噶礼、张伯行互参案是发生在康熙晚年的一件震惊朝野的大案。康熙五十年（1711），在江苏的乡试中，两江总督噶礼收受贿银50万两，贿买举人，一时士人哗然，民怨沸腾。新任江苏巡抚张伯行上书参劾噶礼的罪行，反被噶礼倒打一耙，扣上了7条罪状。一方是满族贵族勋臣噶礼，一方是被康熙誉为“天下清官第一”的张伯行，康熙处理此事自然十分慎重。他先后派自己信任的尚书张鹏翮、总漕赫寿、尚书穆和伦等人赴江南调查案情。本来并不复杂的案情，经他们一察反而难辨是非了。他们慑于噶礼的权势，硬把此案说成是总督与巡抚因关系不和互相寻衅参劾，各打50大板。貌似公允，实则偏袒罪恶昭着的噶礼。康熙见自己派出的官员竟察出这样的结果，十分失望。为了促成案子的公正处理，他明确表示：自己早就不信任噶礼的操守，而张伯行为官清正，享有盛誉，希望朝臣体会他保全清官的苦心。但是九卿大臣廷议的结果仍是将两人一并革职。康熙洞悉朝中官官相护的黑幕，更深恐如此偏袒噶礼会激起江南民变，遂亲自做出决定：令张伯行仍留原任，噶礼依议革职。噶礼并未立即受到严办，后来还是因其企图杀母的罪行被赐死。围绕科场受贿展开的这一场官场争斗，虽然以皇帝的明断作为结束，但是它也证明了即使是康熙的多年努力也无法从根本上医治贪官这一封建制度的痼疾。
在惩治贪官的同时，康熙多方扶持清官廉吏，以起到移风易俗、扶正抑邪的作用。但在当时贪风盛行的官场上，为政清廉者实属凤毛麟角，被康熙誉为“天下廉吏第一”的于成龙就是一个受百姓爱戴的清官。早在顺治朝任广西罗城知县时，于成龙便插棘为门，累土为几，他清贫的生活和卓着的政绩一时传为佳话。康熙十四年秋天，黄州发生了严重的自然灾害，于成龙发放的赈济粮救活了几万灾民的性命。后来他离开黄州赴福建按察使任所时，几万黄州百姓送行到九江，哭声与江涛声连成一片。于成龙的廉能勤政，深得康熙赞许。康熙二十年，他特地在懋勤殿召见于成龙，称他为“当今清官第一”，还赏赐白金、良马、御诗等，勉励他始终如一，保持气节。于成龙自此为政更加勤勉，常常通宵达旦。他善于微服私访，升任江南江西总督后，属下官吏不敢为非作歹，不久江南风气大为改观。但是，深受康熙信任、政绩卓着的于成龙反而受挟私报复者陷害，被迫离任，康熙又特下诏令其留任。他去世后，遗物只有一袭绨袍和一些盐豉。康熙始知于成龙的确一生廉洁，所谓后来变更素行的说法纯系欺罔之语。为官清正反遭非议，康熙感慨不已。为了使廉风发扬光大，他特地为于成龙题了“高行清粹”四个大字。
康熙对于成龙的去世十分痛心，他询问廷臣：“当今像于成龙这样清廉的还有几人？”廷臣当堂举荐了张鹏翮等七人。康熙南巡经过张鹏翮的任所兖州府，发现果然名不虚传，从此一再提拔重用。陈殡是康熙晚年时出现的清官。他认为，贪取一钱与取千百万金没有什么差别。因此，他的衣食住行都十分俭朴，对不义之财分文不取。他独自骑马带着行李赴任，官吏们谁也没有认出他就是新任巡抚。康熙称他为苦行老僧，并说：“陈殡出身非世家大族，又没有门生故旧，天下人对他的情操交口称誉，不是确有实事，哪能名闻遐迩？”因此，康熙在他病故后追授其为礼部尚书，荫一子入监读书，以表示对清廉之臣优礼有加。
由于康熙对整饬吏治坚持不懈，不断清除贪官，褒扬清官，在一定程度上保证了国家机器的正常运转。但是当时的官吏日渐腐败，已经积重难返，康熙费尽苦心进行的吏治，也只能是小修小补，并不能从根本上扭转当时的政风。
康熙统治初期，尽管各地的反清斗争已经被基本镇压下去，但是民族矛盾仍然相当尖锐。三藩之乱就带有明显的民族色彩，未遂的杨起隆起义更是将斗争矛头直接指向了满洲贵族。这一切都构成了对清王朝的潜在威胁。康熙认为，士为四民之首，要争取民心，扭转汉族人民的反清情绪，关键在于促使汉族知识分子转变反清立场。于是，康熙采取了种种措施争取和使用汉族知识分子。
