被薛仁贵击败，斩首3000级。显庆四年（659），薛仁贵率军与高句丽大将温沙门大战于横山（今辽阳华表山），薛仁贵匹马当先。高句丽军无法抵挡，大败而逃。已经是军队的统帅，还能身先士卒，足见勇猛与胆气。同月唐军又与高句丽军战于石城，薛仁贵单骑冲阵活捉高句丽一神箭手。此战开时，高句丽一神箭手，连续射杀唐军10余人，此时薛仁贵怒发冲冠，并没有用他最擅长的射箭与对方对垒，而直马冲过去，那箭手射箭皆被薛仁贵躲开，近其身，将那神箭手活捉而回。同年12月，薛仁贵与辛文陵在黑山击败契丹。擒王契丹阿卜固及诸首领，押送东都洛阳。薛仁贵因功升任左武卫将军，封为河东县男。 生擒的那叫契丹王是薛仁贵生擒的第一位政权君主，瞧好了，后面还有几个“大王”被薛仁贵给活捉了。马上薛仁贵要开始进行他那下一段奇幻传奇了。
龙朔二年（662），回纥铁勒九姓突厥（九个部落联盟）得知唐军将至，便聚兵10余万人，凭借天山（今蒙古杭爱山）有利地形，阻击唐军。当年三月初一，唐军与铁勒交战于天山，铁勒派几十员大将前来挑战，薛仁贵应声出战，独挑几十人，连发三箭，敌人3员将领坠马而亡，敌大军见之，立即混乱，薛仁贵指挥大军趁势掩杀，遂不时，敌人大军投降。因为铁勒骚扰唐边境达数十年之久，薛仁贵命令将投降兵就地活埋，以除后患，蒙古杭爱山现在还有坑杀遗迹．但是作为一名大将军应该没有权利坑杀这么多的人，这是和唐朝的民族政策相背离的，所以这应该是朝廷的指令。之后继续北进，将铁勒九部的首领伪叶护三兄弟生擒（第二次生擒政权君主了），从此回纥九姓突厥衰落。当时世间流传歌谣“将军三箭定天山，战士长歌入汉关。”想想这仗打的多漂亮啊，战争本来是艰苦，残忍的事情，士兵能唱着歌回家，表达了军民将士们的喜悦之情。
这次战役，仁贵虽然立了大功，但主将郑仁泰的犯了错误，导致了这次战争不完美。铁勒的思结、多览葛等部落本来要投降，郑仁泰不结纳，反而出兵捕获了对方的家属，赏赐给部下，这些部落只好逃亡。郑仁泰派兵追赶，不但没有找到敌军，还因为缺乏粮草，损失了许多兵员。薛仁贵自己也娶了一个妾。一回到朝廷，部队的许多将领都遭到朝臣的弹劾，唐高宗以功抵过，未加追究。
天山之战本来可以一举消灭铁勒，开拓唐朝北方边疆，从而遏制******势力的发展，但由于主将郑仁泰的严重政治性错误使得此战前功尽弃。但薛仁贵三箭定天山使得对唐边境威胁达数十年的铁勒族在不到一个月就马上衰败，可以说是古代将军唯一一位。接着就是薛仁贵自己指挥才能大发挥的舞台了，高句丽灭国之战。
说到对高句丽的战争，隋唐两代四位帝王前前后后进行了数次征讨，隋炀帝杨广三征高句丽，次次出兵30万以上，最多一次居然派出了112万，号称200万的大军（唐朝建国半个世纪都没有派出过30万以上的军队）结果次次失败，损失惨重，可以说强大的隋帝国的灭亡跟不断讨伐高句丽有很大关系。唐太宗的征伐也被困在了安市城，成为这位伟大帝王的终身遗憾，而其他的征讨多为小规模的战争。而到了唐高宗时期，唐朝国力强盛，唐高宗雄才大略，决定完成父亲遗志，灭掉高句丽。乾封元年（666），高句丽泉盖苏文死，长子泉男生继任莫离支，与其弟泉男建、泉男产不和，泉男建自称莫离支，发兵讨伐泉男生。泉男生于是派其子泉献诚到唐朝求援。同年六月初七 ，任命右骁卫大将军契苾何力为辽东道安抚大使，领兵救援泉男生；任命泉献诚为右武卫将军，担任向导。 左金吾卫将军庞同善、营州都督高侃为行军总管，共同讨伐高句丽。9月，庞同善大败高句丽军。
