天京的沦陷意味着太平天国运动的失败，天王洪秀全已死，忠王李秀成在南京被杀掉，干王洪仁轩、幼天王洪天贵福都在南昌被杀掉，英王陈玉成早在两年前就已经死掉，太平军的骨干都已经不在了，其他流窜在外的残余太平军就算想折腾也折腾不成什么样子了。
朝廷开始大封功臣，剿灭太平军主要靠的是湘军，而曾国藩身为湘军主帅，自然是最大的功臣，朝廷加曾国藩太子太傅，封一等毅勇侯。曾国藩是清朝开国以来第一个封侯的文臣，而且还是个汉人，可谓煊赫。
曾国荃加太子少保，封一等威毅伯。曾国藩的这个弟弟是他的得力干将，曾国藩虽然论功第一，但其实到后来，他都没直接在前线指挥战斗过，都是他的这个弟弟在前线指挥，攻安庆、攻天京，都是他这个弟弟的功劳。
李鸿章封一等肃毅伯，左宗棠封一等恪靖伯。另外彭玉麟、杨载福、鲍超等人也分别封为一等轻车都尉、一等骑都尉等爵位。活着的人封完，死了的人也要追封，胡林翼（咸丰帝死后，胡林翼也在武昌咯血而死）、塔齐布、江忠源、罗泽南、曾国华、曾国葆、李续宾等人都被追封了爵位。
大封完官职，大臣们互相祝贺，身为第一功臣的曾国藩反而非常谨慎，曾国藩本来就是个为官低调的人，现在立了大功，不但不高兴，反而更加低调。
曾国藩高兴不起来，因为他熟读历史，知道自己目前是什么情况。文种帮助越王勾践卧薪尝胆，灭吴兴越，最后却被勾践逼得自刎而死；韩信为汉高祖刘邦灭四国、败霸王，最终却落得个钟室惨死；李善长为明太祖朱元璋的第一谋臣，地位堪比汉之萧何，却在七十七岁高龄的时候全家被诛杀。曾国藩知道自己目前的境况和这些人就差不多，功劳越大越危险。太平军扫荡半个清朝，而自己却把太平军扫平了，功劳不可谓不大，身负不赏之功，朝廷如果封无可封，不杀掉你还能怎么办？
咸丰帝曾经说过“克复金陵者王”，但是你曾国藩敢向慈禧太后要求封王吗？封你个侯爵你偷着乐吧。所以曾国藩封完爵，不但不欢欣鼓舞，反而小心翼翼，生怕自己做错什么。
但是只这样还不够，朝廷是不会放心的，湘军将领个个手握重兵，光曾国藩的弟弟曾国荃手下就有湘军十万，这些士兵都是和太平军的战斗中胜出来的，战斗力比清朝的绿营兵强了十万八千里，朝廷怎么能放心！
经过十几年的战争，湘军将领渐渐崛起，天下督抚半是湘人，很多又都是曾国藩的门生故吏，曾国藩在这群人中的号召力是惊人的，只要曾国藩说一句话，这些人肯定是赴汤蹈火、在所不辞的。
最关键的一条：曾国藩是个汉人。一个汉人手里握着可以颠覆天下的兵力，这个是朝廷最担心的。湘军攻下九江后，长江之上密密麻麻都是湘军的水师，为此有人曾说：“三千里长江上下，无一船不挂曾字旗！”这句话就够要人命的。据说彭玉麟也曾经和曾国藩说过一句意味深长的话：“东南半壁无主，老师岂有意乎？”曾国藩吓得半死，说雪琴（彭玉麟字雪琴）居然用这句话来试探我，真是其心可诛。
这个传闻不管是真是假，传到朝廷里，自然是容他曾国藩不得。曾国藩的弟弟曾国荃也很让曾国藩担心，打下天京后，按说曾国荃是最有资格得意的一个，但是他却得意不起来，他的处境好不到哪儿去。因为攻下天京后，曾国荃纵容部下烧杀抢掠，遭成很坏的影响，有的官员看不过去了，写奏折给朝廷弹劾曾国荃。另外湘军刚进天京时，找不到洪秀全的儿子洪天贵福，不好向朝廷交代，曾国荃就上报朝廷说洪天贵福已经举火自焚了，结果没多久，江西那边抓住了洪天贵福，曾国荃因为这个事落下话柄。
曾国藩读的是孔孟之书，学的是忠君卫道，自然不会做大逆不道的事，但是湘军已经威胁到朝廷了，曾国藩不得不做点什么向朝廷表示忠心。曾国藩首先是裁汰湘军，天京聚集这十来万湘军可不是好事，这些湘军到处烧杀抢掠，江浙的士绅已经很有意见了。现在叛逆已经剿灭，这些军队用不着了，都发回原籍，该去哪儿去哪儿。曾国藩的裁军力度是非常大的，除了鲍超和李续宾的部将周宽世的两支湘军需要继续在外边征剿太平军外，留在天京的湘军全部裁掉，只保留刘松山的一支部队。
军队差不多裁光了，那湘军的军饷也不需要了，七月份，曾国藩上奏请求停止广东厘金。厘金是镇压太平军之初，设立的一个筹集军饷的方法，其实就是商业税，但是不管商人也好，农民也好，都要抽厘金，税率是一厘（1%），所以叫厘金。广东厘金设立以来一直是湘军的一项军饷来源，现在军队裁得差不多了，厘金也不需要再征收了，所以曾国藩请求停止。朝廷对曾国藩的表现很满意，曾国藩上的奏折也都批准了。
曾国藩最后一个消除朝廷疑虑的措施就是授意自己的弟弟曾国荃称病求退。曾国荃上疏朝廷，表示自己身体有恙，不适合再带兵了，请求辞官回老家养老。朝廷对曾国荃的行为非常满意，但是还是要客套下，下诏让曾国荃留下来。曾国荃继续上疏，表示自己确实病了，没法再带兵了，朝廷这才允许他回老家。其实朝廷和曾国荃都心知肚明，身体有病是假，打消朝廷的疑虑是真，曾国荃这样做就表示自己和自己的哥哥忠于朝廷，没有其他非分之想。
曾国藩通过一系列措施，完美地处理好了和朝廷的关系，顺利地功成身退，避免了历史上其他功臣因为功高震主而遭来厄运的下场。
