世界上任何事物在其发展中都会遇到一些针对于其自身而言的特殊问题。对于不断发展中的中国高校而言，在从计划经济向市场经济转轨的过程中，同样存在着若干带有浓厚历史痕迹的具有中国特点的特殊问题，而这些问题的解决也成为核算高等学校教育成本的关键。
科研支出计入教育成本的问题
从这些统计数据上我们可以看出，高等学校的科研无论是在参与人员、经费及科研成果上都显示出明显的攀升趋势。这也使得高等学校的科研与教学共同成为高等学校最主要的两项工作。然而，尽管广大高校教学及科研人员在科研水平提高的同时，其教学水平也会随之长进，但教学与科研毕竟在服务对象上存在差别，教学工作直接的受益者是学生，而科研工作则有着更为广泛的目的。因此，对于科研支出是否应计入高等学校教育成本的问题，出现了不同的见解和主张。
对于在进行高等学校教育成本核算时，是否应将科研支出计入高等学校教育成本，在理论界目前主要存在以下两种不同观点：一种观点认为，高等学校教育成本所核算的应该是那些直接为提供高等教育服务所发生的支出，科研支出虽与教育服务有关，但并不是直接发生在提供教育服务上的支出，如果把这部分科研支出也列入教育成本之中，势必会使教育成本加大，从而导致教育成本的虚增，这对于高等学校教育成本的主要承担者——学生和政府有失公允，因此不能将其计入高等学校教育成本；另一种观点则认为，高等学校科研活动是高等教育活动的重要组成部分，并且直接关系到教育服务的质量和水平，学校的教育教学活动可以从科研中获益，对于那部分使教学活动受益的科研支出应计入教育成本。而如果将这部分科研支出剔除在高等学校教育成本之外，便不能完整地反映高等学校教育服务的全部耗费。
针对上述两种观点，普遍认为较为合理的是应将与教学有关的那部分科研支出计入教育成本。这主要是由于高校的科研工作确实对教育教学工作有着重大的影响和促进作用，并且高等学校的教学活动与科研活动之间存在十分紧密的互动关系，这一点在研究型大学中，显得尤为直接和明显，具体表现在以下三个方面：第一，科研活动能够锻炼和培养教师。在科研活动中，教师的知识体系得到了不断更新，通过科研活动，不但加深对相关知识的理解，而且对本学科领域的最前沿的知识及其发展动态也有了相应的了解和把握，进而能够在自身的教学实践中引入这些前沿知识，从而使学生能学到更多更先进的前沿性知识。因此，在这一方面讲，可以把科研费看做是一种教学工作中投入的、旨在提高教师教学水平及技能的培训支出。第二，高校的科研活动水平一定程度上决定了高校的学科建设水平。高水平的大学，一般都会有高水平的学科。而要办出一流的学科，就必须不断为这一学科内容增添新的理论和方法。而要达到这一点，就必须进行大量的科学研究，尤其是基础研究。因此，这方面的科研支出，就可以被看做是投入到教学工作中的学科建设支出。第三，学生是科研活动的直接受益者。学生在参与科研活动的过程中，不但从中获取了新知识使自身素质直接得到提高，还增强了自身的实践力和创造力。因此，这方面的科研费用，可以看做投入教学工作中的用于培养、锻炼学生创新能力的学生科技活动创新经费。基于上述，高等学校的科研支出计入高等学校教育成本是合理的也是十分必要的。
解决了是否计入的问题，接下来需要解决的就是如何计入的问题。在具体核算教育成本时，如何将与教学有关的科研支出计入教育成本，是一个很复杂的问题。这主要是因为：第一，教育活动与科研活动往往同时发生，例如研究生导师指导学生做实验，这本身既是教学工作，同时产生的研究结论也可以作为科研成果；第二，许多科研活动是无形的，比如教师阅读书籍、整理材料，这种在研究过程中耗费又该如何去认定？解决的方法只有一种：对各种科研支出予以区别对待。具体方法如下：
1.对于高校承接的文理科博士点基金项目、社科基金项目、军工项目、科技三项、高技术“863”项目、国家自然科学基金、科技攻关等基础性研究的纵向科研项目经费支出全部计入高等学校教育成本。