同年9月，薛仁贵统兵出征。12月，命李绩为辽东道行军大总管，司列少常伯郝处俊为副大总管，契苾何力、庞同善亦为副大总管并兼安抚大使，水陆诸军总管和运粮使窦义积、独孤卿云、郭待封等亦受李绩节度，诸路合击高句丽。征调河北诸州县的全部租赋以供辽东军用。乾封二年（667），李绩兵取高句丽军事重镇新城（今辽宁抚顺北高尔山城）。留契苾何力镇守，并趁势将附近的16座城池全部攻下。
新城是一座战略极其重要的城市，是整个战场的军事血脉的枢纽，地位不言而喻，而且李绩自己也说了“新城，高句丽西边要害，不先得之，馀城未易取也。”而李绩却疏忽了对刚打下来的新城的防守，往往这样就会出事故，果然刚过几天，高句丽总头领之一泉男建率大军夜袭二人的军营，新城告急。关键时刻，薛仁贵率军狂奔而到，神降天兵，突然杀到，把处于劣势的形式瞬间扭转过来，倒过来斩杀敌人数百人，解救了新城之围。
同年10月 ，庞同善继续进攻，在金山路上遇到高句丽大军10多万人，被打的落荒回逃，高句丽军追的兴起，薛仁贵率本部兵马冲杀出来，将敌人大军拦腰截断，敌军大乱，薛仁贵领兵奋力杀敌，此战杀的昏天暗地，敌人数不剩数，最后薛仁贵大败高句丽军，斩首五万人。（注意啊，斩首多少人并不是敌人的总兵力，而指的只是斩杀的人数，并没有算逃跑等的人数）唐军乘胜攻占南苏（今辽宁抚顺东苏子河与浑河交流处）、木底（今辽宁新宾西木奇镇）、苍岩（今吉林集安西境）3城，与泉男生部会合，赢得了金山之战的胜利。高宗亲笔写诏书慰劳仁贵：“金山大阵，凶党实繁。卿身先士卒，奋不顾命，左冲右击，所向无敌，诸军贾勇，致斯克捷。宜善建功业，全此令名也。”金山之战是唐初年的罕见的大规模遭遇战，是灭高句丽四大战役最关键，最大的一次战役，基本消灭高句丽精锐部队，为彻底胜利奠定基础，此战由薛仁贵亲自指挥，功不可没。
同年的11月下旬，薛仁贵仅带2000人的兵马向前进军，发兵扶余城（今吉林四平），有的将领大力反对，认为人实在太少了，搞砸了不好收场但是薛仁贵说：“兵不在多，顾用之何如。”不在多少，就看你主将会不会用，历史上能说出这样“大话”的将军也没有几个。兵贵神速，接着一场人类战争奇迹又出现了。高句丽派出数万大军快速出兵新城，想夺回主动权，这正好就应了薛仁贵的道了。当敌人行军的时候根本无法想象唐军居然会那么快就打过来。时逢冬天，东北大地，白雪蔼蔼，薛仁贵2000玄甲骑兵全部着白衣。当他们发现敌人的时候，薛仁贵当机立断，利用骑兵平原优势，冲杀敌人。于是在白色的雪域平原上，正在行军的高句丽兵看见一大团白色飞冲而来，还以为是雪崩呢。薛仁贵指挥杀敌，用了7个时辰，不到15个小时的时间斩杀俘虏敌人万余，剩余军队四散溃逃，这次战役也要看出唐玄甲军的战斗力恐怖之处，据考证这是最早利用保护色的战役。
接着薛仁贵率领2000将士继续前进，乾封三年（668），薛仁贵的部队攻占坚固的扶余城。之后高句丽连续40多座城市直接向薛仁贵投降，薛仁贵声名鹊起，威震辽海，神威四方，自此，高句丽所最惧怕之人为薛仁贵。
就这样薛仁贵大军沿途破城抵达平壤城下，与从行军大总管李绩等诸路大军会师平壤，大军合围，攻破平壤，薛仁贵亲自接受高句丽国王投降，根据史料记载，高句丽国王高藏在向薛仁贵投降签字的时候，连抬头看薛仁贵的勇气都没有，威慑力到了何种地步。真有张辽使江东小孩夜不敢哭的风采。自此，隋唐几代帝王灭亡高句丽的愿望终于在高宗这里得到了实现。如果仔细研读过这段史料的话，大家会很清楚，高句丽实为薛仁贵所灭，他起了关键和决定性的作用，而并非是李绩。
