随着晚清政局的变动，从清王朝统治集团内部也产生了离心势力，其中最显著者，莫过于地方汉人督抚势力和以袁世凯为首的北洋军阀集团的崛起，严重地削弱了满清专制主义中央集权的统治。
在太平天国起义爆发前，清朝军政大权多掌握在满族权贵手中，封疆大吏多数为满人。在镇压太平天国起义过程中，湘军和淮军取代了八旗和绿营，以曾国藩、李鸿章为首的汉族官僚，掌握了湘淮军的指挥权。咸丰十年（1860）六月，咸丰帝任命曾国藩为两江总督并加钦差大臣衔，督办江南军务，节制大江南北水陆各军。咸丰十一年，慈禧太后上台后，又命令曾国藩统辖赣、皖、苏、浙四省军务，节制四省督抚、提督以下文武官员，两月后又加曾为太子少保、大学士衔，曾国藩集恩宠权势于一身，由此成为最大实力人物。到同治三年（1864），曾国藩集团就有21人先后出任总督、巡抚。自湘军和淮军建立后，十多年内向各省军营保举的武职总数达10余万，仅三品以上者就有1万多人。地方军政长官也多出自湘、淮系将领，曾氏兄弟、左宗棠、刘长佑、刘坤一及李氏兄弟、张树声、刘铭传等一大批人都以军功官至总督或巡抚。
清朝的总督和巡抚，是地方最高长宫。但在太平天国事起之前，各地军政统由中央管辖，民政、财政和司法，也由直隶于中央的各省布政使司和按察使司所分掌，督、抚不能随意干预。而自湘、淮将领居于督、抚之位后，手中握有重兵，为清政府所倚重，便借势扩张权力，将地方民政、财政、司法诸大权统统把持起来，使两司降同督、抚属员。此后，督、抚专政成为惯例，既便不是湘、淮将领出身的，也都实掌全省军政。清王朝的中央集权制度自此破坏，由此削弱了清政府对地方的控制，孕育着统治集团内部满汉之间日后矛盾的深化。而这些情况的出现，又潜伏下清王朝最终覆灭的危机。
在20世纪初开展的清末新政中，袁世凯北洋军阀势力趁势崛起。袁世凯于戊戌变法中出卖维新派，得到慈禧太后的欢心。随后在镇压义和团运动中，深受帝国主义赏识。李鸿章死后，袁世凯继任为直隶总督。清政府推行“新政”，给了袁世凯迅速扩张势力的机会。光绪二十八年（1902），袁世凯奉命参与督办新政事务，负责编练新军。光绪三十一年（1905）袁世凯最先练成北洋新军6镇。而直到清朝灭亡前夕，全国建制完备的新军总共才编成14镇。袁世凯广集党羽，安插亲信，使军政、警政、路矿等大权尽归北洋，从此成为手握重兵的最大军阀和左右政局的关键人物。
清王朝后来借“预备立宪”之名，集权于满洲皇室贵胄。例如袁世凯本人被革去8项兼差，被迫交出4镇新军，另一拥有雄厚实力的地方总督张之洞被调到中央，被剥夺军政大权。溥仪即位以后，其父载沣监国，竟罢黜袁世凯，令其回籍，并陆续将军政大权收归于满洲贵胄手中。宣统三年（1911）四月，清政府成立“皇族内阁”。不仅击碎立宪派的幻想，而且也使汉族官僚彻底寒心，很多汉族官僚和立宪派人士转而倒向革命阵营。
