由于对慢性前列腺炎的病因并不十分清楚，有人从解剖生理的角度对慢性前列腺炎的发病进行了探讨，McNesl通过前列腺的组织切片分析，将前列腺分为内外二组，外组称为真性前列腺，构成前列腺的主体；内组称为尿道组，集中于尿道黏膜和黏膜下层。真性前列腺又可分中央区和外周区，中央区相当于前列腺的中叶，围绕射精管，外周区的大部分与后叶相符。对40例的慢性前列腺炎做病理检查发现，仅2例为中央区炎症，24例为外周区炎症，二区同时发生炎症为12例，因此认为外周区较中央区更易受感染，这与射精和排尿的解剖生理因素有关。
射精包括三期。①射精前期：前列腺前括约肌和内括约肌收缩，关闭近端前列腺部尿道，使之和膀胱隔开。而下方的前列腺部尿道腔扩大，外括约肌松弛，和远侧尿道相通。外周区腺管开口于前列腺部尿道的远端，射精的过程有利于尿道的细菌上行而进入外周腺管，这样外周区常较中央区易受感染。②体内射精期：中央区射精时比外周区活跃，其腺管和射精管方向平行，开口斜向尿道及尿流，有利于前列腺液及进入中央区的细菌脱落排出。而外周区腺管与尿道呈直角对向尿流，故射精时前列腺液不易排出并易使细菌进入外周区深部留滞。③体外射精期：外括约肌和球海绵体肌的收缩，将精液射入阴茎部尿道，但由于外括约肌的上襻收缩闭合，关闭前列腺部尿道下端，此处压力增高，可使细菌进入外周区腺管内。排尿时如有下尿路梗阻或外括约肌松弛障碍，可增加尿道内压力，使细菌易于进入对向尿流的外周区腺管口，而中央区腺管口因和尿流平行，受压后关闭，故可防止细菌上行。