2.高等学校为了进行教育改革而设立的校内教育改革科研项目所发生的支出，由于它的设立与学校所提供高等教育服务直接相关，应当全部计入高等学校教育成本。
3.高等学校自身立项的如学校设立的教研项目、学生科研（培养学生科研能力）等研究经费以及学校年终发给教师的科研津贴、科研奖励和对科研项目（这里主要是指基础研究和为教学服务的应用研究，为企业开发研究的项目除外）的配套研究经费等都属于为了提供教育服务而耗费的成本，应该计入高等学校教育成本。
4.对高等学校承接的与提供教育服务无关的某些横向课题，不能将其开支计入高等教育成本，并且其在研究过程中所消耗学校的教学材料及人工挤占了教育支出的部分，还应从改课题经费中提出，用于补偿高等学校教育成本。
5.对于承担教学和科研双重任务的教师的工资性费用，应根据教育部制定的《高等学校教师工作量试行办法》中教师教学工作量应占全部工作量2/3左右的规定，2/3划作教学支出，1/3为科研支出。其中1/3的科研支出部分，不能计入高等教育成本。
6.学校承接的其他纵向、横向科研、教研项目所发生的支出，只要与学校所提供教育服务相关有学生参与，并在参与的过程中学生的能力能够得到一定程度的提高，那么其费用支出可根据《高等学校教育培养成本监审办法》，按照30%的比例计入高等学校教育成本。
固定资产折旧费计入教育成本的问题
固定资产是高等学校办学的最基本的物质条件，其耗费也应是高等学校教育成本的主要内容。但由于高等学校教育成本的很多理论与实际的问题没有解决，因此，在新的政策没有出台之前，固定资产折旧问题也就成了高等学校教育成本核算所面临的一个难题。
固定资产在其使用的过程中会发生有形或无形的损耗，并随着损耗的过程而将其价值逐渐地转移到相关的收益对象上去，从而构成收益对象成本的一部分。按现行高等学校会计制度，高等学校财务支出中不包含固定资产折旧因素，而固定资产作为教育活动中必不可少的物质条件，其磨损价值应该得到足够的补偿。这种补偿就是将固定资产磨损价值以折旧的方式计入教育成本。具体计入的方式和方法可按如下内容考虑：
一、高等学校固定资产计提折旧的范围
根据《高等学校会计制度》的规定，高等学校固定资产按性质及核算对象一般分为：房屋和建筑物、专用设备、一般设备、文物及陈列品、图书及其他固定资产等六大类。按照补偿的要求，可将高等学校的固定资产分为应该计提折旧并计入教育成本核算的固定资产和不计提折旧、不计入教育成本核算的固定资产两部分，其中应该计提折旧并计入教育成本核算的固定资产包括：房屋和建筑物（教室、实验室等）；专用设备（大型实验仪器、设备等）；一般设备（一般的教学设施包括办公用具等）；图书（全部用于高等教育服务）；不计提折旧、不计入教育成本核算的固定资产包括：经营性的固定资产（包括后勤、产业集团及其他独立核算经济组织的校属资产）；附属单位的固定资产（包括附属中小学、幼儿园、医院、离退休人员健身设施等）；文物、陈列品、土地、标本等其他天然长期资产；账面上无价值的资产；虽然在使用、但按使用年限已超过折旧期限的资产。
二、高等学校固定资产价值的确定
由于现行高校会计制度不要求固定资产计提折旧，固定资产是按照其购进时的账面原值反映其价值的，现有的会计账户中反映不出固定资产的新旧程度和已损耗的价值。特别是一些使用时期长久的房屋建筑物和旧设备，账面原值已无法反映该资产的真实情况，如果单一按照其账面原值作为计提折旧的依据很不科学。
为了准确计算教育成本，对于已完全丧失使用价值但尚未进行销账处理的固定资产，应按规定程序及时作出报废处理，直接计入当年支出，不计入教育成本；对于仍可以使用的固定资产，应该对固定资产进行重新评估，确定各项固定资产的现有价值和剩余使用寿命，并以评估后的价值作为计提折旧的依据。对于新购进的固定资产，可以按照其购进的价值作为计提折旧的依据。这样，可以使固定资产的价值与实际价值趋于一致，比较客观地反映高等院校固定资产净值的数额及其构成，以便使固定资产的状况在会计报表中得以真实确切地反映。
