慢性非细菌性前列腺炎是一种原因不明的炎症病变，已有资料表明，非细菌性前列腺炎发病率是细菌性前列腺炎的8倍，有人认为解脲支原体及沙眼衣原体或许是非细菌性前列腺炎的致病因素，但证据仍不充分。非细菌性前列腺炎有可能是一种还未查清病原体的感染性疾病。
近年有研究发现，慢性前列腺炎病人有前列腺内尿液反流，这个发现可能对各类前列腺炎的发生均具有重要意义。另外有很多成年男性通过B超检查发现前列腺内有结石的存在，但X线片上不能检出。而结石成分分析发现为尿液中成分而非前列腺液中成分，故推测前列腺结石的形成与尿液反流有关。感染后的结石可长期存在于腺体内，作为感染病灶不易消除。有人在前列腺切除前将炭粒粉溶液注入病人膀胱内，以后在切除的前列腺标本中发现腺体及导管内有炭末；非细菌性前列腺炎病人膀胱内先注入炭粉溶液，3日后再进行前列腺按摩，可见前列腺液内有很多巨噬细胞含有炭粒。对非细菌性前列腺炎和前列腺痛病人行排尿期膀胱尿道造影时，发现尿液反流非常严重，前列腺及射精管内均可见显影。因此认为前列腺内尿液反流所造成的化学性因素，可能是非细菌性前列腺炎发病的重要原因。