康熙南巡时，曾多次亲自拜谒明太祖的陵墓，并亲笔写了“治隆唐宋”的匾额，悬挂在陵殿前。他还提出要查访明室后代，授予官职，让其看守陵墓。后来没有查到，便改派清朝官员按时致祭。他还亲临孔庙祭祀，对孔子的后裔大施恩宠，从感情上对汉族士大夫进行笼络。
除了进行传统的科举考试外，康熙还于康熙十七年（1678）特设“博学鸿词科”，千方百计吸引明代遗老及各种人才参政。康熙要求各级官员都要将自己知道的学行兼优之士举荐给朝廷，以便他亲自寿察录用。经各地官吏推举，有143人参加了康熙十八年（1679）的体仁阁考试。清政府给了应试者十分优厚的待遇，除了发给往返路费、衣食费、柴炭银外，康熙还亲自赐了丰盛的筵席加以款待。表面上考试进行得郑重其事，康熙还亲自阅了卷，但实际上对应试者十分迁就，百般照顾。严绳孙只作了一首诗，潘耒、施闰章的诗不合韵律，都被录用。彭孙通故意将词写得言词不通，竟被录为一等。可见，为了广泛招致人才，康熙不拘一格，确实花费了一番苦心。这次考试录用的五十人都被授予了翰林院的官职，奉旨编修明史。高官厚禄和种种特权使这些人逐渐放弃或动摇了反清立场，落第的文人学士也无颜再以明代遗老自居了。博学鸿词科的设立确实起了一箭双雕的作用。
但是应试的只是当时汉族学者中的二三流人物，而顾炎武、黄宗羲、李颐等着名学者始终拒绝应试。康熙对他们也采取了宽容的态度。关中大儒李颐以身体有病为理由拒不应试，被强行从家乡抬到西安，李颐便绝食抗议，连续六天汤水不进。清朝官员无可奈何，只好又派人将他送回。后来，康熙来到西安，指名要见李颐，李颐还是托病推辞。康熙不仅没有怪罪他，还亲题了“志操高洁”的匾额赐给他的儿子以示褒扬。太原的傅山被役夫用床抬到京城外30里的地方，他誓死不入城，京中的王公大臣们慕名纷纷前来看望，傅山大模大样地躺在床上，既不迎送，也不施礼。结果地方官员只得以傅山老病为由奏请免试，得到了康熙的准许。康熙所以能够容忍这些人抵制考试的种种大不敬行为，一方面是因为他们名满天下，影响极大，不愿意轻易触动他们；另一方面他们拒绝出仕，只是退居家中讲学着书，还没有直接触犯清王朝的统治。
康熙十三年（1674）以后，借为平定三藩筹措兵饷，清政府开始实行捐纳制度。这是康熙为落第的汉族文人打开的又一条入仕之路。当时，上至知府、知县，下到监生、生员，都可以用捐纳得到。知县额多易得，是最受欢迎的官缺，士人们踊跃争购。三年内，全国仅知县就捐纳了五百多人。每年清政府的捐纳收入多达200多万两白银。
于康熙十六年成立的南书房，位于乾清宫斜对面。入直南书房的官员不仅陪伴皇帝研究学业，还有代拟谕旨、时备顾问的任务。南书房的官员大多选自汉臣，由于朝夕侍奉皇帝，其中的人才随时可能被发现并得到重用。高士奇原是一介寒士，落第后曾靠卖文为生。由于他诗文书画无不精通，颇得皇帝赏识，成了康熙出巡、狩猎不离左右的侍从。高士奇不仅才思敏捷，而且善于处事。康熙南巡杭州，应灵（灵）隐寺僧人请求为之题名，不料提笔便将“雨”字头写得过大，正在为难，高士奇悄悄在手掌上写了“云林”二字，假装研墨，提示康熙。康熙遂改写成“云林”。从此，也把灵隐寺称云林寺。一次，康熙狩猎时因马受惊险些坠地，心中怏怏不乐。高士奇便故意带着满身泥水去拜见康熙。康熙闻知高士奇因骑马落入污水才搞得这般狼狈，大笑道：“刚才我的马多次狂跳，也没能把我甩下来。”相形之下，康熙觉得比不善骑术的汉族文人高明得多，不快的心情便烟消云散了。由于不仅有君臣之分，还有师友之情，南书房的官员们平步青云，迅速升迁。高士奇一直升到礼部侍郎。张英做到文华殿大学士，自此门第显赫，四世为讲官，子孙五人入直南书房。