三、高等学校固定资产折旧方法、折旧年限和折旧率
对于高等学校固定资产的折旧方法和折旧年限，我国目前尚无明确制度规定，而我国企业在其发展过程中已形成了一套比较完备的固定资产折旧制度，因此，高等学校固定资产在折旧问题上，可根据实际情况参照企业折旧方法确定，采用包括直线法、工作量法和加速折旧法在内的相应折旧方法。
（一）对于教学科研用房屋建筑物对于房屋建筑物来说，由于使用年限较长，一般不存在无形损耗，其价值转移在使用期内始终保持一个相等的量，因此在核算教育成本时，对其可采取直线法计提折旧，并按一般规定，以50年为折旧期，统一按照当年房屋建筑物固定资产总值的2%计提。其中已投入使用但未办理竣工结算的房屋建筑物可按估计价值暂估入账，并计提折旧，待竣工结算后再按实际价格进行调整。
（二）教学科研专用设备主要指高等学校根据教学、科研和其他工作的实际需要购置的各种具有专门性能和用途的仪器设备。高等学校购置的具有专门性能和用途的教学科研设备，一般来说价格都比较昂贵且科技含量大、技术生命周期短、无形损耗十分严重，因此应采用加速折旧法计提折旧。根据《高等学校教育培养成本监审办法》的相关规定，专用设备的折旧期限为8年。
（三）教学科研用一般设备指高等学校所购买的与教学科研有关的通用性设备（如打印机、复印机等），由于这类设备在使用周期中各期负荷程度基本相同，为此在核算教育成本时宜采用直线法计提折旧。根据《高等学校教育培养成本监审办法》，一般设备的折旧期限为5年。
（四）图书这是一类比较特殊的固定资产，对于这类资产应根据其价值变动速度的不同分类确定其折旧方法。对于一般纸质图书和电子图书，由于知识更新速度比较快，为使其成本在有效期内得到快速补偿，在核算教育成本时宜采用加速折旧法，合理体现图书损耗价值对教育成本的影响状况。国家税务总局关于固定资产的最低折旧年限中规定，事业单位图书最低折旧年限为5年，一般企业图书折旧年限为5~10年。考虑到目前知识更新的速度快、馆藏年限较长的图书借阅率不高的特点，高等学校图书折旧年限按5年核算较为合适；而对工具书、各类年鉴以及各个专业有代表性的学术专著等，因为年代久远其价值会随着时间的推移而上升，在核算教育成本时这类图书不应计提折旧。
（五）教学科研所必须的文物和陈列品对于诸如文史专业的文物、艺术专业的艺术作品、理工医农专业的标本等资产，由于它们都具有永恒的价值，从理论上说是不会发生无形损耗的，因而可以不计提折旧，但此项资产如保管不好会发生损坏或遗失，因此在陈列过程中，要发生一定的保管费用和设置防火安全措施的费用，在核算教育成本时，只需将这部分费用另行计入即可。
四、几类特殊固定资产折旧问题
高等学校有几类固定资产是比较特殊的，在进行教育成本核算时，必须引起注意：
（一）后勤资产折旧问题
高等学校后勤管理本应由社会投资实行市场化经营，不挤占教育投资。但由于历史原因，高校实际上已投资购建了一部分后勤设施，如学生公寓、食堂、浴室等，这些设施的折旧是否计入高校教育成本，如何计入，应区别不同情况分别对待：第一种情况，高校后勤没有社会化或没有彻底社会化，后勤资产由学校自身经营管理的，则对后勤资产应该计提折旧计入高等学校教育成本；第二种情况，高校后勤虽已社会化，但后勤资产只是委托给后勤服务公司进行物业管理，资产产权也没有发生变化，则高等学校教育成本核算时也应包括这部分资产的折旧因素；第三种情况，高校后勤资产整体租赁或承包给校内后勤公司或校外单位与个人，在核算教育成本的折旧费时，应扣除那部分租金收入，即：年折旧费用=后勤资产原值×折旧率－年租赁收入；第四种情况，由社会投资兴建的后勤资产，资产产权不由学校拥有，学校也不核算经营收入（住宿费、饮食服务收入等），其资产折旧亦不能计入高等学校教育成本。
（二）土地折旧问题
