第38代天皇天智天皇即位后，先立其弟大海人皇子为皇储，后又改变初衷，改立自己的儿子大友皇子，大海人皇子对此很不满，遂退居吉野。天智天皇死后，大友皇子即位，是为弘文天皇，他一即位就招兵买马，准备进攻吉野。大海人皇子闻讯后先发制人，仅用两个多月的时间就打败天皇的军队，攻破近江。天皇于兵败次日自杀，大海人皇子登基，是为天武天皇。这次事件也被称为“壬申之乱”。
祸起萧墙
668年，在大化改新中发挥重要作用的中大兄皇子即位，成为日本第38代天皇——天智天皇。天智天皇即位后，因为膝下儿子无一成器，所以就破格立曾大力帮助自己登基的胞弟大海人皇子为皇太子，并将四个女儿嫁给他，以示拉拢。但在一次宴会时，大海人皇子酒醉后用长矛刺穿地板，这引起了天智天皇的极度不满，也让兄弟二人从此产生嫌隙。
671年，天智天皇在没有任何征兆的前提下，突然宣布任命自己的儿子大友皇子为太政大臣。太政大臣是除天皇之外的最高官职，协助天皇总理朝政，地位相当于大化改新前的皇太子摄政。所以，这实际上是向全国人民昭示：大友皇子才是正统的皇储，大海人皇子将不再继承皇位。天智天皇为保障自己儿子顺利登基，甚至还吸收了一些对革新不满的守旧势力，这些人当政后，不断唆使大友皇子打击、孤立大海人皇子。而大海人皇子则因为大化改新的另一个重要人物——藤原镰足的去世，失去了最有力的支持，政治地位一落千丈。
同年十月，天智天皇病重，他派人召来大海人皇子，答应给其皇位。大海人皇子深知这不是兄长的本意，若自己答应，以自己目前的处境，只怕活不到即位那天，所以就谢绝旨意，奏请皇后即位，大友皇子辅政，自己毅然引退，移居吉野，坐观其变。果然，大友皇子不甘心屈居辅政位置，与其属臣密谋篡权，他们趁天智天皇弥留之际，迫使其认定大友皇子为皇位合法继承人。天智天皇刚一过世，尚在服丧期间的大友皇子就迫不及待地即位，即弘文天皇。
弘文天皇甫一登基，就把矛头指向了正在吉野韬光养晦的大海人皇子，他以修筑山陵为名，在京畿招兵买马，准备一举拔掉这个眼中钉、肉中刺。
壬申之乱
672年6月，得知消息的大海人皇子决定先发制人，他先遣家臣村国男依、和珥部君乎、身毛广等急赴美浓，联系各地郡司，要他们发兵，占据军事要塞。然后他本人亲率部众二十余人，经伊贺、伊势前往美浓、尾张。
大海人皇子学识渊博、才能出众，早年辅助天智天皇平息内乱，推行政治改革，在国内很有威信。而弘文天皇任用守旧派为执政大臣，倒行逆施，引起很多人的不满。所以大海人皇子一路走来，不断有人投靠，队伍迅速扩充至数万人。朝中大臣听说后十分害怕，有的收拾包袱准备逃往中国，有的则打算藏到深林中。
大敌当前，群臣各作鸟兽散，让弘文天皇气愤不已，也失去了迎战的先机。而大海人皇子则兵分两路，分别由纪臣阿闭麻吕与村国男依统领，直逼首都近江国和大和国。弘文天皇向东国和吉备（当时的日本国名，后来被分为了备前、备中、备后、美作四国）、筑紫（九州）派出使者，要求支援，但派往东国的使者被大海人皇子一方的部队截住，而吉备和筑紫则选择了观战。弘文天皇只集中了附近几国的兵力。
战争初期，弘文天皇在近江战场一度占据上风，响应大海人皇子起兵的大伴吹负因为孤军作战，几度出兵都不敌败走，但随着战争全面爆发，由纪臣阿闭麻吕指挥的来自美浓的援军到达，近江战场的形势就此逆转。
弘文天皇想袭击美浓，迫使大海人皇子回救，但由于指挥混乱，部队停滞不前，延误战机。双方于横河一带交火，大海人皇子一方连战连胜，最后双方都各自集结兵力在濑田桥展开决战。战争十分惨烈，史书记载：“旗帜蔽野，埃尘连天，钲鼓之声闻数十里，列弩乱发，矢下如雨。”
这场大战以大海人皇子的胜利而告终，弘文天皇见大势已去，于第二天自杀。至此，为时两个月的内乱结束。因为事情发生在壬申年，故史称“壬申之乱”。“壬申之乱”后的第二年，大海人皇子登基，即天武天皇。天武天皇把都城迁回奈良，继续推进革新的事业。
