梁漱溟尽管在政治上认同了中国共产党领导的新中国，并积极参与政府工作。但在思想上，却仍坚持自己的一贯主张，并没有转变。
1951年冬，《光明日报》为庆祝元旦征文，专函请梁漱溟写一篇赞美中华民族的文章。盛情难却之下，梁写了《中华民族是人类的一奇迹》的文章，主要延呈了他于1年前出版的《中国文化要义》的思想，宣传自己的中国文化特殊性的主张。但文章发表时，《光明日报》却加上了“梁先生欢迎大家展开讨论”的编者按，编缉出于什么目的并不清楚，但却引起了一场并不愉快的争论。
在看过梁的文章后，许多人写文章进行批判，这场争论涉及梁漱溟思想体系的各个方面，而且有的带有极强的现实政治色彩，可以说是建国后第一次对梁的新儒家思想的清算。
但这场清算的主角梁漱溟此时却已离开了北京。原来，1951年春，中央组织了西南土改工作团，本就极关注农村问题的梁漱溟想起毛泽东希望他考察南方的建议，于是主动报名参加。5月上旬，他随工作团来到四川合川县。工作团考虑到他年纪较大，没有安排具体工作，而是请他仍住在县城里。
梁漱溟自然不满意这种安排，他同随他同来的黄良庸商量，既然来了，就不能只当旁观者；要求深入下去，参加实际土改工作。他们的要求得到部分满足，被安排在云门镇一家地主宅院里。梁漱溟不顾年高体衰，亲自参加贫雇农诉苦会，参加清算地主斗争会，参加分田地、发土地证等工作，并多次同农民促膝交谈，对土改有了深切的了解。
8月30日，土改工作结束，梁漱溟随工作团回到北京。9月3日，毛泽东听说他返回后，请他吃饭谈心。在谈到此次四川之行时，他颇有感触地说，共产党解放四川不到两年，就把一个很乱很复杂的地方治理得井井有条，很快形成安定局面，情况变化之快，实在出人意料，不能不使人表示由衷的钦佩。因此，他认为土改政策反映了广大农民的要求和愿望，很必要，也很及时。同时，他也批评了亲眼所见土改中出现的违背政策的现象。比如：斗争会上打人很凶，有的地主甚至被逼得跳河自杀。他希望这个问题能引起政府的注意。如果使地主感到自己没有活路，后果总是不好的。毛泽东笑着说：“你说的情况别的地方也有发生。但我们总的政策是斗倒地主，给他出路。大多数地主不会自杀，也不致于反抗。问题是贫雇农受苦受压多少年了，怒火一点着，就难以控制，于是对地主非打即骂。我们应该认真贯彻政策，努力说服教育农民，关键是土改工作队的干部。只要他们能执行好土地政策，就出不了大的偏差。”
在北京两年多的所见所闻，特别是参加土改的社会实践，使梁漱溟似有所悟，自己却并不清楚是什么。他开始结合思想实际认真阅读马列主义著作和其他一些理论文章，对社会主义和共产党的政策有了较深刻的理解，思想上也有了转变。这个转变在别人看来或许不大，但在他而言已是“打破记录”了。
1951年10月5日，梁漱溟在《光明日报》上发表一篇长文，题目是《两年来我有了哪些转变》，历数自己自1950年1月来种种思想的转变，其实也是对上次思想清算的正面答复。他写道：“直到1949年全国解放前夕，我还是自信我的对。等到最近亲眼看到共产党在建国上种种成功，夙昔我的见解多已站不住脚，乃始生极大羞愧心，检讨自己错误所在，而后恍然中共之所以对。现在那个距离确实大大缩短了，且尚在缩短中”。
1952年，梁漱溟又写了长达5万字的《我的努力与反省》，回顾自己多年来从事社会活动的经历，反省以前的错误见解，阐述自己思想上发生的变化。他郑重表示放弃从前的政治主张，坦诚说道：“假如不是今天有中国共产党革命的成功，我始终会认定我走的是中国革命唯一正确的道路，始终不会发觉自己是改良主义。在今天勘对起来，我之为改良主义，已无可否认。”他承认，自己过去强调中国问题的特殊性是错误的，由此而作出的一系列似是而非的判断是站不住的，“唯其似是而非，所以不革命而自以为革命。同时，对于始终不忘革命的中国共产党虽同情它，却不同意其路线，常抱着一个容纳共产党而修正共产党的想法。我就这样执迷不悟了好多年。”
他自我反省说，自己的思想有三个最大的变化。第一，在阶级、阶级斗争、武装革命是否适合中国国情问题上，共产党是对的而自己错了；第二，他反省自己的“中间路线”，承认中国共产党是中国革命的正确领导者；第三，承认自己过去的乡村建设的主张和作法并不成熟，而中国共产党的土改和群众运动政策都是正确且行而有效的。
作为一名严谨的学者，梁自述的思想变化应该是出于肺腑之言。以他刚正不阿的性格是不会说违心的话的。因此，他也毫不讳言自己并没有完全接受共产党的一切理论，对于自己的见解还仍有保留，“实际上当时我的思想上仍有若干问题没有解决。例如：如何接受唯物观点，旧日中国社会是不是封建社会……。他自信坦诚是为人之本，因而对自己的思想问题从不隐瞒，决不会为了讨好当局而放弃自己的主张。即使在大是大非的关键时刻仍然不失自信、豁达的儒者风度。
梁漱溟虽问心无愧，但他的态度却并不能得到大多数人的理解。立即又有不少人针对梁的文章进行批判。有的人更把梁漱溟作为旧知识分子思想改造的例证，指出他的确有一些值得欢迎的进步，但在许多问题上仍顽固不化，改造得并不彻底。这些批判日益升级，甚至从政治立场角度对梁漱溟进行攻击。
幸运的是，周恩来同志为保护梁漱溟而公开表态，称梁每次从各地考察回来后“的确有进步”。而且梁漱溟同毛泽东的亲密的个人友谊也保护了他。那段日子里，梁毛二人接触频繁，并且每一两个月就要深谈一次。这些使得报纸上的批评不得不有所“顾忌”，并没有给梁漱溟构成实质性的威胁。
